'百农64'×'京双16'小麦遗传连锁图谱构建

通过对小麦品种‘百农64’ב京双16’F3家系群体的SSR和AFLP分析,构建了含100个SSR标记(91个引物)和58个AFLP标记(12个引物)的小麦遗传连锁图,158个标记组成20个连锁群,覆盖小麦基因组3 114cM,标记间平均间距为19.7 cM.将前人未定位的12个SSR标记定位到了小麦遗传连锁图谱上.为小麦慢白粉病性等农艺性状的QTL分析打下了良好基础.     

绵羊3号染色体的遗传连锁图谱构建及QTL定位

以四川凉山半细毛羊资源群体为研究对象, 选取位于绵羊3号染色体上的9个微卫星标记, 构建遗传连锁图谱, 用QTLExpress软件对影响绵羊生长发育的5个性状进行QTL定位分析。结果显示: (1) 9个微卫星标记的平均多态信息含量和平均群体杂合度分别为0.606 (0.378～0.738)、0.650 (0.404～0.766); (2) 连锁图谱总长为339.8 cM, 标记平均间距为42.5 cM, 略长于国际主要绵羊作图组织构建的图谱; (3) QTLExpress分析表明, 检测到影响羔羊断奶重、断奶日增重和成年体重的3个QTL, 分别位于99 cM、219 cM、273 cM处, 影响断奶日增重和成年体重的QTL都达到显著水平, 而影响羔羊断奶重的QTL未达到显著水平。     

利用杉木的F1代群体构建遗传连锁图谱

对于杉木 1∶1分离的分子标记位点 ,提出了一种新的构建遗传连锁图谱的策略。通过二点连锁分析 ,任意两个位点的连锁相和重组率可以得到推断和估计。对于一个连锁群中的最优排序 ,采用隐马尔可夫链模型的方法进行多位点的连锁分析。该作图方法比通常林木上所用的“拟测交”作图方法更有效。采用该作图策略 ,利用句容0号无性系 (♀ )×柔叶杉 (♂ )的F1代群体的AFLP分子标记数据重建了句容 0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱。在句容 0号无性系的连锁图谱中 ,有 10 1个标记分布在 11个连锁群上 ,图谱的总长度为 2 2 82 6cM ,平均图距为 2 2 6cM ,单个连锁群上最多含有 17个标记 ,最少含有 5个标记 ;在柔叶杉的连锁图谱中 ,有 94个标记分布在 11个连锁群上 ,图谱的总长度为 2 5 6 5 8cM ,平均图距为 2 7 3cM ,单个连锁群上最多含有 16个标记 ,最少含有 4个标记。构建的句容 0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱比原有的图谱分别增加了 2 6个标记和 2 8个标记 ,双亲的图谱共增加了 5 4个AFLP标记 ,使图谱上的分子标记总数达到 195个 ,双亲遗传图谱的跨度均超过了 2 0 0 0cM ,基本上达到了杉木基因组的长度 ,图谱的覆盖率接近于 10 0 %。利用新的作图方法可以较大提高分子标记在图谱上的分辨率 ,得到可认为是     

RAPD和SSR两种标记构建的中国对虾遗传连锁图谱

利用RAPD和SSR分子标记结合拟测交策略,对中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)“黄海1号”雌虾与野生雄虾作为亲本进行单对杂交产生的F1代,采用RAPD和SSR两种分子标记技术初步构建了中国对虾雌、雄遗传连锁图谱。对460个RAPD引物和44对SSR引物进行筛选,共选出61个RAPD引物和20对SSR引物,用于对父母本和82个F1个体进行遗传分析。共得到母本分离标记146个(RAPD标记128个,微卫星标记18个)和父本分离标记127个(RAPD标记109个,微卫星标记18个)。雌性图谱包括8个连锁群、9个三联体和14个连锁对,标记间平均间隔为11·28cM,图谱共覆盖1173cM,覆盖率为59·36%;雄性图谱包括10个连锁群、12个三联体和7个连锁对,标记间平均间隔为12·05cM,图谱共覆盖1144·6cM,覆盖率为62·01%。中国对虾遗传图谱的构建为其分子标记辅助育种、比较基因组作图及数量性状位点的定位与克隆奠定了基础。     

虾夷扇贝遗传连锁图谱的初步构建

用AFLP标记首次构建了虾夷扇贝遗传连锁图谱。用56对引物组合对父母本和52个F^₁代个体进行遗传连锁分析, 共得到1 855个标记, 其中多态位点为598(32.2%)个, 而354个符合孟德尔1: 1分离比。用这些标记和23个偏分离标记(0.01相似文献   

大粒裸燕麦(Avena nuda L.)遗传连锁图谱的构建

以“元莜麦”和“555”杂交得到的281个F2单株为作图群体,利用20对AFLP引物、3对SSR引物和1个穗型性状构建了一张大粒裸燕麦遗传连锁图。该图谱全长1544.8cM,包含19个连锁群,其上分布有92个AFLP标记、3个SSR标记和1个穗型形态标记,不同连锁群标记数为2-14个,长度在23.7-276.3cM之间,平均长度为81.3cM,标记间平均距离为20.1cM。穗型标记分离比符合3：1,11个AFLP标记表现为偏分离,偏分离比为11.5%。该图谱符合遗传连锁框架图的要求,为今后大粒裸燕麦的QTL定位、分子标记辅助育种和比较基因组学等研究奠定基础。     

中国植物遗传连锁图谱构建研究进展

遗传连锁图谱构建是基因组研究中的重要环节,是基因定位与克隆乃至基因组结构与功能研究的基础上。近十几年来,分子生物学特别是分子标记技术的飞速发展,为构建高饱和的植物遗传连锁图谱和利用分子标记进行辅助育种奠定了基础。综述了我国在植物遗传连锁图谱构建研究方面的进展及发展动态,列举了我国利用DNA分子标记构建的34张植物遗传连锁图谱实例,且讨论了当前我国在该领域研究中存在的问题并提出了解决途径。     

玉米相对饱和遗传连锁图谱构建与一种新的AFLPs共显性分析方法探讨

利用一个F2作图群体(X178×B73),首先构建了一个含有130个SSRs的玉米连锁框架图,然后用119个AFLPs位点增加图谱密度,得到一个全长1659·3cM,标记间平均间距6·66cM的玉米相对饱和连锁图。同时,对SSRs和AFLPs的一些遗传特性进行了分析,探讨了AFLP标记进行共显性分析的一种新方法。分析表明SSRs和AFLPs分子标记具有多态性和可靠性高等特点,是构建高密度分子标记遗传连锁图的有效技术。加密的玉米遗传连锁图谱为比较基因组研究、数量性状位点(quantitativetraitloci,QTLs)克隆、杂种优势机理研究以及标记辅助选择等提供了技术基础。     

中国明对虾AFLP分子标记遗传连锁图谱的构建

以中国明对虾抗WSSV(白斑综合症病毒,WhiteSpotSyndromeVirus)选育群体第四代为母本,野生中国明对虾为父本,采用单对杂交方式产生F1代,F1代个体姊妹交产生F2代共42个个体为做图群体。62对AFLP选择性引物组合共产生529个分离位点,符合1∶1孟德尔分离类型位点共253个,3∶1孟德尔分离类型位点共276个。利用拟测交理论分别构建中国明对虾雌虾、雄虾的遗传连锁图谱,利用F2自交模型构建共同的AFLP分子标记连锁图谱。三张连锁图上分别有31、25和44个连锁群,图谱分辨率为分别为2.4cM、2.4cM和2.1cM。标记间隔距离分别为12.20cM、11.45cM和11.12cM图谱覆盖率分别达到50.21%、51.93%和48.08%。能够基本满足进行QTL(数量性状位点,QuantitativeTraitLocus)定位的需要。将该图谱和其他对虾类遗传连锁图谱进行了比较分析,探讨了利用相关分子标记将已有图谱进行整合的可能。     

33份杂交稻亲本的SSR指纹图谱构建及遗传相似性分析

选用分布在12条染色体上84对SSR引物,对6个粳型和4个籼型核质互作雄性不育系、14个籼型和9个粳型父本,共33份杂交稻亲本材料进行遗传相似性分析,并建立SSR指纹图谱数据库.结果表明:在33份材料中能够扩增出多态性的引物有54对,占所用引物的64.3％;33 份材料间遗传相似系数变异范围为0.429～0.988,在遗传相似系数0,65处,33份材料被聚为籼、粳2个大类群;利用14对引物能将33份材料区分,引物RM264能将‘Ⅱ-32A'、‘协青早A'、‘冈46A’和‘K17A'4个籼型不育系与籼型恢复系区分开,引物RM432能区别5个粳型不育系与粳型可育品种,引物RM6、RM13、RM16、RM240、RM247和RM248均能鉴别籼、粳亚种.利用这6对引物的共显性标记可以鉴别籼粳亚种间杂交组合.     

中国黄瓜主栽品种SSR遗传多样性分析及指纹图谱构建

应用简单重复序列(SSR)标记对从国内主要黄瓜育种单位征集到的116份生产上主栽品种进行遗传多样性分析。结果表明35对引物共扩增出86个等位基因,每对引物平均扩增出2.46个等位基因,其中有效等位基因占70.99%,平均Shannon’s信息指数为0.639,平均PIC为0.382。116个品种的遗传相似系数(GS)分布在0.5029~0.9797之间。聚类分析结果表明在遗传距离0.25处可将供试材料分为2大类群。第1类共106个品种,可分为5个亚族,主要包括华北密刺型、华南型、日本少刺型这3大类型;第2类包含10个欧洲温室型品种。     

猪2号染色体遗传连锁图谱的构建与QTL定位分析

构建了猪2号染色体的遗传连锁图谱,并进一步进行了重要生产性状数量性状位点的定位,结果表明,7个微卫星位点均为中高度多态性位点,多态信息含量为0．40182－0．58477,可以满足遗传连锁图谱构建的要求,构建的资源家系遗传连锁图谱总长152．9cM,位点的排列顺序与USDA结果一致,但除了Sw2516与Sw1201标记区间外,所有标记区间距离均大于USDA图谱,将连锁图谱与性状记忆结合起来,进一步进行了猪数量性状位点定位的研究,在2号染色体发现了显著影响活体估测瘦肉率等活体估测性状的QTLs,此外还发现眼肌高度和背最长肌大理石纹的QTLs,其中影响活体估测瘦肉率的QTL达到了染色体显著的水平（P＜0．01）,且解释性状的表型变异达21．55％,影响眼肌高度和背最长肌大理石纹的QTLs分别可以解释10．12％和10．97％的表型变异,影响活体估测性状的QTLs加性效应与显性效应作用方向相反,影响眼肌高度的QTL加性效应与显性效应相同,在大白猪中具有增效等位基因,定位的QTLs效应较大,为在群体中开展分子标记辅助育种奠定了理论基础。     

食用菌遗传连锁图谱研究进展

食用菌遗传连锁图谱的构建工作虽然较晚于动植物研究,但随着基础研究不断完善,连锁图谱构建工作陆续开展。文中综述了双孢蘑菇(Agaricus bisporus)、香菇(Lentinula edodes)、双色蜡蘑(Laccaria bicolor)、草菇(Volvariella volvacea)、糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)、杏鲍菇(Pleurotus eryngii)、金针菇(Flammulina velutipes)、斑玉蕈(Hypsizigus marmoreus)等食用菌的遗传连锁图谱研究进展,展望了其应用现状及前景,并对笔者所在的国家食用菌产业技术体系黑木耳育种与菌种繁育团队的黑木耳遗传连锁图谱研究进展进行了简介。     

利用杉木的F1代群体构建遗传连锁图谱

对于杉木11分离的分子标记位点,提出了一种新的构建遗传连锁图谱的策略.通过二点连锁分析,任意两个位点的连锁相和重组率可以得到推断和估计.对于一个连锁群中的最优排序,采用隐马尔可夫链模型的方法进行多位点的连锁分析.该作图方法比通常林木上所用的"拟测交"作图方法更有效.采用该作图策略,利用句容0号无性系(♀)×柔叶杉(♂)的F1代群体的AFLP分子标记数据重建了句容0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱.在句容0号无性系的连锁图谱中,有101个标记分布在11个连锁群上,图谱的总长度为2 282.6 cM,平均图距为22.6 cM,单个连锁群上最多含有17个标记,最少含有5个标记;在柔叶杉的连锁图谱中,有94个标记分布在11个连锁群上,图谱的总长度为2 565.8 cM,平均图距为27.3 cM,单个连锁群上最多含有16个标记,最少含有4个标记.构建的句容0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱比原有的图谱分别增加了26个标记和28个标记,双亲的图谱共增加了54个AFLP标记,使图谱上的分子标记总数达到195个,双亲遗传图谱的跨度均超过了2 000 cM,基本上达到了杉木基因组的长度,图谱的覆盖率接近于100%.利用新的作图方法可以较大提高分子标记在图谱上的分辨率,得到可认为是覆盖了整个基因组的遗传连锁框架图.     

白桦AFLP遗传连锁图谱的构建

以80个中国白桦(Betula platyphylla Suk)×欧洲白桦(Betula pendula Roth)的F1个体为作图群体, 利用扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism, AFLP)标记, 按照拟测交作图策略, 分别构建了中国白桦和欧洲白桦的分子标记遗传连锁图谱。从64对AFLP引物组合中筛选出34对多态性丰富的引物组合, 这些入选的引物组合在分离群体中共检测到451个多态性位点。χ2检验结果表明, 有362个位点符合1∶1分离(拟测交分离位点), 41个位点符合3∶1分离, 20个位点符合1∶3分离, 28个位点属偏分离位点。在符合拟测交分离的位点中, 201个位点来自中国白桦, 161个位点来自欧洲白桦。利用2点连锁分析, 来自中国白桦的201个标记构成了14个连锁群(4个以上标记), 10个三连体和14个连锁对, 45个为非连锁位点, 连锁标记覆盖的总图距为1 296.1 cM, 平均图距15.5 cM。而来自欧洲白桦的161个标记构成了17个不同的连锁群(4个以上标记), 8个三连体和4个连锁对, 15个为非连锁位点, 连锁标记覆盖的总图距为1 035.8 cM, 平均图距12 cM。     

RAPD和SSR两种标记构建的中国对虾遗传连锁图谱

利用RAPD和SSR分子标记结合拟测交策略，对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)“黄海1号”雌虾与野生雄虾作为亲本进行单对杂交产生的F1代，采用RAPD和SSR 两种分子标记技术初步构建了中国对虾雌、雄遗传连锁图谱。对460个RAPD引物和44对SSR引物进行筛选，共选出61个RAPD引物和20对SSR引物，用于对父母本和82个F1个体进行遗传分析。共得到母本分离标记146个(RAPD标记128个，微卫星标记18个)和父本分离标记127个(RAPD标记109个，微卫星标记18个)。雌性图谱包括8个连锁群、9个三联体和14个连锁对，标记间平均间隔为11.28 cM，图谱共覆盖1 173 cM，覆盖率为59.36%；雄性图谱包括10个连锁群、12个三联体和7个连锁对，标记间平均间隔为12.05 cM，图谱共覆盖1 144.6 cM，覆盖率为62.01%。中国对虾遗传图谱的构建为其分子标记辅助育种、比较基因组作图及数量性状位点的定位与克隆奠定了基础。     

猪1号染色体微卫星多态性研究及遗传连锁图谱的构建

微卫星具有多态性高、保守性好等优点。本研究选取以20cM左右的间距均匀分布于1号染色体的8个多态微卫星基因座构建猪1号染色体的遗传连锁图谱,为进一步进行重要经济性状基因座的定位打下基础。试验结果表明,8个基因座等位基因数目2~5个,各个基因座等位基因频率在0.015~0.75之间,杂合度为0.39705~0.67675,多态信息含量为0.32925~0.59316。构建的资源家系遗传连锁图谱总长181.5cM,与USDA结果基本一致,可进一步用于猪数量性状基因座定位的研究。 The Microsatellite Polymorphism Research on Porcine Chromosome 1 and the Construction of Its Genetic Map QU Yan-chun,DENG Chang-yan,XIONG Yuan-zhu,SU Yu-hong,ZHENG Rong,LIU Gui-lan The Key Laboratory of Pig Breeding and Genetics,The Ministry of Agriculture, Huazhong Agricultural University,Wuhan 430070,China Abstract:As a molecular marker,microsatellite has many advantages such as high polymorphism and good conservativeness in animal genetic research.The study chose 8 microsatellite markers that evenly distributed on chromosome 1 with a distance about 20 cM to build the genetic map of porcine chromosome 1.The results of our experiment are as follows:the number of alleles for 8 markers is 2 to 5,their gene frequency is from 0.015 to 0.75,the heterozygosity is from 0.39705 to 0.67675 and the polymorphic information content is from 0.32925 to 0.59316.The map we built is basically in consistent with the result of USDA and can be used in searching quantitative traits loci in pigs. Key words：porcine; microsatellite; heterozygosity; polymorphic information content; genetic map     

无籽西瓜品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用SSR标记构建了27份中国无籽西瓜主栽品种的DNA指纹并进行了遗传多样性分析。24对多态性引物共扩增出66种基因型,基因型数2-5个不等,平均2.75个。平均多态性信息量(PIC)为0.37,变化范围为 0.19～0.66。有4个品种具有特征谱带。27个品种遗传相似系数变化范围为 0.7045～1.0,平均0.8683。组合24对引物,除无法区分‘郑抗无籽1号’与‘雪峰花皮无籽’,其余品种均能一一区分开。采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.83处,可将27个品种分为3大类。     

用AFLP标记构建白桦遗传连锁图谱

用AFLP的方法分析中国白桦×欧洲白桦的78个F1个体,并按照拟测交作图策略,建立了中国白桦和欧洲白桦遗传连锁图谱。从群体的45对引物组合中分离出343个分离位点,χ^2检验表明,其中有311个符合1：1拟测交分离位点。在这些位点中168个来自中国白桦,143个来自欧洲白桦。软件分析表日月,中国白桦的168个位点构成9个连锁群,11个三联体和14个连锁对,55个为非连锁位点,连锁标记覆盖的总距离为1909．2cM,平均图距为16．9cM;来自欧洲白桦的143个位点构成12个连锁群,4个三联体和9个连锁对,21个为非连锁位点,连锁标记覆盖的总距离为1857．3cM,平均图距为15．2cM。     

利用两个测序水稻品种构建微卫星连锁图谱

利用已完成基因组测序的两个水稻品种日本晴和931l的数据库成功开发出水稻微卫星新标记,并利用由90个单株组成的日本晴×9311 F2作图群体,构建了一张包含152个SSR标记位点、覆盖基因组总长度2 455.7 cM的连锁图谱,有46个SSR新标记为自主开发,该图谱标记间的平均遗传距离为16.16 cM;并将未能在Temnykh等人(2001)构建的图谱上定位的微卫星标记RM345和RM494定位在第6染色体上.通过与Temnykh等人(2001)和兰涛等人(2003)所构建的图谱从作图群体的类型和大小、标记的类型和数量、标记在染色体上的线性排列顺序等几个方面进行比较,所绘制的图谱其标记在染色体线性排列上与Temnykh等人绘制的图谱具有很高的一致性,达93.81%.