武汉单极虫(粘体门,双壳目)的重描述及基于18S rDNA序列系统发育分析

通过光镜、扫描电镜和18S rDNA序列对比,对寄生于异育银鲫Carassius auratus gibelio体表的粘孢子虫进行了形态学和分子生物学研究,鉴定其为武汉单极虫Thelohanellus wuhanensis,并发现了形态学新特征:膜状鞘的起始位置不同,且仅包围孢子后部;壳瓣底部内侧具“V”形褶皱;一片壳瓣前端有突起结构;缝脊直,突出明显;测得极丝全长为158.5 ～179.2 (170.7 ±5.7) μm.经18S rDNA序列对比,与T.wuhanensis[HQ613410]的相似率为99.87％.系统发育分析表明,单极虫与碘泡虫具有非常近的亲缘关系,将单极虫属与碘泡虫属二者归属于碘泡科的分类方法更合理.     

黄颡单尾虫(粘体门,双壳目)的重描述及基于28S rDNA和ITS-5.8S序列的系统地位分析

采用形态分类学方法与以28S rDNA和ITS-5.8S序列为基础的分子系统学研究方法,对采自嘉陵江重庆市磁器口江段的黄颡单尾虫Unicauda pelteobagrusMa,1998进行了形态学和分子生物学的研究。基于28S rDNA数据探讨了黄颡单尾虫以及单尾虫属与相邻种属粘孢子虫间的系统地位;基于5.8S rDNA数据比较分析了粘孢子虫的系统地位。补充了黄颡单尾虫重庆种群形态学信息和28S rDNA、ITS-5.8S rDNA序列的分子信息。     

基于18S rDNA遗传距离与GC含量对游走类纤毛虫的分子系统学研究

为了揭示游走类纤毛虫的系统发生,对寄生于淡水鱼类的车轮虫科中的6种车轮虫进行了18S rDNA的测序并获得了9个序列。采用了最大似然法(ML)与贝叶斯法(BI)对GenBank中所有游走类纤毛虫的18S rDNA序列进行了系统树的构建,并首次将SPSS与18S rDNA遗传距离结合分析了游走类纤毛虫的系统发生。研究结果进一步证实了车轮虫属(Trichodina)的非单系发生与小车轮虫属 (Trichodinella) 的有效性。此外,研究结合18S rDNA 的GC含量与遗传距离分析提出了游走类纤毛虫科属及种间新的鉴定依据: 18S rDNA 的GC含量可用于游走类纤毛虫的科属区分,且与游走类纤毛虫的分化密切相关; 18S rDNA的遗传距离在游走类纤毛虫的不同阶元中具有一定的阈值范围,即通常种内遗传距离阈值范围为0.000-0.005,属种间阈值范围为0.005-0.150,当遗传距离大于0.150时,则达到了科间水平。     

基于18S rDNA遗传距离与GC含量对游走类纤毛虫的分子系统学研究（英文）

为了揭示游走类纤毛虫的系统发生,对寄生于淡水鱼类的车轮虫科中的6种车轮虫进行了18S rDNA的测序并获得了9个序列。采用了最大似然法(ML)与贝叶斯法(BI)对GenBank中所有游走类纤毛虫的18S rDNA序列进行了系统树的构建,并首次将SPSS与18S rDNA遗传距离结合分析了游走类纤毛虫的系统发生。研究结果进一步证实了车轮虫属(Trichodina)的非单系发生与小车轮虫属(Trichodinella)的有效性。此外,研究结合18S rDNA的GC含量与遗传距离分析提出了游走类纤毛虫科属及种间新的鉴定依据:18S rDNA的GC含量可用于游走类纤毛虫的科属区分,且与游走类纤毛虫的分化密切相关;18S rDNA的遗传距离在游走类纤毛虫的不同阶元中具有一定的阈值范围,即通常种内遗传距离阈值范围为0.000—4).005,属种间阈值范围为0.005—0.150,当遗传距离大于0.150时,则达到了科间水平。     

葡萄碘泡虫、似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫的鉴别及系统发育

葡萄碘泡虫Myxobolus acinosus Nie & Li, 1973、似葡萄碘泡虫Myxobolus pseudoacinosus Guo, et al., 2018和茄形碘泡虫Myxobolus toyamai Kudo, 1917形态非常相似, 有着共同的宿主和相同的寄生部位, 是病原鉴定中容易混淆的种。文章基于形态学和18S rRNA基因信息对三者进行了鉴别和分子系统学研究。成熟孢子形态特征的比较分析显示, 三者形态存在显著差异。葡萄碘泡虫与似葡萄碘泡虫18S rDNA序列相似度为98.4—98.8%, 遗传距离为0.013—0.020; 葡萄碘泡虫与茄形碘泡虫18S rDNA序列相似度为96.1—97.2%, 遗传距离为0.038—0.042; 似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫18S rDNA序列相似度为96.4—97.6%, 遗传距离为0.033—0.040。18S rDNA序列比对显示, 葡萄碘泡虫含有15个关键变异位点, 可将该虫与似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫区分; 似葡萄碘泡虫含有5个关键变异位点, 可将该虫与葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫区分; 茄形碘泡虫含有33个关键变异位点可将该虫与葡萄碘泡虫和似葡萄碘泡虫区分。18S rRNA二级结构V4区的E23-2构型可将葡萄碘泡虫与似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫区分, 而V7区的H43构型可将茄形碘泡虫与葡萄碘泡虫和似葡萄碘泡虫区分。以上表明, 三者无论在形态上还是在遗传上均具有独立物种的特征。系统发育分析显示, 葡萄碘泡虫、似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫为系统树中分化较晚的一支。     

海洋喇叭虫rRNA基因18S-ITS1序列及其系统发育分析

海洋喇叭虫Maristentor dinoferus 1996年在关岛(Guam)的珊瑚暗礁上被发现,至今尚未阐明其确切的系统发育地位.克隆到的海洋喇叭虫的18S-ITS1-5.8S rDNA序列包括222 bp的18S序列,77 bp的ITS1序列和22 bp的5.8S序列.比较分析了纤毛虫主要类群的ITS1序列后得出:短的ITS1序列可能是异毛类纤毛虫的特征.根据18S序列,利用邻接法构建,最大简约法和最大似然法构建系统发育树.其拓扑结构显示海洋喇叭虫属于异毛纲纤毛虫,但并不隶属喇叭虫科,应予以新的分类地位.     

棉铃虫18S核糖体RNA基因的序列分析及其分子系统学

克隆并分析了鳞翅目棉铃虫Helicoverpa armigera (Hübner)18S核糖体RNA基因(18S rDNA)的全序列,将该序列与鞘翅目、膜翅目、同翅目、双翅目、捻翅目和弹尾目各一种昆虫的同源保守区进行了比较。序列分析结果显示：鳞翅目和双翅目昆虫在18S rDNA结构上彼此较为相似,捻翅目昆虫的18S rDNA分子结构表现出与其它目昆虫有较大的差异,但相对与弹尾目昆虫的18S rDNA较为接近。该结果支持了有关捻翅目属于一个独立的目级分类阶元的论点。     

烟夜蛾18S rDNA的克隆及序列分析

利用PCR方法克降得到了烟夜蛾18S rDNA全基因序列,基因全长1904bp;构建了其全长、保守区和非保守区的系统发育树,比较了与其他已知蛾类昆虫18S rDNA全序列的同源性.结果表明,蛾类之间该基因的同源性达到92%以上,利用其多变区构建的发育树更能反映蛾类昆虫的亲缘关系;比较烟夜蛾与棉铃虫的18S rDNA序列发现,两个近缘种之间仅有lO个核苷酸的差异.     

田中碘泡虫的重描述及系统发育分析

基于形态学和分子数据(18S rDNA)重新描述了寄生于重庆江津地区金鱼 (Carassius auratus auratus)鳃丝的田中碘泡虫 (Myxobolus tanakai Kato, et al., 2017), 并结合系统发育分析对其近缘种进行了比较研究。形态学特征: 该虫种孢子为后端钝圆的长梨形, 大小为(14.58±0.54) μm×(6.09±0.37) μm; 两个极囊等大; 极丝与极囊长轴垂直缠绕8—10圈; 囊间突起位于极囊前端呈三角形; 具有嗜碘泡。分子特征: 共获得3个分离样本的18S rDNA序列, 其一级结构序列与日本黑川地区鲤 (Cyprinus carpio) 鳃丝寄生的田中碘泡虫的一致性达99.3%—99.6%, 且在系统发生树中聚为一支。结果表明: 本研究种与日本的田中碘泡虫为同种, 此为中国新记录; 金鱼为田中碘泡虫的宿主新记录。18S rDNA的V2、V4和V7区二级结构的比较结果表明: 田中碘泡虫已发生了明显的种内变异, 推测可能因宿主差异和地理隔离同时所致。此外, GenBank中报道的数个野鲤碘泡虫的序列是否为同种有待进一步厘清。     

碘泡虫属粘孢子虫分子进化及其与宿主协同关系的研究

以18S rDNA为分子标记,对碘泡虫属Myxobolus粘孢子虫的分子进化规律进行了系统研究。结果显示:碘泡虫属各物种18S rDNA的AT含量(53.2%)高于GC含量(46.8%),表现出一定的AT组成偏向性;各物种18S rDNA遗传距离在0.00~0.35;脑碘泡虫M.cerebralis保守区序列变异介于淡水物种和广盐性物种之间;碘泡虫属18S rDNA分子系统发育树呈现生境相同先聚枝,形态相似后聚枝的规律,并表现出一定的宿主特异性和组织向性。此外,以线粒体COⅠ基因为分子标记,对碘泡虫属相应宿主进行了系统进化分析,结果表明:淡水物种与广盐性物种分别聚在不同的分类枝系中,与寄生于宿主体内的碘泡虫所呈现的支序树有相同的进化趋势,并表现出一定的协同进化关系;海水起源的虹鳟Oncorhynchus mykiss在适应淡水过程中被脑碘泡虫寄生,两者经过长期的演化,最终适应淡水环境。     

尖形碘泡虫(黏体门:碘泡虫科)的重描述及其分子系统学研究

研究基于形态和分子信息重描述了寄生于嘉陵江重庆段鲫(Carassius auratus Linnaeus)鳃部和胆囊的尖形碘泡虫(Myxobolus acutus Wu and Chen, 1987),并获得了该虫体的18S rDNA和ITS1 rDNA序列。尖形碘泡虫成熟孢子壳面观呈梨形,前端稍尖,后端钝圆,缝面观呈宽纺锤形。孢子长(13.6±0.9)μm [(11.4—15.3)μm],宽(10.2±0.9)μm [(7.5—12.8)μm],厚(7.6±0.6)μm [(6.9—8.3)μm]。两梨形极囊开口处紧靠并位于孢子前端,极囊大小不等,大极囊长(6.2±0.4)μm [(5.1—7.5)μm],宽(3.8±0.4)μm [(2.8—4.7)μm],极丝盘绕5—8圈,小极囊长(2.7±0.4)μm [(1.7—3.7)μm],宽(1.4±0.2)μm [(0.9—1.9)μm],极丝盘绕2—3圈。基于18S rDNA为分子标记的系统发育分析显示:尖形碘泡虫与中华单极虫(Thelohanellus sinensis)有最近的亲缘关系,两物种形成的进化支与贝壳碘泡虫(M. mu...     

石斑角形虫(黏体门, 角形虫科)的分子证据及其在不同宿主中的遗传变异

研究从中国东海的青石斑鱼 Epinephelus awoara Temminck & Schlegel 1842和褐带石斑鱼E. bruneus Bloch 1793的胆囊中检获了石斑角形虫 Ceratomyxa epinephela Wu, Wu et hua, 1993, 首次提供了其SSU rDNA和ITS1 rDNA序列, 并基于形态学和分子数据进行了重新描述。石斑角形虫成熟孢子的孢子长(4.8±0.5) μm (3.6—5.6 μm), 孢子厚(31.8±4.8) μm (23.3—37.5 μm); 孢子壳瓣光滑且等大, 由垂直的缝线连接; 极囊长(2.9±0.2) μm (2.4—3.7 μm), 极囊宽(2.6±0.2) μm (2.2—3.1 μm); 孢子夹角处稍微凹陷, 延伸至两端逐渐变平坦, 夹角为 (175.9±3.7)° (165.5°—179.7°)。基于SSU rDNA序列构建的系统发育树显示石斑角形虫与诺兰角形虫C. nolani Gunter & Adlard 2009, 卡特莫尔角形虫C. cutmorei Gunter & Adlard 2009和横山角形虫C. yokoyamai Gunter & Adlard 2009 有很近的亲缘关系, 且其宿主均为石斑鱼属物种。结果表明, 类群关系较近的宿主其寄生的同属黏孢子虫可能具有更近的系统发育关系。基于SSU rDNA和ITS1 rDNA的遗传分析显示, 石斑角形虫的4个分离株已发生了明显的遗传分化(形成了4个基因型), 形成了不同的种群, 但在不同宿主种类间并未形成特有的分化。     

Description of two new gill myxozoans from smallmouth (Micropterus dolomieu) and largemouth (Micropterus salmoides) bass

Two previously undescribed species of myxozoan parasites were observed in the gills of bass inhabiting the Potomac and James River basins. They are described using morphological characteristics and small-subunit (SSU) rDNA gene sequences. Both were taxonomically identified as new species of Myxobolus; Myxobolus branchiarum n. sp. was found exclusively in smallmouth bass, and Myxobolus micropterii n. sp. was found in largemouth and smallmouth bass. Small, spherical, white plasmodia of M. branchiarum from smallmouth bass were observed grossly in the gills; these plasmodia had an average length of 320.3 μm and width of 246.1 μm. The development of the plasmodia is intralamellar in the secondary lamellae of the gills. Mature spores were pyriform in shape with a length of 12.8 ± 1.4 (8.1-15.1) μm and width of 6.9 ± 1.1 (4.0-9.0) μm. Analysis of SSU rDNA identified M. branchiarum in a sister-group to 3 species of Henneguya , although morphologically caudal appendages were absent. Myxobolus micropterii observed in the gills of largemouth and smallmouth bass had larger, ovoid, cream-colored plasmodia with an average length of 568.1 μm and width of 148.1 μm. The cysts developed at the distal end of the gill filament within the primary lamellae. The mature spores were ovoid in shape with a length of 10.8 ± 0.7 (9.2-12.2) μm and width of 10.6 ± 0.6 (9.0-11.8) μm. SSU rDNA analysis placed M. micropterii in a sister group with Henneguya lobosa and Myxobolus oliveirai . The highest prevalence of M. branchiarum was observed in the gills of bass collected from the Cowpasture River (50.9%). Prevalence was 44.6% in bass from the Potomac River and only 4.3% in bass collected from the Shenandoah River. A seasonal study of M. branchiarum , which included both infected and uninfected smallmouth bass, determined that a significantly higher intensity was observed in the spring than in the summer (P < 0.001) or fall (P = 0.004). In an analysis excluding uninfected bass, a higher intensity was observed in the spring than in the summer (P = 0.001) or fall (P = 0.008). Prevalence and seasonal differences were not determined for M. micropterii .     

冬季赤水河流域刚毛藻多样性调查及系统发育分析

研究于2019年冬季对赤水河流域开展刚毛藻多样性调查,共设计采样点38个,覆盖赤水河上、中、下游。调查发现:21个采样位点分布有刚毛藻目藻类,其中19个位点有刚毛藻分布。基于核糖体小亚基(SSU rDNA)、核糖体大亚基(LSU rDNA)和内转录间隔区(ITS)对采集样品进行系统发育分析,结果显示:(1)赤水河流域刚毛藻多样性较高,且该流域上、中、下游均有刚毛藻分布;(2)目前淡水刚毛藻类群包含至少10个支系,赤水河流域采集到的刚毛藻覆盖其中6个支系(分别是clade 1、clade 2、clade 4、clade 7、clade 9和clade 10);(3)相比基于SSU+LSU双分子标记构建的系统进化树,基于SSU+ITS+LSU三分子标记构建的进化树各支系支持度更高,可以较有效地将淡水刚毛藻不同支系区分开来。研究较好地展示了冬季赤水河流域刚毛藻的广泛分布及其分子多样性,丰富了中国淡水丝状绿藻的分类研究,也为赤水河段的水生态环境保护提供了基础数据支持。     

中华鲟外周血细胞组成及形态观察

利用光镜和透射电镜技术对北京海洋馆养殖的40尾中华鲟(Acipenser sinensis)(介于4—30龄以上, 包括野生、子一代和子二代共7个龄组)外周血细胞组成、大小、显微和超微结构进行研究。结果表明, 在外周血细胞中可区分出以下六类细胞。形态结果: 红细胞卵圆形, 胞质内可见少量线粒体; 淋巴细胞多圆形, 有明显伪足样或指状胞凸, 核质比大, 可明显分为大淋巴和小淋巴; 嗜中性粒细胞核型多样, 胞质细胞器丰富, 含有大小不等的特殊颗粒; 嗜酸性粒细胞多为规则圆形, 表面大量细小指状突起, 胞质细胞器丰富, 含有大量个体较大的嗜酸性颗粒; 单核细胞变形现象多, 胞质内大量空泡, 核型多样; 血栓细胞形状多样, 胞质内大量小的空泡, 散布或成团出现, 常见直接分裂现象。各类血细胞从大到小依次为: 单核细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、大淋巴细胞、红细胞、血栓细胞和小淋巴细胞, 各龄组间无显著差异。外周血红细胞总数(RBC)平均为(5.56±1.19)×108/mL, 18龄和11龄与其他龄组之间存在显著性差异(P<0.05); 白细胞总数(WBC)平均为(16.53±4.94)×106/mL, 18龄与4龄间存在显著差异, 且分别与其他龄组间存在显著性差异(P<0.05); 血栓细胞总数(15.53±15.82)×106/mL。白细胞分类计数(DLC)中大淋巴细胞、小淋巴细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和单核细胞所占百分比分别为: (5.26±3.95)%、(77.74±11.73)%、(9.40±7.98)%、(1.90±2.06)%、(5.50±4.00)%, >30龄和4龄间显著差异, 且分别与其他龄组间存在显著性差异( P<0.05)。结论认为中华鲟血细胞进化地位低, 免疫系统为淋巴细胞系为主, 主要包括淋巴细胞、粒细胞和单核细胞, 结果对中华鲟的健康评价与保育研究有重要的参考意义。     

Scanning electron microscopy and molecular characterization of a new Haplosporidium species (Haplosporidia), a parasite of the marine gastropod Siphonaria pectinata (Mollusca: Gastropoda: Siphonariidae) in the Gulf of Mexico

Based on scanning electron microscopy and the small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA), Haplosporidium tuxtlensis n. sp. (Haplosporidia), a parasite found in the visceral tissues of the false limpet Siphonaria pectinata (Linnaeus, 1758), is described. The spores are ellipsoidal (3.61 ± 0.15 μm × 2.69 ± 0.19 μm), with a circular lid (2.94 ± 0.5 μm) representing the operculum. The spore wall bears filaments occurring singly, or in clusters, of 2 to 8, fusing distally. Phylogenetic relationships of H. tuxtlensis n. sp. were assessed with other described species using the SSU rRNA sequence. Haplosporidium tuxtlensis n. sp. is sister taxon to Haplosporidium pickfordi Barrow, 1961. The morphological characteristics (spore wall structure, shape, size, and filament structure) and the unique host identity corroborate it as a new species. Additionally, this is the first record of Haplosporidia infecting striped false limpets in the Gulf of Mexico.     

Another chloromyxid lineage: molecular phylogeny and redescription of Chloromyxum careni from the Asian horned frog Megophrys nasuta

Infection with Chloromyxum careni Mutschmann, 1999 was found in the Asian horned frog Megophrys nasuta from Malaysia and Indonesia. Kidney was the only organ infected. Coelozoic plasmodia up to 300 μm were localized in Bowman's space, embracing the glomerulus from all sides, or rarely in lumina of renal tubules. Plasmodia are polysporic, containing disporic pansporoblasts. Myxospores observed by light microscopy are colorless, variable in shape and size, measuring 6.0-8.5 × 5.0-6.5 μm, composed of two symmetrical valves joined by a meridian suture, containing four pyriform polar capsules 3.0-4.0 × 2.5-3.0 μm and a single sporoplasm. Each valve possesses 14-24 (median 21) fine longitudinal ridges clearly visible only in scanning electron microscopy. Rarely, atypical spores with a markedly pointed posterior pole and only 6-10 surface ridges are present in plasmodia together with typical spores. Both small subunit (SSU) and large subunit (LSU) rRNA gene sequences possess extremely long GU-rich inserts. In all SSU and LSU rDNA-based phylogenetic analyses, C. careni clustered as a distinct basal branch to the Myxobolus+Myxidium lieberkuehni clade, out of the marine Chloromyxum clade containing Chloromyxum leydigi, the type species of the genus. These morphological and phylogenetic data suggest erection of a new genus for the C. careni lineage, but we conservatively treat it as a Chloromyxum sensu lato until more information is available.