HCV基因分型研究进展

HCV基因型无论是对HCV的基础研究、临床治疗还是预防，都有着重要的意义。HCV的基因分型方法有很多，但都不是完善的，唯一的参比标准是HCV基因组测序。但各种方法对不同HCV领域的工作仍是必要的，目前HCV可分为11个基因型，80多个基因亚基。     

丙型肝炎病毒基因型分布及HLA-Cw基因多态性的关联性分析

目的 对邯郸不同HCV基因型的分布情况进行统计,结合HLA-Cw的基因多态性,分析HCV与HLA-Cw的关联性.方法 采用荧光PCR法进行HCV基因分型检测,计算不同HCV基因型的阳性率,从而对该地区的丙肝病毒感染者进行流行病学调查;采用病例-对照研究,对所有研究对象的基因组进行HLA基因分型,统计HCV感染者和健康对照者之间HLA-Cw基因频率的差异和关联度;对所有丙型肝炎病毒感染者,采用统计学方法分析HLA基因型别和血清中HCV-RNA的基因型别的关联性,从而寻找与不同HCV基因型感染相关的HLA-Cw基因型.结果 邯郸HCV 1b亚型在人群中的分布最多,其次为混合型1b/2型;HLA-Cw* 8与HCV的慢性感染有关,而其他7个基因位点经研究关联不大,进一步研究发现,HLA-Cw * 8基因与HCV 1b亚型的易感性密切相关.结论 HLA-Cw基因与HCV感染密切相关,可进行易感人群分析,为控制HCV的传播提供可参考的理论依据.     

不同感染途径慢性丙型肝炎患者HCV基因型分布的差异

目的 探讨丙型肝炎病毒(HCV)基因型在中国部分城市输血与非输血途径感染者之间的分布。方法 对来自中国南北地区9个城市的慢性HCV肝炎患者的血清，用5′非编码区酶切分型方法进行HCV基因分型，分析HCV基因型在不同地区和感染途径之间的分布差异。结果 在219例慢性HCV肝炎血清中，有214例(97．7％)检测出HCV基因型，其中197例为单基因型HCV感染，主要的HCV流行株为1b(76．64％)和2a(18．22％)，并有5．14％的患者感染基因3b型，且首次在中国检测出4a型。HCV在中国南北地区城市的分布差异无显著意义，但输血感染者和非输血感染者之间的HCV基因型分布差异有显著意义，输血感染者中，93．88％为单基因型HCV感染，1b占76．87％，高于非输血途径感染患者中单基因型HCV感染百分率(86．57％)和1b的感染百分率(58．21％)，非输血感染者中的混合HCV基因型比例(13．43％)高于输血感染者(6．12％)。结论 中国南北部分地区的HCV基因型分布差异无显著意义，但经输血感染和非输血感染的慢性丙型肝炎患者之间的HCV基因型分布差异有显著意义。     

丙型肝炎病毒基因分型研究状况

当前HCV基因分型研究十分活跃,但由于在基因分型的方法、命名等方面尚不统一所以各国学者报道的分型结果很不一致。本文对近来HCV基因分型的现状,存在的问题及开展HCV基因型研究的意义进行了综述。     

HCV在中国流行多样性和独特生长史的分析

目的 探讨中国丙型肝炎患者中HCV的基因型分布类型,并进行HCV在中国流行病学历史分析,进而研究HCV在中国的分子流行病学和进化动力学特征.方法 从423例丙型肝炎患者的血清中提取HCV RNA并进行cDNA反转录,扩增E1和NS5B两个基因区的核苷酸序列,排除不合格及不适合分析的病毒株序列,再对合格序列进行系统发育分析（phylogenetic analysis）.运用BEAST软件中的Bayesian MCMC （Markov Chain Monte Carlo）算法来进行Coalescence分析,通过重构BSPs（Bayesian skyline plots）图回溯HCV的流行病学历史.结果 HCV分离株的基因分型如下：共包括6个基因型,12个基因亚型（1b：65.9％,6a：17.1％,2a：7.4％,3a：3.6％,3b：3.3％,6e：0.76％,1a,1c,2b,2f,4d以及5a共占0.25％）,以及2个新基因型6变异体.所产生的5个BSP曲线图均凸显1993年至2000年这一时间段,中国的HCV感染数量呈现指数增长,随后则陡然下降.结论 证实了HUV在中国多样性的流行现状,反映了HCV不断变化的基因型流行模式;1993年至2000年期间由于“单采血浆”事件的影响,HCV在中国的感染数量经历了一段“指数”增长期.     

吉林省延边地区朝鲜族与汉族HCV基因型特征分析

目的分析吉林省延边地区朝鲜族与汉族丙型肝炎病毒（HCV）基因型特征。方法采用荧光定量PCR方法和探针反向杂交技术对延边地区收治的62例朝鲜族和57例汉族慢性丙型肝炎患者进行HCV病毒载量检测和HCV基因型分析,比较HCV基因型在朝鲜族与汉族之间的分布差异,并分析HCV基因型与病毒载量、2型糖尿病和肝病严重程度之间的相关性。结果朝鲜族HCV基因型显示,1b型占45．16％（28／62）、2a型占38．71％（24／62）、未分型占16．13％（（10／62）;汉族HCV基因型显示,1b型占45．61％（26／57）,2a型占40．35％（23／57）,未分型占14．14％（8／57）,朝、汉族之间各基因型分布差异无统计学意义（P〉0．05）。HCV各基因型之间HCV病毒载量差异和合并2型糖尿病分布差异之间无统计学意义（P〉0．05）,而HCV1b型在中、重度慢性丙型肝炎患者与轻度慢性丙型肝炎患者中所占的比例差异具有统计学意义（P〈0．05）。结论①吉林省延边地区HCV基因型中以1b型最多,2a型次之,还有少数其他基因型;②HCV基因型在朝、汉民族之间分布无差异;③HCV基因型与HCV—RNA载量无关;④HCV基因型在合并糖尿病者与未合并糖尿病者之间分布无差异;⑤1b型HCV感染者病情相对较重。     

白介素-28B基因多态性与HCV感染后转归相关性研究

目的研究白细胞介素28B(IL-28B)基因多态性与HCV感染者转归情况的关系,以期对HCV的治疗和防御提供指导。方法采用基因测序的方法分析230例慢性HCV患者的IL-28B的rs8103142基因多态性,并对患者的HCV-RNA载量进行检测。结果 HCV携带者IL-28B的rs8103142位点的TT基因型和T等位基因的比例高于健康人群(P0.05)。HCV携带者rs8103142位点的CC基因型和C等位基因的比例在低HCV RNA水平患者明显较多(P0.05);rs8103142位点TT基因型和T等位基因的比例在高HCV RNA水平患者明显较多(P0.05)。不同HCV基因型患者的基因型和等位基因分布均有明显差异(P0.05)。接受治疗后为SVR患者的rs8103142位点的CC基因型和C等位基因的比例高于非SVR组患者(P0.05)。维吾尔族患者IL-28B的rs8103142位点的TT基因型和T等位基因的比例高于汉族患者(P0.05)。结论 IL-28B的rs12979860基因多态性与HCV感染者治疗后转归有一定联系,TT基因型可使携带者具有HCV的易感性,CC型基因型可增强携带者对HCV抗性,对临床HCV的预防和治疗有重要意义。     

IL-28B基因多态性与丙型肝炎自然转归的相关性研究

目的:探讨IL-28B单核苷酸多态性与丙型肝炎病毒(HCV)感染自然转归的相关性。方法:采用Sanger基因测序法检测广州地区无偿献血人群中266名HCV感染者(107名自发清除者和159名慢性感染者)和97名健康献血者IL-28B rs12979860位点基因型和等位基因,并统计分析其在HCV感染者与健康献血者,HCV慢性感染者与健康献血者,HCV自发清除者与慢性感染者中的分布差异。结果:159名HCV慢性感染者,107名自发清除HCV者和97名健康献血者多表现为CC基因型,分别占83.6%、95.3%和86.6%,CT基因型分别占16.4%、4.7%和13.4%,未发现TT基因型。HCV感染者和健康献血者,HCV慢性感染者和健康献血者CC/CT基因型分布差异均无统计学意义(χ2=0.204,P=0.652;χ2=0.406,P=0.524),但在HCV慢性感染者和自发清除HCV者中CC/CT基因型分布差异有统计学意义(χ2=8.474,P=0.004),自发清除组中CC基因型比率高于慢性感染组,自发清除组C等位基因的频率高于慢性感染组(χ2=7.949,P=0.005)。结论:在广州献血人群中,IL-28B rs12979860基因多态性与HCV的易感性不相关,但与HCV感染的自发清除相关,表现为C等位基因有利于丙型肝炎病毒(HCV)的自发清除。     

山东省HCV分离株C区及NS5区核苷酸序列分析及其基因分型

目的 研究山东省丙型肝炎病毒（HCV）流行株的基因型别,方法 用反转录套式聚合酶链反应（PCR）方法分别扩增山东省HCV流行株C区（432bp)NS5区（319bp)的两个基因片段,将其克隆人T载体上并自动测序,进行同源性分析及基因型别鉴定。结果 4株HCVC区基因片段有3株为1b基因亚型,1株为2a基因亚型,10株NS5区的基因片段分析均为1b基因亚型,并且与GenBank中多个1b亚型代表株核苷酸序列同源性达90%以上,结论 山东省HCV流行株以1b亚型为主,兼有2a亚型,同一亚型中也有较大的变异,NS5区1b亚型中基因散率可达5%以上。     

丙型肝炎病毒基因分型研究进展

丙型肝炎病毒(HCV)基因型众多,其命名和分型标准已渐趋统一,一般采用Simmonds命名系统。不同基因型的分布地理差异明显,我国以1b、2a型最常见,南北差异可能不大。现有的HCV基因分型法有多种,PCR和血清学两类方法各有其局限性,相应也出现多种改进及新方法,主要是针对PCR法的改进。近几年新兴的DNA芯片技术也开始应用于HCV基因分型,很可能提供一种更敏感、快速、高效的HCV基因分型法。     

慢性丙型肝炎患者HCV血清学分型研究

目的探讨HCV基因分型与血清学分型的关系。方法对来自14家医院的104例已知HCV基因型的慢性丙型肝炎患者血清，经ELISA方法，用Murex HCV Serotyping 1-6 Assay血清分型试剂进行HCV的血清学分型。结果104例血清中的86（82，69％）例可分出血清型，检出血清型病毒株91株，病毒株检出率为78．4％。血清型与基因型的总符合率为62，1％，血清型1型、2型和3型的符合率分别为69，4％、51，2％和70．0％，以2b基因型的符合率和漏检率最低（54．5％）。结论HCV血清型特异性受病毒基因型的影响，与基因型存在一定的差异。     

山东烟台地区HCV感染的基因分型研究

目的 了解山东烟台地区丙型肝炎病毒的基因分型,结合受试者的肝功能指标观察基因型别与肝损情况是否相关.方法 采用特异性PCR引物对HCV RNA5'UTR区和(或)NS5B区进行扩增,PCR产物进行序列分析,通过与GenBank中参考序列的比对,联合遗传进化树对标本予以分型.结果 9例无偿献血员中检出1b和3a两种基因亚型,分别为8例和1例.33例丙肝患者中,检出1b、2a和6a三种基因亚型,分别为22(66.7％)、10(30.3％)和1(3.03％)例.1b亚型是烟台地区HCV携带者的优势流行基因亚型,在不同人群中分布差异无统计学意义(x2=0.796,P=0.373);不同基因分型的受试者其肝损指标的差异有统计学意义(P＜0.05),2a型携带者的ALT、AST均值明显高于1b型.结论 山东烟台地区HCV基因型呈现多样性,以1b为主,并首次检出3a和6a亚型.HCV基因型与肝损指标具有相关性,2a型HCV感染可能在肝细胞的病变过程中起着重要作用.     

不同基因型HCV膜区（E2）基因克隆及亲、疏水性分析

目的 研究丙型肝炎病毒（HCV）不同基因型膜区序列变异及其变异规律。方法 克隆不同基因型HCV的膜区基因,序列测定,核苷酸和氨基酸序列比较和分析。结果 不同基因型膜区基因相似性不同,从同一血清样本获得的不同克隆间,其同源性核苷酸大于99．2％,氨基酸大于99．9％。相同亚型核苷酸和氨基酸同源性大于80％。同型基因核苷酸和氨基酸同源性分别为（63．9－75．0）％和（64．9－72．8）％。异型基因同源性核苷酸为（59．4－67．0）％,氨基酸为（56．5－66．3）％。氨基酸序列变化在某些部位有一定保守性。不同基因HCV高变区（HVR）的亲水性和疏水性变化小于其下游3′端区域。结论 HCV基因变化可能有一定规律性。     

在普通人群中与HCV相关肝病的临床过程和危险因素

HCV引起慢性肝病的严重性、临床经过和危险率尚未阐明。该作者通过PCR技术检测HCVRNA,凡属于研究的所有抗HCV阳性对象(6917名)都进行HCV基因检测。所有病例的肝硬化和肝细胞癌诊断都是通过肝脏活组织检查确定的,所有队列的全部资料采用单因素和多因素统计分析。调查HCV感染的自然史,在三年中每6个月对抗HCV阳性的人群进行肝功能试验和超声波随访检查。作者目的在于调查HCV引起普通人群肝脏疾病的流行、危险因素和严重性,同时还调查一种特异基因型病毒感染是否与肝硬化或肝细胞癌的上升因素有关。调查结果表明:全部HCVRNA阳性…     

基因芯片在丙型肝炎病毒分型检测中的评价

为研究HCV基因分型芯片检测丙型肝炎患者的基因型,以测序法进行对比,并探讨了IFN治疗慢性丙肝疗效与基因型的关系。采用基因芯片的方法对20例慢性丙型肝炎患者进行分型,并通过测序验证。结果基因芯片和测序结果完全一致。20例丙肝患者中18例为1b,2例为2a,并且IFN治疗效果2a较1b型为优。HCV分型芯片检测HCV分型,特异性强、灵敏度高、结果准确,支持HCVRNA基因型在评价IFN疗效中十分重要的观点。     

MxA基因启动子区-88G/T、-123C/A单核苷酸多态性与HCV易感性和IFN-α疗效评价研究

目的:研究黏病毒抗性蛋白(MxA)启动子区-88(G/T)、-123 (C/A)位点单核苷酸多态性(SNP)与汉族人群丙型肝炎病毒(HCV)的易感关联性,同时探讨各基因型与PEG-IFNα-2α抗病毒疗效的相关性.方法:应用聚合酶链反应(PCR)及限制性片段长度多态性(RFLP)方法检测46例慢性丙型肝炎患者(CHC组)和50名健康者(HC组)的MxA基因启动子-88和-123位点基因型,以生化、病毒学应答率(RVR、EVR、ETVR、SVR)为疗效评价指标.结果:-88/-123位点各基因型及等位基因在CHC组与CH组中的分布频率差异无统计学意义(P＞0.05),MxA-88位点等位基因T和-123位点等位基因A可能与HCV易感性无关(OR95％CI分别为0.60～1.96;0.35 ～ 1.14).ALT水平随HCV-RNA载量的增加而升高,呈正相关(r=0.931).HCV病毒载量和ALT水平分别在-88或-123位点不同基因型间比较,差异无显著性(P＞0.05).-88G/T、-123C/A和MxA-88/-123间的IFN-α治疗应答反应率差异无统计学意义(P＞0.05).结论:MxA-88G/T和-123C/A位点SNP与HCV易感性无明显关联性,但MxA-88T/-123A变异基因可能间接增加HCV感染的风险,且MxA-88T变异基因可能与IFN-α抗病毒疗效和HCV感染后结局有关.     

丙型肝炎病毒基因变异及分型研究进展

HCV或HCV样病毒来源于灵长目动物,起源于跨种属的传播,主要通过经血液临床治疗、静脉药物滥用和其他未明途径流行于世界各地.由于其自身结构功能特点和宿主的压力选择,可产生自发性变异、适应性变异和基因重组,导致丙肝病毒基因型、亚型和准种的产生,且呈现明显的人群和地理分布特点.通过各种基因分型技术检测HCV病毒基因组核苷酸序列变化,不仅对于了解病毒进化史和疾病的诊断治疗预后分析,同时对研究HCV病毒免疫逃逸机制和疫苗的研制也有重要价值.     

HCV Core蛋白与IFN敏感性相关结构及功能的生物信息学分析

目的 生物信息学工具分析不同基因型HCV Core蛋白与IFN敏感性相关的结构功能及差异.方法 应用生物信息学工具对不同基因型HCV Core蛋白二级结构、三级结构、修饰位点及主要功能结构域预测分析.结果 HCV Core蛋白氨基酸序列、二级结构、三级结构各型间存在差异,可能存在酰胺化、cAMP依赖的激酶、PKC、TYR磷酸化等修饰位点及与两性蛋白SH3结构域、ERK、PKC相互作用的区域.结论 不同基因型HCV Core蛋白结构功能不同影响IFN治疗敏感性.     

HCV Core蛋白与IFN敏感性相关结构及功能的生物信息学分析

目的 生物信息学工具分析不同基因型HCV Core蛋白与IFN敏感性相关的结构功能及差异.方法 应用生物信息学工具对不同基因型HCV Core蛋白二级结构、三级结构、修饰位点及主要功能结构域预测分析.结果 HCV Core蛋白氨基酸序列、二级结构、三级结构各型间存在差异,可能存在酰胺化、cAMP依赖的激酶、PKC、TYR磷酸化等修饰位点及与两性蛋白SH3结构域、ERK、PKC相互作用的区域.结论 不同基因型HCV Core蛋白结构功能不同影响IFN治疗敏感性.     

北京市吸毒人群HCV感染状况及基因特征分析

目的 分析北京市吸毒人群HCV感染情况及其HCV的病毒基因特征.方法 利用ELISA方法和Real-time PCR方法同时检测684名吸毒人群血清中HCV抗体和HCV RNA,确定该人群的HCV感染情况.对HCV抗体或RNA检测阳性的样本进行C/E1和NS5B基因区扩增并对扩增产物进行序列测定,分析吸毒人群HCV基因亚型构成.结果 吸毒人群HCV感染率为26.2％(179/684).142例样本的C/E1或NS5B基因区扩增成功,基因进化分析发现8种HCV基因亚型:1a、1b、2a、3a、3b、6a、6n和6u.结论 伴随着人口流动性的增加,目前北京市吸毒人群HCV流行情况复杂,具有多种基因亚型.