miR-143和miR-520d-5p在胃癌组织中的异常表达

目的 应用MicroRNAs （miRNAs）芯片技术筛选胃癌组织中差异表达的miRNAs,研究与胃癌相关的miRNAs.方法 从3对手术切除的胃和相配对的正常胃组织中提取总RNA,miRNA芯片检测miRNA表达情况,然后在47例配对的胃癌和正常胃组织中,用Real-time RT-PCR（Taqman）对部分差异表达miRNA进行验证.结果 芯片结果显示：与配对的正常胃组织相比,有62个miRNAs在胃癌中异常表达,其中42个miRNA高表达,20个miRNA低表达.用Real-time RT-PCR（Taqman）验证显示：miR-143在胃癌组织中表达显著降低（JP=0.002 9）;miR-520d-5p在胃癌组织中表达显著提高（P =0.032）.结论 miR-143和miR-520d-5p可能参与了胃癌的发生过程.     

风心病合并房颤患者心肌microRNA表达谱分析与靶基因预测

目的 研究风心病合并房颤患者心肌microRNAs的表达差异,预测其靶基因并分析其可能的生物学功能.方法 经知情同意,整群采集2013年1—12月收治的14例住院风心病房颤患者和8例风心病无房颤患者右心耳组织;提取总RNA进行miRNAs芯片杂交检测,应用RMA和FC法筛选差异表达的miRNAs,并用RT-PCR进行验证;运用生物信息学软件预测靶基因并分析其生物学功能.结果 与风心病无房颤组相比,风心病合并房颤组有22个miRNAs表达有差异,其中6个miRNAs表达上调,16个miRNAs表达下调;验证结果表明与风心病无房颤组比较,miR-661、miR-520d-5p和miR-145-5p表达显著下调(P<0.01);经GO和KEGG数据分析,差异miRNA靶基因的一部分亦与心肌纤维化相关.结论 该研究获得与房颤相关的差异miRNAs,可能是房颤新的生物标志物和潜在治疗靶点.     

胃癌SGC7901细胞长春新碱耐药性相关miRNA的初步分析

目的 探讨胃癌SGC7901细胞对长春新碱(VCR)化疗药物耐药相关的微小RNA(miRNA),并预测异常表达miRNA的靶基因.方法 体外培养胃癌SGC7901细胞和胃癌VCR耐药细胞SGC7901/VCR;提取总RNA并质检,采用miRNA 8.0微阵列芯片检测分析miRNA表达谱;荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)验证差异表达的miRNA,生物信息学分析软件预测可能调控的靶基因;采用Western blot方法检测靶基因的蛋白表达水平.结果 芯片检测发现,SGC7901和SGC7901/ VCR细胞中63个异常表达的miRNA;其中miR-1267、miR-221、miR-223、miR-200c、miR-99a表达显著性上调;miR-122、miR-1246、miR-302a、miR-195、miR-124表达显著性下调.在胃癌细胞和胃癌组织中验证结果初步显示,miRNA-122和miR-302a可能分别调控靶基因IGF-IR和WDR62.结论 获得的差异表达miRNA,以及预测的靶基因IGF-IR和WDR62可能在胃癌化疗药物VCR耐药中起关键性作用.     

miR-221在胃腺癌中的表达及作用

目的研究miR-221在胃腺癌中的表达情况,分析其在胃腺癌中调控的靶基因及其可能的作用机制。方法应用荧光定量聚合酶链反应技术研究miR-221在51例胃腺癌组织及其癌旁正常组织中的表达情况,采用生物信息学技术预测miR-221调控的靶基因。结果 miR-221在胃腺癌组织中表达高于其癌旁正常组织;生物信息学预测miR-221抑制抑癌基因p53、p27的表达。结论 miR-221在胃腺癌组织中表达上调,可能通过调控p53、p27等肿瘤抑制基因的表达而发挥作用。     

鼻咽癌差异表达miRNAs筛选研究

 【目的】应用miRNAs芯片筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因，为进一步研究其在鼻咽癌发病机制中的作用打下基础。【方法】运用miRNAs芯片技术筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，同时运用miRNAs特异的引物组对差异表达的miRNAs进行荧光定量RTPCR验证。运用靶基因预测软件并结合全基因组表达谱芯片结果预测差异表达miRNAs可能调控的靶基因，并利用westernblot技术检测预测的靶基因在原代培养的鼻咽癌细胞中的表达。【结果】miRNAs芯片结果显示，鼻咽癌中miR-203、miR-503、miR-424、miR-141和miR-148a表达下调，而miR-25、miR-195和miR-15a表达上调，其差异表达均在2倍以上；荧光定量RTPCR结果与miRNAs芯片的结果较符合；其中miR-203的预测靶基因为CCNG1和SPARC，Western blot结果显示，其在原代培养的鼻咽癌细胞亦高表达。【结论】miR-203、miR-503、miR-424、miR-141、miR-148a、miR-25、miR-195、miR-15a在原代培养的鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中存在差异表达；CCNG1和SPARC可能是miR-203调控的靶基因，可能参与了鼻咽癌的发生发展。     

宣威地区肺腺癌病人肺组织特异miRNAs表达谱和靶基因及其信号通路预测

目的 筛选出宣威地区肺腺癌病人肺组织miRNAs差异表达谱,预测其相关靶基因和信号通路.方法 选取来自宣威地区肺腺癌24例和非宣威地区肺腺癌10例患者手术切除的肺癌组织和正常肺组织标本,miRNAs芯片检测34对肺癌切除标本,筛选宣威肺腺癌miRNAs差异表达谱,AGO分析和KEGG Pathway分析预测其miRNAs的生物与肺癌相关的靶基因和信号通路.结果 miRNAs芯片检测:与非宣威肺腺癌比较,宣威肺腺癌差异表达显著的特异miRNAs34个:表达上调的miRNAs有23个,表达下调的miRNAs有11个.AGO富集分析及KEGG数据库映射分析发现:预测主要集中在PI3K/Alt信号通路附近,其预测靶基因有:GF、RTK、SOS、IRS1、BCAP、CYTOKINSR、ECM、ITGB、FAK和GBY,可能对肺癌生物学功能产生影响的靶基因主要集中在PI3K/Alt,WNT和MAPK通路.结论 筛选出这些特异性miRNAs可能在宣威肺腺癌癌变和进展中起重要作用,预测的靶基因可能与调节PI3K/Alt,WNT和MAPK信号通路的作用有关.     

转化生长因子β 1 (TGF-β 1)对胃癌细胞microRNA表达谱的影响

 目的 探讨转化生长因子β 1 (transforming growth factor β 1,TGF-β 1)对胃癌细胞BGC823 microRNA (miRNA)表达谱的影响及其意义。方法 应用microRNA芯片检测TGF β1处理胃癌细胞BGC823前后的miRNA表达谱;对miRNA 表达谱进行差异性分析;实时荧光定量RT PCR验证差异表达的miRNA;用生物信息学技术分析差异表达miRNA可能调控的靶基因及其意义。结果 TGF-β1处理胃癌细胞BGC823 24 h 和36 h后,miRNA的表达谱存在6个相同的差异表达miRNA,包括3个(miR-27a,miR-29b 1和 miR-194)表达上调,3个(miR-193b,miR-574 3p和miR-130b)表达下调。实时荧光定量RT-PCR结果与芯片一致。结论 TGF-β 1能够影响胃癌细胞miRNAs的表达,这些上调或下调表达的miRNAs可能参与了胃癌的浸润转移。     

鼻咽癌差异表达miRNAs筛选研究

【目的】应用miRNAs芯片筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因，为进一步研究其在鼻咽癌发病机制中的作用打下基础。【方法】运用miRNAs芯片技术筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，同时运用miRNAs特异的引物组对差异表达的miRNAs进行荧光定量RTPCR验证。运用靶基因预测软件并结合全基因组表达谱芯片结果预测差异表达miRNAs可能调控的靶基因，并利用westernblot技术检测预测的靶基因在原代培养的鼻咽癌细胞中的表达。【结果】miRNAs芯片结果显示，鼻咽癌中miR-203、miR-503、miR-424、miR-141和miR-148a表达下调，而miR-25、miR-195和miR-15a表达上调，其差异表达均在2倍以上；荧光定量RTPCR结果与miRNAs芯片的结果较符合；其中miR-203的预测靶基因为CCNG1和SPARC，Western blot结果显示，其在原代培养的鼻咽癌细胞亦高表达。【结论】miR-203、miR-503、miR-424、miR-141、miR-148a、miR-25、miR-195、miR-15a在原代培养的鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中存在差异表达；CCNG1和SPARC可能是miR-203调控的靶基因，可能参与了鼻咽癌的发生发展。     

肾透明细胞癌差异表达miRNAs的筛选

目的：筛选肾透明细胞癌组织差异表达的miRNAs,并分析其与可能的靶基因作用调控关系。方法：收集8例新鲜的肾透明细胞癌及其癌旁正常肾组织,抽提总RNA,并行Hy3荧光标记,将标记的小RNA与包含1891条探针的miRNA芯片进行杂交,再扫描及数据分析处理。 miRNA芯片结果的可靠性采用RT-PCR方法验证。结果：肾透明细胞癌组织与癌旁正常肾组织比较,存在较多明显差异表达的miRNAs,其中上调miRNAs 106个、下调miRNAs 184个,其中111个miRNAs为16.0版miRNA芯片新增的;显著上调的miRNAs 3个、下调的miRNAs 38个。结论：肾透明细胞癌组织的miRNA表达谱有较强特异性,其与可能的靶基因调控关系复杂,其中miR-155、miR-141、miR-200c及let-7家族等与肾透明细胞癌的发病密切相关。     

早期糖尿病肾病相关微小RNA在小鼠肾脏的表达变化

目的 建立db/db小鼠早期糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)微小RNA(microRNA,miRNA)的差异表达谱.方法 采用12只9周龄高血糖且24 h尿白蛋白显著增高的db/db小鼠作为早期糖尿病肾病组,12只9周龄db/m小鼠作为正常对照组,用于miRNA芯片和实时荧光定量RT-PCR检测.Trizol法抽提肾脏总RNA,YM-100微离心滤器富集小RNA,芯片技术检测DN组和对照组miRNAs的差异表达谱.应用实时荧光定量RT-PCR验证部分差异miRNAs,运用生物信息学技术预测部分相关miRNAs的靶基因.结果 芯片结果显示,66个miRNA在DN组和对照组存在差异表达(P<0.01),其中35个miRNAs在DN组呈高表达,31个miRNAs在DN组呈低表达,差异倍数从1.08～10.20.实时荧光定量RT-PCR进一步验证部分miRNA的表达,结果显示3个miRNAs在DN组表达上调,分别为:miR-196a、miR-98和miR-29c;4个表达在DN组下调,分别为miR-21、miR-451、miR-709和miR-187,差异显著(P<0.01).结论 部分miRNAs在DN和正常对照肾脏组织中存在差异表达,可能参与了DN发生的分子机制.     

子宫内膜腺癌组织中miRNA的差异表达

目的 探讨miRNA在子宫内膜腺癌及其癌旁组织中的表达差异.方法 收集子宫内膜腺癌患者癌灶和癌旁内膜组织,分别采用Trizol一步法提取总RNA,利用含有miRNA探针的芯片检测系统进行miRNA表达谱差异分析.结果 子宫内膜腺癌与癌旁组织中111个miRNA表达存在显著差异,其中腺癌组织中68个miRNA表达上调,43个表达下调.结论 miRNA可能参与子宫内膜腺癌的发生发展过程,这为进一步揭示子宫内膜腺癌发生的分子机制提供了依据.     

Claudin-3在胃腺癌的表达及预后意义

目的探讨Claudin-3在胃腺癌组织中的表达及其临床病理学意义以及和预后的关系。方法应用组织芯片和免疫组化S-P法检测139例胃腺癌患者正常胃黏膜腺上皮/肠化生的胃腺上皮、黏膜层、肿瘤中心、侵袭前沿区及淋巴结转移灶纵向侵袭胃癌组织Claudin-3表达的动态变化,分析Claudin-3的定位及表达水平与胃癌的临床病理学特征、侵袭转移及预后关系。结果肠化生上皮Claudin-3中-强阳性表达率为100%(36/36),高于正常胃黏膜腺上皮(17.5%,18/103,χ2=78.12,P<0.05)。在胃癌组织中,Claudin-3的表达呈2种染色模式,肠型胃癌细胞Claudin-3定位于细胞膜,弥漫型胃癌细胞Claudin-3定位于细胞质,混合型胃癌细胞呈细胞膜和细胞质表达。从黏膜层、肿瘤中心、侵袭前沿及淋巴结转移灶胃癌组织,膜型染色的Claudin-3中-强阳性表达率分别为59.4%(61/88)、85.3%(75/88)、36.4%(32/88)、23.9%(21/88),呈先升后降的抛物线趋势,肿瘤中心区表达最高,淋巴结转移灶表达最低(χ2=110.83,P<0.05),而浆型染色的Claudin-3中-强阳性表达率分别为11.8%(6/51)、33.3%(17/51)、51.0%(26/51)、15.7%(8/51),呈逐渐升高的趋势,侵袭前沿区表达最高(χ2=31.32,P<0.05)。黏膜层胃癌细胞膜型Claudin-3高表达者的术后中位生存时间高于弱表达者(χ2=9.36,P<0.05)。结论胃腺癌Claudin-3的表达可能与胃癌细胞的组织学分型有关,在胃癌侵袭转移的不同部位呈异质性表达,黏膜层胃腺癌膜型Claudin-3的表达可作为胃癌患者潜在预后指标。     

miRNA-30b对抑制胃癌细胞增殖及侵袭的作用研究

目的研究miRNA-30b在胃癌癌组织中的表达水平及对癌细胞增殖侵袭的影响,探讨miRNA-30b在胃癌中的临床意义及可能的分子机制。方法实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）检测miRNA-30b在胃癌及癌旁组织中的表达情况;用miRNA-30b模拟物及抑制物转染人胃癌HGC-27细胞,CCK-8法检测细胞增殖的情况,Transwell 小室法检测细胞侵袭情况,Western blot 检测RAB22A 和USP47 蛋白表达。结果miRNA-30b在胃癌组织中表达水平低于对应癌旁组织（P <0.05）,且miRNA-30b 低表达与胃癌分期及肿瘤大小有关（P <0.05）;与转染阴性对照细胞比较,转染miRNA-30b模拟物的HGC-27细胞增殖水平和侵袭能力均受到抑制（P <0.05）,RAB22A和USP47 蛋白表达水平降低（P <0.05）;而转染miRNA-30b 抑制物的HGC-27细胞增殖水平和侵袭能力则增强（P <0.05）,RAB22A 和USP47 蛋白表达水平升高（P <0.05）。结论miRNA-30b 在胃癌组织中表达下调,且miRNA-30b 可能通过调节RAB22A 和USP47 的表达从而影响胃癌细胞的增殖及侵袭。     

miRNA-101在胃癌组织和细胞中的表达及对胃癌生物学行为的影响

目的:探讨miRNA-101在胃癌组织和细胞中的表达情况及对胃癌细胞生物学行为的影响.方法:应用实时荧光定量PCR法分析31例胃癌组织和癌旁组织样本以及人胃癌细胞系SGC-7901、MKN45、人正常胃黏膜上皮细胞系GES1中miRNA-101的表达水平;建立miRNA-101重组腺病毒载体感染胃癌细胞系SGC-7901、MKN45,对照组为感染阴性对照病毒的胃癌细胞系SGC-7901、MKN45,MTT法检测miRNA-101对胃癌细胞增殖能力的影响;Transwell小室法检测胃癌细胞的迁移和侵袭能力.结果:胃癌组织中miR-101表达水平明显低于癌旁组织(P<0.01);miR-101在细胞系SGC-7901和MKN45中的表达量明显低于人正常胃黏膜上皮细胞系GES1(P<0.01).孵育48 h后MKN45细胞miRNA-101组的细胞增殖能力低于其对照组(P<0.05);而孵育72 h后SGC-7901细胞和MKN45细胞的miRNA-101组细胞增殖能力均亦低于相应对照组(P<0.05).迁移试验结果显示,miRNA-101组迁移的胃癌细胞SGC-7901和MKN45的平均细胞数明显低于相应对照组(P<0.01);侵袭实验结果显示,miRNA-101组侵袭的胃癌细胞SGC-7901和MKN45的平均细胞数亦明显低于其对照组(P<0.01).结论:miRNA-101在胃癌组织和胃癌细胞系中表达下调,转染miRNA-101可明显降低SGC-7901和MKN45细胞的增殖、迁移、侵袭能力,miRNA-101可能参与了胃癌疾病的发生及发展.     

基因表达谱芯片在筛选胃腺癌相关基因中的应用

目的：应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因,并对这些基因的功能进行初步分析。方法：按一步法抽提胃腺癌和对照胃（正常）组织的RNA并纯化mRNA;将12800条人类基因PCR产物按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照胃和胃腺癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后扫描荧光信号图像,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果：在12800条基因中,胃腺癌与正常胃组织间存在差异表达的基因。在所检测的5例临床标本中均存在显差异表达的基因共27条（0．21％）,其中上调的11条（0．086％）,下调的16条（0．125％）,下调的基因中有2条为新基因。结论：微矩阵基因芯片在筛选胃腺癌发生相关基因的改变时、具有快速、高通量、高敏度等特点,胃腺癌基因差异表达谱的分析为胃癌的诊治提供了新的思路和线索。     

胰腺导管腺癌中microRNA-21与TGF-β1信号通路相关

目的：对胰腺导管腺癌样本进行基因分析,筛选与胰腺导管腺癌相关的microRNA(miRNA),并初步分析目标miRNA与胰腺癌转化生长因子-β1(TGF-β1)信号通路的相关性。方法：收集在海南省中医院住院的胰腺导管癌患者术前外周静脉血血清标本19份,健康体检人群的外周静脉血血清标本21份作为非胰腺导管癌对照组。利用GCBI(Gene-Cloud Biotechnology Information)数据平台筛选与胰腺导管腺癌样本有关的基因并对其进行生物信息学分析,将筛选出的基因作为研究对象,用real-time PCR和蛋白质印迹法验证该基因在胰腺导管腺癌中的表达。通过改变胰腺导管腺癌细胞中该基因的表达水平观察其与TGF-β1之间的关系。结果：通过聚类分析和基因功能富集分析筛选出miRNA-21为胰腺导管癌相关基因。MiRNA-21在胰腺导管腺癌患者体内高表达。在miRNA-21过表达的PANC-1细胞中,TGF-β1表达受到抑制;但当miRNA-21的表达受到抑制时,TGF-β1的表达明显上升。结论：MiRNA-21在胰腺导管腺癌患者体内高表达,可调控TGF-β1的表达,从而参与胰腺导管腺癌的发生发展。     

微小RNA-100在胃癌中的表达及临床意义

目的:探讨微小RNA-100(microRNA-100,miRNA-100)在胃癌患者组织中的表达及其与临床病理特征之间的关系.方法:提取50例胃癌及其癌旁非肿瘤组织标本的总RNA,采用TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测miRNA-100的表达量;并分析其与肿瘤分化程度、淋巴结转移等临床病理学特征的关系.结果:胃癌及配对癌旁非肿瘤组织中miRNA-100的相对表达量分别为1.31±0.69和0.74±0.36,差异有统计学意义(P<0.01).胃癌组织中miRNA-100的表达在年龄、性别、肿块大小、肿块位置、分化程度、淋巴结转移以及TNM分期中差异均无统计学意义(P>0.05).结论:miRNA-100在胃癌中的异常表达可能与胃癌的发生有关.     

胃癌组织中微RNA-34b/c和微RNA-124a基因的甲基化

目的 探讨DNA甲基化对微RNA(miRNA)表达的影响.方法 取2009年7至11月天津医科大学总医院新鲜活检标本胃癌组、对照组各40例.应用甲基化特异性PCR(MSP)方法检测组织中miRNA-34b/c和miRNA-124a基因启动子区甲基化.结果 miRNA-34b/c基因启动子区高甲基化阳性率在胃癌组及对照组胃黏膜中分别为77.5%(31/40)和5.0%(2/40),差异有统计学意义(P<0.05).miRNA-124a基因启动子区高甲基化阳性率在两组中分别为60.0%(24/40)和0,差异有统计学意义(P<0.05).miRNA基因启动子区高甲基化阳性率与胃癌临床病理特征有关.结论 胃癌组织存在miRNA-34b/c和miRNA-124a基因启动子区高甲基化,并可能在胃癌的发生发展中起重要作用.

Abstract：

Objective To explore the effects of DNA methylation of microRNA (miRNA) gene on their expressions in patients with gastric carcinoma.Methods A total of 80 subjects were divided into gastric carcinoma group(n=40)and control group(n=40).The DNA methylation status of miRNA-34b/c and miRNA-124a gene promoters was detected by DNA methylation specific polymerase chain reaction (MSP) in gastric carcinoma tissues and normal mucosal tissues.Results The positive rate of DNA methylation of miRNA-34b/c gene promoter was 77.5%(31/40)and 5.0%(2/40)in gastric carcinoma and control groups respectively.There was statistically significant difference between two groups (P<0.05). The positive rate of DNA methylation of miRNA-124a gene promoter was 60.0%(24/40)and 0 in these two groups respectively.There was statistically significant difference between two groups (P<0.05).Also the hypermethylation positivity of gene promoter of miRNAs was correlated with the clinicopathological features of gastric carcinoma.Conclusion The hypermethylation of miRNA-34b/c and miRNA-124a gene promoters may play a crucial role in the occurrence and development of gastric carcinoma.     

胃癌中miRNA-340的体内外增殖能力检测及生物信息分析

目的了解miRNA-340在胃癌发生中的可能机制,在线预测与其相互作用的circRNAs及其下游靶基因和参与的信号通 路。方法利用芯片筛选胃癌细胞株中差异表达miRNA;利用Real-time RT-PCR,检测miRNA-340在21对胃癌组织与癌旁正 常组织中的表达水平;利用MTT及EdU细胞增殖实验,检测miRNA-340对正常胃上皮细胞HFE145与胃癌细胞BGC-823的体 外增殖能力;利用裸鼠成瘤实验检测miRNA-340在体内成瘤的能力。随后,通过在线软件Targetscan、David数据库及Starbase 分别对miRNA-340 的下游的靶基因、相关信号通路及相互作用的circRNAs 进行生物信息分析。结果与正常胃上皮细胞 HFE145相比较,miRNA-340在胃癌细胞株中的表达水平显著下调;Real-time RT-PCR结果显示,miRNA-340在胃癌组织中的 表达明显低于正常粘膜组织（P<0.048）;体内体外实验表明miRNA-340对细胞的体外增殖能力具有一定的抑制作用;生物信息 分析显示,预测的miRNA-340相互作用的下游靶基因中,筛选出21个具有3个及以上的保守结合部位的靶基因,其中多个靶基 因均参与肿瘤的发生及侵袭;相互作用的circRNAs中筛选出分值前10个circRNAs作为与miRNA-340可能作用最强的sponge circRNAs。结论miRNA-340 在肿瘤发生发展中可能起到了抑癌基因的作用,对胃癌细胞的增殖具有一定的抑制作用; miRNA-340与多个circRNAs可能存在相互作用,共同调控下游靶基因参与胃癌的发生发展。