马拉色菌属RAPD基因分型与相关疾病的关系

目的 :探讨马拉色菌属在临床疾病中的意义。方法 :利用RAPD对临床分离株进行基因分型 ,建立马拉色菌属带型关系树状图 ,分析与相关疾病的对应关系。结果 :临床标本可分成 6类 ,其中 5类可进一步分为亚类。各类与疾病无明显的对应关系 ,但可得到具有临床意义的结果。结论 :RAPD作为研究马拉色菌属基因多态性的工具 ,马拉色菌属在相关疾病中存在多样性     

从马拉色菌毛囊炎患者皮损和非皮损区分离和鉴定马拉色菌

目的研究马拉色菌毛囊炎患者皮损区和非皮损区马拉色菌菌种的检出以及菌种的构成。方法采用菜子油培养基,根据菌落形态和生理生化特点进行菌种鉴定。结果从毛囊内共分离出326株马拉色菌,其中球形马拉色菌255株,占78.22%;合轴马拉色菌54株,占16.56%;糠秕马拉色菌17株,占5.22%。从皮损部位疹间皮肤皮屑分离马拉色菌298株,其中合轴马拉色菌221株,占74.16%;糠秕马拉色菌43株,占14.43%;球形马拉色菌30株,占10.07%;钝形马拉色菌4株,占1.34%。菌种检出率和菌种构成差异均有显著性(P<0.05和P<0.0001)。结论球形马拉色菌是马拉色菌毛囊炎的优势致病菌,正常皮肤则以合轴马拉色菌为主。     

口腔念珠菌的PCR ITS1-ITS2和RAPD基因分型

目的探讨对口腔念珠菌准确可靠的基因分型方法.方法 9株临床菌株经YBC Test Kit鉴定为7株白色念珠菌(简称白念),1株热带念珠菌,1株光滑念珠菌.分别采用PCR ITS1-ITS2和RAPD两种基因分型方法对其进行基因分型,并比较其结果.结果 PCR ITS1-ITS2方法将7株白念分为2型,将2株非白念准确鉴定为热带念珠菌和光滑念珠菌;用RAPD方法将7株白念分为6型,推测另外2株为非白念.结论两种分型方法对白念种内的分型结果不完全一致.PCR ITS1-ITS2分型法能准确地区分非白念.     

口腔念珠菌的PCR ITS1-ITS2和RAPD基因分型

目的探讨对口腔念珠菌准确可靠的基因分型方法。方法9株临床菌株经YBC Test Kit鉴定为7株白色念珠菌(简称白念)，1株热带念珠菌，1株光滑念珠菌。分别采用PCR ITS1-ITS2和RAPD两种基因分型方法对其进行基因分型，并比较其结果。结果PCR ITS1-ITS2方法将7株白念分为2型，将2株非白念准确鉴定为热带念珠菌和光滑念珠菌；用RAPD方法将7株白念分为6型，推测另外2株为非白念。结论两种分型方法对白念种内的分型结果不完全一致。PCR ITS1-ITS2分型法能准确地区分非白念。     

马拉色菌对三种唑类抗真菌药的体外药敏试验

目的:探讨马拉色菌标准株和临床分离株对酮康唑、伊曲康唑和氟康唑的体外敏感性.方法:用生理生化及形态学方法对临床分离的马拉色菌菌株进行菌种鉴定.参照美国临床实验室标准委员会(NCCLS)制订的M27-A方案中酵母菌微量稀释法,检测7种马拉色菌标准株和42株临床分离株对酮康唑、伊曲康唑和氟康唑的最小抑菌浓度(MIC).结果:42株马拉色菌临床分离株包括5个种,分别是合轴马拉色菌、糠秕马拉色菌、钝形马拉色菌、球形马拉色菌、限制性马拉色菌.用M27-A方案中酵母菌微量稀释法测定3种唑类抗真菌药对7种马拉色菌标准株和42株临床分离株的敏感性由高到低分别为:伊曲康唑、酮康唑、氟康唑.结论:马拉色菌属的各菌种对酮康唑、伊曲康唑和氟康唑的敏感性存在差异;M27-A方案中酵母菌微量稀释法可用于马拉色菌的体外药敏试验.     

花斑癣患者皮屑中马拉色菌的巢式PCR法分析

目的　用巢式 PCR法检测马拉色菌特异的 DNA从而快速准确的检测并鉴定马拉色菌的各菌种 ,并应用于花斑癣 (Pityriasis Versicolor,PV)患者皮屑中马拉色菌携带情况中的研究。方法　从 PV患者的皮屑中提取马拉色菌的 DNA,以马拉色菌属 r RNA内转录间隔区设计属的引物和各个种的特异性引物分别进行巢式多聚酶链反应 (nest-PCR) ,检测 10 5例 PV患者皮屑中的马拉色菌的目的 DNA片断。结果　 10 5例 PV患者共检测到 5例种的共 32 1株马拉色菌的 DNA。每例患者平均检测到约 3种马拉色菌的 DNA。各种马拉色菌的检出率依次为 :球形马拉色菌 80 .0 % ,限制马拉色菌 81.9% ,合轴马拉色菌 77.1% ,糠秕马拉色菌 4 1.9% ,钝形马拉色菌 15 .2 %。未检测到厚皮马拉色菌和斯洛菲马拉色菌。结论　 PV皮屑中存在多种马拉色菌 ,球形马拉色菌、合轴马拉色菌和限制马拉色菌是 PV患者皮损处的主要马拉色菌种     

油基法蓖麻油试验鉴定马拉色菌的研究

目的 探讨用油基法蓖麻油试验鉴定马拉色菌.方法 制作含不同浓度蓖麻油的沙堡弱液体培养基(SDB),将糠秕马拉色菌菌悬液加入其中,37℃振荡培养.在第4、6、8、10、12d分别对各培养液中生长的马拉色菌孢子数计数,确定适于糠秕马拉色菌生长的蓖麻油最佳浓度.将11种马拉色菌标准株接种在含此浓度蓖麻油的沙堡弱培养基琼脂(SDA)上,观察菌落的生长情况.以传统方法作11种马拉色菌标准株的蓖麻油试验.观察比较两种试验方法及结果.结果 糠秕马拉色菌在含4%蓖麻油的SDB中生长最多(P<0.05).在含4%蓖麻油SDA上,11种马拉色菌标准株生长情况与传统方法实验结果一致.油基法操作简便且所需试剂及菌量明显少于传统方法.结论 油基法蓖麻油试验实验结果与传统方法一致,可提高鉴定马拉色菌的效率和经济性.     

随机引物扩增多态性DNA技术在大肠埃希菌分型中的应用

目的：应用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术分析大肠埃希菌DNA多态性，并对其进行分型，观察敏感株、耐药株基因型之间的关系。方法：利用蛋白酶K、酚—氯仿抽提DNA模板，应用一对随机引物建立RAPD的检测分析方法，并对12株敏感型、15株耐药型(ESBLs)大肠埃希菌进行基因分析。结果：12株敏感型有8种基因型；15株耐药型中有12种基因型。27株大肠埃希菌在250bp处有共同条带；15株耐药型在1200bp处有共同条带，而敏感型则没有。结论：大肠埃希菌属间有特异性共同条带；耐药菌株中存在共同的特异性条带，与耐药性有关。因此，大肠埃希菌对β-内酰胺类耐药，可利用RAPD基因分型技术进行鉴定。     

肺炎克雷伯菌基因分型与药敏结果分析

目的对肺炎克雷伯菌各型菌株的耐药现状进行流行病学研究。方法采用改进的随机引物扩增多态性DNA分型法(RAPD)基因分型技术,对分离自门诊和住院患者的48株肺炎克雷伯菌进行基因分型,同时对菌株进行12种抗生素敏感试验。结果48株肺炎克雷伯菌41株有稳定的RAPD带型,共分16型,同型菌株药敏结果基本相同。结论该院呼吸科R ICU存在肺炎克雷伯菌的小流行;合理使用抗生素,加强重点病区的消毒隔离措施,是控制医院感染流行的重要措施。     

申克孢子丝菌的随机扩增DNA指纹分型

目的：对申克孢子丝菌进行基因分型研究,探索申克孢子丝菌的基因分型标准。方法：用光镜对2株标准株,4株环境分离株和24株临床分离菌株进行形态特征观察,再用随机扩增DNA指纹方法(RAPD)对DNA进行PCR扩增,根据扩增产物的电泳带型来分析DNA多态性。结果：30株菌株镜下可见2种形态结构;30株申克孢子丝菌的DNA指纹带型不同;多引物聚类分析表明,3条引物可将30株不同地区来源申克孢子丝菌分作11个型。结论：(1)在我国申克孢子丝菌中存在2种不同的形态结构。(2)申克孢子丝菌中存在不同的基因型。(3)RAPD法用于申克孢子丝菌菌株鉴定是一种快速、方便、可行的方法。     

RAPD分子标记技术和ITS同源性分析比较不同生态环境来源的钝顶螺旋藻的遗传多样性

目的：比较来自不同生态环境、不同地理位置及不同形态和不同生理生化特性的六株钝顶螺旋藻的系统进化关系和遗传多样性,试图从DNA水平探讨它们长期在不同的生存环境作用下遗传进化关系和种质资源的多样性,为螺旋藻种间系统发育关系的研究及正确地进行种间分类提供参考.方法：用RAPD分子标记技术和ITS序列对六株不同来源螺旋藻进行扩增,利用PopGen32、MEGA 5.0等软件分析其遗传多样性,构建系统发育树并进行进化地位的比较.结果：RAPD结果显示,不同来源的六株螺旋藻分为两大枝,FACHB-HY独为一枝与其他五株亲缘关系最远.Spi-wz、FACHB-350、FACHB-793、FACHB-904和FACHB-834聚为一枝,而FACHB-834与其他四株的关系较远,Spi-wz和FACHB-904、FACHB-793和FACHB-350亲缘关系最近,ITS基因的同源性比较结果与RAPD分子标记的结果一致.结论：来自不同生态环境的螺旋藻株在长期的进化地位和系统发育关系上存在有差异,表现出遗传多样性和种资资源的多样性.RAPD分子标记和ITS序列同源性聚类结果相一致.     

利用RAPD分析13种石斛属植物的遗传多样性和亲缘关系

目的通过对13种石斛属植物进行遗传多样性和亲缘关系分析,为更好地开发利用石斛资源奠定基础。方法随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析遗传多样性,U PGM A类平均法进行聚类分析。结果利用筛选出的10个随机引物对供试材料DNA进行随机扩增,共得到188条带,其中多态性带有180条,多态性百分率为95.74%。采用U PGM A类平均法对扩增出的谱带进行遗传聚类分析,得出反映各种间亲缘关系的树状图。在遗传距离(D)=0.63处,可将供试材料分为3类,RAPD对基因组的分析结果与传统分类学的结果差异不大。结论该标记技术对石斛属植物的遗传多样性和分类研究是可行的。     

石斛属几种植物遗传关系的SRAP和RAPD 比较分析

目的 利用 SRAP 和 RAPD 两种分子标记技术对9份石斛种质进行遗传多样性研究。方法 用 40 对 SRAP 引物组合和 36 个 RAPD 引物分别对供试石斛的基因组 DNA 进行扩增。结果 SRAP 引物组合共扩增条带 1 977 条,多态性比率为 90.2%,遗传相似系数 GS 值变化范围为 0.330 2～0.789 2。RAPD 引物共扩增出 281 条带,多态性比率为 87.1%,GS 值变化范围为 0.494 2～0.773 1。利用两种标记得到的聚类结果存在一定的差异,SRAP 聚类结果与传统的基于形态特征建立的分类结果比较一致,较好地体现了供试品种的亲缘关系、地域特性。在 9 个石斛供试种间,SRAP 的标记指数 MI 值 (16.46) 是 RAPD 标记 MI 值 (3.67) 的 4.5 倍,表明 SRAP 具有更大的标记效率。结论 两种标记皆可有效应用于该属植物种质资源的遗传多样性分析。而 SRAP 标记在石斛的遗传多样性与亲缘关系的研究中,则表现出了极大的优越性。     

正品龙胆遗传多样性的RAPD及ISSR分析

目的用RAPD和ISSR方法分析了4种正品龙胆的亲缘关系及遗传多样性，为正品龙胆的品种鉴定及栽培育种提供了分子生物学依据。方法优化RAPD及ISSR的PCR反应体系，对产物琼脂糖凝胶电泳结果进行数据统计。结果从100个RAPD引物和32个ISSR引物中分别筛选出10个RAPD引物和4个ISSR引物。通过遗传距离系数UPGMA聚类法分析数据，构建类聚关系树系图。结论RAPD及ISSR的PCR反应体系可以获得理想的实验结果，适用于龙胆品种遗传多样性及亲缘关系的分析。     

Clinical isolates of Mycobacterium abscessus in Guangzhou area most possibly from the environmental infection showed variable susceptibility

Background Mycobacterium abscessus (M.abscessus) can cause a variety of human infections,involving the lung,skin and soft tissues,and is generally believed to be acquired from environmental sources.The aim of this study was to investigate the molecular diversity and antibiotic susceptibility of M.abscessus isolates as the basis for strategies to improve control and management of infection.Methods Seventy M.abscessus isolates from patients attending the Guangzhou Thoracic Hospital were identified from 2003 to 2005 by biochemical tests,gas chromatography,polymerase chain reaction (PCR)-restriction analysis (PRA) of heat shock protein gene hsp65,and sequencing of the quinolone resistance determining regions (QRDRs) of gyrA.Susceptibilities to six antibiotics were determined by micro-broth dilution.Isolates were genotyped using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis.Results Most isolates (63/70; 90％) were susceptible to amikacin but rates of susceptibility to other antibiotics varied from moderate,clarithromycin (60％) and imipenem (43％),to low for ciprofloxacin and ofloxacin (3％),and 87％ of isolates had intermediate susceptibility to cefoxitin.RAPD analysis showed that the 70 clinical isolates displayed 69 unique RAPD patterns.Conclusions The high genetic diversity of isolates suggests that they are not transmitted from person to person but,presumably,are acquired independently from environmental sources.M.abscessus isolates displayed variable levels of susceptibility to all antibiotics tested,other than amikacin,indicating a need for routine susceptibility testing to guide treatment.     

石蒜属植物遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较研究

目的研究石蒜属4种植物的种间亲缘关系和同一种内不同采集地材料的遗传多样性,为其种质资源评价和合理开发利用提供分子佐证。方法用ISSR和RAPD标记分别对不同采集地的37份石蒜属植物(石蒜18份、中国石蒜10份、换锦花5份、忽地笑4份)的基因组DNA的遗传多样性进行检测。结果(1)16条ISSR和17条RAPD引物分别扩增出229和215条带,多态比率分别为85.59%和69.77%,显然,ISSR检测出的多态性条带的能力优于RAPD;(2)ISSR和RAPD标记检测同组供试材料种间或种内的Nei′s遗传相似系数范围分别为0.5459～0.9345,0.6419～1.0000,平均为0.6836,0.7428。两者相关系数r=0.8582,达极显著水平。(3)ISSR和RAPD标记的分子聚类结果相近,两种标记均能准确地把不同来源的材料先按种聚类,种间的分子分类结果与传统经典分类相符;种内不同采集地材料间存在一定的遗传差异,其遗传多样性较为丰富。(4)用POPGENE3.2分析的种间基因分化系数(Gst)与用AMOVA进行的遗传变异巢式方差分析所得结果基本一致。结论两种标记均可用于石蒜属植物种间亲缘关系与种内的遗传多样性研究,虽然ISSR标记在种间遗传多样性检测上分辨力较RAPD标记低,但ISSR标记能检测到更高的种内遗传差异性,更适合种下水平的遗传多样性研究。     

Genetic diversity analysis of Penicillium marneffei isolated from AIDS patients in Guangdong, China using randomly amplified polymorphic DNA

Background  Penicillium marneffei (P. marneffei) is an emerging pathogenic fungus that can cause invasive mycosis in patients with AIDS. The epidemiological features of P. marneffei infection in AIDS patients in Guangdong province remain unclear so far. This study aimed to investigate the genetic diversity within a population of 163 P. marneffei isolates obtained from AIDS patients and search for the dominant clinical strains in Guangdong province.

Methods  One hundred and sixty-three P. marneffei isolates obtained from AIDS patients in Guangdong province during January 2004 and December 2009 were studied by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) using two random primers (H2 and H22). The degree of similarity between samples was calculated through similarity coefficients from RAPD fragment data and the dendrogram was assessed using the unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA).

Results  Two primers showed a high degree of discrimination and good stability. Primer H2 yielded eight different patterns (H2-1 to H2-8) among 163 isolates with the discriminatory power being 0.413. Primer H22 identified seven types (H22-1 to H22-7) among 163 isolates with the discriminatory power being 0.467. Genetic similarity coefficients based on RAPD data among 163 P. marneffei isolates ranged from 0.681 to 0.957, 61.96% of which were no less than 0.83. The discriminatory power of the two primers was 0.524. One hundred and sixty-three P. marneffei isolates were clustered into nine distinct groups (groups I to IX) at the similarity coefficient value of 0.83 and group I was the most common, including 101 strains (61.96%).

Conclusion  The RAPD analyses could provide important information as to the degree of genetic diversity and the relationship among clinical P. marneffei isolates, revealing genetic polymorphism and dominant strains.