细胞周期蛋白质依赖性激酶CDK2多克隆抗体的制备和鉴定

我们采用PCR技术合成编码CDK2肽段的基因，将其置于谷胱甘肽转移酶（GST）编码基因的下游，在IPTG诱导下，于E．coli中诱导表达了GST-CDK2肽融合蛋白质，以此融合蛋白质作为免疫原免疫家兔制备抗CDK2的多克隆抗体，经Western Blot检测证明：该抗体能够特异地识别CDK2蛋白质，可作为CDK2的特异性检测抗体，用于研究细胞周期和细胞凋亡进程中CDK2的作用．     

人肽基脯氨酰顺反异构酶基因的克隆、表达、纯化及热变性交联

蛋白质分子间交联是普遍存在的现象．然而，蛋白质交联的分子机理还不太清楚．为了进一步探测蛋白质交联的分子机理，以及交联能否在异源肽链间发生，本实验室克隆了人肽基脯氨酰顺反异构酶(human Peptidylproly-Cis-trans-isomerase，hPPI)cyclophilin cDNA基因，并纯化出了PPI蛋白．最后，将PPI和．lysozyme蛋白进行热变性交联实验，结果显示在同源和异源肽链间都有二聚体和多聚体形成．并证实蛋白质交联可经三步完成：1)蛋白质构象包括二级结构改变；2)形成分子间二硫键；3)形成分子间异肽键．     

肽树枝状化合物在生物学中的应用

肽树枝状化合物是一类含有肽键或表面接枝肽的树枝状化合物,在生物技术及生物化学领域具有广泛的应用。作者就该类化合物在基因转运、作为蛋白质类似物及在催化剂载体方面的研究进展进行讨论。     

多反应监测结合重组蛋白和18O同位素标记对脂肪合成代谢通路进行蛋白质相对定量的新方法

建立了多反应监测结合肽段串联体蛋白（concatamers of Q peptides,QconCATs）和¹⁸O同位素标记对脂肪合成代谢通路的蛋白质进行相对定量的新方法.挑选待检测蛋白的特异性肽段构建QconCAT质粒并将其转化导入大肠杆菌体系后进行表达.通过优化对QconCAT蛋白的酶切条件及考察¹⁸O标记效率.建立脂肪合成代谢通路蛋白多反应监测的蛋白质相对新定量方法,并对肥胖大鼠与正常大鼠脂肪代谢通路的蛋白质进行定量分析.结果发现脂肪合成通路的丙二酸单酰辅酶A-ACP转移酶,烯酰-ACP还原酶表达量均有显著上升（P<0.05）.该结论与之前报道肥胖相关的文献结果吻合,证明了本方法在定量生物样品应用中的可靠性.     

催产素的合成

自从1954年du Vigneaud等合成了催产素后,Boissonnas等(1955)、Rudinger等(1956)、Velluz等(1956)相继报导了催产素的合成方法。在合成肽链时,前三者主要采用了迭氮化合物、混合酸酐和亚磷衍生物等方法而后者则应用了较新的二环己基碳二亚酰胺方法。在合成步骤上,du Vigneaud等由三肽异亮氨酰谷氨酰胺酰门冬酰胺、四肽半胱氨酰脯氨酰亮氨酰甘氨酰胺、和二肽半胱氨酰酪氨酸依次缩合成七肽、九肽,再经金属钠在液态氨中处理和进一步氧化而成具有生理活性的八肽——催产素。     

如何用数学方法解决蛋白质教学中的计算问题

氨基酸是构成蛋白质分子的基本单位。一个氨基酸分子的羧基（-COOH）与另一个氨基酸分子的（-NH2）脱水缩合形成的化合物叫二肽，其中，连接2个氨基酸分子的那个键（-CP-NH-）叫肽键，形成二肽时失去了一个分子的水。由多个氨基酸分子缩合而成的，含有多个肽键的化合物，叫做多肽，多肽通常呈链状结构，叫做肽链。由一条或几条肽链通过一定的化学键互相连接在一起，形成非常复杂的空间结构，叫做蛋白质。氨基酸、多肽、肽链和蛋白质的关系可归纳成下图：     

丙氨酰类脂的微波合成及其功能

利用微波合成仪制备双十六烷基胺，通过DCC交联反应，得到叔丁氧甲酰丙氨酰双十六烷基胺，再通过酸水解制备出丙氨酰类脂．利用丙氨酰类脂的季铵盐衍生物（丙氨酰肽脂质）构建人工二分子膜，研究了磷酸吡哆醛（PLP）与丙氨酰类脂的相互作用．紫外一可见光谱检测发现，在330nm及415nm处有亚胺的特征吸收峰，表明PLP可以识别人工二分子膜上的丙氨酰类脂，丙氨酰类脂可以用作人工细胞信号转导的受体．     

Co2+对红霉素生物合成过程的影响

研究了红霉素生物合成过程中糖代谢相关的关键酶:己糖激酶、6-磷酸葡萄糖脱氢酶、磷酸果糖激酶和异柠檬酸脱氢酶,以及合成红霉内酯环前体甲基丙二酰CoA相关的酶:甲基丙二酰CoA异构酶和甲基丙二酰CoA羧基转移酶的时序变化,并测定了过程中有机酸的含量变化。实验表明:Co2 能大幅提高红霉素效价。这可能与Co2 能明显提高甲基丙二酰CoA异构酶与甲基丙二酰CoA羧基转移酶的比活,并在一定程度上促进糖代谢有关。     

小球藻Chlorella variabilis NC64A二酰甘油酰基转移酶基因的克隆表达与功能研究

为了揭示二酰甘油酰基转移酶(DGAT)在小球藻油脂合成过程中的作用, 对单细胞小球藻Chlorell avariabilis NC64A 的二酰甘油酰基转移酶进行原核克隆表达及功能初步研究。结果表明, 其编码序列为894bp, 编码 297 个氨基酸, 表达蛋白的表观分子量为 33 kDa, pI 9.48。保守结构域分析表明, 该蛋白属于Lysophospholipid acyltransferases (LPLATs)超家族, 具有二酰甘油酰基转移酶活性, 序列位点H68, L71, F76, R94, I97 和GAA (144?146)组成特定的酰基受体结合口袋, 能够结合酰基?酰基载体蛋白(ACP)或者酰基辅酶A上的酰基, 催化三酰甘油合成的最后一步。表达蛋白与SsPDAT 和AtPDAT 的序列相似性分别为32%和24%, 表明该蛋白可能具有磷脂酰甘油酰基转移酶(PDAT)活性, 能利用磷脂上的酰基合成三酰甘油。因此, 采用薄层层析方法以L-α-磷脂酰胆碱和 1,2-二油酰-sn-甘油为底物, 检测到其确实具有PDAT 活性, 表明限氮条件下NC64A 中DGAT 的PDAT 活性可能促进了膜脂降解耦合三酰甘油的合成。     

蛋白质的挤压组织化改性─—大豆蛋白在挤压过程中的物理、化学变化

将挤压过程用于蛋白质改性，使大豆浓缩蛋白经挤压组织化处理后，成为一种具有一定组织特性的功能蛋白质。由缓冲液浸出试验、聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，并结合傅立叶变换红外差谱测试结果可知：大豆浓缩蛋白在挤压组织化过程中，发生了二硫键交换反应，但并未形成异肽键，蛋白质的相对分子质量也无变化。维持组织蛋白结构的主要空间构象力是二硫键和疏水相互作用。     

腺嘌呤质子迁移异构化反应及其芳香性的密度泛函研究

用密度泛函理论方法,在B3LYP/6-31G**水平上研究了腺嘌呤的分子内质子迁移异构化反应,对反应势能面进行了研究,对反应物、产物和过渡态进行了几何构型优化,在同一水平下计算了单点能量,并用频率振动模式和内禀坐标(IRC)确证了过渡态的存在,反应的活化能为184.96KJ/mol.在GIAO-HF/6-31G*//B3LYP/6-31G**水平对反应物、产物和过渡态的非相关性化学位移(NICS)进行了计算,利用NICS 值对反应过程中芳香性进行分析,发现在异构化反应过程中六员环的芳香性变化很大而五员环的芳香性基本不变.     

19,19-二氢-1,10-二甲氧基环丙基萘的理论研究

分别在B3LYP 6 31G 、B3LYP 6 311 G 水平下 ,研究了 19,19 二氢 1,10 二甲氧基环丙基萘的稳定几何构型 ,并在B3LYP 6 31G 水平下进行了集居数分析 ,以及振动光谱分析 .根据计算可知 ,分子中所有原子 (除氧甲基和C(19)上的氢外 )均处于同一平面 .分别在B3LYP 6 31G 、B3LYP 6 311G 、B3LYP 6 311 G 水平下用GIAO方法计算了标题化合物的核磁共振谱 ,其结果与实验值符合较好 .在此基础上研究了用氨基和氯取代甲氧基对环上各原子核磁共振谱的影响     

鸟嘌呤与nH_2O(n=1、2)的水化去氨基反应机理的理论研究

在B3LYP/6-31G**的计算水平上,研究了鸟嘌呤在一分子和两分子水参与下水化去氨基反应的机理.结果表明:鸟嘌呤不管是与一分子水还是两分子水的水化去氨基反应,都是分两步进行的.首先,发生水解反应生成四配位的中间体,这一步为速控步;接着,发生分子内的氢迁移并脱去氨基生成终产物黄嘌呤.鸟嘌呤在两分子水的作用下发生的去氨基反应,其中一分子水起催化剂的作用.溶剂化效应(B3LYP/6-31G**)计算结果说明,溶剂化效应并不改变反应的进程,只降低反应过程的活化位垒.鸟嘌呤在一分子或两分子水参与下,其水化去氨基反应的速控步活化位垒比较高,在动力学上难以进行.     

Theoretical characterization of electronic structures and properties of C-F···H-C pseudohydrogen bonds

The weak intermolecular interactions between 2-F-tetrahydrofuran and imidazole, pyrimidine, adenine, and guanine were studied theoretically using density functional B3LYP/6-311++G** and HF/6-311++G** methods. The results showed that both conven- tional N···H hydrogen bond and C-F···H-C pseudohydrogen bond (PHB) structures coexist in the four complexes. The weak intermolecular interaction energies indicate that the relative stabilities of the four complexes are in the order guanine···F > imidazole···F > adenine···F > pyrimidine···F. The characteristics of the four PHBs were determined using geometry optimizations, stretching vibrational frequencies, and natural bond orbital and electron density topological properties calculations. The most important result is that the F group of 2-F-tetrahydrofuran can activate the C-H to accept electrons from another molecule, and C-F···H-C PHB formation is relatively favorable.     

3,6-二甲氧基环丙基萘的结构和性质研究

在RHF/6 31G 和B3LYP/6 31G 水平下优化了3,6 二甲氧基环丙基萘(MOCPN)的平均几何构型,用B3LYP/6 31G 方法计算了该化合物的红外光谱,并用GIAO分别在B3LYP/6 31G 、B3LYP/6 311G 和B3LYP/6 311 G 水平对该化合物的核磁共振谱进行了研究;计算结果与实验结果吻合很好.     

4-溴苯基氮酸甲酯顺反异构体稳定性的理论研究

对4—溴苯基氮酸甲酯的顺反异构体(a—b)进行了HF／6—31G水平上的优化计算，并考虑电子相关效应(RM四／6—31G”)对其能量进行了校正。HF／6—31G^**及RMP2／6—31G^**上的计算结果表明反式结构a为化合物的最稳定结构形式，与实验观察到的结果一致。同时对其顺、反异构体的稳定性给出了较合理的解释。     

1,3-二甲基-5-吡唑-2,4-二氯苯甲酸酯的电子性质

利用ab initio HF和密度泛函理论(DFT)B3LYP方法,在6-31G*基组下对1,3-二甲基-5-吡唑-2,4-二氯苯甲酸酯及其同分异构体进行了构型优化和频率分析.在6-31 G**,6-311G*,6-311 G*和6-311 G**不同基组下进行了能量计算,系统分析了前线分子轨道特征和能级分布规律.计算结果表明:标题化合物比其同分异构体的能量低、结构稳定.     

二氯卡宾与异硫氰酸反应机理的量子化学研究

用密度泛函理论B3LYP方法研究了单、三重态CCl2与HNCS的反应机理.在B3LYP/6-311＋＋G＊＊水平上对反应物、中间体和过渡态进行了全几何参数优化;通过频率分析和内禀反应坐标（IRC）方法确认了中间体和过渡态;并用CCSD（T）/6-311＋＋G＊＊//B3LYP/6-311＋＋G＊＊方法计算了各个驻点的单点能.结果表明,对于单、三重态CCl2与HNCS反应,共有4条可行的反应通道,且通道CCl2（S）＋HNCS→IM1→TS1→IM2→HCN＋CCl2S（P1）反应能垒最低,为该反应的主反应通道;单重态抽提亚氨基通道反应能垒也比较低,为主反应通道的竞争通道.可为进一步实验研究提供参考.     

对一些叠氮化合物的叠氮自由基键离解能的计算

用4个高精度的完全基组CBS(CBS-Q,CBS-QB3,CBS-Lq和CBS-4M),B3LYP/6-311G,B3LYP/6-311 G和MP2配合6-311G与6-31 G等多个不同大小的基组的计算方法,对HN3、CH3N3、C2H5N3、NCN3、C2H3N3和NH2CH2N3中离解掉叠氮自由基(·N3)时的键离解能进行计算.将计算的键离解能与实验值进行比较,发现B3LYP和4种完全基组计算方法都不能为这些叠氮化合物计算出满意的键离解能,而MP2方法,尤其配合6-31 G基组时,能够计算出与实验值吻合得很好的R—N3键离解能.因此,当计算这些中小型叠氮化合物中离解掉叠氮基的键离解能时,用MP2/6-31 G是一种可靠的计算方法.     

几种异黄酮衍生物的核磁共振谱理论研究

在B3LYP／6-31G＊＊水平下优化了8种B环间位取代异黄酮衍生物的几何构型，在振动分析中，均未出现虚频率，在B3LYP／6．311G＊＊的水平下计算了该类化合物的核磁共振谱，研究结果表明：其中前4种分子均有氢键形成，因此整个分子形成了一个四环的交叉共轭体系，进一步讨论了取代基引入之后对C和H的化学位移的影响．