多发性骨髓瘤铁死亡相关组学分析及预后模型的建立

目的:通过TCGA及FerrDb数据库探讨铁死亡相关基因在多发性骨髓瘤(MM)中的作用，并构建MM相关铁死亡基因预后模型。方法:利用包含764例MM患者临床信息及基因表达谱数据的TCGA数据库与包括铁死亡相关基因的Ferr Db数据库，通过wilcox. test函数筛选其中的差异表达铁死亡相关基因。应用Lasso回归建立铁死亡相关基因预后模型，并绘制Kaplan-Meier生存曲线。使用COX回归分析筛选独立预后因素。筛选不同风险患者组间的差异基因，并通过富集分析探究MM铁死亡与预后相关的组学机制。结果:通过对764例MM患者骨髓样本及4例正常人骨髓样本进行差异分析，共筛选出铁死亡相关差异基因36个，其中上调基因12个，下调基因24个。使用Lasso回归筛选出6个预后相关基因(GCLM、GLS2、SLC7A11、AIFM2、ACO1、G6PD)并建立了MM铁死亡相关基因预后模型; Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示，不同风险患者组间生存率具有显著统计学差异(P <0.01)。单因素COX回归分析结果显示，年龄、性别、ISS分期和风险评分与MM患者总生存期(OS)显著相...     

流式细胞仪和基因芯片分析比较基因敲入和转基因小鼠前列腺癌模型

目的:利用流式细胞仪和基因芯片技术分析比较基因敲入(KIMAP)和转基因(TGMAP)小鼠前列腺癌模型.方法:对于来自KIMAP和TGMAP的肿瘤标本进行流式细胞仪分析和基因芯片分析.结果:来源于TGMAP(n=8)和KIMAP(n=9)的小鼠前列腺癌标本流式细胞仪分析显示,多数KIMAP肿瘤为双倍体,与临床相近,而所有TGMAP肿瘤均为非整倍体.基因芯片分析证明,在KIMAP中免疫应答基因高表达,而TGMAP晚期肿瘤(26～32周)中与神经内分泌肿瘤分化相关的基因占主体.结论:由于KIMAP模型成功地模仿了人类前列腺癌特征,在前列腺癌临床前期研究中具有潜在的应用价值.     

基于TCGA和ICGC数据库构建肾透明细胞癌的免疫相关预后模型

摘要:目的构建和验证肾透明细胞癌(kidneyclearcellcarcinoma,KIRC)的免疫相关预后模型在临床风险分层和预后预测的应用价值，探索肿瘤免疫微环境的特征。方法从癌症基因组图谱(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)和国际癌症基因组联盟 ( International Cancer Genome Consortium,ICGC)下载KIRC队列mRNA表达数据集,分别作为目标数据集和验证数据集,从免疫学数据库和分析平台( Immunology Database and Analysis Portal, ,ImmPort)中 下载免疫相关基因列表。基于以上数据集,筛选出差异表达的免疫相关基因并以此构建和验证预后模型。基于预后模型得出的风险评分对肿瘤样本进行分组,探究不同风险评分等级下的免疫细胞浸润水平、免疫检查位点及其配体表达水平的差异。结果共筛选出 11 个差异表达且关联预后的免疫相关基因,以此构建的预后模型预测3年、4年、5年生存率的ROC曲线下面积分别为0.669. 0.707和0.750。基于该模型得到的高风险评分与较高的肿瘤分期(P<0.05)、较差的预后(P<0.0001)均显著相关,并在验证数据集中得到进一步验证。在对总生存时间的风险率上,风险评分比差异表达的任一单个免疫相关基因高(风险率:1.93 vs 1.37), 但与肿瘤分期I期相当(风险率:1.93 vs 1.97)。基于风险评分分组,在高风险组和低风险组间的浸润程度存在显著差异的免疫细胞类型达12 种(P<0.05),其中,调节T细胞、M0型巨噬细胞、活化的记忆CD4*T细胞和休眠树突状细胞的浸润程度高低与预后均显著相关.(P<0.05)。此外,免疫治疗相关靶点的表达水平在不同风险评分等级中存在显著差异(P<0.05)。结论构建的 KIRC免疫相关预后模型在评估肿瘤分期和预后具有潜在的临床应用价值,有望为临床风险分层和免疫治疗提供证据。     

参与脓毒症的关键生物标志物和免疫相关途径鉴定

目的:确定参与脓毒症的关键生物标志物和免疫相关途径及其与免疫细胞浸润的关系。方法:在GEO网站下载GSE26378、GSE54514和GSE66099数据集。通过差异基因表达分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、最小绝对值选择与收缩算子(LASSO)回归分析等方法挖掘脓毒症核心标志物，通过基因本体分析(GO)、京都基因与基因组百科全书分析(KEGG)、基因集富集分析(GSEA)对差异基因(DEGs)进行表型分析。然后，采用受试者工作特征曲线(ROC)验证核心标志物对脓毒症诊断的准确性。最后，采用单样本基因集富集分析(ssGSEA),分析28个免疫细胞在表达谱中的浸润水平及其与核心基因标记的关系。结果:共筛选出81个差异基因。通过WGCNA分析获得3个共表达模块，其中蓝色模块与脓毒症的相关性最高。结合差异基因表达分析，共获得20个交叉基因。随后，通过LASSO回归分析，5个核心基因(LDHA、HK3、HP、CD177和FCER1G)被鉴定为脓毒症的潜在生物标志物。免疫浸润结果显示骨髓源性抑制细胞(MDSC)、单核细胞、活化树突状细胞、中性粒细胞和巨噬细胞之间的关系最为显著。ROC曲...     

福氏志贺菌ipaB基因的克隆表达及免疫原性研究

构建福氏志贺菌ipaB基因的原核表达载体,诱导表达并纯化.探讨重组蛋白IpaB经口服免疫小鼠后,机体产生的免疫应答.方法:用PCR扩增ipaB目的基因,克隆至pQE-30表达载体中,转化宿主菌DH5α,经IPTG诱导表达蛋白IpaB;Western blot分析其抗原性.纯化后灌胃免疫小鼠,ELISA法检测血清IgG、IgA、小肠黏液sIgA和粪便sIgA.结果:ipaB基因全长1 743 bp.经SDS-PAGE分析相对分子量(Mr)约为64 000.Western blot分析能与福氏志贺菌全菌抗血清反应.免疫小鼠后,血清IgA、IgG,粪sIgA,肠黏液sIgA明显高于对照组(P＜0.01).结论:成功构建了ipaB基因的原核表达载体并能高效表达,纯化后口服免疫可有效诱导黏膜免疫应答,产生高水平的sIgA,发挥局部黏膜免疫作用,为进一步研究细菌性痢疾的疫苗和发病机制奠定基础.     

原发性干燥综合征中铁死亡相关生物标志物的生物信息学挖掘与诊断模型构建

目的 基于多种生物信息学手段识别原发性干燥综合征(pSS)中与铁死亡相关的基因并构建诊断模型,为pSS的诊断和治疗提供潜在靶点。方法 从GEO数据库中获得pSS的基因表达矩阵,应用R软件limma包识别出差异表达基因(DEGs)。通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别pSS中最相关的模块化基因,从FerrDb数据库获得铁死亡相关基因集,将pSS中最相关的模块基因与DEGs和铁死亡相关基因取交集识别出关键基因。通过2种机器学习算法去除冗余基因并构建由关键基因组成的诊断模型,在3个独立数据集中验证诊断模型的准确性,基于免疫浸润分析揭示关键基因与免疫细胞的关联,应用Seurat软件包分析单细胞数据集。结果 差异基因分析共获得265个DEGs, WGCNA获得1个与pSS最为相关的模块(r=0.44,P<0.01),从中识别8个铁死亡相关基因,去除冗余基因后,最终获得3个与铁死亡相关的关键基因(PARP9、PARP12、PARP14)。基于3个关键基因建立诊断模型,该模型在3个独立数据集中均表现出优秀的诊断效能(受试者工作特征曲线中,曲线下面积分别为0.848、0.853、1.00...     

一种改进的荧光定量PCR标准曲线法的建立

目的 对常规实时荧光定量PCR(RT-PCR)的标准曲线法进行改进,以建立一种更为准确的RT-PCR的标准曲线定量法.方法 通过构建β-actin、KLK11的质粒DNA标准品,以β-actin质粒DNA为正常对照,制作内参基因和目的 基因的标准曲线,获得各自的扩增曲线.RT-PCR检测两种基因在恶性前列腺组织细胞LNCAP中的表达,并将改进的标准曲线法与常规的标准曲线法分别对β-actin/KLK11实时定量PCR的结果进行分析,分析两种方法的差异,以衡量新方法的准确性.结果 所得β-actin和KLK11的标准曲线线性相关性良好(β-actin R2=0.991,KLK11R2=0.992),但两种基因的扩增效率有差异(β-actin 123%,KLK11 99%).两种不同的标准曲线法处理后得到不同的结果:常用标准曲线法结果显示KLK11在LNCAP中有表达下调,而改进的标准曲线法得出KLK11在LNCAP中上调4.46倍.目的 基因与内参基因的扩增效率差异有统计学意义(t=4.829,P＜0.05).结论 与常规的绝对定量法比较,改进的标准曲线法避免了因默认目的 基因与内参基因有相同的扩增效率而导致的错误,是一种更为准确的荧光定量PCR分析方法.     

58例肺肉瘤样癌的临床特征与预后因素

目的:探讨肺肉瘤样癌(pulmonary sarcomatoid carcinoma,PSC)的临床特征与预后因素。方法:回顾性分析58例PSC,分别对临床特征、免疫组织化学、基因状态进行分析,Kaplan-Meier法计算生存率,Log-rank法进行生存率显著性检验,COX风险比例回归模型进行单因素和多因素分析。结果:58例PSC,以男性、65岁和吸烟的患者为主,应用COX风险比例回归模型分析对PSC的性别、年龄、吸烟史、EGFR基因突变状态、ALK融合基因状态、分期和组织亚型进行分析,结果显示ALK融合基因状态和组织亚型是PSC独立的预后因素(P0.05)。结论:PSC的诊断主要依靠形态和免疫组织化学,影响其预后的因素主要为ALK融合基因状态和组织亚型。     

基因敲除模型小鼠在疾病研究中的应用

背景:人类很多疾病是由基因决定的,构建相应的基因敲除动物模型对疾病的发病机制和治疗研究具有重要的意义.目的:探讨基因敲除小鼠模型在心血管、神经、骨骼、肝脏、视网膜等系统的疾病研究中的应用与发展前景.方法:应用计算机检索CNKI 期刊全文数据库和PubMed 数据库(1990-01/2009-12)与基因敲除小鼠模型相关的文献.检索词分别为"基因敲除小鼠;动脉粥样硬化;神经系统;骨质疏松;肝脏;视网膜"和"Gene knock-out;Mice Atherosclerosis;Nervous system;Osteoporosis;Liver;Retinal".纳入具有原创性,论点论据可靠的以基因敲除小鼠模型评价的文献报道.排除重复研究或Meta 分析类文章.结果与结论:检索到文献75 篇,按纳入及排除标准筛选后共纳入文献38 篇.经分析得出以下结论:基因敲除小鼠广泛应用于人类疾病模型,目前已构建了数百个人类疾病的小鼠模型,包括心血管疾病、神经退化性疾病、糖尿病、癌症等小鼠模型.通过对基因敲除小鼠疾病模型的研究,可以找到相关疾病的潜在治疗靶点,为人类精确地研究基因与疾病的直接关系提供了可能.     

基于TCGA和GEO数据库探讨VCAN基因及其甲基化在胃癌预后判断中的价值

目的 探讨多功能蛋白聚糖基因(VCAN基因)表达和甲基化在胃癌患者预后判断中的价值.方法 通过生物信息学方法分析、研究了VCAN基因的表达及甲基化水平,以及其在预后和免疫方面的意义.此外,通过Meta分析验证VCAN基因在胃癌预后判断中的作用.结果 VCAN基因受到甲基化的负调控,导致其在胃癌组织中高表达.根据癌症基因...     

脓毒症大鼠炎症与凝血相关性及药物干预的实验研究

目的 应用基因芯片技术探讨脓毒症大鼠炎症与凝血相关性及药物干预的影响,以期从基因水平上研究药物对其的作用机制.方法将90只Wistar大鼠随机分为对照组、模型组、药物组,每组30只.采用盲肠结扎穿孔术(CLP)复制脓毒症大鼠模型.药物组制模后腹腔注射泰能0.1 g/kg、血必净注射液10 ml/kg、连翘注射液10 ml/kg;对照组和模型组腹腔给予10 ml/kg生理盐水.72 h处死大鼠,用BiostarR-40 s芯片检测模型组/对照组、药物组/模型组大鼠肝组织基因,并以Cy3和Cy5荧光信号相对强度比值>2.0或<0.5筛选差异显著基因,通过美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库查询基因功能并加以分类.结果模型组/对照组筛选出差异基因305条,其中上调基因159条,下调基因146条;药物组/模型组筛选出差异基因342条,其中上调基因102条,下调基因240条;模型组、药物组已知功能共同差异表达基因36条,上调基因15条,下调基因21条;其中涉及免疫、代谢、物质转运、细胞凋亡等多种相关基因.结论药物组对脓毒症时发生紊乱的相关基因进行调控,使异常表达基因发生回归,特别是免疫相关基因及代谢相关基因中的超氧化物歧化酶2(SOD2)基因,使脓毒症病情得到良好的转归.     

心肌梗死潜在生物标志物的生物信息学研究

目的 基于外周血单个核细胞(PBMCs)寻找心肌梗死潜在的生物学标志物。方法 从基因表达综合(GEO)数据库中下载心肌梗死患者PBMCs的测序数据集GSE59867,基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达基因(DEGs)探讨心肌梗死过程中的生物学变化和共同基因,并进行共同转录因子预测。通过LASSO回归分析确定关键基因,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估关键基因的临床价值。通过基因集富集分析(GSEA)探讨与关键基因有关的生物学变化,并基于心肌梗死数据集GSE123342验证关键基因的表达。结果 心肌梗死过程伴随着免疫炎症反应,其中关键基因有6个,即CD163、RNASE2、HP、FAM20A、MCEMP1和FAM198B。ROC曲线分析结果显示,这些关键基因的表达对心肌梗死均有较高的诊断价值。在心肌梗死恢复过程中,这些基因的表达呈现明显下降趋势。GSEA结果显示,这些关键基因涉及的生物学改变大多与糖脂代谢、活性氧、免疫炎症等有关。结论 基于PBMCs进行分析,本研究发现CD163、RNASE2、HP、FAM20A、MCEMP1和FAM198B基因与心肌梗死有关,这可能...     

基于焦亡相关基因构建肾细胞癌预后风险模型

目的 基于焦亡相关基因构建肾细胞癌（RCC）预后风险模型。方法 从TCGA数据库下载RCC组及正常组mRNA数据及临床数据,筛选焦亡相关差异基因,将单因素Cox回归分析和Lasso回归最终筛选出的焦亡相关基因用于预后风险模型的构建。根据风险评分中位数将患者分为高风险组、低风险组。通过基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）及单样本基因集富集分析（ssGSEA）进行差异表达基因功能分析与免疫分析。结果 共筛选出了42个焦亡相关差异基因,通过单因素Cox回归分析和Lasso回归最终筛选出5个焦亡相关基因用作预后风险模型的构建。GO与KEGG分析表明,差异表达基因主要与适应性免疫反应、病毒介导的细胞免疫和炎性细胞的趋化等有关;ssGSEA表明,高风险组免疫细胞浸润水平、免疫相关途径活性总体高于低风险组。结论 基于5个焦亡相关基因构建的预后风险模型为RCC的诊断、治疗和靶点预测提供了新的方向。     

HER2阴性晚期胃癌患者外周血LMR、SII与PIV对生存结局的预测价值及预后影响因素研究

目的 探讨人表皮生长因子受体2(HER2)阴性晚期胃癌患者外周血淋巴细胞-单核细胞比率(LMR)、全身免疫炎症指数(SII)与泛免疫炎症值(PIV)对生存结局的预测价值及预后影响因素。方法 选择2017年1月—2020年12月诊治的129例HER2阴性晚期胃癌作为研究对象。通过受试者工作特征(ROC)曲线确定PIV、SII及LMR预测患者预后不良的最佳截断值并分析其预测价值。采用Kaplan-Meier生存曲线及Cox比例风险模型分析PIV、SII、LMR对患者预后的影响。结果 ROC曲线分析结果显示,LMR最佳截断值为3.84,曲线下面积(AUC)为0.654(95%CI:0.553,0.755);SII最佳截断值为726.3,AUC为0.677(95%CI:0.581,0.773);PIV最佳截断值为122.4,AUC为0.717(95%CI:0.622,0.812)。Kaplan-Meier生存曲线显示,治疗前高PIV、高SII及低LMR提示患者预后不良。多变量Cox比例风险模型分析显示高ECOG评分与治疗前高PIV是HER2阴性晚期胃癌患者预后不良的独立危险因素(P<0....     

基于人/鼠嵌合模型的人黑色素瘤mage-3基因疫苗的免疫学作用

目的 利用人 /鼠嵌合模型评价人黑色素瘤基因 mage-3基因疫苗的免疫效果. 方法 建立并鉴定 Trimera动物模型,并用重组质粒 mage-3/pCI neo作为基因疫苗对其进行免疫.检测免疫动物脾细胞 CTL的杀伤活性和血清中 mage-3特异性抗体. 结果 构建的 Trimera模型脾脏和腹腔中出现了大量的人淋巴细胞.接种后, Trimera模型体内出现了效价为 1 256的 mage-3特异抗体.免疫动物 CTL体外杀伤实验显示,注射基因疫苗的 Trimera小鼠脾脏淋巴细胞对靶细胞 LB373的最大杀伤率为 50%左右,而对照小鼠只有 10%以下的杀伤水平. 结论 mage-3是一种理想的肿瘤疫苗,在人源化动物模型中能激发出特异的细胞和体液免疫,对共享 mage-3抗原的各种肿瘤细胞的临床治疗提供了实验依据.     

m1A/m5C/m6A/m7G调控基因预测胃癌预后及免疫关联性

目的 基于m1A/m5C/m6A/m7G甲基化调控基因建立胃癌预后风险预测模型,并分析该模型与免疫的关联性。方法 通过癌症基因组图谱（TCGA）-胃癌数据集筛选表达具有显著差异的m1A/m5C/m6A/m7G调控基因,通过单基因Cox回归分析和LASSO算法构建预后风险评分（risk score, RS）模型,使用Kaplan-Meier(K-M)统计进行RS模型验证,并应用细胞系进行RT-qPCR验证。利用单因素、多因素Cox回归分析建立nomogram模型。使用CIBERSORT算法和estimate包进行免疫关联性分析。结果 建立了基于八个甲基化调控基因的预后RS模型,将胃癌患者分为高风险和低风险。这八个基因在胃癌细胞系中高表达（P <0.05）。在TCGA-胃癌训练集和GSE62254-验证集中,患者总生存率（OS）与分组状态之间存在显著相关性（P <0.001）。nomogram生存模型预测的1年（C-index=0.703）、3年（C-index=0.729）和5年（C-index=0.734）生存率与实际生存率的一致性较好。免疫关联性分析表明,与低风险患者组相...     

肿瘤转移抑制基因nm23-H1基因对人膀胱癌T-24细胞株的转染及表达

目的:探讨nm23-H1基因对人膀胱癌T-24细胞株的转染及表达.方法:采用已经通过基因工程技术构建的nm23-H1基因的真核表达载体,利用电穿孔基因转染技术将nm23-H1基因导入人膀胱癌T-24细胞,利用G418筛选、免疫组织化学、流式细胞方法检测nm23-H1基因的转录和表达情况.结果:以电穿孔转染技术将nm23-H1基因转染T-24细胞后,经400ml/L的G418筛选后可形成抗性克隆;免疫组织化学和流式细胞结果显示转基因细胞中有nm23-H1蛋白的阳性高表达.结论:nm23-H1基因可被成功转染入人膀胱癌T-24细胞并能有效表达.     

成人急性淋巴细胞白血病MLL基因水平与免疫异常表达的临床意义

目的 检测成人急性淋巴细胞白血病患者MLL基因及其白血病细胞免疫表达异常率.比较免疫异常及MLL基因对预后的影响.方法 利用荧光定量技术检测MLL基因,并对白血病细胞系列进行特定的抗原标记.分析MLL基因及免疫异常的临床意义.结果 31例急性淋巴细胞白血病中5例检测到MLL基因,发生率为16.13%,在急性淋巴细胞白血病发生率较高,MLL基因在免疫表达异常中的检出率无明显差异.结论 RQ-PCR监测MLL基因可以观察治疗效果,MLL基因在急性淋巴细胞白血病发生率较高;免疫异常的患者MLL基因重排检出率无明显差异,免疫异常及MLL基因重排病例疗效差,提示基因重排及免疫异常表达与生存率有关.     

基于mRNA生物信息学分析的肺腺癌免疫基因预后风险模型建立与评估

目的采用生物信息学方法构建并验证肺腺癌免疫基因预后风险模型,探究该模型对早期肺腺癌患者预后的预测潜力。方法将癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)来源的肺腺癌及正常组织数据作为训练集,将基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)来源的肺腺癌及正常组织数据作为测试集。根据免疫学数据库和分析平台(Immunology Database and Analysis Portal,ImmPort)中提供的免疫相关基因,利用生物信息学手段根据训练集数据建立预后风险模型并在测试集中进行外部验证。采用该模型对38例临床早期肺腺癌患者的转录组数据进行分析,评估高、低危组患者的临床病理参数差异。结果构建了包含12个差异表达免疫基因(CYBB、ARG2、UTS2、LIFR、SHC3、CTLA4、FGF2、SEMA7A、INHA、GPI、ANGPTL4、TNFRSF11A)的肺腺癌预后风险模型;在训练集中,该模型ROC曲线下面积(AUC~(ROC))为0.759;在测试集中,AUC~(ROC)为0.707。对于训练集及测试集中的早期肺腺癌患者,该模型也有良好的预后预测能力。在早期肺腺癌临床样本中,高风险患者与更大的肿瘤直径及更差的病理分型有关。结论该模型在训练集及测试集中都表现出良好的预后预测能力,并对临床早期肺腺癌患者预后有一定的提示作用。这些免疫基因能够为早期肺腺癌诊断、患者预后评估及新的治疗靶点研究提供方向。     

同基因背景小鼠核蛋白诱导狼疮鼠模型

背景:自发性狼疮鼠模型不能对基因以外其他的致病因素进行研究。目的:以同基因背景Balb/c小鼠核蛋白免疫小鼠后诱导狼疮鼠模型。方法:选取4～6周SPF级Balb/c小鼠30只,等分为3组。V1组肌肉注射提取的同系Balb/c小鼠核蛋白,间隔3周免疫1次,共免疫4次;V2组注射等体积PBS;V3组为正常对照。检测小鼠末次免疫后3周的24h尿蛋白、血清抗核抗体、抗双链DNA抗体、小鼠肾脏直接免疫荧光。结果与结论:V1组小鼠24h尿蛋白、血清抗双链DNA抗体、抗核抗体均明显高于V2组、V3组,且V1组小鼠肾小球有免疫球蛋白G免疫复合物沉积,可见肾小球轮廓,V2组、V3组未见肾小球轮廓,只见非特异性的微弱荧光。说明以同基因背景Balb/c小鼠核蛋白免疫Balb/c小鼠能够成功诱导狼疮鼠模型。