儿童脑膜炎大肠埃希菌毒力基因ibeC的分布研究

目的 对GenBank的1620株大肠埃希菌基因组中儿童脑膜炎大肠埃希菌毒力基因ibeC的分布进行研究. 方法 下载GenBank现存并公开释放的1620株大肠埃希菌基因组数据,构建数据库,通过序列比对程序BLAST查找分析各菌株携带ibeC情况,使用Clustal X1.83软件对大肠埃希菌代表菌株的ibeC基因序列进行多序列比对.同时应用多位点序列分型方法(multi locus sequence typing, MLST)对1620株大肠埃希菌菌株的分布特点进行分析.用BioNumerics V4.0软件,对342株不同来源、不同致病性代表菌株及MLST数据库中已经明确分群的72株大肠埃希菌菌株的不同ST型别构建最小生成树,分析菌株之间的种群结构. 结果 1620株大肠埃希菌基因组中全部携带ibeC基因,ibeC序列平均相似值为98.21%,MLST将1620株大肠埃希菌菌株分成261个已知ST型,ECOR菌株共有49个ST型别,菌株ST型别与菌株来源关联性不强,不同来源、不同致病型别的菌株分布在不同家系. 结论 ibeC基因广泛分布在各类大肠埃希菌中,脑膜炎相关大肠埃希菌与其他致病型大肠埃希菌所携带ibeC基因差异微小,菌株MLST聚类分析显示所有菌株分布广泛,来源复杂,进一步说明ibeC基因非常保守.     

我国五省市碳青霉烯药物不敏感肠杆菌耐药机制分析

摘要 目的 〖HT5"SS〗了解我国五省市六家三甲医院碳青霉烯类抗生素不敏感肠杆菌KPC耐药基因携带和膜蛋白缺失情况。方法 收集2012年10月-2014年12月碳青霉烯类抗生素不敏感大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌共135株。运用改良Hodge试验进行KPC表型初步筛选,PCR法进行KPC耐药基因和膜蛋白基因检测。多位点序列分析（MLST）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）对KPC酶阳性菌株进行同源性分析。结果 共有115株菌Hodge试验阳性。65株菌检测到KPC耐药基因,有13株菌所测膜蛋白全部缺失。8株KPC阳性大肠埃希菌ST131型占主导地位;57株KPC阳性肺炎克雷伯菌主导型别是ST11。PFGE结果显示部分菌株同源性较高。结论 KPC酶在碳青霉烯类抗菌药物不敏感的菌株中起主导作用,而膜蛋白的缺失也是导致耐药的一个协同因素。不同地区菌株的主要耐药机制和主导分子型别一致,同时某些医院存在部分分子型别小规模流行,临床工作中应特别注意监控,以防大规模扩散和地区间传播。     

一起产志贺毒素大肠埃希菌O146∶H10引起的食物中毒的溯源分析

  目的  对2019年广西壮族自治区桂林市发生的一起校内食物中毒进行病原检测及溯源分析。  方法  对该起食物中毒事件开展流行病学调查,采集腹泻患者粪便、餐厨工作人员肛拭子、留样食品、厨房环境及餐厨用具涂抹样本,按常规方法进行病原分离和鉴定,对分离的病原菌进行毒力基因检测及脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型分析。  结果  本次食物中毒事件共造成87人出现腹泻或其他症状。从1例腹泻患者粪便及1位餐厨工作人员肛拭子标本中分离到产志贺毒素大肠埃希菌,血清型均为O146∶H10,志贺毒素基因均为stx_1c亚型,且2株分离株具有相同的PFGE带型。  结论  这起食物中毒是由产志贺毒素大肠埃希菌O146∶H10引起,为国内首次报道由非O157产志贺毒素大肠埃希菌引起的食物中毒事件。     

北京市一起由宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发病原学分析

  目的  对北京市一起由宋内志贺菌引起的暴发疫情进行流行病学调查以及病原学分析,为此类疫情处理提供参考。  方法  2019年9月5 — 20日,采集病例及厨师粪便/肛拭子样本,以及水样、外环境等标本进行病原分离鉴定,并将分离到的病原菌进行药物敏感性试验、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型、全基因组测序,利用全基因组数据分析病原菌的耐药、毒力相关基因,并进行多位点序列分型（MLST）,构建全基因组单核苷酸多态性（wgSNP）分型树状图。  结果  共分离到16株宋内志贺菌和1株肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）,志贺菌均对氨苄西林、四环素、复方新诺明、头孢唑啉、头孢噻肟、庆大霉素、萘啶酸、阿奇霉素、多西环素耐药,且均为产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）菌株。 均为ST152型,是国内常见型别。 其中1株宋内志贺菌全基因组中存在insA插入序列,而在其他志贺菌全基因组中未发现,与其同时分离到的ETEC全基因组中发现有该插入序列。  结论  本次疫情是由多耐药宋内志贺菌引起。 在病原溯源研究中,全基因组数据分析是PFGE分型的必要补充。     

临床来源碳青霉烯耐药大肠埃希菌药物敏感性及分子流行病学特征分析

目的 探讨临床分离的碳青霉烯耐药大肠埃希菌药物敏感性特征及分子流行病学特征,为院内感染控制及临床治疗提供基础数据。方法 收集某医院临床分离的21株对碳青霉烯类药物耐药的大肠埃希菌,采用琼脂稀释法测定菌株对11种临床常用药物的最低抑菌浓度（MIC）;Carba NP试验检测菌株产碳青霉烯酶情况;采用PCR扩增及序列比对检测耐药基因（包括blaNDM、blaKPC、blaIMP、blaVIM、blaOXA）携带状况;采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点序列分型（MLST）对菌株进行分子分型。结果 21株碳青霉烯耐药大肠埃希菌中,对哌拉西林、头孢吡肟、头孢曲松、头孢他啶等-内酰胺类药物和左氧氟沙星耐药率为100.00%;对甲氧苄啶-磺胺甲恶唑的耐药率也高达76.19%;对米诺环素、阿米卡星和磷霉素的耐药率相对较低,分别为23.81%、23.81%和19.05%。Carba NP试验阳性菌株17株,均携带blaNDM-1基因,其余4种基因检测均为阴性。MLST显示21株菌株共有9种ST型别,其中携带blaNDM-1基因的大肠埃希菌主要为ST167型和ST540型。PFGE显示来自泌尿外科的3株菌株电泳图谱完全相同,另外来自不同病房的2株菌株电泳图谱也完全相同,提示医院内存在同一克隆菌株传播的可能。结论 该医院碳青霉烯耐药大肠埃希菌基因型分布呈现多态性;对碳青霉烯类药物耐药的机制主要是携带blaNDM-1基因;携带该基因的大肠埃希菌对临床常用抗菌药物往往呈现多重耐药,给临床治疗带来了困难。加强对碳青霉烯耐药菌株基因型和耐药基因的检测,将对减缓或阻断耐药菌的传播具有重要意义。     

2021年武汉市一起肠炎沙门菌引起的跨区食源性疾病暴发的病原学分析

  目的  对2021年武汉市一起跨区食源性疾病暴发事件进行病原菌的鉴定和溯源分析，查明事件暴发原因。  方法  采集此次食源性疾病暴发事件中相关人员的肛拭子样本、粪便样本和食品样本进行分离培养，用VITEK 2 Compact 全自动微生物鉴定系统鉴定分离到的菌株，并进行血清学分型，耐药性敏感试验；采用脉冲场凝胶电泳法（PFGE）对本次事件的检出菌及近两年本地区临床散发病例的同型别菌株进行分子分型和聚类分析；提取本次事件病原菌和本地区同型别菌株的核酸进行全基因组测序，通过基因注释和序列比对分析病原菌的毒力因子与耐药基因，结合多位点序列分型，变异位点检测和不同地区同型别菌株的全基因组序列构建基于单核苷酸多态性的系统发育树对病原菌进行溯源。   结果  共分离出5株肠炎沙门菌，其中2株来自食物样本，3株来自患者粪便和肛拭子样本。 5株检出菌的PFGE带型完全相同，均对抗生素阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、头孢唑啉、头孢西丁、头孢呋辛、甲氧苄啶–磺胺甲恶唑耐药，携带相同的耐药基因和毒力因子，均为ST11型。 本次事件检出菌株的序列间仅存在1个突变位点。 检出菌的全基因组序列与本地肠炎沙门菌序列高度相似。   结论  肠炎沙门菌为本次事件的致病菌。经同源性分析，此株病原菌为本地区肠炎沙门菌流行株。 全基因组测序技术可作为PFGE分子分型的补充应用于病原菌的监测和暴发事件调查。     

2014－2017年烟台市腹泻病患者中致泻性大肠埃希菌的检测与病原特征分析

目的 了解烟台市腹泻病患者中致泻性大肠埃希菌（DEC）的感染状况和致病型分布特点，对社区和综合医院中两家哨点医院腹泻门诊的腹泻患者进行DEC监测，为DEC的防治提供依据。 方法 采用全自动毛细管电泳仪对生化反应符合DEC特征的菌落进行聚合酶链式反应确认，根据5种DEC特征基因，确定型别。 结果 在1 174例腹泻病患者的粪便中共检出生化反应鉴定为DEC的268株，进行基因确认25株，感染率为2.13%，其中肠聚集性大肠埃希菌（EAEC）15株，占阳性菌株的60.00%，肠产毒性大肠埃希菌8株、肠致病性大肠埃希菌2株、肠出血性大肠埃希菌和肠侵袭性大肠埃希菌均未检出，毒力基因pic占53.33%，20 ~ 44岁年龄组患者检出率最高（64.00%），6 — 10月检出率为84.00%。 结论 烟台市DEC感染的致病型以EAEC为主，基因型以pic为主，DEC感染年龄主要集中在20 ~ 44岁年龄组，全年均有感染，夏秋季多发，应注意加强季节性防控。      

江苏省东台地区家畜非O157产志贺毒素大肠埃希菌耐药性及多位点序列分型分析

  目的  了解江苏省东台地区家畜来源非O157产志贺毒素大肠埃希菌（STEC）抗生素耐药表型、耐药基因,以及多位点序列分型（MLST）情况。  方法  于2019年5月,江苏省东台市采集家畜粪便样本301份（羊粪便231份,牛粪便70份）,分离非O157 STEC菌株。 采用改良微量肉汤法测定菌株对21种抗生素最小抑菌浓度（MIC）;通过全基因组测序技术对O∶H血清型、耐药基因和多位点序列型别进行预测。  结果  在68株非O157 STEC中,有32株对至少1种药物耐药。 其中,STEC对四环素耐药率最高（42.6%）,其次分别对阿奇霉素（36.8%）、复方新诺明（35.3%）、链霉素（32.3%）、氯霉素（30.9%）、环丙沙星（29.4%）等9种抗生素耐药;共识别出25种耐药基因,其中,氨基糖苷类耐药基因和叶酸途径抑制剂类耐药基因携带率最高（44.1%）,其次为四环素类耐药基因tet(A)（42.6%）;MLST将分离株分为13种ST型,其中ST43（19.1%）和ST155（16.2%）比例较高。 最小生成树显示,具有相同血清型的STEC菌株多聚集在一起。 STEC中4种ST型别（ST25、ST40、ST43、ST675）分别与引起肠溶血性尿毒综合征相关的肠出血性大肠埃希菌（HUSEC）聚类成簇。  结论  江苏东台地区家畜中非O157 STEC耐药形势复杂,且存在多重耐药现象。 此外,该地区STEC菌株对人群存在潜在威胁,家畜作为非O157 STEC宿主应引起重视。     

珠海地区妇幼保健院大肠埃希菌产ESBLs的基因型研究

目的 了解珠海地区妇幼保健院产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）大肠埃希菌基因特点.方法 收集珠海地区两家妇幼保健院临床分离的316株大肠埃希菌,用法国生物梅里埃公司VITEK-32全自动微生物分析仪检测其表型,再用双纸片法确定,所有产酶菌株用PCR的方法扩增其TEM,CTX M和SHV基因.结果 316株大肠埃希菌检出138株产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）,占43.7％（138/316）;138株产ESBLs大肠埃希菌PCR检测的结果为TEM型阳性的有72株,CTX M型阳性的有59株,SHV型阳性的有7株,检出率分别为52.2％（72/138）,42.8％（59/138）和5.1％（7/138）;同时携带TEM型和CTX M型的共23株,占16.6％（23/138）.结论 珠海地区妇幼保健院的大肠埃希菌产ESBLs的阳性率高,其基因型别主要以TEM型和CTX-M型为主,同一菌株可携带有两种型别的ESBLs.     

尿路感染B2-ST131大肠埃希菌菌株毒力和耐药性分析

目的分析B2-ST131大肠埃希菌克隆菌株在尿培养中的分布、耐药性和毒力特点。方法收集2012年尿培养大肠埃希菌162株,多重PCR对大肠埃希菌进行种系分型;对B2型菌株进行多位点序列分型法(MLST)鉴定B2-ST131克隆菌株;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行遗传相关性分析;PCR分析毒力基因iut A、omp T、fyu A、fde C、fim H、tra T、cva C、pap、kps MT、p AI、usp、aer、hly A、cnf和chu A的流行性;分析B2-ST131菌株和非B2-ST131菌株在耐药性和毒力基因分布的差异。结果 162株大肠埃希菌中35株为B2型,其中17株经鉴定为B2-ST131克隆菌株。PFGE显示162株细菌具有很大的遗传多样性。毒力基因omp T、usp和chu A在B2-ST131克隆菌株中的流行性显著高于非B2-ST131组(P均0.05)。B2-ST131组细菌对左氧氟沙星的耐药率高于非B2-ST131(88.2%vs 60.7%,χ~2=3.867,P=0.049)。结论 B2-ST131大肠埃希菌克隆菌株在我院尿培养中有一定的流行性,对左氧氟沙星的耐药率略高,主要携带omp T、usp及chu A等毒力因子。     

2013-2020年北京市海淀区成年人致泻大肠埃希菌流行特征和分型研究

目的 掌握北京市海淀区成年人致泻大肠埃希菌(DEC)流行特征和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型特点.方法 对2013-2020年在3家哨点医院就诊的1961例成年人腹泻患者粪便或肛拭子标本进行DEC检测,对其中66株DEC菌株进行PFGE分型试验.结果 成年人DEC检出率为9.54％(187/1961),产肠毒素大肠埃希...     

2019－2020年浙江省湖州市副溶血弧菌临床分离株特征分析

  目的  了解2019—2020年浙江省湖州市腹泻患者副溶血弧菌分离株的特征。  方法  对2019—2020年分离自腹泻患者的109株副溶血弧菌进行血清学分型,采用荧光PCR方法检测其毒力基因,采用微量肉汤稀释法检测其耐药性,并利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对其进行分子分型。  结果  109株分离株的优势血清型为O3∶K6（72株）。 所有分离株均携带tlh基因,仅2株菌携带trh基因。 108株菌产生72种PFGE带型,不同带型的相似系数为19.10%～100%。 分离株对磺胺甲恶唑的耐药率最高（63.30%）,其次为氨苄西林（49.54%）。  结论  加强腹泻患者副溶血弧菌分离株的持续监测有助于开展副溶血弧菌引起的食源性疾病的风险评估,为其引起的肠道疾病防控及临床治疗用药提供参考。     

安徽省马鞍山市市售臭干子中沙门菌的污染状况及其耐药性与分子流行特征研究

目的 了解安徽省马鞍山市市售臭干子及其生产原料中沙门菌的污染状况、血清型分布、耐药情况及分子流行特征,探讨不同的血清型、分子型与耐药性之间的关系.方法 2020年6-9月采集马鞍山市市售臭干子及其生产加工的辅料等,并对其中的沙门菌进行检测;用微量肉汤稀释法对菌株进行药物敏感性试验;使用脉冲场凝胶电泳和多位点序列分型方法...     

2008－2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药与分子分型研究

  目的  分析2008—2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药特征及分子分型特征。  方法  基于肠道病原监测平台收集的分离于2008—2018年的109株人源鼠伤寒沙门菌,采用生化检测试剂条和血清凝集试验进行菌株复核,采用微量肉汤法进行药敏试验,通过聚合酶链式反应方法检测β-内酰胺类、喹诺酮类和大环内酯类药物相关耐药基因,并通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型分析。  结果  北京市鼠伤寒沙门菌对传统抗生素普遍耐药,多重耐药率达52.29%,对临床一线推荐药物环丙沙星、头孢类药物和阿奇霉素的耐药率分别为21.10%,17.43%和1.83%。 还发现了对头孢类药物和环丙沙星共同耐药以及对头孢类药物和阿奇霉素共同耐药的菌株。 耐药基因检测结果显示,耐头孢类药物菌株中,最常见的超广谱β-内酰胺酶基因是bla_TEM-1,其次是bla_CTX-M-14,同时也首次于鼠伤寒沙门菌中发现了bla_OXA-29基因的携带。 环丙沙星耐药主要与gyrA、parC和parE基因的点突变有关。 耐阿奇霉素菌株中未检测出相关耐药基因。PFGE分子分型结果显示,109株菌可分为67个带型,存在包含13株菌的优势带型。  结论  北京市人源鼠伤寒沙门菌耐药形势严峻,PFGE图谱呈多态性分布,相同PFGE带型菌株间具有更相似的耐药谱,需进一步加强肠道病原菌的耐药监测以有效控制耐药性的传播扩散。     

北京市顺义区细菌性痢疾临床诊断病例的感染致病菌检测分析

  目的  分析北京市顺义区细菌性痢疾临床诊断病例的感染致病菌构成及病原特征,为该类疾病的科学防控提供依据。  方法  收集细菌性痢疾临床诊断病例44例,进行志贺菌属、弯曲菌属、沙门菌属、副溶血弧菌、霍乱弧菌、致泻大肠埃希菌、小肠结肠炎耶尔森菌7种常见致病菌的分离培养,对分离菌株进行血清分型、分子分型及毒力基因检测。  结果  志贺菌属和小肠结肠炎耶尔森菌检出率为0,其他致病菌检出率由高到低依次为弯曲菌属（30.00%,9/30）、沙门菌属（18.18%,8/44）、副溶血弧菌（15.91%,7/44）、致泻大肠埃希菌（4.55%,12/44）、霍乱弧菌（3.13%,1/32）。 9株空肠弯曲菌分成9种ST型;8株沙门菌分成4种血清型,7种脉冲电场凝胶电泳带型;8株副溶血弧菌分成4种血清型,毒力基因特征均为tdh+/trh-;1株霍乱弧菌为非O1/O139血清型,毒力基因特征为ctx-/t3ss+。  结论  北京市顺义区细菌性痢疾临床诊断错误率较高。 细菌性痢疾临床诊断病例具有较高的致病菌检出率,以弯曲菌属、沙门菌属为优势构成。 志贺菌属与其他腹泻肠道致病菌的快速鉴别诊断应在临床尽快建立并推广应用。     

2015-2019年北京市西城区人源性单核细胞增生李斯特菌的分子特征分析

  目的  研究北京市西城区人源性单核细胞增生李斯特菌（Lm）的血清学分型和分子特征。  方法  对2015 — 2019年北京市西城区40株Lm临床分离株进行多重PCR血清学分型、脉冲场凝胶电泳分型（PFGE）和多位点序列分型（MLST）。  结果  40例病例中,14例患者为妊娠感染相关病例,其中7例为新生儿感染,均治愈,无死亡病例。 非妊娠感染相关病例中3例死亡。 40株Lm共分为3种血清群,其中1/2a,3a为优势血清型。 40株菌株分为26个型别,GX6A16.BJ0003型别为优势带型（9株）。 GX6A16.BJ0003型别自2015 — 2019年连续5年均有检出,并存在2例死亡病例。 GX6A16.BJ0014型别的2例病例均为妊娠感染相关病例。 40株菌株被分为13个序列类型（STs）,最常见的为ST8、ST87、ST5。  结论  2015 — 2019年北京市西城区人源性Lm以1/2a,3a为主要血清群,GX6A16.BJ0003型别和ST8为北京市西城区人源性Lm主要PFGE型别和MLST型别,存在同一克隆的菌株持续流行情况,应提高对高危型别的监测。     

2016-2020年上海市松江区腹泻患者副溶血弧菌耐药性与分子分型研究

目的 了解上海市松江区腹泻患者副溶血弧菌的毒力基因、耐药性和分子分型等,为预防食源性疾病提供科学依据.方法 参照WS 271-2007进行副溶血弧菌的检测和分离,并应用微量肉汤法进行药物敏感性试验,采用PCR方法检测毒力基因,并对菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型.结果 2016-2020年采集腹泻患者肛拭子标...     

江苏省无锡市门诊腹泻患者鼠伤寒沙门菌分子分型和耐药特征研究

目的 了解无锡市腹泻病例分离的鼠伤寒沙门菌分子分型和耐药特征。方法 对无锡市2016—2017年哨点医院分离的26株鼠伤寒沙门菌采用微量肉汤稀释法测定菌株对9类14种抗菌药物的敏感性;选择两株多重耐药的菌株（SM699：耐7类;SM912：耐4类）进行全基因组二代测序,用生物信息学方法研究其耐药的遗传学基础和多位点序列分型;采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析菌株同源性。结果 26株鼠伤寒沙门菌对亚胺培南均敏感,对其他13种抗菌药物呈现不同程度的耐药（3.8%～65.4%）。耐药率排在前3位的为四环素（65.4%,17/26）、氨苄西林（61.5%,16/26）、萘啶酸（42.3%,11/26）。20株菌至少对1类及以上抗菌药物耐药（76.9%,20/26）,共产生15种耐药表型,有14株菌为多重耐药菌株（53.8%,14/26）。全基因组二代测序结果表明,SM699和SM912分别携带23种和9种耐药基因,可介导对相应抗菌药物的耐药,耐药基因与耐药表型基本一致。菌株SM699的gyrA基因突变可介导喹诺酮类耐药。两株菌均为ST34型,属于近缘克隆株。26株菌产生23种PFGE带型,相似...