基于网络药理学和分子对接的芪黄通秘软胶囊治疗便秘的作用机制研究

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨芪黄通秘软胶囊治疗便秘的作用机制。方法：依托中药系统药理学数据库与分析平台、TCM Database@Taiwan等数据库,检索芪黄通秘软胶囊中11味中药的化学成分及其靶点,构建成分-靶点网络,通过DrugBank、GeneCards等数据库检索便秘相关靶点,依托STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用R语言进行结果可视化,将药物关键化学成分与核心靶点导入AutoDockTools 1.5.7软件计算其结合能并进行分子对接。结果：共筛选出124个化学成分和113个疾病靶点,槲皮素、山柰酚等成分在网络中处于关键地位;PPI网络中度值排序居前3位的蛋白分别为蛋白激酶B1、肿瘤蛋白p53和表皮生长因子受体;GO功能富集分析结果显示,102个条目中,有55个涉及生物过程,31个涉及分子功能,16个涉及细胞组分;KEGG通路富集分析结果显示,115个通路主要集中在内分泌耐药、丝裂原激活的蛋白激酶信号通路上;分子对接结合...     

基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选菟丝子的化合物和有效靶点;使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测IR的相关靶点,并利用Uniprot数据库转换成相应的基因名称;选取Cytoscape软件构建菟丝子—活性成分—靶点网络关系图、String数据库构建靶点蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络;利用David数据库进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制柱状图和气泡图;使用Autodocktools软件对活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 获得菟丝子的关键化合物10个、药物靶点207个、疾病靶点1 279个、交集靶点122个,得到JUN、AKT1、TP53、RELA、MAPK1和TNF 6个PPI网络核心分子,网络药理学结果提示菟丝子可能通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路和FoxO信号通路等121条信号通路参与调控IR。分子对接结果显示,菟丝子中活性成分槲皮素、苦参碱、β-谷甾醇与核心靶点JUN、TP53、MAPK1和RELA间存在结合位点。...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨丹灯通脑软胶囊治疗中风的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨丹灯通脑软胶囊治疗中风的活性成分和作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台、中国台湾中医药资料库、BATMAN-TCM数据库以及文献,筛选丹灯通脑软胶囊相关成分,在成分靶点预测数据库中预测其作用靶点,结合药物与疾病数据库、人类孟德尔遗传综合数据库、治疗靶点数据库和DisGeNET数据库中得到的中风靶点构建网络,通过STRING数据库对共同靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,筛选关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Autodock Tools 1.5.7软件进行分子对接,预测核心成分和关键靶点间的结合活性。结果：共检索到丹灯通脑软胶囊相关成分161个,对应靶点856个,中风相关靶点234个,取交集得到86个共有靶点,构建PPI网络并进行拓扑学分析得到30个关键靶点,其富集分析得到2 712个GO功能进程和122条KEGG通路。分子对接结果显示,核心成分槲皮素、木犀草素可以与核心靶点前列腺素内过氧化物合酶2、蛋白激酶B、基质金属蛋白酶(MMP)9、半胱天冬酶-3和MMP...     

基于网络药理学和分子对接技术的银翘清热片治疗上呼吸道感染机制研究

摘要：目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨银翘清热片治疗上呼吸道感染的作用机制。方法:依托TCMSP和SwissTargetPrediction数据库检索银翘清热片的化合物和作用靶点,利用GeneCards、OMIM、DisGeNet数据库检索上呼吸道感染的疾病靶点,取药物和疾病的交集靶点作为潜在靶点。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,利用R包“clusterProfiler”进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析。采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点-通路”网络,选择关键化合物和靶点通过Autodock Tool软件进行分子对接。结果:筛选出银翘清热片的化合物494个,作用靶点1 259个。PPI网络显示,肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素6（IL-6）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、白蛋白（Alb）、表皮生长因子受体（EGFR）等为核心靶点。KEGG富集分析显示,C型凝集素受体信号通路、Toll样受体信号通路、甲型流感、新型冠状病毒肺炎（COVID-19）、人类巨细胞病毒感染等为显著富集的通路。分子对接结果显示,共14组化合物与靶蛋白对接效果良好。结论:本研究初步揭示了银翘清热片治疗上呼吸道感染的作用机制,可为后续实验研究和临床应用提供理论基础。     

基于网络药理学及分子对接探讨三七治疗胃癌前病变的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接方法探讨三七治疗胃癌前病变机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选三七有效成分和靶点,通过Uniprot数据库将获取的蛋白靶点转换为人类基因靶点,通过SwissTarget Prediction数据库进行成分潜在靶点预测补充。通过GeneCards数据库筛选胃癌前病变疾病相关靶点。筛选出三七治疗胃癌前病变交集靶点利用STRING数据库与Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用David数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用AutoDock vina对三七有效成分(配体)与核心靶点(受体)进行分子对接,利用PyMOL软件将结果进行可视化处理。结果 共收集到三七8种有效成分及三七治疗胃癌前病变的交集靶点128个;三七治疗胃癌前病变的5个最核心靶点分别为信号转导及转录激活蛋白3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B(Akt1)、90KDA热休克蛋白ΑA1重组蛋白(HSP90AA1),2个核心有效活性成分为槲皮素...     

基于网络药理学和分子对接的半枝莲二萜类化合物抗肝癌作用机制

目的基于网络药理学和分子对接技术探讨半枝莲二萜类成分抗肝癌的作用机制。方法根据文献调研( 1987年 1月至 2022年 7月)获得的 155个半枝莲二萜类化合物,通过 SwissADME平台筛选后得到符合条件的 93种活性成分,并通过 Swiss Target Prediction网络平台预测得到其中 65个化合物可能的作用靶点;通过 GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank以及 GEO、TCGA数据库获取与肝癌有关的靶点,利用 Cytoscape软件构建可视化“活性成分 -靶点 -肝癌”网络作用图,并通过度值筛选主要活性成分;使用 String平台进行蛋白质–蛋白质相互作用( PPI)网络功能富集分析,利用 Cytoscape软件构建 PPI可视化网络图,通过 cytoHubba插件的评分规则筛选出核心靶点和关键靶点;采用 R语言软件包对半枝莲二萜抗肝癌的作用靶点进行基因本体( GO)功能和京都基因和基因组数据库( KEGG)通路富集分析;使用 AutoDock vina软件对主要活性成分与关键靶点进行对接分析。结果筛选出半枝莲二萜中 6种活性成分包括 Scutebarbolide I、Scutebata O、Scutelinquanine D、Scutellone F、 Scutellone H和 Scutebarbatine J,预测得到 10个抗肝癌核心靶点,其中蛋白 STAT3、MAPK1、MAPK3、HSP90AA1、PIK3R1和 PIK3CA为关键靶点。基因富集分析得到 953个 GO功能条目和 137条通路( P<0.05);分子对接结果显示,半枝莲二萜活性成分与关键靶点间存在潜在结合位点;网络药理学分析表明半枝莲二萜成分可能通过肽基 .丝氨酸磷酸化、肽基 .丝氨酸修饰、磷酸酶结合、蛋白质丝氨酸 /苏氨酸激酶活性等生物学过程,作用于 STAT3、MAPK1、MAPK3、PIK3R1、PIK3CA等关键蛋白的表达,进一步调控癌症中蛋白多糖、化学致癌受体激活、催乳素信号通路、癌症程序性死亡受体配体 1(PD-L1)表达和程序性死亡受体 1(PD-1)检查点通路等信号通路,发挥治疗肝癌作用。结论半枝莲二萜类化合物能够通过多分子、多靶点、多通路、多作用机制达到治疗肝癌作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

基于网络药理学的金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的：探讨金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的活性成分及可能的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台、DisGeNET及GeneCards等数据库获取金藤清痹颗粒中的化学成分和类风湿关节炎相关靶点。将二者交集靶点导入STRING数据库进行分析,接着使用Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、金藤清痹颗粒成分靶点网络图及药物-成分-靶点-通路网络图等。通过R软件对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDockTools软件对金藤清痹颗粒中的活性成分与其对应的关键靶点进行分子对接验证。结果：筛选得到金藤清痹颗粒中153个化合物,399个化合物相关靶点,131个交集靶点。根据网络拓扑学参数筛选得到关键靶点,分别为蛋白激酶B1(Akt1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、白细胞介素6(IL-6)、肉瘤基因(SRC)、雌激素受体1(ESR1)、缺氧诱导因子1(HIF1)和氨基末端蛋白激酶(JUN)。对PPI网络分析得到151条KEGG通路和2 567条GO功能条目;GO条目...     

网络药理学结合分子对接探讨烧伤酊治疗烧烫伤的机制

目的 以网络药理学为主要研究手段，结合分子对接技术，分析烧伤酊治疗烧烫伤的分子机制。方法 利用中药整合药理学研究平台(integrative pharmacology-based research platform of traditional Chinese medicine, TCMIP)及中药系统药理学数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选烧伤酊(榆树皮、黄柏或关黄柏)的相关靶点及其活性成分，采用UniProt数据库标准化靶点，并利用Cytoscape可视化软件构建活性成分-靶点网络，在数据库Gene Cards中检索与烧烫伤有关的基因，利用数据库STRING构建蛋白质的相互作用网络，并同时进行基因本体论(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析，最后采用分子对接技术对接核心的活性成分和靶位置。...     

红景天苷对缺血性脑损伤大鼠的作用

目的 基于超高效液相色谱-电喷雾-串联质谱(UPLC-ESI-MS/MS)技术研究红景天苷(salidroside, Sal)的血脑屏障(blood brain barrier, BBB)穿透性,并通过网络药理学、分子对接技术和动物实验探讨Sal治疗缺血性脑卒中(ischemic stroke, IS)的作用靶点及机制。方法 利用UPLC-ESI-MS/MS技术研究Sal的BBB穿透性;运用多个数据库预测Sal的作用靶点和IS的疾病靶点,构建PPI网络并筛选核心靶点,进行GO和KEGG富集分析,并通过分子对接技术和动物实验进行验证。结果 Sal给药正常大鼠和MCAO大鼠后,血浆和脑组织中均检测到Sal原形和代谢物酪醇;网络药理学共筛选出Sal治疗IS的作用靶点191个,GO功能富集分析主要涉及蛋白水解、细胞迁移的正调控等生物过程;KEGG通路分析提示PI3K-Akt、MAPK、FOXO等信号通路在Sal治疗IS过程中发挥关键作用;分子对接结果显示,Sal与对接的核心靶点均有良好的结合能力;动物实验结果表明,Sal可以明显改善MCAO大鼠的神经功能损伤,明显增加缺血侧Nissl阳性细胞的...     

基于网络药理学和分子对接探究山茱萸-虎杖抗三阴性乳腺癌的作用机制

目的 利用网络药理学方法结合分子对接探究山茱萸-虎杖药对治疗三阴性乳腺癌的作用机制。方法采用TCMSP数据库获取药物的化学成分及其相关靶点;选择Gene Cards和OMIM数据库收集疾病的相关靶点,筛选出二者的共同靶点后可绘制蛋白质互作（PPI）网络;对关键靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因组与基因组百科全书通路（KEGG）通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果 筛选得到药物有效成分共20个;疾病相关靶点1512个,与药物共同靶点47个。通过PPI网络得出ESR1、EGFR和PTGS2为关键靶点。GO通路和KEGG富集分析显示,山茱萸-虎杖药对通过参与多种生物学过程抗三阴性乳腺癌;通过PI3K-Akt等信号通路调控病理进程。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。结论 山茱萸-虎杖可以通过多成分、多靶点、多途径发挥抗三阴性乳腺癌的作用,从而为其临床应用及相关机制的研究提供理论依据。     

网络药理学和分子对接法研究麦门冬汤防治2型糖尿病的分子机制及其验证

目的 结合网络药理、分子对接技术和实验验证，分析麦门冬汤防治2型糖尿病的可能作用机制。方法 从中药系统药理学数据库分析平台筛选麦门冬汤方剂中各药材的成分，采用SwissTargetPrediction和PharmMapper数据库筛选中药成分的靶点；在OMIM、Drugbank、Genecards、Genbank等数据库中查找2型糖尿病的相关靶点；用Cytoscape构建“药物-成分-靶点”的网络图，筛选关键化合物。应用STRING数据库建立蛋白质相互作用网络图，并通过Cytoscape的相关功能进行拓扑分析，筛选核心靶点。在Metascape在线分析平台，进行基因本体(GO)功能富集分析和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，研究其作用的分子机制，并对关键靶点进行分子对接验证。实验验证采用50 mmol高糖及25μmol棕榈酸诱导小鼠胰岛瘤细胞，建立体外2型糖尿病细胞模型，对细胞模型采用不同剂量的麦门冬汤水煎液干预后，Cell Counting Kit 8(CCK8)检测药物对细胞增殖的影响，Western blot检测关键蛋白的表达。结果 从麦门冬汤中筛选出166个活性成分，靶标...     

网络药理学结合GEO芯片技术探讨黄芎方治疗缺血性脑卒中的作用机制及实验验证

目的 基于GEO芯片联合网络药理学方法探讨黄芎方治疗缺血性脑卒中的作用机制,并构建脑缺血/再灌注(I/R)大鼠模型验证黄芎方药效和核心靶点。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库及文献检索,获得黄芎方的主要活性成分,通过Swiss Target Prediction数据库检索其相应的靶点。通过R软件limma包对GEO平台缺血性脑卒中患者数据集GSE16561进行差异基因分析。利用Venny 2.1.0进行黄芎方成分靶点和缺血性脑卒中差异基因靶点交集靶点分析,采用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用Cytoscape 3.9.0软件构建成分-靶点-通路网络并筛选核心成分,通过STRING数据库与Cytoscape 3.9.0软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选核心靶点基因。利用PyMOL软件对度值排名靠前的成分和靶点基因进行分子对接。通过single sample Gene Set Enrichment Analysis(ssGSEA)进行免疫浸润分析。采用线栓法制备I/R大鼠模型...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、台湾中医药数据库收集天麻眩晕宁颗粒的活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、TTD和DrugBank数据库检索梅尼埃病疾病靶点。利用Cytoscape 3.9.0构建“药物-成分-预测靶点”网络、“药物-成分-潜在靶点”网络、梅尼埃病的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、“药物-成分-靶点-通路”网络。利用R软件RStudio对潜在靶点进行基因本体功能富集分析（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用Autodock对筛选出的有效成分和关键靶点进行分子对接。结果:筛选得到天麻眩晕宁颗粒的活性成分191种,以及梅尼埃病潜在靶点117个。GO分析过程涉及2 263条生物过程、108条细胞组分和196条分子功能。KEGG富集分析得到人类巨细胞病毒感染、钙离子信号通路、C型凝集素受体信号通路和甲状腺激素信号通路等158条通路。分子对接结果显示关键成分与相关靶点之间结合能较低,亲和力较好。结论:本研究验证和预测了天麻眩晕宁颗粒中的活性成分谷甾醇、泽泻醇C和去氢钩藤碱等能作用于多个靶点,调控多条通路实现对梅尼埃病的治疗,为其作用机制的研究与临床应用提供思路。     

基于基因表达综合数据库和网络药理学探讨香参丸治疗溃疡性结肠炎的分子机制

目的采用生物信息学和网络药理学分析香参丸对溃疡性结肠炎( UC)的分子机制。方法 2023年 1―5月通过中药系统药理学数据库与分析平台( TCMSP)收集香参丸的有效成分及其相关靶点,利用基因表达综合( GEO)数据库筛选 UC相关靶点,将香参丸与 UC的交集靶点信息上传至 STRING并通过 Cytoscape 3.7.2可视化蛋白质相互作用( PPI)网络。使用 Metascape数据库进行 KEGG与 GO通路富集分析并预测香参丸作用 UC的相关通路,并绘制“中药 -成分 -疾病 -靶点 -通路”网络,利用 Autodock进行分子对接。结果结果显示共筛选得到香参丸主要成分 136个、靶点 243个, UC相关靶点 1 750个,香参丸与 UC交集靶点 37个,筛选出关键成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等,关键靶点如 NOS2、PPARG、IL1B、MMP2以及 ICAM1等。分子对接结果提示核心成分与核心靶点结合稳定,平均最低结合能为 .5.598 6 kCal/mol。KEGG与 GO通路富集分析显示香参丸参与多种分子功能和生物过程,其涉及的主要通路有 TNF信号通路、 Toll样受体信号通路、 HIF-1信号通路以及 MAPK信号通路等。结论香参丸可通过多靶点、多通路改善 UC症状,其主要成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等可能通过 TNF信号通路、 Toll样受体信号通路、 HIF-1信号通路以及 MAPK信号通路等作用于 NOS2、PPARG、IL1B、 MMP2等关键靶点。     

基于网络药理学及分子对接探讨崖爬藤属植物治疗类风湿性关节炎作用

目的 基于网络药理学及分子对接探讨崖爬藤属植物治疗类风湿性关节炎(Rheumatoid arthritis)的潜在作用机制。方法 将崖爬藤属植物化学成分进行整理,通过TCMSP数据库筛选崖爬藤属植物的有效活性成分及作用靶点,结合GeneCards、DisGeNET数据库检索类风湿性关节炎疾病相关靶点,构建崖爬藤属植物“成分-靶点-疾病”网络,通过PPI网络删选出关键靶点,采用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,最后用AutoDock 4.2.6软件将崖爬藤属主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 初步筛选槲皮素、山奈酚、木犀草素、川陈皮素、异鼠李素5个主要活性成分;通过PPI网络拓扑分析获得10个核心靶点;对上述靶点进行富集分析,发现崖爬藤属植物治疗RA的主要通路有乙型肝炎通路、癌症通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染等信号通路。分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点之间具有一定的结合活性。结论 说明崖爬藤属植物通过多成分、多靶点、多通路从而发挥治疗类风湿性关节炎的作用。     

当归芍药散“异病同治”慢性盆腔炎和多囊卵巢综合征的网络药理学及分子对接研究

目的：基于网络药理学方法及分子对接技术研究当归芍药散治疗慢性盆腔炎(CPID)和多囊卵巢综合征(PCOS)的“异病同治”作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选当归芍药散有效活性成分及靶点,利用GeneCards、DrungBank、人类孟德尔遗传综合数据库获取CPID和PCOS相关蛋白,并取药物、疾病交集靶点制作韦恩图。利用Cytoscape 3.9.1软件制作当归芍药散治疗CPID和PCOS的成分-靶点网络图,通过STRING平台构建药物-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,运用BioGPS在线软件检索并制作“关键靶点-器官组织”网络图,利用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书通路富集分析。取药物关键活性成分和疾病核心靶点,通过Autodock Vina软件进行分子对接。结果：筛选到当归芍药散药物有效活性成分74个,当归芍药散-CPID-PCOS作用靶点共70个;PPI网络分析发现,白细胞介素(IL)6、肿瘤坏死因子(TNF)、蛋白激酶B(Akt)1和前列腺素G/H合酶(PTGS)2等可能是当归芍药散治疗CPID和P...     

基于网络药理学及分子对接研究黄芪-党参治疗胃癌的分子生物学机制

目的 采用网络药理学及分子对接研究黄芪-党参有效成分治疗胃癌的分子生物学机制。方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台检索并收集黄芪与党参的活性成分及其对应靶点。通过人类孟德尔遗传数据库和人类基因组注释数据库收集与胃癌相关靶点,并与药物成分所对应的靶点相比较,筛选出相同部分,即获得黄芪-党参与胃癌重合的潜在靶点。采用可视化Cytoscape3.9.0软件建立对药物与疾病靶点相映射得到黄芪-党参治疗胃癌的作用靶点,运用STRING软件构建“化合物-靶点”作用网络与蛋白质相互作用网络,筛选发挥治疗作用的关键成分与关键靶点,对关键靶点进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析获知其潜在的作用机制。结果 共筛选出黄芪-党参63个候选活性成分,主要发挥抗胃癌的活性成分有木犀草素、槲皮素、山柰酚、异鼠李素等6个,主要作用靶点有CCND1、MYC、TP53、FOS、MCL1、CDK4、RUNX2等13个。主要集中于有丝分裂细胞周期的调控、DNA转录的激活、多种肽酶活性等生物学过程,以及磷酸肌醇-3激酶/蛋白激酶B信号通路、P53信号通路等生物学通路。分子对接结果表明药物有效成分与对应靶点均具有较...     

基于网络药理学及分子对接探讨“白芍-牡蛎”药对治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接方法,探讨“白芍-牡蛎”药对治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台、HERB和BATMAN-TCM数据库筛选并获取白芍、牡蛎的主要活性成分及其作用靶点;通过GeneCards数据库收集PCOS疾病靶点,获取“白芍-牡蛎”药对治疗PCOS的预测靶点,建立药物-成分-靶点-疾病网络;通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并采用Cytoscape软件进行可视化分析;使用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后通过AutoDock软件进行分子对接,并采用PyMol软件进行可视化分析。结果：通过筛选,共得到15个活性成分,排序居前3位的核心成分为山柰酚、β-谷甾醇和(+)儿茶素;筛选得到71个潜在作用靶点,其中包含白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)和蛋白激酶B(Akt)1等11个核心靶点;GO富集分析主要集中于信号转导、膜整体组分和转录因子活性等方面;KEGG分析主要富集在磷脂酰肌醇3激酶-Akt(PI3K-Akt)通路...     

贝母瓜蒌散治疗支气管扩张症作用机制的网络药理学预测

目的运用网络药理学分析方法预测贝母瓜蒌散治疗支气管扩张症的潜在机制。方法运用TCMSP数据库检索贝母瓜蒌散中6味中药的化学成分和相关靶点蛋白。通过DisGeNet和GeneCards数据库确定支气管扩张症相关治疗靶点。合并化学成分靶点和治疗靶点并去重,运用Cytoscape 3.7.1软件建立化合物-靶点-疾病网络。依据拓扑学参数,基于STRING数据库分析上述靶点的相关性并进一步确认关键靶点。为推测贝母瓜蒌散治疗支气管扩张症的分子机制,运用DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后运用SystemsDock数据库与AutoDock软件进行虚拟分子对接,从而验证化合物与关键靶点之间的亲和力。结果检索得到385个贝母瓜蒌散的药物靶点和51个支气管扩张症的治疗靶点。根据度(degree)、紧密度(closeness)、中心度(betweenness)等拓扑学参数筛选出18个位于关键节点的基因。通过GO分析预测得到与贝母瓜蒌散治疗支气管扩张症相关的454个生物学过程、33个细胞成分和18个分子功能三个维度的生物学功能指标。通过KEGG富集分析得到27个相关信号通路。最终通过分子对接可视化验证贝母瓜蒌散活性成分和主要靶点的结合力。结论运用网络药理学和可视化分子对接方法揭示了贝母瓜蒌散治疗支气管扩张的潜在机制,为深入实验研究奠定预测基础。