基于网络药理学研究十全育真汤治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的运用网络药理学方法预测十全育真汤治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、PubMed等相关数据库,筛选出十全育真汤的活性成分及对应靶点;通过GeneCards等疾病数据库筛选出NSCLC相关靶点;将药物靶点与疾病靶点相映射得到十全育真汤治疗NSCLC的靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件筛选出关键活性成分,并构建"药物-靶点-疾病"网络;采用DAVID 6.8数据库分析基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路;采用STRING V11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。结果筛选出十全育真汤治疗NSCLC的关键活性成分26个,包括槲皮素、木犀草素和山柰酚等,关键活性成分对应的靶点182个; GO功能及KEGG富集分析显示,信号通路主要涉及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路和血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等15条通路; PPI网络分析显示,十全育真汤治疗NSCLC的核心靶点主要集中在细胞增殖、凋亡、细胞周期、炎症及血管生成等方面。结论十全育真汤治疗NSCLC的作用机制可能与提高免疫、抑制血管生成及促进细胞凋亡等有关。     

基于网络药理学探讨左归丸治疗早发性卵巢功能不全机制

目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。     

基于网络药理学研究“杜仲-续断”药对治疗膝关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨杜仲-续断药对治疗膝关节炎的药效物质基础与潜在的分子作用机制。方法 通过TCMSP数据库挖掘杜仲、续断的主要化学成分,结合SwissTargetPrediction平台筛选出药物活性成分并通过Uniprot数据库进行靶点预测;通过GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库检索膝关节炎主要作用靶点,利用String平台进行蛋白质交互作用（protein-protein interaction,PPI）分析,制作PPI网络图;再根据David数据库进行基因本体论（gene ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG）通路富集分析,并通过Cytoscape3.8.0软件构建“靶点-通路”网络图。结果 杜仲-续断配对调治膝关节炎的核心活性成分为β-谷甾醇、槲皮素等,重要靶点有丝裂原活化蛋白激酶1（mitogen-activated protein kinase,MAPK）抗体、肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor,TNF）等。杜仲-续断配对治疗膝关节炎的生物学通路主要作用于TNF信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K/Akt）信号通路、MAPK信号通路等。结论 杜仲-续断配对治疗膝关节炎具有多成分、多靶点、多通路的作用特点。     

基于生物信息学及网络药理学分析丹皮酚抗瘢痕疙瘩的作用机制

目的筛选丹皮酚作用于瘢痕疙瘩(KD)的潜在药物靶点和信号通路,初步分析丹皮酚抗KD的作用机理。方法从CTD和GeneCards数据库中获取KD致病基因,从TCMSP和PubChem数据库中获取丹皮酚直接靶标基因。采用STRING数据库和Cytoscape3.7.1软件进行网络拓扑分析,筛选出KD候选基因、丹皮酚候选靶点基因和丹皮酚的潜在药物靶点。利用DIVAD软件进行基因功能富集(GO)分析和信号通路富集(KEGG)分析,并采用Cytoscape软件构建药物靶点网络图。下载GEO芯片数据进行最佳药物靶点验证。结果共筛选出KD候选基因143个、丹皮酚候选靶点基因29个,丹皮酚抗KD的潜在药物靶点11个,并构建出一个包含11个节点、86条边的潜在药物靶点PPI网络;这些潜在药物靶点与磷脂腺肌醇3激酶/蛋白质丝氨酸苏氨酸激酶(PI3K/Akt)信号通路、凋亡信号通路及核转录因子-κB(NF-κB)信号通路等相关。结论丹皮酚可能通过作用于PI3K/Akt信号通路、凋亡通路及NF-κB信号通路中的核转录因子κB抑制剂、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白、B细胞淋巴瘤-2、磷脂酶和张力蛋白同源物、转化生长因子β1、Akt1、丝裂原活化蛋白激酶1、白细胞介素-6、NF-κB1、纤维连接蛋白1、半胱氨酸蛋白酶3起到抗KD的作用。     

活血消异方治疗子宫内膜异位症网络药理学研究

采用网络药理学方法探析活血消异方治疗子宫内膜异位症(EMT)的相关靶点及作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及Swiss Target Prediction网络数据库推测并获取活血消异方组方的药物活性成分及靶点。利用基因卡片(GeneCard)数据库筛选获取EMT的疾病相关靶点,绘制药物成分-药物靶点网络、药物-疾病靶点的网络及核心蛋白质互作(PPI)网络,并对关键靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)基因富集分析。结果:从活血消异方中筛选出主要活性成分共99个,纳入靶点166个,其中疾病与药物的共同靶点66个;GO分析得到785项结果,主要涉及细胞的增殖、代谢、凋亡及激素受体活性等过程;KEGG分析得到124条通路,活血消异方治疗EMT主要涉及细胞增殖与凋亡、P53信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/分子蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路等。结论:活血消异方治疗EMT具有多成分、多靶点的特征,且涉及多条信号通路,此为进一步探讨该方治疗EMT机制提供了思路。     

基于网络药理学探讨七福饮治疗阿尔茨海默病的机制

目的:基于网络药理学方法探讨七福饮治疗阿尔茨海默病(AD)的活性成分及其作用机制。方法:应用中药系统药理学(TCMSP)分析平台、ETCM数据库、SymMap数据库筛选七福饮的活性成分及作用靶点。利用Genecards数据库、OMIM数据库、Pubmed-Gene数据库筛选AD相关靶点,取交集得到七福饮治疗AD的靶点。将上述靶点导入STRING数据库,利用Cytoscape软件构建"活性成分-作用靶点"网络和蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出关键成分和关键靶点,并进行GO生物功能注释和KEGG通路分析。应用Schrodinger软件进行分子对接验证。结果:对七福饮共筛选出106个活性成分、511个作用靶点,AD相关靶点369个。"活性成分-作用靶点"网络分析显示,山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇可能是七福饮治疗AD的关键活性成分。PPI网络分析显示,丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、脑源性神经营养因子(BDNF)、胰岛素(INS)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、肿瘤蛋白p53(TP53)可能是七福饮治疗AD的关键靶点。通路分析提示,七福饮治疗AD的机制可能与多巴胺能突触、cAMP信号通路、白介素-17信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路等有关。分子对接显示,AKT1与腺嘌呤、BDNF与Inermine、INS与川芎内酯E、MAPK3与异甘草黄酮醇、TP53与7-乙酰氧基-2-甲基异黄酮的结合能力较强。结论:七福饮通过多成分、多靶点、多通路减轻神经元损伤,发挥治疗AD的作用。     

基于网络药理学探讨柴胡治疗卒中后抑郁的作用机制

目的 基于网络药理学探讨柴胡治疗卒中后抑郁(PSD)的潜在靶点及作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡的有效成分及对应靶点,采用在线人类孟德尔遗传(OMIM)、疗效药靶(TTD)、Drugbank、Genecards数据库检索PSD的疾病靶点,二者靶点取交集后获得柴胡治疗PSD的潜在作用靶点;采用Cytoscape 3.7.1软件绘制中药-成分-疾病-靶点调控网络图;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并分析其核心靶点;采用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。结果 柴胡治疗PSD的核心成分为异鼠李素、曲克芦丁、豆甾醇等,潜在靶点为蛋白激酶B(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、内皮型一氧化氮合酶(NOS3)、肿瘤坏死因子(TNF)等,柴胡活性成分可以参与RNA聚合酶II启动子对转录的正调控、细胞间信号传递、对药物的反应、对凋亡过程的负调控、老化等生物过程,涉及的信号通路包括神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、癌症通路、磷脂酰肌醇-3激酶蛋白激酶B...     

基于网络药理学探讨白花蛇舌草-半枝莲抗肝细胞癌的作用机制

[目的]基于网络药理学探讨白花蛇舌草-半枝莲药对治疗肝细胞癌的潜在靶点及作用机制。[方法]利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索白花蛇舌草和半枝莲活性成分,导入Drugbank数据库进行蛋白靶点匹配,使用GeneCards数据库、人类在线孟德尔遗传(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库、治疗目标数据库(Therapeutic Target Database,TTD)、Drugbank、肝细胞癌肿瘤数据库(Oncogenomic Database of Hepatocellular Carcinoma,OncoDB.HCC)和Liverome数据库等获取肝细胞癌相关靶点,运用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”网络,String数据库构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并通过网络拓扑分析筛选关键成分及核心靶点,最后利用R语言及Cluego对预测得到的核心靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。[结果]白花蛇舌草-半枝莲药治疗肝细胞癌的潜在靶点 89个,通过网络拓扑分析筛选得到6个核心靶点、5种关键成分。GO功能富集分析显示,白花蛇舌草-半枝莲药对主要参与细胞增殖、细胞凋亡、炎症反应和血管生成等生物学途径。KEGG通路富集分析显示,p53抑癌基因通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K-Akt)通路、缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)通路、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)通路等是其关键信号通路。[结论]白花蛇舌草-半枝莲药对中有效成分主要是槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇等,通过调节p53、PI3K-Akt、HIF-1、NF-κB和VEGF等信号通路抑制肝癌细胞增殖,并促进细胞凋亡,减少炎症反应,抑制血管生成,从而实现对肝细胞癌的治疗作用。     

二仙汤治疗卵巢早衰作用网络与机制研究

目的:运用网络药理学方法探析二仙汤治疗卵巢早衰(POF)的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选二仙汤活性成分和其作用相关靶点,然后通过毒性与基因比较数据库(CTD)、药物基因组学知识库(PharmGKB)、药物作用靶点数据库(TTD)、基因卡片数据库(Gene Cards)、遗传关联数据库(GAD)等建立POF靶标数据库。基于二仙汤潜在靶标与POF靶标之间的匹配结果,通过Cytoscape软件构建网络图以分析这些靶标之间的相互作用并通过拓扑筛选核心靶标。采用基因组注释数据库(DAVID)对核心靶标进行基因本体(GO)、信号通路富集分析。结果:二仙汤中筛选得到94个活性化合物,及126个与POF对应的靶标。拓扑分析最终得出15个关键靶标,经过GO富集分析显示15个关键基因主要被集中在细胞外信号调节蛋白激酶1/2(ERK1/2)级联的正调控、血管生成、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)级联、凋亡过程的积极调控、磷脂酰肌醇-3-激酶信号转导的调控、炎症反应、对氧化应激的反应等59个显著生物过程,而二仙汤治疗POF可能涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、MAPK信号通路、叉头样转录因子(FoxO)信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、促性腺激素释放激素(GnRH)信号通路、Wnt信号通路等55条信号通路。结论:二仙汤治疗POF具有多成分-多靶标-多通路的特点,为进一步拓展POF的药物治疗及二仙汤的临床应用提供了参考方向。     

基于网络药理学探讨积雪草治疗病理性瘢痕的靶点和作用机制

目的通过网络药理学方法,预测积雪草治疗病理性瘢痕（PS）的作用靶点并探讨其作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选出积雪草的活性成分和药物靶点,在GeneCards（https://www.genecards.org/）数据库获取PS疾病靶点,对积雪草药物靶点和PS疾病靶点进行韦恩图分析,以共同靶点作为积雪草治疗PS的作用靶点。通过String网站构建蛋白质相互作用（PPI）网络,用Cytoscape3.7.1软件绘制PPI网络图,并筛选其关键蛋白模块及关键（Hub）基因;在DAVID数据库对关键模块的Hub基因进行基因本体论（GO）功能注释和KEGG通路富集分析。结果筛选出槲皮素和谷甾醇2个活性成分,155个药物靶点,4571个PS疾病靶点;取交集后得到130个积雪草治疗PS的作用靶点。经Cytoscape软件分析后,得到丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、IL-6、TNF、IL-10、基质金属蛋白酶9（MMP-9）、转化生长因子β1（TGF-β1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、IL-1B、表皮生长因子（EGF）、MMP-2、MMP-1等Hub基因,涉及TNF信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路等。结论积雪草可通过调控TNF信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路等,改善PS患者的炎症反应、缺氧状态及成纤维细胞增殖平衡,具有多中心、多靶点、多途径的作用特点。     

基于网络药理学的熟地黄环烯醚萜类成分治疗类风湿性关节炎作用机制的初步探究

目的:对熟地黄环烯醚萜类成分治疗类风湿性关节炎(RA)的多成分、多靶点、多途径的作用机制进行初步探 究。方法:通过文献查找和TCMSP数据库筛选出候选成分，利用PubChem数据库、TTD数据库和DrugBank数据库筛选出各 成分所作用的并与RA相关的靶点，再将靶点信息导入David数据库，得到重要靶点和通路信息。最后使用 Cytoscape3.7.0软件对筛选后的成分、靶点和通路建立网络图。结果:由网络图的分析报告得知肿瘤坏死因子（TNF） 、白细胞介素（IL）-1β、IL-6和核因子-κB（NF-κB）抑制蛋白-α（IκBα）是熟地黄环烯醚萜类成分作用的关键 靶点；NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、TNF信号通路、细胞凋亡是其产生抗RA活性的主要通路；说明熟地黄环 烯醚萜类成分的“多成分-多靶点-多通路”的作用机制。结论:熟地黄环烯醚萜成分主要是通过细胞因子和细胞调节 发挥抗RA活性。     

基于网络药理学探讨"白术-茯苓"配伍治疗代谢综合征的作用机制

目的:基于网络药理学探讨"白术-茯苓"治疗代谢综合征(metabolic syndrome,MS)的作用机制.方法:结合中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和文献检索,筛选"白术-茯苓"药对的活性成分.通过PharmMapper数据库预测各成分作用靶点,并使用Universal Protein(UniProt)数据库规范靶点名称.从人类基因数据库(GeneCards)、治疗靶标数据库(therapeutic target database,TTD)、Dis-GeNET三个数据库中筛选MS相关靶点后,与"白术-茯苓"各成分作用靶点合并取交集得到"白术-茯苓"治疗MS的潜在靶点,导入Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-成分-靶点"网络.通过String平台和Cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络,并用插件CytoHubba筛选核心靶点.用R软件对"白术-茯苓"治疗MS的潜在靶点进行基因本体(gene ontol-ogy,GO)分子功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析.结果:筛选得到"白术-茯苓"活性成分26种,治疗MS的重要成分为茯苓新酸A、14-乙酰基-12-千里光酰基-8-顺式白术三醇、茯苓新酸B、7,9(11)-去氢茯苓酸、茯苓新酸C等;潜在治疗靶点47个,核心靶点包括血清白蛋白(albumin,ALB)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、丝裂原活化蛋白激酶 1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、雌激素受体1(estrogen receptor,ESR1)、MAPK8、MAPK14等;分子功能主要涉及调节类固醇激素受体活性、类固醇结合、核受体活性等;信号通路主要涉及雌激素信号通路、晚期糖基化终产物及其受体(advanced gly-cation end product-receptor,AGE-RAGE)信号通路、叉头转录因子(forkhead box 0,FoxO)信号通路、受体酪氨酸激酶(receptor tyrosine-protein kinase,ErbB)信号通路、白细胞介素-17(interleukin17,IL-17)信号通路等.结论:"白术-茯苓"药对可通过多成分、多靶点、多途径发挥对MS的治疗作用,为实验研究提供一定理论参考.     

基于网络药理学探讨藏红花治疗糖尿病肾病的作用机制

目的基于网络药理学方法探讨藏红花治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)的作用机制。方法通过TCMSP(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)数据库获取藏红花的主要成分,根据毒药物动力学(ADME)进行筛选,进一步获取其作用靶点;通过Genecards、OMIM、Drug Bank数据库获取DN相关靶点,利用Cyto Scape 3.7. 1软件构建藏红花治疗DN靶点网络图,利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络。采用Metascape平台对藏红花治疗DN的核心靶点参与的生物学过程及通路进行富集分析,之后采用Cyto Scape 3.7. 1软件构建"藏红花成分-DN靶点-通路"网络。结果藏红花调节DN的主要活性成分为槲皮素、山柰酚、藏红花酸等,核心靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT-1)、肿瘤抑制蛋白(TP53)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、肿瘤坏死因子(TNF)、核因子κB(NF-kappa B)等,藏红花调节DN的主要生物学通路包括晚期糖基化产物(AGE-RAGE)信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路等。结论西红花可通过AGE-RAGE、PI3K-Akt等多条通路对DN发挥治疗作用。     

基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点，利用药物靶标数据库、OMIM^?、GeneCards^?数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用靶点与结直肠癌的相关靶点取交集，获得共同靶点。将有效活性成分和共同靶点导入Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络。针对共同靶点，使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，使用Metascape线上软件进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选出9个地榆有效活性成分，包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。获得地榆有效活性成分的作用靶点154个和结直肠癌相关靶点1 908个，取交集后获得共同靶点94个。PPI网络显示，地榆治疗结直肠癌的关键作用靶点包括肿瘤蛋白p53、苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、Caspase-3、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。GO功能富集分析结果显示，地榆...     

基于网络药理学探析四君子汤抗衰老作用机制

目的借助网络药理学方法初步探究四君子汤抗衰老的作用机制。方法基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选四君子汤中4味中药的主要活性成分及靶点,分别在Genecards和人类孟德尔遗传在线(online mendelian inheritance in man,OMIM)疾病数据库中检索衰老相关靶点,用Cytoscape3.7.0软件对四君子汤活性成分靶点以及抗衰老靶点进行可视化。在STRING在线平台构建共表达靶点蛋白质-蛋白质互作网络,通过R3.6.2软件对四君子汤抗衰老靶基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果 TCMSP中筛选出71个主要成分,210个成分靶点。疾病数据库获取到279个衰老靶点。通过靶点映射发现四君子汤活性成分作用的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素6(IL-6)、表皮生长因子(EGF)等55个共表达靶基因,发现靶基因主要参与细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性等生物过程,主要富集在糖尿病并发症(AGE-RAGE)、磷脂酰肌醇3'-激酶-Akt(PI3K-Akt)、缺氧诱导因子1(hypoxia-inducible factor 1,HIF-1)、白介素17(interleukin17,IL-17)及肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等信号通路和多种癌症途径。结论本研究初步探究了四君子汤抗衰老作用的活性成分及靶基因,网络关系构建及通路富集结果充分体现了其多成分-多靶点-多途径的复杂特点,为进一步深入阐释其抗衰老机制奠定了基础。     

芪莲舒痞方治疗慢性萎缩性胃炎的网络药理学研究

目的:基于前期研究基础通过网络药理学方法系统探讨芪莲舒痞方治疗慢性萎缩性胃炎的功效网络,并用分子对接方法进行验证。方法:利用中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)获取芪莲舒痞方的有效成分及靶点网络,利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、疾病相关基因与突变位点数据库(DisGeNET)、人类基因数据库(GeneCards)、疾病基因搜索引擎(DigSee)获取慢性萎缩性胃炎的相关靶点,靶点映射获取芪莲舒痞方与萎缩性胃炎的共同靶点,运用Cytoscape 3.6.2可视化处理,进行基因本体论(GO)生物学过程分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用MOE:Dock模块进行分子对接验证。结果:共获得槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、豆甾醇等64个有效成分,白细胞介素-6(IL-6)、人类抑癌基因p53(Tp53)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)、表皮生长因子受体(EGFR)、表皮生长因子(EGF)等52个共同靶点,经GO富集分析得到生物学过程143个,细胞组分13个,分子功能19个,经KEGG富集分析得到88条相关通路,其中主要与癌症相关通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路、TNF信号通路、低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路密切相关。分子对接发现靶蛋白与重要化学成分结合能力较强。结论:芪莲舒痞方具有多成分、多靶点、多通路的特点,此为治疗慢性萎缩性胃炎的作用基础。     

基于网络药理学的黄精丸干预糖脂代谢紊乱机制研究

目的:探究黄精丸干预糖脂代谢紊乱的机制。方法:从中医药百科全书(ETCM)等数据库和相关文献搜集成分,根据胃肠吸收、P-糖蛋白底物和成药性模拟筛选活性成分,从SwissTargetPrediction等数据库搜集靶点,使用Cytoscape软件构建成分-靶点网络,并进行蛋白相互作用网络分析、GO功能富集和KEGG通路分析。结果:甾体皂苷类是黄精丸的主要活性成分,作用于由磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)等69个靶点构成的蛋白网络。靶点富集成蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活动、PI3K-蛋白激酶B(PI3K-AKT)等通路。结论:网络药理学初步表明黄精丸调节糖脂代谢可能是通过甾体皂苷类成分,影响PI3K和STAT3等靶点,进一步影响蛋白质丝氨酸/苏氨酸活动、PI3K-AKT信号等通路。     

基于网络药理学分析角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选葛根、鹿衔草、羌活的主要有效活性成分及其作用靶点。采用CTD、GeneCards及OMIM数据库获取颈椎病的相关基因靶点,并将其与角药的有效活性成分作用靶点进行交集,获取共同靶点。针对共同靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,以及蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络,同时进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共获得葛根-鹿衔草-羌活的有效活性成分28个及其靶点86个,与12 097个颈椎病相关基因靶点取交集后得到共同靶点72个。根据PPI网络筛选出白细胞介素6(IL-6)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase3)、雌激素受体1(ESR1)等关键靶点蛋白。GO功能富集分析结果显示,共同靶点主要涉及核受体活性、转录因子活性/直接配体调节的序列特异性、类固醇激素受体活性等生物过程或功能;KEGG通路富集分析结果显示,葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的信号通路主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇...     

那如三味丸治疗类风湿关节炎的网络药理分析

目的:应用网络药理学方法探究那如三味丸治疗类风湿关节炎（Rheumatoid arthritis, RA）的作用机制。方法:通过TCMSP数据库和SwissTarget Prediction数据库获得那如三味丸单味药的所有成分及靶点信息,通过DisGeNET数据库获取RA靶点,筛选药物及疾病靶点交集,获得那如三味丸治疗RA的潜在靶点。对靶点进行蛋白-蛋白相互作用分析、网络分析及Hub节点选择,明确靶点在治疗RA中的意义。结果:得到那如三味丸治疗RA靶点106个,那如三味丸主要参与34个生物功能,31个生物过程,6个免疫过程,调节磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（Phosphatidylinositol 3 kinase-protein kinase B, PI3K-Akt）、趋化因子、低氧诱导因子-1（Hypoxia inducible factor-1, HIF-1）等与RA密切相关的信号通路22条,确定那如三味丸治疗RA的关键靶点为丝裂原活化蛋白激酶1（Mitogen-activated protein kinase1, MAPK1）,丝裂原活化蛋白激酶3（Mitogen-activated protein kinase3, MAPK3）。结论:通过网络药理分析预测到那如三味丸治疗RA的靶点及其参与的生物学过程,反映出蒙药多组分、多靶点、多途径的特点,为后续研究提供了理论基础。