差异表达miRNA在胰腺癌预后判断中的价值

目的：分析胰腺癌组织和正常组织差异表达的miRNA,筛选与胰腺癌预后相关的生物标志。方法：下载并整理基因芯片表达汇编数据库（GEO）中GSE32678和GSE71533芯片数据集原始数据,应用R语言筛选差异表达miRNA,结合GSE24279数据集,获得差异表达的miRNA并取交集。应用生物信息学分析工具对交集miRNA进行靶基因预测,进而对靶基因进行功能分析,构建蛋白互作网络（PPI）、miRNA-mRNA调控网络、miRNA-mRNA-pathway调控网络,结合肿瘤基因组图谱数据库（TCGA）中胰腺癌样本的miRNA表达及预后数据,筛选出胰腺癌预后相关标志物。结果：共筛选出胰腺癌组织和正常组织22个交集miRNA,其中hsa-miR-30a-5p、hsa-miR-551a、hsa-miR-375与胰腺癌患者的生存预后密切相关。hsa-miR-125b-5p、hsa-miR-221-3p、hsamiR-31-5p、hsa-miR-222-3p、hsa-miR-10a-5p是miRNA-mRNA调控网络中的核心miRNA。结论：通过对GEO和TCGA数据库胰腺癌相关数据的分析发现hsa-miR-30a-5p、hsa-miR-551a、hsa-miR-375显著影响胰腺癌患者的预后,可以作为判断预后的标志。     

血浆外泌体miR-423-5p在前列腺癌骨转移患者中的差异表达分析

目的:研究血浆外泌体来源microRNA（miRNA）,作为前列腺癌骨转移的潜在标志物。方法:选取3例初诊为前列腺癌骨转移患者和3例局限性前列腺癌患者,收集患者外周静脉血10 mL,使用超速离心法及透射电子显微镜对血浆外泌体提取和鉴定。应用高通量测序分析血浆外泌体miRNA的差异表达谱。通过基因数据库GEO和已发表文章对差异miRNA筛选,选取测序结果中差异表达miRNAs,对7例局限性前列腺癌患者和10例前列腺癌骨转移患者的血浆外泌体进行qRT-PCR验证,同时结合GEO数据库样本进行验证。结果:高通量测序结果显示,从患者外周血浆外泌体中平均检测到740种miRNAs,通过R软件计算差异miRNA,得出61种差异miRNA;与对照组相比,hsa-miR-885-5p、hsa-miR-1255a、hsa-miR-122-5p、hsa-miR-141-3p、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-1224-5p等在骨转移组中差异表达,通过靶基因功能及数据库表达选取miRNA进行PCR验证,发现hsa-miR-423-5p表达差异具有统计学意义（P=0.033）。通过数据库对60例局限性前列腺癌患者和40例骨转移患者统计发现,hsa-miR-423-5p在前列腺癌骨转移中显著下调（P=0.001<0.05）。结论:血浆外泌体来源miR-423-5p在前列腺癌骨转移中显著下调,有望成为前列腺癌骨转移患者中新的标志物。     

miR-196a-5p在食管鳞状细胞癌中表达及靶基因预测的生物信息学分析

目的:探讨hsa-miR-196a-5p在食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma,ESCC）发生发展过程中的作用,并对其生物学特征及表型功能进行预测分析,为最终研究miR-196a-5p的功能提供有利线索。方法:通过Quantitative Real-time PCR方法,检测食管鳞状细胞癌患者肿瘤组织和癌旁正常组织中miR-196a-5p相对表达水平。使用Target Scan、MIRDB、miRand和Tarbase DIANA TOOLS 7.0四种在线软件预测miR-196a-5p的靶向调控基因集合,将4个预测集合利用在线软件VENNY2.1取交集,最终确定miR-196a-5p的靶基因集合范围。在线数据库string可以完成对所预测的靶基因编码蛋白质之间相互关系的预测。最后通过使用在线数据库metascape对hsa-miR-196a-5p预测的靶基因集合进行基于GO、KEGG数据库的功能注释分类分析和通路富集分析。结果:miR-196a-5p序列号为MIMAT0000226,定位于人12q13.13。与斑马鱼、七鳃鳗、鸭嘴兽、褐家鼠、家兔、野猪等物种的miR-196a-5p在UAGGUAGUUUCAUGU UGUUGGG区域高度保守。32对食管鳞状细胞癌肿瘤组织中miR-196a-5p的表达量显著高于对应的癌旁正常对照组织,与前期Agilent Human miRNA基因芯片结果保持一致。生物信息学方法预测的最终靶基因有48个,且其编码蛋白质之间关系网络集中在以HOXA7、HOXA5和HOXA9为核心的HOX家族和EXOC基因簇。miR-196a-5p靶基因功能集中在胚胎和器官形态发生、骨骼系统开发、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、基因表达/转录的正调控,以及参与转录因子活性调节等方面。主要参与的信号通路有促性腺激素释放激素、Ras、FoxO信号通路、AGE-RAGE信号通路、胰岛素信号通路和肿瘤转录失调通路（P<0.01）等。miR-196a-5p在ESCC肿瘤组织中显著高表达,而TGFBR3基因与miR-196a-5p出现相反的表达方式,我们推测TGFBR3可能是ESCC中miR-196a-5p的一个靶基因。结论:miR-196a-5p在食管鳞状细胞癌中是高表达状态,提示miR-196a-5p可以作为癌症促进子参与食管癌的发生发展。     

miRNA在有无淋巴结转移结肠癌中的表达

[目的]分析miRNA在有无淋巴结转移的结肠癌中的差异表达,筛选出与结肠癌淋巴结转移有关miRNA。[方法]选取6例结肠癌患者的冰冻组织标本,其中3例有淋巴结转移,3例无淋巴结转移。提取肿瘤组织标本的miRNAs,采用微阵列法分析有无淋巴结转移结肠癌的miRNAs表达谱。为验证微阵列表达谱的结果,选择miR-142-3p做qRT-PCR。[结果]有淋巴结转移结肠癌与无淋巴结转移的结肠癌相比,上调表达的miRNA有4个,为miR-21＊,miR-212,miR-33b＊和miR-886-3p;下调表达的miRNA有3个,为miR-142-3p,miR-142-5p和miR-362-5p。qRT-PCR结果显示miR-142-3p在有淋巴结转移的结肠癌组织中表达明显下降,与miRNAs微阵列检测结果一致。[结论]有无淋巴结转移的结肠癌具有不同的miRNAs表达谱。     

Hsa-miR-98-5p/DKK3信号轴对乳腺癌细胞生物学行为的影响

背景与目的：乳腺癌威胁着全世界女性的健康。虽然已发现大量微小RNA（microRNA,miRNA）在乳腺癌中异常表达,但仍需要构建一个完整的miRNA-信使RNA（messenger RNA,mRNA）网络。方法：利用癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库下载乳腺癌相关数据集,分析肿瘤组织与正常组织之间差异表达的miRNA。利用miRDB、miRTarBase和StarBase数据库分析差异miRNA靶向的基因。使用R语言中的ClusterProfiler包对靶基因进行富集分析。使用String数据库联合Cytoscape 3.6.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络分析及Hub基因的筛选;构建miRNA-Hub mRNA调控网络确定研究信号轴,然后通过细胞实验进行验证。结果：采用TCGA数据集识别出两个差异miRNAs。3个数据库取交集预测得到278个靶基因。共鉴定出10个Hub基因,从构建的miRNA-Hub基因网络图中发现,hsa-miR-98-5p/DKK3轴可能在乳腺癌的进展中起关键作用。细胞功能学实验证实hsa-miR-98-5p可抑制细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。双荧光素酶报告基因实验进一步验证了hsa-miR-98-5p与DKK3的结合作用。结论：本研究首先通过生物信息学分析鉴定出一个与乳腺癌进展相关的hsa-miR-98-5p/DKK3轴,初步证实hsa-miR-98-5p可通过靶向DKK3抑制乳腺癌细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。     

miR-135b-5p靶向CMTM3调节胃癌细胞的增殖、侵袭和迁移能力

目的:探究miR-135b-5p通过靶向CMTM3基因调节胃癌细胞的增殖、侵袭和迁移能力。方法:采用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测胃癌组织和细胞系中CMTM3和miR-135b-5p的表达水平。利用慢性病毒转染技术将miR-135b-5p inhibitor转染至胃癌细胞，RT-qPCR检测转染效率；CCK-8比色法和Transwell实验检测转染后细胞的增殖、侵袭和迁移能力；Western blotting 检测转染后细胞中CMTM3蛋白表达水平。利用生物信息学网站预测miR-135b-5p潜在靶基因CMTM3，利用荧光素酶实验进行验证。结果:RT-qPCR检测结果表明，miR-135b-5p在胃癌组织和胃癌细胞株中呈现高表达，CMTM3在胃癌组织中呈现低表达（P<0.01）。RT-qPCR检测转染效率,结果显示，转染miR-135b-5p inhibitor敲低了miR-135b-5p的表达水平（P<0.001）；CCK-8和Transwell实验结果表明，敲低miR-135b-5p后抑制了胃癌细胞的增殖、侵袭和迁移能力（P<0.01），Western blotting实验结果表明，敲低miR-135b-5p促进了CMTM3蛋白的表达。生物信息学网站预测CMTM3为miR-135b-5p的潜在靶基因，荧光素酶实验证实了miR-135b-5p直接靶向胃癌细胞中CMTM3基因（P<0.01）。结论:miR-135b-5p作为重要的调节因子，反向调节抑癌靶基因CMTM3，从而促进胃癌细胞的增殖、侵袭和迁移能力。     

卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药和化疗敏感组织中的miRNAs差异表达谱检测及生物信息学分析

目的:寻找卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药及化疗敏感组织中microRNA的差异表达,为研究上皮性卵巢癌化疗耐药产生的分子机制及逆转其化疗耐药提供理论基础和依据.方法:首先,应用microRNA表达谱基因芯片寻找卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药及化疗敏感组织中差异表达的microRNAs;其次,选取部分差异表达的microRNAs应用RT-PCR实验检测技术在扩大的组织样本中进行验证;最后,运用生物信息学技术对符合要求的microRNAs进行相关生物信息学分析.结果:在microRNA表达谱基因芯片中筛选出与卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药相关的miR-27a-3p、miR-141-3p、miR-200b-3p等17个表达上调的miRNAs和miR-93-3p、 miR-497-5p、miR-675-3p等15个表达下调的miRNAs.上调miRNAs预测的靶基因GO(BP模块)分析结果显示凋亡信号通路、Notch信号通路和凋亡过程,KEGG Pathway分析结果显示Wnt信号通路、PI3K-Akt信号通路和ErbB信号通路可能与化疗耐药存在相关性.下调miRNAs预测的靶基因GO(BP模块)分析结果显示负调控凋亡过程、Wnt信号通路生物学过程,KEGG Pathway分析结果显示PI3K-Akt信号通路、细胞循环可能与化疗耐药存在相关性.结论:MicroRNA表达谱基因芯片及生物信息学技术能为研究上皮性卵巢癌化疗耐药产生机制提供新的思路.miR-27a-3p、miR-141-3p、miR-200b-3p、miR-93-3p、miR--p、miR--p可能分别通过调控靶基因PRKCB、MAPK、PAK、PRKAA、CCNE、IGFR参与卵巢浆液性囊腺癌化疗耐药.     

PM2.5染毒HBE细胞前后差异表达的microRNAs及其生物信息学分析

目的：采用microRNA（miRNA）测序和生物信息学方法，分析大气细颗粒物（PM_2.5）染毒人支气管上皮HBE细胞前后差异表达的miRNAs，预测差异miRNAs的生物学功能和信号转导途径。方法：用50 μg/mL的PM_2.5混悬液染毒HBE细胞，以未染毒组作为对照组，处理24 h后提取总RNA样品，Small RNA样品预处理试剂盒构建文库，并利用illumina HiSeq^TM 2500/MiSeq测序平台进行高通量测序。以调整后P < 0.05的筛选标准得到差异miRNAs，使用miRanda和RNAhybrid两个软件共同预测差异miRNAs的靶基因并进行GO和KEGG功能富集分析，利用STRING数据库和Cytoscape软件对miRNAs和靶基因及靶基因之间的相互作用关系进行可视化分析。结果：高通量测序方法共检测到PM_2.5染毒前后的包含1 137个miRNAs的表达谱，27个为差异表达的miRNAs，其中7个上调，20个下调。GO和KEGG富集分析发现，这些差异miRNAs主要参与细胞代谢、酶活性调节等生物学过程，聚集于胞内如细胞质、细胞器等，涉及代谢途径、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路等与细胞增殖、分化、凋亡及癌症发生等相关的重要信号通路。此外，通过构建相互作用网络图，鉴定了miR-371b-3p、miR-371a-5p、miR-27a-3p、miR-7-5p、miR-372-3p等相互作用数量前11位的核心miRNAs，以及3个核心靶基因（VEGFA、MAPK3、CCR5）。结论：PM_2.5染毒HBE细胞后引起了27个miRNAs的差异表达，涉及PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路及MAPK信号通路等与癌症发生发展相关的重要信号通路，其中筛选了11个核心miRNAs和3个核心基因，为深入研究PM_2.5致癌毒理作用机制提供了实验依据。     

miR-10a-5p基因甲基化对卵巢癌铂类耐药的影响

目的 卵巢癌是死亡率最高的妇科肿瘤,较强的化疗耐药性是其预后差的主要原因之一,为了阐明卵巢癌对铂类药物的耐药机制,本研究探讨miRNA基因的甲基化水平对卵巢癌铂类耐药的影响.方法 将卵巢癌组织分为敏感组和耐药组,每组各3例;采用基因芯片技术,对比分析了两组微RNA(microRNA,miRNA)的表达差异;采用实时荧光定量PCR,分别在6例敏感和3例耐药组织、铂类药物敏感(CoC1)和耐药的卵巢癌细胞系(CoC1/DDP),检测了候选miRNA的表达差异;应用Massarray技术,检测敏感组织(15例)与耐药组织(6例)中miRNA基因启动子的甲基化差异;应用生物信息学分析,鉴定目标miRNA的潜在靶基因.结果 以铂类药物敏感的卵巢癌组织样本为对照,利用基因芯片筛选,鉴定了6条在耐药组织样本中出现表达上调的miRNA(miR-493-3p、miR-10a-5 p、miR-16-2-3p、miR-1248、miR-451a、miR-628-3p)和6条表达下调的miRNA(miR-509-3p、miR-1197、miR-376a-3p、miR-1273a、miR-550a-3p、miR-19b-3p).组织验证发现,miR-509-3p、miR-493-3p、miR-10a-5p、miR-16-2-3p和miR-451a,与芯片结果一致;培养细胞研究发现,4条miRNA的表达调控方式与组织芯片结果一致,miR-10a-5p、miR-16-2-3p、miR-1248和miR-628-3p在耐药细胞系中高表达.进一步研究发现,与敏感肿瘤组织相比,耐药组织中miR-10a-5p基因启动子的甲基化水平出现显著降低,P=0.04.结合生物信息学预测HOXA1和USF2为miR-10a-5p与耐药相关的靶基因.结论 与敏感组相比,耐药组miR-10a-5p基因启动子甲基化水平显著降低,miR-10a-5p表达升高,通过抑制 HOXA1和USF2,抑制细胞凋亡,导致铂类化疗药物耐受.     

PM2.5染毒HBE细胞前后差异表达的microRNAs及其生物信息学分析

目的：采用microRNA（miRNA）测序和生物信息学方法，分析大气细颗粒物（PM_2.5）染毒人支气管上皮HBE细胞前后差异表达的miRNAs，预测差异miRNAs的生物学功能和信号转导途径。方法：用50 μg/mL的PM_2.5混悬液染毒HBE细胞，以未染毒组作为对照组，处理24 h后提取总RNA样品，Small RNA样品预处理试剂盒构建文库，并利用illumina HiSeq^TM 2500/MiSeq测序平台进行高通量测序。以调整后P < 0.05的筛选标准得到差异miRNAs，使用miRanda和RNAhybrid两个软件共同预测差异miRNAs的靶基因并进行GO和KEGG功能富集分析，利用STRING数据库和Cytoscape软件对miRNAs和靶基因及靶基因之间的相互作用关系进行可视化分析。结果：高通量测序方法共检测到PM_2.5染毒前后的包含1 137个miRNAs的表达谱，27个为差异表达的miRNAs，其中7个上调，20个下调。GO和KEGG富集分析发现，这些差异miRNAs主要参与细胞代谢、酶活性调节等生物学过程，聚集于胞内如细胞质、细胞器等，涉及代谢途径、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路等与细胞增殖、分化、凋亡及癌症发生等相关的重要信号通路。此外，通过构建相互作用网络图，鉴定了miR-371b-3p、miR-371a-5p、miR-27a-3p、miR-7-5p、miR-372-3p等相互作用数量前11位的核心miRNAs，以及3个核心靶基因（VEGFA、MAPK3、CCR5）。结论：PM_2.5染毒HBE细胞后引起了27个miRNAs的差异表达，涉及PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路及MAPK信号通路等与癌症发生发展相关的重要信号通路，其中筛选了11个核心miRNAs和3个核心基因，为深入研究PM_2.5致癌毒理作用机制提供了实验依据。     

骨肉瘤miRNA的研究进展

骨肉瘤是一种起源于间叶组织的原发性恶性骨肿瘤,好发于青少年,发病率约为百万分之三[1],恶性度高,早期易转移,对化疗易产生耐受性,预后差.目前研究证实肿瘤实质上是一种基因疾病[2],肿瘤的发生发展涉及多个基因的改变,包括正常基因的突变或缺失、癌基因的异常扩增和表达以及多个调节基因的协同作用,加之基因本身多效性和机体免疫因素,最终决定肿瘤表型的表达与否[3].     

Hsa-miR-124-3p靶向下调CD151蛋白表达机制的研究

目的通过构建不同hsa-miR-124-3p表达载体后对其进行靶点验证分析,研究hsa-miR-124-3p调控CD151蛋白表达的过程,探讨hsa-miR-124-3p在胃癌发生与发展中的重要作用。方法利用脂质体载体转染技术对MGC803胃癌细胞株进行转染,建立高、中（对照组）、低3组不同hsa-miR-124-3p表达量MGC803细胞模型,通过实时荧光定量PCR检测三组细胞hsa-miR-124-3p表达水平,蛋白质印迹法检测3组细胞CD151蛋白表达水平,研究不同hsa-miR-124-3p表达水平对CD151蛋白表达的影响;利用PCR、突变PCR、质粒构建技术及转染技术构建CD151基因野生及突变细胞表达载体,采用pmiR-RB-REPORT^TM双荧光素酶报告实验对两组细胞进行靶点验证实验,分析hsa-miR-124-3p是否对CD151基因3′URT存在的作用位点。结果利用转染技术构建3组不同hsa-miR-124-3p表达量的MGC803细胞模型中,高表达组细胞hsa-miR-124-3p的相对表达量为71.700±11.157,对照组（中等表达组）为49.905±9.956,低表达组为6.932±3.351,3组间差异有统计学意义,F=83.255,P〈0.001;3组细胞模型中,hsa-miR-124-3p高表达组细胞CD151蛋白相对表达量为19.825±12.144,中等表达组为42.824±1.108,低表达组为73.810±10.115,3组间差异有统计学意义,F=49.567,P〈0.05;3组不同hsa-miR-124-3p表达量的MGC803细胞模型中,hsa-miR-124-3p的表达水平与CD151蛋白相对表达水平呈负相关,r=-0.843,P〈0.05;成功构建CD151野生及突变载体,pmiR-RB-REPORT^TM双荧光素酶报告实验结果显示,野生型或突变型载体相对荧光值为0.87±0.05和1.03±0.06,差异未达30%以上,提示hsa-miR-124-3p对CD151基因的3′UTR不存在明显的调控作用。结论在胃癌细胞中,hsa-miR-124-3p能下调CD151蛋白的表达,但与CD151基因mRNA的3′UTR结合不明显,提示Hsa-miR-124-3p可能通过对CD151基因5′UTR区域进行调控,从而在胃癌的发生与发展过程扮演重要角色。     

Loss of has-miR-337-3p expression is associated with lymph node metastasis of human gastric cancer

Background

Metastasis is the major cause of cancer-related death in patients with gastric cancer, and aberrant expression of various microRNAs (miRNAs) is associated with cancer metastasis.

Methods

Profiling of differentially expressed miRNAs was performed in three cases of primary gastric cancer and the corresponding metastatic lymph node tissues. Then, the five most altered miRNAs were further verified in 16 paired samples. Two of these five miRNAs were further assessed for their effects on the regulation of gastric cancer cell growth and invasion.

Results

The miRNA profile data showed 151 upregulated miRNAs (≥ 1.5-fold) and 285 downregulated miRNAs (≤ 0.67-fold) in the metastatic tissues compared to the primary gastric cancer tissues. Among these five miRNAs (i.e., hsa-miR-508-5p, hsa-miR-30c, hsa-miR-337-3p, hsa-miR-483-5p, and hsa-miR-134), expression of hsa-miR-337-3p and hsa-miR-134 was significantly downregulated in these 16 lymph node metastatic tissues compared to their primary tumor tissues (P<0.05) and in nine gastric cancer cell lines compared to the nonmalignant GES cell line. Furthermore, induction of hsa-miR-134 or hsa-miR-337-3p expression did not dramatically affect gastric cancer cell proliferation, but transfection of the hsa-miR-337-3p mimic did reduce gastric cancer cell invasion capacity.

Conclusions

These findings indicate that hsa-miR-337-3p plays a role in the reduction of gastric cancer cell invasion capacity, and further studies on the mechanism of hsa-miR-337-3p in gastric cancer metastasis are warranted.     

miR-338基因簇与食管癌发病风险的病例对照研究

目的: 探讨miR-338基因簇在食管癌组织中的表达模式及其与食管癌发病风险的关系。方法: 选取86例经病理确诊的食管癌患者,分别提取食管癌和癌旁组织总RNA,采用实时荧光定量PCR法检测hsa-miR-338-3p、hsa-miR-338-5p与hsa-miR-657的表达,应用配对样本t检验分析癌和癌旁组织中miRNA表达差异,Pearson相关分析检验基因簇各miRNA表达的相关性,logistic回归分析miRNA异常表达对食管癌发病风险的影响。结果: hsa-miR-338-3p与hsa-miR-338-5p在食管癌组织中的表达均较癌旁组织降低(P均<0.05),hsa-miR-657在食管癌和癌旁组织中表达的差异无统计学意义(P>0.05),hsa-miR-338-3p与hsa-miR-338-5p表达显著相关(r=0.754,P<0.05),hsa-miR-338-5p的低表达增加了食管癌的发病风险(OR=1.264,P<0.05),可能是食管癌的危险因素。结论: miR-338基因簇可能抑制了食管癌的发生,hsa-miR-338-5p可能成为食管癌诊断的潜在标志物。     

MicroRNA profiles in five pairs of early gastric cancer tissues and adjacent non-cancerous tissues

Approximately half of the world''s gastric cancer cases and deaths occur in China. In addition, the incidence and mortality rates of gastric cancer in Gansu province in China are much higher than the average nationwide levels. The present study investigated microRNA (miRNA/miR) profiles in early gastric cancer (EGC) without specific symptoms. miRNA expression levels in five pairs of EGC tissues and adjacent non-cancerous mucosa tissues of patients from Gansu province in China were analyzed using a miRNA microarray. A total of 47 differentially expressed miRNAs (DEMs) were identified. Subsequently, mRNA expression profiles of three pairs of cancer tissues and adjacent non-cancerous tissues from 3 Asian patients with stage I or stage II gastric cancer (stage I/II; American Joint Committee on Cancer classification, Eighth Edition) were obtained from The Cancer Genome Atlas database, and differentially expressed genes (DEGs) were identified. The target genes of DEMs were filtered from the DEGs using the miRDB database and a miRNA-gene network was constructed. The functions of DEMs were evaluated using the tool for annotations of human miRNAs database, and via Gene Ontology analysis, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes analysis and Gene Set Enrichment Analysis of the target genes. Finally, survival analyses of DEMs, which were in the miRNA-gene network, was performed. The results suggested that a number of miRNAs, including hsa-let-7a-5p, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-126-5p and hsa-miR-424-5p, may serve critical roles in EGC. The present study could provide a basis for the identification of EGC screening biomarkers. Furthermore, the present study may provide a basis for the exploration of the cause of the high incidence of gastric cancer in Gansu province from the perspective of miRNAs.     

Combination of hsa-miR-375 and hsa-miR-142-5p as a predictor for recurrence risk in gastric cancer patients following surgical resection

BackgroundRecurrence is a major factor leading to treatment failure and death in gastric cancer (GC) patients following surgical resection. Importantly, the prediction of recurrence is critical in improving clinical outcomes. We isolated a group of microRNAs (miRNAs) and evaluated their usefulness as prognostic markers for the recurrence of GC.Patients and methodsA total of 65 GC patients were selected for systematic analysis, 29 patients with recurrence and 36 patients without recurrence. Firstly, miRNAs microarray and bioinformatics methods were used to characterize classifiers from primary tumor samples (n = 8). Following, we validated these predictors both in frozen fresh and paraffin-embedded tissue samples (n = 57) using quantitative PCR.ResultsWe have identified 17 differential miRNAs including 10 up-regulated and 7 down-regulated miRNAs in recurrence group. Using k-top scoring pairs (k-TSP) method, we further ascertained hsa-miR-375 and hsa-miR-142-5p as a classifier to recognize recurrence and nonrecurrence cases both in the training and test samples. Moreover, we validated this classifier in 34 frozen fresh tissues and 38 paraffin-embedded tissues with consistent sensitivity and specificity with training set; among them, 15 cases were matched. A high frequency recurrence and poor survival were observed in GC cases with high level of hsa-miR-375 and low level of hsa-miR-142-5p (P < 0.001). In addition, we evaluated that hsa-miR-375 and hsa-miR-142-5p were involved in regulating target genes in several oncogenic signal pathways, such as TP53, MAPK, Wnt and vascular endothelial growth factor.ConclusionOur results indicate that the combination of hsa-miR-375 and hsa-miR-142-5p as a predictor of disease progression has the potential to predict recurrence risk for GC patients.