HIV-1B′亚型毒株新型耐药相关突变位点的筛选

目的 筛选HIV-1 B′亚型病毒株中可能存在的新型耐药相关突变位点.方法 收集整理前期研究获得的451条HIV-1B′亚型pol区基因序列,序列含蛋白酶全长(1～99个密码子)和反转录酶全长(1～560个密码子),长度约1977 bp.将354条来自接受抗病毒治疗艾滋病患者的(服药组)序列与97条来自未接受治疗患者的(未服药组)序列,分别与B亚型野生型pol基因共享序列进行逐个密码子比对,筛选在服药组序列中出现的频率显著高于未服药组序列的突变位点,将筛选出来的突变位点在斯坦福大学HIV-1耐药数据库中检索,根据数据库收录的情况及解释,初步分析突变与耐药的关系.结果 在服药组序列中反转录酶区有6个位点7个突变的频率显著高于未服药组,分别是D123E、V292I、K366R、T369A、T369V、A371V和1375V,即前2个突变位于反转录酶的聚合酶区、后5个突变位于反转录酶的连接区.检索数据库收录情况,有7个突变均为相应位点的主要变异形式,在服药患者中出现的频率显著高于未服药患者.结论 筛选出的HIV-1 B′亚型病毒株7个突变可能与耐药有关.     

绍兴市HIV-1未治疗人群潜在耐药性研究

目的了解浙江省绍兴市新确诊HIV-1感染者传播性耐药情况。方法分析2013年-2014年绍兴地区新确认未经抗病毒治疗的130例HIV-1感染者样本,采用逆转录PCR和巢氏PCR方法扩增HIV-1的pol基因区全长,构建系统进化树分析基因亚型,参照美国斯坦福大学HIV耐药数据库,确定HIV耐药突变位点及其对各种抗逆转录病毒药物的敏感性。结果共90例样品获得合格的pol区序列结果,发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B和重组亚型CRF01_AE/CRF07_BC 5种亚型。34例样品出现耐药突变,占37.78%;7例样品同时存在2个耐药突变,均为次要耐药位点,其中CRF01_AE亚型4例,CRF07_BC、CRF08_BC和B亚型各1例;27例样品出现1个耐药突变,其中主要耐药位点突变11例(12.22%),次要耐药位点突变23例(25.56%)。NNRTIs的耐药突变位点包括V179D/E、K103N;蛋白酶区的次要耐药突变位点有A71V、L10I、L31I、I47M;整合酶区的次要耐药突变位点包括L74I/M、L68V、E157Q、A128T。结论绍兴市HIV原发耐药突变率相对较高,HIV病毒有较高的潜在耐药性,应加强监测。     

辽宁省2004-2008年人类免疫缺陷病毒感染者原发耐药基因特征

目的 了解辽宁省自2004年至2008年治疗前人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)感染者中耐药基因突变新变化及HIV-1耐药株的流行率.方法 应用抽签法选取经确诊但未接受过治疗的HIV-1感染者血浆样本20份,提取RNA.通过病毒载量检测,HIV-1蛋白酶(PR)全长和部分反转录酶(RT)基因区通过逆转录PCR(RT-PCR)法和巢式PCR法得到扩增样本.经测序,运用Contig Express对序列拼接、编辑和校正,上传耐药序列至斯坦福大学HIV耐药数据库(http://hivdb.stanford.edu)进行分析,寻找耐药位点,评价目前未治疗感染者中病毒基因耐药新变化和耐药株流行趋势.结果 20例未治疗确诊感染者血浆中,13份病毒载量检测值大于1000拷贝/ml的样本得到有效扩增,经测序得到65条有效序列.耐药基因型分析发现2个在辽宁省新出现的亚型H和CRF10_CD.13份样本均未发现核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)相关突变,4份存在非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)相关耐药突变,突变位点分别为P225H、K238S、V179D、K238T,突变率为30.8%(4/13);1份(7.7%)样本蛋白酶抑制剂(PI)主要相关耐药位点154S发生突变,发生PI多重交叉耐药.3份样本仅在PR区分别有1处次要耐药突变,突变位点分别为L10V、A71V,但对蛋白酶基因耐药没有仟何影响.结论 辽宁省HIV-1耐药基因型发现新亚型,PR区基因发现主要耐药突变,应考虑启用二线蛋白酶抑制剂药物.     

广西新诊断HIV/AIDS患者HIV-1整合酶区基因突变及整合酶抑制剂耐药分析

目的 了解广西新诊断HIV-1感染者整合酶抑制剂（integrase stand transfer inhibitors,INSTIs）耐药率、HIV-1整合酶区耐药相关多态性位点的突变率及影响因素。方法 使用课题组2019年10月—2020年3月收集的广西新诊断HIV/AIDS患者血液样本，提取HIV-1整合酶区RNA、巢式PCR扩增整合酶基因并测序。利用斯坦福HIV耐药数据库确定患者HIV-1整合酶区耐药突变位点并计算患者耐药率。通过序列比对分析HIV-1整合酶区耐药相关多态性突变位点，使用多因素logistic回归分析HIV-1整合酶区耐药相关多态性位点发生突变的影响因素。结果 320例HIV-1患者的HIV-1整合酶区序列中，以CRF01＿AE亚型（39.4%）为主，耐药率为2.19%，主要耐药突变位点为E92K(0.62%),次要耐药突变位点主要为E157Q(1.25%)。发生频率较高的HIV-1整合酶区耐药相关多态性位点有L74V(0.94%)、E138D(1.25%)和G163E(3.13%)。多因素logistic回归分析显示：HIV-1整合酶区耐药相关多态性突变的影响...     

新确认HIV-1感染者耐药相关基因位点突变研究

目的了解北京市朝阳区新确认HIV-1感染者耐药相关位点突变的情况。方法选取2014年朝阳区新确认的HIV-1感染者125例,提取血浆中的病毒RNA,用反转录PCR和套式PCR扩增HIV病毒的pol区,并进行序列测定及耐药分析。结果 92份标本扩增成功,扩增阳性样本亚型分布以CRF01_AE亚型为主,占58.70%,31例(33.70%)为CRF07_BC亚型,6例(6.53%)为B亚型,1例(1.07%)为CRF08_BC亚型;经耐药相关位点分析,27例出现了至少一种耐药相关突变;11例(11.96%)患者携带的耐药相关突变位点可能会引起不同程度的耐药。结论朝阳区新确认HIV-1感染者原发性耐药处于相对较高的水平,与新确认的感染者中以男男性接触人群为主有关,同时提示应当对HIV原发性耐药监测常规化。     

绍兴市艾滋病治疗患者HIV耐药基因分析

目的了解绍兴市抗病毒治疗患者的耐药基因变异情况,以进一步指导抗病毒药物的选择。方法分析2013年7月-2014年5月绍兴地区抗病毒治疗大于1年且病毒未抑制的36例感染者样本,采用RT-PCR和nest-PCR方法扩增HIV-1的pol基因区全长,参照美国斯坦福大学HIV耐药数据库,确定HIV亚型及耐药突变位点。结果病毒耐药率为6.85%(33/482),33例病毒未抑制感染者样品检测到耐药突变,主要亚型为CRF01_AE和CRF07_BC。检测到针对核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)的耐药突变,主要类型有M184V、K70R、D67N,针对非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)耐药的突变,主要类型有V179D/E/T、K103N、Y181CY、V90I、G190A。结论绍兴市HIV经抗病毒治疗后易产生耐药性,应加强对HIV耐药变异监测和患者服药依从性干预。     

中国MSM人群中HIV-1亚型与不同位点耐药突变发生频率的Meta分析

目的 了解我国男男性行为（men who have sex with men, MSM）人群中人类获得性免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）亚型与不同耐药位点突变发生频率的情况。方法 检索CNKI、CBM、万方、PubMed、Web of science、Embase等数据库,收集有关中国MSM人群HIV-1亚型与耐药基因突变的现况调查研究,采用系统评价的方法严格筛选文献,以美国医疗保健研究与质量局（the agency for healthcare research and quality, AHRQ）质量评价条目评价文献质量,对所提取数据采用Freeman-Tukey双反正弦变换法计算各位点合并的耐药突变发生频率,以不同亚型为分组进行亚组分析,采用Begg's test估计发表偏倚,统计分析由Stata 12.0软件完成。结果 共纳入10篇研究文献,获得耐药突变位点信息23个,包含亚型五种（01AE、07BC、08BC、B、URFs）。突变发生频率超过5%的位点有:A71T/V/I 17.42%（8.20~29.17）,V179D/E 11.06%（6.24~17.00）,Y181C/N 11.95%（0.50~35.28）,L10I/V 7.06%（4.14~10.65）, K103N 5.67%（1.75~11.66）。M46I/L、T69D/NS、L74I/S与K103N/R的突变仅在01AE亚型中检测到, B亚型检测出发生突变的位点其突变发生频率均高于其他亚型。结论 我国MSM感染者中01AE亚型携带更多种类的耐药突变相关位点,B亚型耐药相关位点的突变频率更高,上述两种亚型及其耐药突变对传播耐药发生率的贡献度大,需要加强防治。     

湖南省未经抗病毒治疗的HIV-1感染者耐药基因变异研究

目的 研究湖南省未经抗逆转录病毒治疗的人免疫缺陷病毒(HIV)/获得性免疫缺陷综合征(AIDS)患者的HIV蛋白酶和逆转录酶区耐药基因变异情况,为更有效地开展高效抗逆转录病毒治疗提供参考.方法 从184例研究对象的血浆中提取HIV-1 RNA,采用套式逆转录-聚合酶链反应扩增HIV-1 POL基因片段,并对扩增片段进行序列测定直接分析.结果 获得阳性结果的106例感染者中,蛋白酶基因区次要耐药变异以M36I、H69K、I13V和I93L为多,它们的累积可引起蛋白酶抑制剂的耐药.逆转录酶区的耐药变异较少见,但发现1例同时存在多个与核苷类逆转录酶抑制剂(NRTI)耐药基因相关的基因位点变异的HIV感染者.结论 湖南省未经抗病毒治疗的HIV感染者中存在原发耐药相关基因位点变异,耐药基因变异处于较低水平的流行状态,感染者在抗病毒治疗开始前和后均应定期检测耐药基因突变情况以指导用药.     

湖南省未接受抗病毒治疗的HIV-1毒株耐药基因变异研究

目的研究湖南省HIV感染者/AIDS患者的耐药情况。为开展大规模抗病毒药物治疗制定计划和方案时提供科学依据。方法对51名HIV感染者/AIDS患者进行CD4绝对计数、血浆病毒载量测定、基因型耐药性检测,并进行分析。结果发现1份样品存在蛋白酶抑制剂(PIs)主要耐药相关突变V32L,N88D(2.13%),3份存在次要耐药相关突变,分别为A71T(4.26%)、A71V(2.13%),3份对核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)耐药突变L210M(2.13%)、L210F(4.26%),4份对非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)耐药突变V179D(6.38%)、V108A(2.13%)。结论湖南省未接受抗病毒药物治疗的HIV感染者/AIDS患者中对现行的抗病毒治疗方案药物耐药水平仍然很低,但是应该加强对HIV感染者/AIDS患者体内HIV-1变异的监测。     

黑龙江省2004～2007年HIV-1毒株耐药基因型检测结果分析

目的了解黑龙江省部分AIDS患者在接受抗病毒治疗中HIV-1耐药基因的变异情况,为更好地开展抗病毒治疗提供科学依据。方法从患者血浆中抽提病毒RNA,用RT-PCR方法扩增HIV—1po1区基因片段,进行核苷酸序列测定及耐药基因型分析。结果2005年的2号样本以及2007年的3号和5号样本各存在～处蛋白酶抑制剂次要耐药突变：A71T、L10I、A71T,但它们单独存在不会产生耐药性。2005年的2号样本以及2007年的5号和6号样本均检出逆转录酶抑制剂的耐药突变,其中核苷类逆转录酶抑制剂（NRTIs）耐药突变位点共有5处：D67N、KTOR、M184V、K219Q、T215FI,非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTIs）耐药突变位点共有7处：K103T、Y181C、K103N、P225H、K238T、V106A、G190A,最终导致三份样本对NRTIs和NNRTIs类中的多种药物产生不同程度的耐受性。结论被检测的AIDS患者中多数对现有的抗病毒药物敏感,但有3例对多数逆转录酶抑制剂产生耐受性,应该加强HIV感染者／AIDS患者体内HIV-1耐药基因型监测,了解治疗前后总体耐药水平。     

合肥市HIV/AIDS未治疗人群的耐药基因及亚型分析

目的了解合肥地区HIV/AIDS未治疗人群基因亚型和原发性耐药情况。方法应用巢式RT-PCR扩增HIV-1 pol区聚合酶基因,经DNA测序后进行系统进化树分析和耐药性分析。结果收集79例合肥地区HIV/AIDS未治疗者,经RT-PCR扩增并获得有效基因亚型序列65例,基因分型以CRF01-AE重组亚型最多39例（60.0%）;其次依次是CRF07-BC 21例（32.3%）、B亚型4例（6.2%）和CRF08-BC1例（1.5%）。1例蛋白酶抑制剂（PIs）主要耐药基因突变,2例反转录酶抑制剂（RTIs）耐药基因突变。总耐药突变率为4.6%（3/65）。结论当前合肥市主要的HIV-1流行亚型是CRF01-AE和CRF07-BC,HIV原发性耐药的发生率在国内处于较低水平。     

河南省人类免疫缺陷病毒-1型耐药毒株的变异情况研究

目的 了解河南省经过抗病毒治疗5年后人类免疫缺陷病毒-1型(human immunodeficiency virus-1,HIV-1)耐药毒株的变异情况.方法 通过横断面调查,参照WHO提供的标准,采集2007年11月到2008年8月间新确认的2～25岁未经抗病毒治疗的艾滋病感染者血清69例,用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法扩增HIV-1 pol区基因,进行基因型耐药性分析.结果 69份调查样本中,扩增并测序成功50份,在逆转录酶(RT)区检测到7个耐药突变位点,蛋白酶(PR)区检测出3个次要耐药突变位点,但仅在逆转录酶区发现1份样本(K103N突变)出现针对非核苷类抑制剂(NNRTIs)高度耐药,蛋白酶区未检测到对蛋白酶抑制剂的高度耐药.根据HIV耐药警戒线监测抽样表河南省HIV-1耐药毒株的流行率<5%.结论 河南省HIV-1耐药株的传播尚处于低度流行水平.但随着抗病毒治疗时间的延长耐药株出现的比例增高,需要密切关注耐药株的传播问题并继续进行此类耐药性监测工作.     

合肥市HIV-1感染者基因亚型和耐药性突变调查与研究

目的 了解合肥地区艾滋病病毒Ⅰ型(human immundeficiency virus 1,HIV -1)基因亚型及耐药性HIV-1的流行情况,为制定防治措施提供科学依据.方法 应用巢式RT-PCR扩增HIV-1 POL区聚合酶基因,经DNA测序后进行进化系统树分析和重组分析,以确定HIV-1基因亚型和重组体,并与国际耐药数据库比对,辨别耐药性突变位点,结合流行病学资料进行分析.结果 收集93例合肥地区HIV-1感染者,经RT-PCR扩增并获得有效基因亚型序列77例,基因分型以CRF01 _AE重组亚型为主,有46例(59.7％);其次是CRF07_BC亚型23例(29.9％)、B亚型6例(7.8％)和CRF08_BC亚型2例(2.6％).耐药分析结果表明,在65例未治疗人群中,发现1例(1.5％)蛋白酶抑制剂(PIs)主要耐药基因突变,2例(3.1％)反转录酶抑制剂( RTIs)耐药基因突变.抗病毒治疗组出现耐药突变位点6例(50.0％)高于非治疗组3例(4.6％)(x2=20.21,P＜0.001).结论 本研究分析了合肥地区HIV-1基因亚型和耐药突变的流行情况,初步了解合肥地区的HIV-1遗传变异多样性并建立耐药检测体系,对合肥地区的艾滋病预防和控制工作有一定指导意义.