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相似文献
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1.
为研究miR-194-5p对肝星状细胞(HSCs)活化的影响及作用机制,采用CCK-8、β-半乳糖苷酶染色、Transwell、划痕、集落形成实验和RT-qPCR、Western blot分别检测miR-194-5p对LX-2细胞生物学特性、细胞活化标志物和靶基因表达的影响,并用生物信息学和双荧光素酶报告实验确定miR-194-5p靶基因.结果显示:miR-194-5p抑制LX-2细胞增殖、细胞集落形成、迁移能力以及LX-2细胞中活化标志物的表达,促进LX-2细胞衰老;Wnt5a为miR-194-5p的直接靶基因.研究表明miR-194-5p通过靶定Wnt5a抑制LX-2细胞活化,miR-194-5p和Wnt5a可能是治疗肝纤维化新的靶点.  相似文献   

2.
为探讨miR-30a-3p对食管鳞癌细胞生物学行为的影响及机制,miR-30a-3p转染ECA-109细胞后,实时荧光定量PCR检测各组细胞miR-30a-3p表达水平,Transwell小室检测细胞侵袭能力,CCK-8检测细胞增殖能力,通过生物信息学预测miR-30a-3p的靶基因,分析靶基因集合的基因功能及通路富集。结果显示,miR-30a-3p抑制ECA-109细胞侵袭能力(P0.05),但对增殖能力的影响无统计学意义(P0.05)。利用系统的生物信息学预测得到与ESCC相关的靶基因77个,其中在食管癌中上调的差异基因42个,下调的差异基因35个。miR-30a-3p的靶基因多集中于迁移、黏附连接、外泌体及蛋白代谢等过程;靶基因显著富集于Ras信号通路。由此可知:miR-30a-3p可抑制ESCC细胞的侵袭能力,分析得出的参与侵袭迁移及其他功能的靶基因为进一步研究提供了方向。  相似文献   

3.
为研究miR-424-5p参与肺癌侵袭转移的分子机制,筛选与肺癌侵袭转移相关的miR-424-5p靶基因,采用文献调研分析miR-424-5p与肺癌侵袭转移相关的靶基因,并用生物信息学方法筛选miR-424-5p与靶基因3′UTR结合分数较高的靶基因;结合二者的交集筛选出部分靶基因,构建含靶分子3′UTR的荧光素酶报告基因质粒;分别将miR-424-5p模拟物(mimic)与含有靶分子3′UTR的荧光素酶报告基因质粒共转染293T细胞,进行荧光素酶报告基因实验鉴定靶基因。生物信息学分析表明,与肺癌侵袭转移信号通路相关的基因之一是细胞因子信号传导抑制子5(Suppressor of cytokine signaling 5,SOCS5)。在miR-424-5p mimic或阴性对照(negative control,NC)与野生型靶分子SOCS5 3′UTR双荧光素酶报告基因载体共转入293T细胞后,荧光素酶活性值降低至NC组的46%(P0.01)。而miR-424-5p mimic与靶分子3′UTR突变型报告基因载体共转后,荧光素酶的活性与对照组相比几乎无改变。表明SOCS5可能是miR-424-5p的肺癌侵袭转移相关的一个靶分子。  相似文献   

4.
目的:观察miR-221-3p在乳头状甲状腺癌(PTC)中的表达,分析其与分期、转移的关系,瞬时转染miR-221-3p inhibitor观察其对PTC细胞BCPAP的增殖和凋亡的影响,生物信息学方法分析miR-221-3p可能作用的靶基因、参与的通路及功能.方法:(1)原位杂交法(ISH)检测PTC、滤泡状甲状腺癌(FTC)与正常甲状腺组织中miR-221-3p的表达.(2)miR-221-3p inhibitor瞬时转染BCPAP细胞后与阴性对照组比较,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)法、噻唑蓝(MTT)法、Annexin V-FITC/PI流式法分别检测两组细胞miR-221-3p表达、细胞增殖、凋亡情况.(3)软件预测miR-221-3p的靶基因,进行KEGG及GO富集分析.结果:(1)ISH显示PTC组织中miR-221-3p表达明显上调,与FTC、正常甲状腺组织相比差异有统计学意义(P0.01);(2)miR-221-3p inhibitor转染细胞后,细胞miR-221-3p表达下降;细胞增殖减慢,细胞凋亡无明显改变.(3)在PTC中,KEGG分析显示miR-221-3p的靶基因参与了Wnt signaling pathway、Pathways in cancer等通路,GO分析显示miR-221-3p具有细胞代谢调控、基因表达调控、RNA代谢调控等生物功能.结论:miR-221-3p在PTC中表达明显上调,可能成为PTC的一种标志物,可能有影响PTC细胞增殖的作用,参与了Wnt signaling pathway、Pathways in cancer等通路,对PTC细胞的代谢、基因表达等功能具有重要影响.  相似文献   

5.
通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选香连片的主要活性成分;通过TCMSP及Swiss Target Prediction数据库查找筛选其活性成分的对应靶点.收集有关细菌性痢疾相关疾病的靶点,映射至香连片活性成分靶点基因,构建活性成分-靶点网络及共同靶点蛋白相互作用网络(PPI).将共同靶基因进行GO功能富集与KEGG通路富集分析.从香连片中筛选出42个活性成分,19个与细菌性痢疾相关疾病的作用靶点;GO功能富集筛选得到生物学过程相关条目12条、分子功能相关条目5条及细胞组分相关条目6条;KEGG通路富集筛选得到8条相关通路,涉及钙信号通路、癌症通路、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路等.这表明香连片可能通过钙信号通路、癌症通路、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号等,对细胞增殖、凋亡、炎症反应等过程产生影响从而拥有抗细菌性痢疾相关疾病功能,此外预测中表明其作用还涉及多条癌症通路,可为其预防癌症研究提供一定依据.  相似文献   

6.
miR-1/133基因簇在心肌和骨骼肌中特异性表达,对心脏以及骨骼肌的发育及生理病理具有重要作用.该研究采用生物信息学方法,研究了miR-1/133基因簇的进化特征,预测了其靶基因及其调控的生物学过程.利用miRBase数据库对23种不同物种间miR-1/133基因簇的序列、组织方式进行了比较.采用最大似然法构建miR-1/133基因簇的系统进化树,显示该基因簇的进化与物种进化关系有一定差异.利用在线数据库对miR-1/133基因簇上游转录因子及下游靶基因进行预测,并对其进行综合分析,绘制出该基因簇的网络调控图,表明miR-1/133基因簇参与了骨骼肌与心肌发育、胰岛素受体信号通路、经典Wnt信号通路、p53信号通路等体内重要生理过程,为进一步阐明miR-1/133基因簇的生物学功能提供了理论依据.  相似文献   

7.
目的探讨miR-20a-5p的表达对胃粘膜相关组织(MALT)淋巴瘤的增殖影响及其相关分子机制。方法收集18例人胃MALT淋巴瘤组织及邻近正常胃粘膜组织。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测组织中miR-20a-5p的相对表达;应用miR-20a-5p mimic和miR-20a-5p inhibitor分别转染Raji淋巴瘤细胞,以细胞增殖活性(CCK-8)实验分析miR-20a-5p对细胞的增殖的影响;通过计算机靶基因预测软件Target Scan、双荧光素酶报告基因实验及Western blot实验确定miR-20a-5p作用的可能靶基因;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测组织中runt相关转录因子3(RUNX3)的相对表达量。结果与邻近正常粘膜组织相比,胃MALT淋巴瘤组织中miR-20a-5p的表达异常增高(P0.05)。CCK-8实验显示,与对照组相比,miR-20a-5p mimic转染Raji淋巴瘤细胞的吸光度显著升高(P0.05),miR-20a-5p inhibitor组吸光度显著降低(P0.05)。生物信息学软件预测RUNX3为miR-20a-5p作用的靶基因。双荧光素酶报告实验证明miR-20a-5p与RUNX3的3’UTR区特异性结合。Western Blot实验结果显示miR-20a-5p mimic组RUNX3蛋白表达水平明显低于对照组(P0.05),miR-20a-5p inhibitor组RUNX3蛋白表达水平显著高于对照组(P0.05)。MALT淋巴瘤患者标本中的RUNX3 mRNA水平均显著低于邻近胃粘膜组织(P0.05)。人MALT淋巴瘤组织中miR-20a-5p表达与RUNX3 mRNA表达呈负相关关系(P0.05)。结论 miR-20a-5p可促进Raji淋巴瘤细胞的增殖,其机制与下调RUNX3的表达有关。miR-20-5p在胃MALT呈低表达,与RUNX3表达呈负相关关系,miR-20-5p为MALT淋巴瘤的临床治疗提供新靶标。  相似文献   

8.
为探究巨噬细胞中microRNA-155(miR-155)表达水平对急性心肌梗死(AMI)后心室重构的影响及其机制,将miR-155基因过表达(miR-155+/+)和基因敲除(miR-155-/-)小鼠的骨髓细胞分别移植给野生型(WT)小鼠进行血液重建,并建立AMI模型,检测血浆及心肌组织中炎症因子TNF-α和IL-10的表达水平,评价小鼠心脏功能并观察巨噬细胞浸润、心室重构的情况,进而利用病毒包装技术敲降细胞因子信号传导抑制蛋白1(SOCS1)基因后验证其作为miR-155靶基因的影响.结果显示:miR-155+/+组较miR-155-/-组小鼠的心脏收缩功能显著受限(p0.01);巨噬细胞中miR-155表达水平显著影响血浆中炎症因子的释放(p0.01),并促进心室重构的发生(p0.01);miR-155表达水平与SOCS1的mRNA及蛋白质表达水平呈显著负相关(p0.01).综上可知,抑制AMI后巨噬细胞中miR-155的表达可以促进靶基因SOCS1的表达,从而减轻AMI后的炎症反应,有利于减轻心室重构.  相似文献   

9.
目的:利用网络药理学的方法探究头花蓼治疗泌尿系统感染的作用机制。方法:在知网上收集和整理头花蓼的有效成分;通过TCMSP数据库找到头花蓼活性化合物对应的靶标,并用Uniprot数据库添加基因的Symbol;通过GeneCards网站检索泌尿系统感染相关的靶标;利用R软件提取出头花蓼有效成分和疾病共同的靶基因,将共同基因用Cytoscape3.7.2软件构建药物-疾病-有效成分-基因的调控网络;利用STRING数据库构建蛋白互作网络;用R语言进行GO和KEGG富集分析。结果:得到头花蓼的化学成分42个;342个靶蛋白;与疾病的交集靶蛋白共254个;GO分析得到条目186条;KEGG分析得到194条。头花蓼的活性成分可以通过调控SRC、AKT1、STAT3、JUN、MAPK1、RELA等靶标,AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、脂质和动脉粥样硬化通路、人类巨细胞病毒感染等通路发挥治疗泌尿系统感染的作用。结论:头花蓼可以治疗泌尿系统感染,其治疗机制与降低细胞通透性、激活自噬蛋白与PI3K-Akt通路有关。  相似文献   

10.
已有研究表明日本对虾(Marsupenaeus japonicus shrimp)miR-34(mja-miR-34)参与调控白斑综合症病毒(white spot syndrome virus, WSSV)的感染,但其调控的宿主基因还未具体阐述.本研究首先比对了miR-34在17个物种中的序列,并使用TargetScan 5.1和miRanda预测了miR-34调控的宿主基因.结果显示,miR-34在物种进化过程中具有高度保守性;mja-miR-34可靶向作用于242个宿主编码的基因,且在病毒感染不同时间段呈现差异表达;利用GO注释和KEGG信号通路富集分析结果表明,mja-miR-34的靶基因参与细胞代谢、细胞信号转导、免疫系统以及遗传信息的调控等过程;mja-miR-34在对虾体内可调控靶基因(translation initiation factor)的表达.结果说明mja-miR-34及其靶基因参与病毒感染等多个细胞进程,但还有待进一步验证.本研究可为mja-miR-34靶基因的鉴定及其生物学功能的研究提供数据支持和理论指导.  相似文献   

11.
通过网络药理学方法预测射干-麻黄配伍治疗咳嗽变异性哮喘(cough-variant asthma,CVA)的可能分子机制。采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选射干、麻黄有效活性成分及对应治疗靶点,从GeneCards获取CVA疾病靶点基因,经过映射分析获得射干-麻黄活性成分直接作用的CVA目标靶点。构建中药-活性成分-靶点基因调控网络,通过String数据库进行目标靶点的蛋白质-蛋白质相互作用分析并筛选关键基因,借助生物信息分析工具预测靶点基因参与的基因本体生物学过程、京都基因与基因组百科全书信号通路。结果表明:从TCMSP获得射干-麻黄有效活性成分30个,直接调控的CVA靶点基因75个,射干-麻黄调控CVA存在多成分、多靶点的网络调控作用;靶点基因主要富集于核受体活性、直接配体调控序列特异性DNA结合的转录因子活性、泛素样蛋白连接酶结合、甾体激素受体活性、类固醇结合等98个生物学过程,以及PI3K-Akt信号通路、肿瘤中的微小RNA、乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人类巨细胞病毒感染等110条信号通路。射干-麻黄活性成分可能通过抑制气道炎症反应与高反应性、调节自身免疫功能等环节发挥治疗CVA的作用。  相似文献   

12.
目的本研究旨在通过生物信息学方法筛选缺血性卒中的关键miRNA,探讨其下游靶基因及相关调控通路在缺血性中风中可能发挥的生物学作用。方法利用R语言的Limma包分析大鼠缺血性卒中模型外周血miRNA表达谱数据,miRbase数据库鉴定差异miRNA保守性,miRDB数据库预测这些miRNA的靶基因。联合应用string数据库和cytoscape软件构建靶基因相互作用网络,分析筛选出核心靶基因,应用缺血性卒中患者外周血mRNA表达谱进行关键靶基因鉴定。结果在MCAO大鼠外周血miRNA表达谱中筛选到15个差异miRNA,保守性分析获得11条在大鼠和人类之间具有高度保守性的miRNA。这11个miRNA共预测到1467个靶基因,生物信息学分析得到20个核心靶基因。其中,有11个核心靶基因在缺血性卒中患者外周血中出现显著表达变化,成为本研究的关键靶基因。构建了包含6个miRNA和11个与缺血性卒中的发展与转归相关的关键靶基因组成的miRNA-mRNA互作调控网络。关键靶基因的聚类与功能富集于造血调控、神经元死亡调控、对缺氧的反应等与卒中密切相关的生物学进程以及PI3K-Akt信号通路、c AMP信号通路、Notch信号通路等重要信号通路。结论基于上述结果,分析确定了两对关键miRNA-mRNA:miR-182-CREB1和miR-139-Notch1。它们可能通过c AMP信号通路和Notch信号通路在卒中的病理生理进程中起到关键作用,这些结果为中风的诊断和治疗提供了新的见解。  相似文献   

13.
目前microRNA(miRNA)转录后的调控作用在乳腺癌(breast cancer,BC)致病机理探寻中受到广泛关注.但在病理分型中,人们对于miRNA如何与其靶标基因相互作用来调控乳腺癌的分型还知之甚少.本文通过结合基因表达数据和序列信息预测miRNA在乳腺癌分型中的作用.首先,使用T统计针对健康、非浸润及浸润性乳腺癌样本提取差异表达的miRNA和mRNA;然后,利用HCtarget算法预测表达显著miRNA的靶基因;最后,构建miRNA和mRNA调控网络并进行富集性分析.分子生物学分析显示,10个显著表达的miRNA的靶基因广泛参与MAPK信号通路、Wnt信号通路、雌激素信号通路等与乳腺癌密切相关的通路.而hsa-miR-200c,hsa-miR-205和hsa-miR-145调控强度变化贯穿乳腺细胞由正常到非浸润再到浸润的整个过程,可以作为识别乳腺癌潜在的分子标志物,为乳腺癌发病机理研究提供了方法和依据.  相似文献   

14.
采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索地榆-茜草药对的主要活性成分,并对筛选出成分的靶点进行预测,靶点不全者以Swiss Prediction数据库进行预测.在DrugBank、GeneCards等数据库检索异常子宫出血的疾病相关靶点.构建成分-靶点网络,并提取出关键靶点进行GO分析及KEEG分析.地榆-茜草药对共检出符合条件的候选化合物26个,289个作用靶点,并获得2 898个疾病靶点.药物相关靶点疾病相关靶点作交集获得194个潜在治疗靶点,最终筛选出30个靶点为核心靶点.GO富集分析,共得到290个相关条目.其中生物途径(BP)条目231个,细胞组分(CC)条目18个,分子功能(MF)条目41个(均P<0.05).KEEG通路富集分析,共得到86个信号通路.结果可见,地榆-茜草药对治疗异常子宫出血的潜在主要活性成分为:槲皮素、β谷甾醇、山奈酚、茜草素B及地榆皂苷Ⅰ.潜在关键靶点为ATK1、CASP3、STAT3、HIF1A、MMP9等.潜在关键的生物学进程及通路包括:癌症通路、TNF信号通路等.  相似文献   

15.
目的 探讨miR-17调控胃癌细胞上皮间质转化的作用机制.方法 检测胃癌组织和胃癌细胞系中miR-17的表达水平;分别将miR-17模拟物(抑制物)和TGFBR2过表达载体(siRNA)转染到SGC-7901胃癌细胞中,通过MTT法、流式细胞术、Transwell实验和Western blotting检测细胞增殖、凋亡、侵袭和EMT标志蛋白表达;荧光素酶报告基因分析验证miR-17与TGFBR2的靶向关系.结果 胃癌组织和胃癌细胞系中miR-17表达上调;过表达miR-17促进SGC-7901细胞增殖、侵袭,抑制凋亡;miR-17靶向TGFBR2的3'UTR;过表达TGFBR2抑制SGC-7901细胞增殖、侵袭,促进凋亡;miR-17通过激活PTEN/PI3K/AKT信号通路促进SGC-7901细胞EMT.结论 miR-17靶向下调TGFBR2表达,激活PTEN/PDK/AKT信号通路,促进SGC-7901细胞EMT.体内研究结果证明miR-17促进肿瘤的生长.因此,miR-17可能是胃癌抗转移治疗的潜在策略.  相似文献   

16.
肝细胞癌严重威胁着人类的生存,其转移是肝癌患者主要的死亡原因.microRNA参与调控肿瘤的转移,具有成为治疗靶点的潜力.本研究通过生物信息学的手段挖掘公共数据库中的microRNA表达谱数据,鉴定出新的潜在的促进肝癌转移的microRNA hsa-miR-371a-3p.细胞愈伤实验和细胞迁移实验的结果证明hsa-miR-371a-3p的过表达能够促进肝癌细胞的迁移.而且,在hsa-miR-371a-3p过表达的肝癌细胞中,预测的靶基因MRVI1和UBR7的mRNA表达水平下降,说明hsa-miR-371a-3p可能通过下调MRVI1和UBR7的方式促进肝癌细胞的迁移.  相似文献   

17.
目的:阐明miR-9-5p通过靶向调控ZAK表达从而影响结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的分子机制。方法:通过qPCR、Western blot检测结直肠癌细胞系(HCT116、SW260、HT29及LoVo)及结直肠癌患者组织样本中miR-9-5p表达水平及ZAK的mRNA和蛋白表达水平。生物信息学方法分析miR-9-5p与ZAK结合的靶向序列。双荧光素酶基因报告实验检测miR-9-5p对ZAK的靶向调控关系。脂质体法将miR-9-5p mimic或/和ZAK质粒共转染结直肠癌细胞系HCT116及SW620,通过CCK-8及克隆形成实验观察miR-9-5p/ZAK信号轴对细胞增殖的影响,通过Transwell观察对细胞迁移和侵袭能力的影响。结果:与人正常上皮细胞系相比,在结直肠癌细胞系中ZAK的mRNA及蛋白水平显著上调(P<0.05);在结直肠癌临床组织样本中,ZAK蛋白水平亦显著上调(P<0.05);miR-9-5p的表达水平在癌细胞系及组织样本中下调(P<0.05)。双荧光素酶报道基因实验显示miR-9-5p能显著影响ZAK 3’UTR野生型表达载体的荧光素酶...  相似文献   

18.
通过构建hsa-miR-145的重组体pGenesil-1-miR-145,并瞬时转染到人恶性多发性畸胎瘤细胞(NTERA-2)后,利用qRT-PCR法检测hsa-miR-145,以及肿瘤发生相关基因OCT4,SOX2,c-Myc,KLF4,FSCN1在转录水平的表达差异;同时利用MTT法和流式细胞术Annexin V-APC/7-AAD双染法检测hsa-miR-145对NTERA-2细胞增殖的生物学效应和细胞凋亡的影响.结果表明:hsa-miR-145的高表达导致NTERA-2细胞增殖明显减弱,凋亡率增加;转染重组质粒hsa-miR-145后,OCT4,SOX2,c-Myc,FSCN1基因的表达量均有所降低,提示miR-145的过表达可能通过抑制靶基因的表达从而影响生殖肿瘤细胞的生物学功能.  相似文献   

19.
通过网络药理学的方法,研究三七-白及药对在疾病治疗过程中潜在的药理作用机制.采用TCMSP数据库筛选三七-白及药对的活性成分和作用靶点,并用Uniprot数据库校正靶点信息得到靶点基因,利用CTD数据库获得靶点基因相关的疾病类型,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,分析得到核心蛋白,运用DAVID数据库富集分析靶点基因参与的基因本体论(GO)生物学过程及京都基因与基因百科全书(KEGG)通路.共筛选得到17个活性成分,涉及193个作用靶点.结果表明:槲皮素、β-谷甾醇和豆甾醇的作用靶点数目最多;靶点基因与35类疾病相关,主要包括癌症、神经系统疾病、心血管疾病等;蛋白相互作用网络分析得到核心蛋白AKT1,MAPK1,c-Jun,P53,TNF等;靶点基因主要涉及药物反应,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等91条GO生物学过程,KEGG通路显著富集到癌症通路、乙型肝炎等66条通路,与前述疾病分析结果相符.  相似文献   

20.
目的:探讨长链非编码RNA FGD5-AS1(lncRNA FGD5-AS1)对肝癌细胞放射敏感性的影响及其分子机制.方法:运用qRT-PCR检测FGD5-AS1、miR-542-3p和GTPBP4在肝癌组织和肝癌细胞系中的表达情况;采用克隆形成实验和流式细胞仪分析FGD5-AS1和GTPBP4表达变化对肝癌细胞系放射敏感性的影响.利用基因沉默、qRT-PCR和Western blot检测FGD5-AS1对miR-542-3p及其靶基因GTPBP4表达的影响,并运用荧光素酶报告实验分析lncRNA FGD5-AS1对miR-542-3p/GTPBP4表达的调控作用.结果:FGD5-AS1和GTPBP4在肝癌组织和肝癌细胞系中表达上调,miR-542-3p在肝癌组织和肝癌细胞系中表达下调.沉默FGD5-AS1可增强肝癌细胞Huh7和PLC5的放射敏感性.沉默GTPBP4可以抑制Huh7和PLC5细胞的克隆形成,促进Huh7和PLC5细胞的凋亡,增强Huh7和PLC5细胞的放射敏感性.GTPBP4是miR-542-3p的下游靶基因,miR-542-3p可以负向调控GTPBP4的表达水平;而FGD5-AS1可负向调控miR-542-3p的表达,并正向调控GTPBP4的表达水平;FGD5-AS1对HCC细胞放射敏感性的影响又依赖于miR-542-3p.结论:FGD5-AS1作为miR-542-3p的"分子海绵"竞争性上调GTPBP4的表达进而影响肝癌细胞的放射敏感性.  相似文献   

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