基于网络药理学探讨补阳还五汤治疗高脂血症的作用机制＊

目的 本研究探讨补阳还五汤治疗高脂血症的物质基础与作用机制。方法 运用TCMSP数据库和STICH数据库收集补阳还五汤化学成分和靶点信息，通过HPO数据库筛选疾病的靶点，然后利用Cytoscape 3.6.1软件对成分靶点和疾病靶点进行网络拓扑学分析，获取补阳还五汤治疗高脂血症的作用靶点，再运用DAVID在线分析工具对作用靶点进行KEGG通路富集及分析，最后构建“补阳还五汤-化学成分-核心靶点-关键通路”的多层次网络关联图。结果 共得到补阳还五汤潜在活性成分107个，药物靶点487个，疾病靶点95个，拓扑分析共得核心靶点113个，主要KEGG通路20条。本研究结果表明，补阳还五汤治疗高脂血症的作用机制可能与CREBBP、TP53和PPARA等靶点及脂肪细胞因子、FoxO、TNF、HIF-1和PI3K-Akt信号通路有关。结论 本研究筛选了补阳还五汤治疗高脂血症的关键靶点和通路，为补阳还五汤用于临床治疗提供了科学依据。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS结合网络药理学及分子对接研究益母草水提物治疗动脉粥样硬化的作用机制

[目的] 本研究利用超高压液相色谱串联四级杆飞行时间质谱（UPLC-Q-TOF-MS/MS）技术结合网络药理学及分子对接的方法,探究益母草水提物抗动脉粥样硬化的物质基础与分子机制。[方法] 首先依据UPLC-Q-TOFMS/MS表征与鉴定益母草水提物主要化学成分,通过中药系统药理学数据库与分析平台、SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,并与在GeneCards数据库、OMIM数据库和DisGeNET数据库中获取的动脉粥样硬化相关靶点交集获得核心靶点。其次通过String数据库构建蛋白互作网络,导入Cytoscape3.7.1软件构建蛋白互作网络和“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并进行拓扑结构分析。通过DAVID数据库对靶点基因进行GO功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后通过AutoDockTools将关键活性成分与核心靶点进行分子对接。[结果] 本研究获得益母草水提物治疗动脉粥样硬化的可能相关活性成分7个,潜在作用靶点259个。益母草水提物活性成分可能通过调控白细胞介素（IL）-6、肿瘤坏死因子（TNF）、IL-1β、血管内皮生长因子A（VEGFA）和c-myc等核心靶点及磷脂酰肌醇3激酶蛋白激酶B（PI3K/Akt）、TNF、低氧诱导因子-1（HIF-1）等信号通路达到抗动脉粥样硬化的作用。[结论] 本研究基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术,通过网络药理学方法发现益母草抗动脉粥样硬化可能是通过多靶点、多成分起作用,为进一步开展相关实验提供依据。     

运用网络药理学探讨桑麻止咳汤治疗西北燥证兼慢性支气管炎的作用机制

[目的] 运用网络药理学探讨桑麻止咳汤治疗西北燥证兼慢性支气管炎的作用机制。[方法] 利用多个数据库获取药物有效成分、疾病靶点,取两者交集基因。通过STRING和DAVID数据库构建蛋白相互作用网络和富集分析,运用Cytoscape建立中药-成分-疾病靶点网络。运用Autodock Vina软件进行分子对接验证。[结果] 筛选得到桑麻止咳汤活性成分287个,药物靶点1 147个,疾病靶点213个。基因本体（GO）富集分析得到93个条目,京都基目与基因组百科（KEGG）通路富集分析确立了49条相关通路。分子对接结果显示药物主要活性成分与核心靶点结合活性良好。[结论] 研究发现,桑麻止咳汤可能通过白细胞介素-17（IL-17）和晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）等信号通路影响肿瘤坏死因子（TNF）、基质金属蛋白酶（MMP9）、白蛋白（ALB）和MMP1等靶蛋白的表达,槲皮素、棕榈酸、山奈酚和芹菜素可能是其发挥多靶点和多途径治疗西北燥证兼慢性支气管炎的主要成分。     

基于网络药理学研究孔圣枕中丹“异病同治”失眠及健忘的作用机制

[目的] 基于网络药理学方法研究孔圣枕中丹“异病同治”失眠及健忘的潜在作用机制。[方法] 利用检索中药系统药理学数据库与数据分析网络平台（TCMSP）和中药主要成分靶点网络平台HIT 2.0、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）及中国天然产物化学库等网络平台，筛选孔圣枕中丹组方药物的活性成分，经蛋白质数据库（Uniprot）提取其活性成分的作用靶点，再结合比较毒理基因组学数据库（CTD）数据库提取与失眠和健忘有关的作用靶点。将药物活性成分作用的靶点和疾病治疗靶点比对筛选后，利用Cytoscape 3.7.1软件构建了SCPE治疗失眠与健忘的“药物-成分-靶点-疾病”网络模型。利用蛋白质相互作用数据库（String）绘制了蛋白相互作用（PPI）网络，以寻找关键靶点。利用注释、可视化和综合发现数据库（DAVID）、基因注释与分析数据库（Metascape）、R语言（R studio）软件等平台开展的生物过程数据分析，得出了热图（Heatmap）分析、基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析结果。[结果] 获得了符合条件的孔圣枕中丹活性成分39个，失眠、健忘相关靶点分别为24 771、55 876个，孔圣枕中丹“异病同治”失眠及健忘的共有靶点83个，生物过程富集分析取前20条孔圣枕中丹治疗失眠和健忘的信号通路包括肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路、p53信号通路、cGMP-PKG信号通路等，表明孔圣枕中丹“异病同治”失眠及健忘的主要机制可能涉及抗细胞凋亡、炎症反应、神经递质调节、泛素蛋白连接酶结合等。[结论] 孔圣枕中丹“异病同治”失眠及健忘涉及多成分、多靶点以及多通路，可为阐释中药复方“异病同治”科学内涵提出了全新的思路与方式，也为孔圣枕中丹进一步的机制研究和新的临床运用带来了生物信息学理论依据。     

基于GEO芯片及网络药理学探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的机制研究

[目的] 基于基因表达汇编（GEO）芯片、网络药理学及分子对接技术探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的作用机制。[方法] 利用TCMSP数据库获取和筛选夏桑菊颗粒的活性成分及成分靶点构建“中药-化合物-靶点”网络；利用GEO芯片技术、GeneCards、OMIM、TTD数据库获取并筛选高血压病的疾病靶点；将成分靶点与疾病靶点取交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，两次处理筛选关键靶点；对交集靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；将关键靶点前4位与其对应活性成分进行分子对接分析。[结果] 获得成分靶点194个、疾病靶点2 168个、交集靶点126个、关键靶点6个；GO和KEGG富集分析显示夏桑菊颗粒主要与对激素、无机物、氮化合物、脂多糖、细胞外刺激等的反应等生物过程有关，主要富集通路涉及脂质与动脉粥样硬化、晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、磷酸酰肌醇3-激酶-丝苏氨酸蛋白激酶（PI3K-AKT）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）等信号通路；分子对接结果显示关键靶点与活性成分结合良好。[结论] 夏桑菊颗粒可通过多成分-多靶点-多途径发挥作用，为其防治高血压病临床使用提供了一定的参考依据。     

基于网络药理学的白花蛇舌草-半枝莲药对治疗大肠癌的作用机制研究

[目的] 探讨白花蛇舌草-半枝莲药对治疗大肠癌的物质基础和作用机制。[方法] 利用中药系统药理学分析平台（TCMSP）,通过设置口服利用度（OB）≥ 30%、类药性（DL）≥ 0.18为条件并结合文献筛选出候选化合物,并通过该数据库检索与活性成分相关的作用靶点;通过比较毒物基因组学数据库（CTD）检索出大肠癌相关基因;利用Cytoscape 3.6.1构建成分-靶点网络和成分-靶点-信号通路网络;通过DAVID进行通路注释和分析,预测该药治疗大肠癌的作用机制。[结果] 与结肠癌相关的白花蛇舌草-半枝莲药对成分-靶点-信号通路网络中包含19种成分、33个靶点及25条信号通路。其度值度值前3的候选化合物分子为槲皮素、黄芩素、黄芩苷,度值前3的靶点为蛋白激酶B1（AKT1）、肿瘤抑制蛋白（TP53）、基质金属蛋白酶2（MMP-2）,涉及结肠癌、P53信号通路、凋亡等25条信号通路。[结论] 白花蛇舌草-半枝莲中活性成分可作用于AKT1、TP53、MMP-2等靶点,通过调节结肠癌、P53信号通路、凋亡等多条信号通路,协同治疗大肠癌。     

赵进喜教授治疗2型糖尿病的核心处方挖掘及生物学机制探讨

[目的] 应用数据挖掘及网络药理学技术,对赵进喜教授治疗2型糖尿病（T2DM）药物的核心配伍、潜在靶点、作用机制进行探讨和研究。[方法] 收集325例赵进喜教授诊治2型糖尿病的医案,应用关联规则算法筛选核心药物配伍。使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选核心处方的活性成分,应用STITCH、TTD、DrugBank、GAD和DisGeNET数据库,筛选药物及T2DM相关靶点。采用Cytoscape中的MCODE算法识别功能模块,应用ClueGO插件进行功能分析。[结果] 通过关联分析得到黄芩、葛根、丹参、仙鹤草、荔枝核、地骨皮等6味药物的核心处方。通过网络药理学分析,得到58个药物-疾病相关靶点,识别出5个功能模块。对重要靶点进行KEGG通路分析,得到18条相关通路。[结论] 核心处方治疗T2DM是多成分、多靶点、多环节、协同作用的过程,其作用靶点可能为SLC2A2、SLC2A4、TNF,PPARA和PPARG,并可以通过调节脂肪因子信号通路和PPAR信号通路发挥作用。     

麻杏石甘汤“异病同治”肺炎支原体肺炎与支气管哮喘的网络药理学机制研究

[目的] 研究利用网络药理学及分子对接技术探究麻杏石甘汤“异病同治”肺炎支气体肺炎（MPP）与支气管哮喘（BA）的共同潜在靶点及作用机制。[方法] 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）与中国知识资源总库（CNKI）筛选麻杏石甘汤的活性成分及其作用靶点,运用UniProt数据库将其进行标准化。运用GeneCards、OMIM数据库收集MPP与BA疾病相关靶点。利用Venny2.1获取药物-疾病共有靶点。利用Cytoscape3.9.1软件构建疾病-药物-成分-靶点网络;将交集靶点输入STRING数据库进行蛋白相互作用蛋白相互作用（PPI）网络构建。利用DAVID数据库对共同靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后利用AutoDockTools软件将核心成分与关键靶点进行分子对接。[结果] 筛选得到麻杏石甘汤有效成分123种,相关靶点208个。MPP疾病靶点374个,BA疾病靶点2 623个,药物-疾病交集靶点46个。GO富集分析获得生物过程276个（P<0.05）,细胞组成15个（P<0.05）,分子功能33个（P<0.05）。KEGG通路富集分析获得麻杏石甘汤治疗MPP与BA的共同通路主要有糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路等;分子对接表明核心成分与关键靶点多能形成稳定结构。[结论] 麻杏石甘汤通过多成分、多靶点、多途径的特点治疗MPP与BA,为中医“异病同治|理论提供新的思路,同时也为麻杏石甘汤的临床应用及机制研究提供了生物信息学依据。     

基于网络药理学探究补肾活血汤治疗肾虚血瘀型膝骨性关节炎的作用机制

[目的] 探究补肾活血汤（BHD）治疗肾虚血瘀型膝骨性关节炎（KOA）的关键靶点以及作用。[方法] 通过Swiss Target Prediction检索BHD中主要活性化合物的相关靶点;GeneCards数据库搜集KOA的疾病靶点,相交得出药物与疾病的共有靶点;将BHD中的主要靶点与活性化合物,使用STRING数据库绘制蛋白互作（ PPI）网络图,对关键靶点进行GO及KEGG通路富集分析。[结果] BHD主要有效活性成分82个,潜在靶点615个;KOA疾病靶点482个,药物基因靶点533个。GO富集分析得到细胞生物学条目119个,续用KEGG通路富集分析方法得到信号通路总数共95个。[结论] 阐述了BHD多成分、多途径、多靶点治疗KOA的分子作用机制,为后续研究及临床提供依据。     

基于网络药理学探讨三叶糖脂清治疗2型糖尿病的作用机制

[目的] 探讨三叶糖脂清片治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制。[方法] 使用网络检索平台中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）的SYSDT运算确定三叶糖脂清的有效活性成分与相关靶点信息，使用Perl语言并结合Uniprot数据库，最终得到三叶糖脂清的基因靶点缩写。利用人类表型本体论（HPO）数据库和Genecard数据库检索T2DM相关靶基因。使用STRING数据库分析并结合Cytoscape 3.7.1软件绘制靶点蛋白互作网络（PPI），借助Perl语言转换为基因编号，利用R语言的Bioconducor程序包进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析和基因功能分析（GO）富集分析。探讨三叶糖脂清的多重药理作用机制，为下一步实验验证奠定基础。[结果] 通过网络参数分析确定了三叶糖脂清含有80个活性成分，对应82个生物靶点。通过Genecard和HPO数据库得到540个T2DM靶点，其中Genecard数据库中选取Score值大于30的靶点。两者对比提取重叠靶点，并与80个活性成分构建出“活性成分-靶点”网络。揭示了三叶糖脂清活性成分与T2DM靶点之间的相互作用，并对重叠靶点的蛋白互作网络（PPI）进行分析，明确药物影响疾病的关键靶点。此外，对重叠靶点进行KEGG通路富集分析和GO功能富集分析，探索了三叶糖脂清治疗T2DM的作用机制。[结论] 三叶糖脂清治疗T2DM具有多成分、多靶点、多途径的特点，为进一步开展三叶糖脂清抗T2DM作用的分子机制研究提供了新思路和科学依据。