基于长链非编码RNA调控ceRNA网络的缺血性脑卒中相关分子机制

目的：利用生物信息学分析筛选缺血性脑卒中（IS）的差异表达基因，构建竞争性内源RNA(ce RNA)调控网络，探讨IS的相关分子机制。方法：从GEO数据库下载IS相关的mi RNA、m RNA和lnc RNA测序数据，借助R软件获取差异基因，通过star Base、mi RDB和mi Rwalk数据库进行lnc RNA-mi RNA和mi RNA-m RNA关系预测，并构建ce RNA网络。预测与差异分析的结果取交集后筛选出差异靶基因（DETm RNAs），利用DAVID数据库进行KEGG和GO富集分析，String数据库构建蛋白互作网络（PPI），采用Cytoscape软件识别核心靶基因。结果：共筛选出存在明显差异表达的mi RNAs 20个，m RNAs 1512个，lnc RNAs 278个，并成功构建了5lnc RNAs-6mi RNAs-102m RNAs互作的ce RNA网络。筛选出的285个DETm RNAs所富集的功能主要包括染色质的组织、磷蛋白磷酸酶活性的负向调节和细胞周期等生物学过程，涉及白细胞经内皮迁移、血小板激活等信号通路，最终识别出排名前10的核心靶基因为CR...     

Glypican-3和AFP联合检测对原发性肝细胞癌的诊断意义

目的通过检测磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(Glypican-3,GPC3)和甲胎蛋白(AFP)在原发性肝细胞癌(HCC)患者中的表达情况,探讨其联合检测对于HCC的诊断意义。方法采用ELISA和免疫组化的方法检测了89例肝细胞癌患者和30例健康人群血清和组织中的GPC3和AFP蛋白的表达情况,并进一步分析了GPC3的表达与HCC患者临床病理特征的相关性。结果 GPC3和AFP联合检测对HCC的诊断敏感性和特异性分别为91.0%和93.3%,显著高于GPC3或AFP单独检测的敏感性和特异性(P<0.05);且对AFP阴性的HCC患者,GPC3表达的阳性率亦较高。GPC3蛋白的表达与HBsAg以及是否转移无关,而与Edmondson病例分级及肿瘤大小相关。结论联合检测GPC3和AFP可有效提高临床对于HCC的诊断水平。     

LncRNA HOTAIR通过靶基因miR-20a-5p调控淋巴瘤细胞增殖、侵袭、迁移的分子机制研究

目的：探讨lnc RNA HOTAIR通过靶基因mi R-20a-5p对淋巴瘤细胞增殖、侵袭和迁移的影响及其分子机制研究。方法：合成HOTAIR si RNA和si RNA NC质粒后，分别转染淋巴瘤Raji细胞，RT-q PCR检测HOTAIR的m RNA表达，分别通过CCK-8实验、Transwell和细胞划痕愈合实验检测Raji细胞的增殖、侵袭和迁移情况。mi Rcode软件预测lnc RNA HOTAIR的靶基因，并通过双荧光素酶实验分析HOTAIR与靶基因的关系。合成mi R-20a-5p inhibitor和inhibitor NC后，瞬时转染Raji细胞，RT-q PCR检测mi R-20a-5p表达，分析下调mi R-20a-5p对Raji细胞的增殖、侵袭和迁移的影响。用lnc RNA HOTAIR过表达质粒和mi R-20a-5p模拟物同时转染Raji细胞，分析Raji细胞的增殖、侵袭和迁移能力。过表达或下调mi R-20a-5p后，分析JAK/STAT3信号通路相关蛋白的表达。结果：转染HOTAIR si RNA后Raji细胞中HOTAIR表达降低（P<0.0...     

长链非编码RNA HOTAIR在胃癌中的表达及意义

目的:探讨长链非编码RNA HOTAIR(lnc RNA HOTAIR)在胃癌组织中的表达情况及其临床意义。方法:采用实时荧光定量PCR技术检测42例胃癌患者癌组织与癌旁组织中HOTAIR的表达水平,分析lnc RNA HOTAIR表达水平与临床病理特征之间的关系。结果:胃癌组织中lnc RNA HOTAIR表达阳性率较癌旁组织明显升高,癌组织中lnc RNA HOTAIR表达与肿瘤分化程度及临床分期密切相关。结论:胃癌组织中HOTAIR的表达明显升高,且癌组织分化越低,HOTAIR表达越高,可以将HOTAIR作为判断胃癌恶性程度的一个分子标志。     

长链非编码RNA调控肿瘤细胞凋亡的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)是一类长度200个核苷酸、通常不编码蛋白质的RNA。近年研究表明,lnc RNA在肿瘤的的发展过程中发挥抑癌或促癌作用,参与细胞增殖、凋亡等过程。本综述简要介绍lnc RNA的生物学功能及其调控细胞凋亡的研究进展。     

长链非编码RNA MEG3对肿瘤细胞调控作用的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)是一类长度超过200 nt的不编码蛋白的RNA分子。lnc RNA最初被认为是转录噪音,在近年的研究中发现越来越多功能性的lnc RNA,其重要性才渐渐被阐述。母系表达基因3(materally expressed gene 3,MEG3)是一种由母系印记基因编码的lnc R NA,在对其功能的研究中发现MEG3几乎参与了所有的生理和病理过程,其在多种肿瘤中表现出抑制作用。本文就lnc RNA MEG3对肿瘤细胞调控的作用机制作一综述。     

长链非编码RNA在乳腺癌组织与外周血中的表达

目的探讨长链非编码RNA(lnc RNA)在乳腺癌组织与外周血中的表达。方法纳入86例乳腺癌患者和60例乳腺良性结节患者,前者收集癌组织、癌旁组织和血清标本,后者收集血清标本,实时定量PCR检测H19、HOTAIR、MALAT1和GAS5的表达水平。结果 H19、HOTAIR和MALAT1在乳腺癌组织中的表达较正常组明显升高,而GAS5在癌组织中表达下调(P<0.01)。进一步分析发现,lnc RNA表达水平与患者临床病理特征如年龄、肿瘤大小、淋巴结转移、病理类型、分期等无关。H19、HOTAIR和MALAT1在乳腺癌血清标本中的表达水平均明显高于乳腺良性结节患者(P值分别为0.011、0.004、0.010)。受试者工作特征(ROC)曲线分析表明,血清lnc RNA表达水平对乳腺癌的诊断敏感度和特异度均较满意。结论 lnc RNA在乳腺癌发展过程中具有重要作用,血清H19、HOTAIR和MALAT1水平可作为乳腺癌早期诊断的潜在标记物。     

Glypican-3的血清检测与原发性肝癌诊断的研究进展

磷脂酰肌醇蛋白多糖-3（glypican-3, GPC3）是继AFP之后发现的一个新的肝细胞癌标志物.随着对GPC3研究的不断深入,发现它不但在肝细胞癌组织中有表达而且在血清中同样有表达.GPC3对HCC诊断的敏感性和特异性较高,尤其在肿瘤发生的早期,具有极大的临床应用价值,为早期HCC的诊断带来了希望.     

长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1在调控肝细胞癌的进程和化疗耐药中的机制研究

目的 探讨长链非编码RNA(LncRNA)肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)在调控肝细胞癌(HCC)的进程和化疗耐药中的潜在机制.方法 从接受手术的患者中收集20对HCC组织和邻近的非癌组织(距离癌组织＞5 cm).采用荧光定量PCR(qRT-PCR)检测MALAT1、miR-618和MAEL在肿瘤组织和HCC细胞...     

磷脂酰肌醇蛋白聚糖3在肝细胞癌组织中的表达及临床意义

目的 探讨磷脂酰肌醇蛋白聚糖3(Glypican-3,GPC3)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达及临床意义。方法 采用免疫组织化学法检测2011年6月～2015年3月期间的54例HCC组织、46例癌旁组织、22例肝硬化组织、12例正常肝组织中的GPC3表达情况,分析GPC3表达与临床和病理因素的相关性。结果 正常肝组织中不表达GPC3蛋白,肝癌组织GPC3评分(7.39±3.64)和阳性率(81.48%)均显著高于癌旁组织(1.15±0.99,13.04%)、肝硬化组织(0.32±0.56,4.54%),差异有统计学意义(P<0.05); 随着肝癌临床分期的增高,GPC3评分逐步升高,Ⅲ/Ⅳ期(10.05±3.59)与Ⅰ期(4.31±3.41)、Ⅱ期(7.14±3.63)比较,差异有统计学意义(P<0.05),GPC3阳性率也升高(Ⅰ期69.23%,Ⅱ期81.81%,Ⅲ/Ⅳ期89.47%),但差异无统计学意义(P>0.05); 肝癌组织GPC3阳性率与性别、年龄、血清HBsAg、甲胎蛋白(alpha-fetoprotein,AFP)、肿瘤直径、转移情况、临床分期无关(P>0.05),与是否并发肝硬化相关(P<0.05),GPC3高表达率与血清AFP、肿瘤直径、是否并发肝硬化、转移情况、临床分期均相关(P<0.05)。结论 GPC3在HCC的诊断方面具有重要的临床意义,其表达水平与HCC的病情进展相关。     

基于TCGA 数据库构建三阴性乳腺癌预后相关的ceRNA 调控网络及分析

目的 通过分析癌症基因组图谱（the cancer genome atlas,TCGA）数据库构建三阴性乳腺癌(triple negativebreast cancer,TNBC）预后相关的竞争性内源性核糖核酸（competitive endogenous RNA, ceRNA）调控网络。方法 从TCGA 数据库中下载TNBC lncRNA 表达RNAseq 数据,对TNBC 患者的 mRNA,miRNA 和lncRNA 进行差异表达分析,并进一步行生存分析,得到与乳腺癌有明显差异表达同时也对生存有相关性的mRNA,miRNA 和lncRNA。同时构建 lncRNA- miRNA - mRNA 相关 ceRNA 调控网,再对生存相关 lncRNA 所相关的 mRNA 进一步功能富集和注释,并构建蛋白质互作网络最终用关键基因通过人类蛋白质图谱（the human protein atlas,HPA）数据库进行验证。结果 在TCGA 中共找到TNBC 差异表达mRNA 2 331 个、差异miRNA 100 个和差异lncRNA 1 269 个。ceRNA 调控网中的 mRNA 在细胞黏附、唾液分泌和血小板活化、用于IgA 产生的肠道免疫网络、补体和凝血级联反应等信号通路中明显富集。生存分析中,1 个差异mRNA(NMUR1）,1 个差异表达miRNA(hsa-miR-6832-3p),2 个差异表达的lncRNA（AC104809,LINC01297）的表达量均与TNBC 患者的预后相关,差异具有统计学意义（P ＜ 0.05）。最后利用HPA数据库对NMUR1 蛋白水平和生存分析验证,NMUR1 的高表达患者的总生存期显著高于NMUR1 低表达组,差异有统计学意义（P ＜ 0.05）。结论 成功构建了促进TNBC 发生发展的 lncRNA-miRNA-mRNA 调控网络,筛选得到生存相关的差异mRNA,miRNA 和lncRNA 为TNBC 发病机制的研究和诊疗生物标志物的探索提供参考依据。     

基于TCGA 数据对60 岁以上不同分层急性髓系白血病患者相关lncRNA 的基因信息学分析

目的　通过对肿瘤基因组图谱（the concet genome atlas,TCGA）的相关数据进行分析,以得到长链非编码 RNA （long non-coding RNA,lncRNA）及其下游靶分子,对60 岁以上急性髓系白血病 （acute myeloid leukemia, AML）人群预后影响的相关信息。方法　将TCGA 数据库中60 岁以上AML 患者样本,根据美国国立综合癌症网络 （NCCN）指南分为高危AML 和低中危AML 两组。通过R 软件中的“edgeR”筛选得出差异表达的lncRNA / miRNA / mRNA。再利用R 软件中的“survival”包对在高危AML 与低中危AML 中存在差异表达的lncRNA 进行生存分析,并 构建相互竞争的内源性RNA（ceRNA）网络。结果　根据TCGA 数据库中的 lncRNA / miRNA / mRNA 表达数据, 综合 分析得出10 个经典lncRNA（AC009154.1, AC011124.1, AC093627.2, AC144450.1, AL035691.1, AL355974.2, AL441943.2, LINC00703, LINC01612 和AC103702.2）与60 岁以上AML 患者预后具有显著的相关性,并得到了与这些lncRNA 相关 的ceRNA 网络。此外,还进行了两者之间存在差异表达的mRNAs 基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基 因组百科全书（KEGG）通路分析。结论　可以通过干预这些lncRNA 的表达,影响高龄AML 患者预后,从而延缓或 控制高龄AML 患者病情的发展。     

沉默GPC3对肝癌Huh-7细胞增生、迁移和侵袭能力的影响

目的探讨Hippo通路靶向GPC3后对肝癌Huh-7细胞增生、迁移、侵袭能力的影响。方法采用Western blot检测法及RT-PCR分别测量肝癌Huh-7不同对数生长期的肝癌细胞株GPC3蛋白表达水平及GPC3 mRNA水平,并筛选出可有效沉默GPC3基因的siRNA。将肝癌Huh-7细胞株分为实验组、未转染组及对照组,实验组导入GPC3-siRNA-1633转染Huh-7,其余两组不作处理。EdU实验检查三组细胞增殖率,划痕实验测定各组细胞迁移率,Transwell实验测定各组细胞侵袭能力。结果实验组GPC3 mRNA表达量及GPC3蛋白水平显著低于未转染组及对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。实验组Hippo通路中YAP mRNA表达量显著低于未转染组及对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。转染48 h后,实验组细胞增生率、迁移率及侵袭率显著低于未转染组及对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 GPC3可促进肝癌Huh-7细胞增殖、侵袭及转移,从而促进肝癌细胞生长。CPG3可通过上调Hippo通路中YAP表达水平从而促进肝癌细胞增生。通过沉默GPC3 mRNA后可有效抑制肝癌Huh-7细胞生长。     

结直肠癌组织中lncRNA FOXC2-AS1与EZH2的表达及临床意义

目的探讨结直肠癌(CRC)组织中长链非编码RNA(lncRNA)RNA FOXC2-AS1、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)表达及临床意义。方法采用实时荧光定量PCR检测86例CRC癌组织和癌旁组织中lncRNA FOXC2-AS1、EZH2的表达。采用免疫组化法检测癌组织和癌旁组织中EZH2的蛋白表达。采用Pearson相关分析lncRNA FOXC2-AS1与EZH2表达的相关性。统计学分析癌组织中lncRNA FOXC2-AS1、EZH2的表达与临床病理特征之间的关系。Kaplan-Meier生存曲线分析不同lncRNA FOXC2-AS1、EZH2表达水平患者的5年总体生存率的差异。结果与癌旁组织比较,癌组织中lncRNA FOXC2-AS1及EZH2 mRNA表达水平升高(P<0.05),EZH2蛋白表达阳性率较高(P<0.05)。癌组织中lncRNA FOXC2-AS1与EZH2 mRNA表达水平呈正相关(r=0.623,P<0.05)。癌组织中lncRNA FOXC2-AS1及EZH2表达与肿瘤分期有关(P<0.05),与患者的性别、年龄、肿瘤大小、肿瘤位置、肿瘤分化程度及是否伴淋巴结转移无关(P>0.05)。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示lncRNA FOXC2-AS1及EZH2高表达的患者5年总体生存率低于lncRNA FOXC2-AS1及EZH2低表达患者(P<0.05)。结论CRC癌组织中lncRNA FOXC2-AS1及EZH2表达水平升高,lncRNA FOXC2-AS1及EZH2的高表达与肿瘤分期有关,二者有望成为新的评价肿瘤预后的分子标志物。     

唾液lnc-JAKMIP2-1∶1对早期肝细胞癌的诊断价值

目的 探讨唾液中可作为协诊早期肝细胞癌的lncRNA标志物。 方法 首先利用Agilent基因芯片技术,在3份正常肝组织和3份肝细胞癌组织中挑选表达差异最明显的一种lncRNA。然后扩大样本量,利用定量PCR技术检测这种lncRNA在肝细胞癌和对照正常组织、血浆和唾液中的表达水平。 结果 lncRNA-JAKMIP2-1∶1在肝细胞癌患者的癌组织、血浆和唾液中均明显升高（P均< 0.05）,在肝细胞癌患者的癌组织、血浆和唾液中3种样本中的表达显示两两呈正相关,同时lnc-JAKMIP2-1∶1在早期（Ⅰ/Ⅱ期）肝细胞癌患者的唾液中表达就已经明显升高,在接受手术后,其表达又明显下降。通过受试者工作特征曲线分析,唾液lnc-JAKMIP2-1∶1诊断早期肝细胞癌的灵敏度为100%,特异度为86%。 结论 唾液lnc-JAKMIP2-1∶1是协诊早期肝细胞癌的理想标志物。     

Screening of molecular targets and construction of a ceRNA network for oxaliplatin resistance in colorectal cancer

Oxaliplatin resistance reduces the efficacy of chemotherapy for colorectal cancer (CRC). This study aimed to screen molecular targets of oxaliplatin resistance in CRC to construct a ceRNA network. The differentially expressed mRNA and lncRNA between the oxaliplatin-resistant and oxaliplatin-sensitive colon cancer cell lines was determined using RNA sequencing data (no. {"type":"entrez-geo","attrs":{"text":"GSE42387","term_id":"42387"}}GSE42387) from the NCBI GEO database. Gene Ontology BP (biological process) and KEGG pathway enrichment analyses were used to analyze the function and pathway enrichment of the differentially expressed mRNA and lncRNA. The lnCeDB and starBase v2.0 were used to predict miRNA, and Cytoscape software was used to build a ceRNA network. The top 5 mRNA, miRNAs, and lncRNAs with high degrees of connectivity in the ceRNA network were validated by qPCR. TCGA colon cancer clinical data was used to perform a survival analysis of patients with differential mRNA and lncRNA expression. Between the two groups, 2515 mRNAs and 23 lncRNAs were differentially expressed. We constructed a ceRNA network containing 503 lncRNA–miRNA–mRNA regulatory pairs, 210 lncRNA–miRNA pairs, 382 miRNA–mRNA pairs, and 212 mRNA co-expression pairs. The differentially expressed lncRNA, miRNA and mRNA were verified by qPCR. One lncRNA (HOTAIR) and 14 mRNAs significantly correlated with patient prognosis. The discovery of differentially expressed genes and the construction of ceRNA networks will provide important resources for the search for therapeutic targets of oxaliplatin resistance. Moreover, this resource will aid the discovery of the mechanisms behind this type of drug resistance.

Oxaliplatin resistance reduces the efficacy of chemotherapy for colorectal cancer (CRC).