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桃潜隐花叶类病毒中国分离株P3的克隆与序列分析 总被引:5,自引:0,他引:5
本研究以提取的类病毒cRNA为模板,采用RT-PCR方法,从5株表现明显花叶症状的"雨花露"桃树上检测到桃潜隐花叶类病毒(PLMVd),并对其中的样品P3通过2次RT-PCR扩增,然后分别将扩增产物回收、克隆测序,确定了该分离株(命名为PLMVd-P3分离株)的全长核苷酸序列,其cDNA分子全长为337 nt,这与已经报道的PLMVd典型分离株基因组大小相似。序列比较分析结果表明,该分离株与已经报道的不同地区来源的其它分离株相似性为90%~96%。 相似文献
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桃树上啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid)的检测及序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
2005年8月和2006年2月从中国北京、陕西、河北、山东、广西等地共采集76个无明显症状的桃树样品,经斑点杂交、RT-PCR以及生物学鉴定检测,来自北京和陕西的11个样品中检测到啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid,HSVd),总感染率达14.5%。上述3种方法检测桃树上的HSVd具有一致性。将5个样品中的HSVd进行克隆测序,得到12条不同HSVd核酸序列,与GenBank中D13764序列(日本桃果实HSVd分离物)同源性为93.29%~100%。可以看出,国内桃树HSVd分离物核酸序列变异比较小,地域和品种间核酸序列无明显差异。这是首次比较系统地检测中国桃树上HSVd发生情况的报道。 相似文献
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从吐鲁番古葡萄树上检测到4种类病毒(AGVd、GYSVd-1、GYSVd-2、HSVd) 总被引:2,自引:0,他引:2
从约有150年树龄的新疆吐鲁番葡萄(品种无核白)叶子中抽提小分子RNA,经过RT-PCR、生物学检测及克隆测序分析,证明其中含有4种类病毒:AGVd、GYSVd-1、GYSVd-2和HSVd。通过二维电泳,正反向电泳及Northern印迹杂交,RT-PCR等分子生物学方法对接种的指示植物Suyo黄瓜中的子代类病毒进行了检测,结果仅仅检测到HSVd一种类病毒。对Suyo黄瓜中的HSVd子代类病毒进行克隆及序列分析,结果表明葡萄中亲代类病毒与黄瓜中的子代类病毒序列之间存在明显差异。 相似文献
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甘薯潜隐病毒外壳蛋白基因的克隆、表达及其抗血清的制备 总被引:2,自引:0,他引:2
根据已报道的甘薯潜隐病毒(Sweet potato latent virus,SPLV)外壳蛋白(CP)基因的核苷酸序列合成引物,利用RT-PCR方法克隆了SPLV河南分离物(SPLV-HN)的CP基因及部分3'端非编码区序列,序列分析表明,SPLV-HN CP基因由879个核苷酸组成(GenBank登录号为DQ399862),编码293个氨基酸残基。与GenBank中SPLV-CH(X84011)和SPLV-T(X84012)分离物的核苷酸序列相似性分别为96.8%和93.0%;与日本分离物(E15420)的核苷酸序列相似性为83.6%。将CP基因克隆到原核表达载体pET-30a(+)上,SDS-PAGE分析表明,经IPTG诱导,CP基因在大肠杆菌BL21(DE3)pLysS中得到了高效表达。以表达的蛋白为抗原,免疫家兔,制备了SPLV外壳蛋白的特异性抗血清。ACP-ELISA检测结果表明,制备的抗血清可用于田间甘薯样品的检测。 相似文献
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山西省枣树上啤酒花矮化类病毒的检测及序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
[目的] 从枣树样品中分离鉴定啤酒花矮化类病毒(HSVd)。[方法] 从山西省农业科学院果树研究所国家枣种质资源圃采集70份枣树叶片样品,提取小分子RNA后通过Northern杂交、RT PCR进行检测,并对阳性样品中的类病毒进行克隆测序,利用生物学软件对所得序列进行分析。 [结果] 70份枣树样品中有1份样品感染HSVd,克隆测序后,共获得13条HSVd序列,它们与GenBank上首次报道的HSVd序列相似性为92.6%~92.8% 。[结论] 本研究首次在国内报道了枣树上分离得到的HSVd序列,HSVd枣树分离物与已报道的HSVd分离物差异较大。 相似文献
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盆栽文心兰上的凤仙花坏死斑病毒的检测与分子鉴定 总被引:1,自引:0,他引:1
应用酶联免疫吸附检测法(ELISA)和RT-PCR技术从表现有同心圆褪绿斑的进境盆栽文心兰上检测出凤仙花坏死斑病毒.ELISA检测发现该病毒在文心兰上分布不均匀,病毒主要集中在表现症状的病斑处.同时,根据该病毒S RNA上的核衣壳蛋白(N)基因序列保守区设计了一对特异性引物,利用RT-PCR方法检测得到500bp的预期DNA片段.经HindⅢI和EcolI酶切验证后克隆了该序列片段,序列分析结果表明该病毒的N基因序列和已经发表的凤仙花坏死斑病毒(登陆号为AB109100、AB207803、DQ425096)核苷酸序列同源性为99%,进一步确认进境盆栽文心兰上携带凤仙花坏死病毒.这是INSV首次在中国的报道,也是第一次在文心兰上发现该病毒. 相似文献
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侵染肥城桃的病毒和类病毒的分子检测与鉴定 总被引:1,自引:0,他引:1
为明确山东肥城桃种植区桃树上主要存在的病毒和类病毒及其发生情况,采集具有花叶、斑驳和皱缩典型症状的肥城桃样品,提取叶片总RNA后,分别选用桃树上已报道的啤酒花矮化类病毒Hopstuntviroid(HSVd)、桃潜隐花叶类病毒Peach latent mosaic viroid(PLMVd)、苹果褪绿叶斑病毒Apple chlorotic leaf spot virus(ACLSV)、樱桃锉叶病毒Cherry rasp leaf virus(CRLV)、桃花叶病毒Peach mosaic virus(PMV)、李属坏死环斑病毒Prunus necrotic ringspot virus(PNRSV)、李痘病毒Plum pox virus(PPV)、李矮缩病毒Prunus dwarf virus(PDV)、樱桃绿环斑驳病毒Cherry green ring mottle virus(CGRMV)、杏假褪绿叶斑病毒Apricot pseudo-chlorotic leaf spot virus(APCLSV)、李树皮坏死茎纹孔伴随病毒Plum bark necrosis stem pitting-associated virus(PBNSPaV)和小樱桃病毒1号Little cherry virus 1(LchV1)的特异性引物进行RT-PCR检测。PCR结果显示仅HSVd、PLMVd、ACLSV、PNRSV和PBNSPaV的扩增产物中得到了预期大小的目的片段,将目的片段克隆测序后,经NCBI BLAST比对发现,山东肥城桃分离物HSVd、PLMVd、ACLSV、PNRSV和PBNSPaV与GenBank已报道分离物序列一致性均达90%以上。表明山东肥城桃已感染HSVd、PLMVd 2种类病毒和ACLSV、PNRSV、PBNSPaV 3种病毒。 相似文献
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T. Kapari-Isaia A. Kyriakou L. Papayiannis D. Tsaltas S. Gregoriou I. Psaltis 《Plant pathology》2008,57(2):348-353
A new laboratory technique combining shoot-tip grafting in vitro and biological indexing on indicator plants was explored for the detection of citrus exocortis and related viroids. Τhree in vitro laboratory methods were used and compared with the classical biological method. With the classical in vivo method, diagnosis is based on the expression of symptoms on indicators 11–14 weeks after inoculation. In contrast, with the first in vitro method, microindexing in vitro of citron seedlings by graft inoculation, diagnosis was possible 12 days after inoculation; with the second method, microindexing in vitro of citron cuttings by graft inoculation, 20 days after inoculation; and with the third method, microindexing in vitro of citron cuttings by injection inoculation, 40 days after inoculation. Inoculated Etrog citron plantlets grown in vitro and tested by RT-PCR showed the same viroid content as the source plants. Of the three in vitro viroid indexing methods, microindexing on cuttings by grafting was easier and more reliable than microindexing either on seedlings or on cuttings by injection. 相似文献
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为明确江苏省牡丹上烟草脆裂病毒(Tobacco rattle virus,TRV)的发生情况,利用ELISA和RT-PCR方法对采集自扬州市的40份牡丹叶片样品进行了检测鉴定,测定了其中一个分离物Peony-11中TRV RNA1分子的部分蛋白编码区序列,并结合Gen Bank中已报道的相关序列对其进行了多样性和系统发生分析。结果显示,江苏省扬州市牡丹上TRV的检出率高达62.5%;序列分析表明本研究获得的TRV牡丹分离物Peony-11与Gen Bank中其它63个分离物的核苷酸序列一致率为90.5%~99.7%;系统发生和遗传距离分析表明TRV可以分成2个组10个亚组,组间、亚组间具有较为清晰的地理和寄主特异性,其中Peony-11分离物位于亚组I-1。 相似文献