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相似文献
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1.
石欢  封燮  常雅晴  张丹  王蕾  郑玉光  郑倩  郭龙 《中草药》2023,54(11):3676-3684
目的 采用指纹图谱、多成分含量测定结合化学计量学方法分析和比较不同基原白芷药材(白芷Angelica dahurica和杭白芷Angelica dahurica var. formosana)的化学成分,为白芷药材的质量控制提供技术方法及数据支撑。方法 采用高效液相色谱法对白芷和杭白芷药材化学成分进行分析,建立不同基原白芷药材化学指纹图谱;在此基础上,对白芷和杭白芷药材中的花椒毒酚、水合氧化前胡内酯、白当归素、花椒毒素、佛手柑内酯、氧化前胡素、欧前胡素、珊瑚菜素和异欧前胡素9种香豆素类成分进行含量测定;进一步应用聚类分析、主成分分析及偏最小二乘判别分析等化学计量学方法对白芷与杭白芷进行区分与比较,寻找差异化合物。结果 建立了不同基原白芷药材的化学指纹图谱,共标定了11个共有峰,所建立的化学指纹图谱专属性良好,可用于白芷药材的质量评价;多成分含量测定和化学计量学结果表明,白芷和杭白芷药材中所含香豆素类成分种类无差异,但香豆素类成分含量有明显差异;佛手柑内酯、珊瑚菜素、异欧前胡素、氧化前胡素和花椒毒素为白芷和杭白芷药材间的差异性化合物,可以作为区分和鉴别二者的质量标志物。结论 基于指纹图谱...  相似文献   

2.
目的:结合指纹图谱、网络药理学和分子对接技术,初步分析黑顺片中的潜在质量标志物(Q-Marker)。方法:运用高效液相色谱法(HPLC)建立黑顺片饮片指纹图谱,确认共有峰并进行指认,同时进行聚类分析及主成分分析,运用网络药理学方法构建“活性成分-靶点-通路”网络,预测Q-Marker,采用分子对接验证。结果:建立了25批黑顺片饮片指纹图谱,确认了8个共有峰,通过对照品指认6个色谱峰,分别为苯甲酰新乌头原碱、苯甲酰乌头原碱、苯甲酰次乌头原碱、新乌头碱、次乌头碱、乌头碱,指纹图谱相似度为0.922~0.999。聚类分析将25批样品大致聚为2类,主成分分析显示S4、S10、S11批次的样品质量显著区别于其他批次;网络药理学分析表明,次乌头碱等6种成分均是黑顺片发挥药效的主要活性成分,主要发挥抗肿瘤、抗炎、保护心血管等作用,分子对接表明以上成分与关键靶点均有较强的结合活性,可能是黑顺片潜在Q-Marker。结论:本实验从多层面综合获取黑顺片的质量信息,对其质量标志物进行初步预测及验证,为进一步研究黑顺片作用机制,全面控制饮片质量提供参考。  相似文献   

3.
目的 基于指纹图谱和网络药理学方法分析预测道地药材江枳壳中潜在的质量标志物(Q-Marker)。方法 对18批江枳壳药材分别建立超高效液相色谱(UPLC)、气相色谱-质谱(GC-MS)指纹图谱,并结合化学计量学方法,筛选出Q-Marker候选成分。运用网络药理学构建“核心成分-靶点-通路”网络,预测江枳壳Q-Marker及核心靶点,再用分子对接方法验证江枳壳Q-Marker生物活性。结果 18批江枳壳药材运用UPLC、GC-MS指纹图谱结合化学计量学分析,共筛选出9个Q-Marker候选成分,通过网络药理学分析,预测川陈皮素、新橙皮苷、橙皮内酯、柚皮苷、D-柠檬烯为江枳壳Q-Marker,作用于核心靶点转化蛋白p21/H-Ras-1(HRAS)、肿瘤蛋白抗原p53(TP53)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、转录因子AP-1(JUN)、糖原合成酶激酶-3β(GSK3B)、肿瘤坏死因子(TNF)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑因子1A(CDKN1A)、环磷酸腺苷(cAMP)依赖性蛋白激酶催化亚基α(PRKACA)、胱天蛋白酶-9(Caspase-9)、环腺苷酸反应元件结合蛋白1(CREB1),发挥胃肠动力、抗抑郁、抗炎、抗肿瘤等作用;分子对接表明川陈皮素、新橙皮苷、橙皮内酯、柚皮苷、D-柠檬烯与筛选出的10个核心靶点有较好的结合能力,体现了江枳壳Q-Marker较好的生物活性。结论 从挥发性和非挥发性成分两方面着手全面预测江枳壳Q-Marker,为江枳壳药材质量的控制和进一步研究其药效相关机制提供参考。  相似文献   

4.
李娜  王岩  王长福  纪瑞锋  王诺  刘昌孝  何新 《中草药》2023,54(19):6241-6252
目的 基于指纹图谱、指标成分含量探索饮片-基准样品的量值传递关系,采用网络药理学预测温胆汤潜在的质量标志物(quality markers,Q-Marker)。方法 采用HPLC建立温胆汤指纹图谱和指标成分含量测定检测方法,应用网络药理学构建温胆汤“成分-靶点-通路”的网络,对其潜在Q-Marker进行预测。结果 温胆汤基准样品指纹图谱共标定14个共有峰,并指认出6个色谱峰,相似度均>0.90;温胆汤基准样品指标成分含量转移率分别为柚皮苷15.61%~25.15%,橙皮苷5.45%~9.68%;采用网络药理学初步预测温胆汤可能通过调节鞘脂代谢通路、内分泌抵抗、代谢途径等信号通路发挥理气化痰、和胃利胆的功效;根据化合物、靶点及信号通路之间的连接度,初步预测甘草苷、芸香柚皮苷、柚皮苷、橙皮苷、新橙皮苷、甘草酸是温胆汤潜在的Q-Marker。结论 采用指纹图谱、含量测定方法探索温胆汤基准样品量值传递关系,结合网络药理学预测温胆汤治疗疾病的潜在Q-Marker,为温胆汤质量标准的建立及作用机制的研究提供参考。  相似文献   

5.
许啸  张淹  任雪阳  王宇  董英  宋若兰  于啊香  魏静  马嘉慕  折改梅 《中草药》2021,52(23):7148-7161
目的 以质量标志物(quality markers,Q-Marker)“五原则”为指导,结合特征图谱、化学计量学、分子对接和含量测定等技术,开展复方阿胶浆(Fufang E’jiao Jiang,FEJ)治疗贫血症的Q-Marker研究。方法 色谱柱Agilent Zorbax SB AQ-C18(250 mm×4.6 mm,5μm),流动相为0.1%甲酸乙腈溶液-0.1%甲酸水溶液,体积流量1.0 mL/min,柱温30℃,检测波长330 nm,焦地黄苯乙醇苷A1为参照峰,建立FEJ特征图谱。采用层次聚类分析(hierarchical clustering analysis,HCA)、主成分分析(principal component analysis,PCA)、偏最小二乘法-判别分析(partial least square method-discriminant analysis,PLS-DA)对不同批次FEJ进行分析。查阅《中国药典》和文献,结合组方配伍环境(君、臣、佐使)、成分传递与溯源等多因素,收集筛选质量控制6个关键成分。在GEO数据库中检索筛选贫血症(anemia)的差异基因,采用Discovery Studio 2016 v16.1软件,将成分与贫血症相关靶点进行对接验证。以330、270 nm双波长同时测定FEJ中异毛蕊花糖苷和党参炔苷的含量。结果 FEJ特征图谱中指认了咖啡酸、绿原酸、洋地黄叶苷C、阿魏酸、焦地黄苯乙醇苷A1、毛蕊花糖苷、焦地黄苯乙醇苷B1、异毛蕊花糖苷共8个特征成分。HCA、PCA和PLS-DA将16批FEJ分为3类,其中异毛蕊花糖苷、洋地黄叶苷C和焦地黄苯乙醇苷A1对FEJ质量影响最为显著。8个特征成分和6个关键成分的分子对接结果表明,异毛蕊花糖苷、党参炔苷、绿原酸、毛蕊花糖苷4个成分能够与激肽原-1(kininogen-1,KNG1)、泛素样蛋白ISG15(ubiquitin-like protein ISG15,ISG15)、赖氨酸特异性脱甲基酶6A(lysine-specific demethylase 6A,KDM6A)、乙酰化酶动力蛋白-3(dynamin-3,DNM3)、蛋白酶激活受体2(proteinase-activated receptor 2,F2RL1)、半胱氨酰白三烯受体1(cysteinyl leukotriene receptor 1,CYSLTR1)6个靶蛋白通过氢键、疏水键、π-π键等作用力结合,具有较好的活性,可作为FEJ的Q-Marker。16批样品中异毛蕊花糖苷、党参炔苷质量浓度分别为6.05~12.30、9.14~16.30 μg/mL。结论 建立了FEJ特征图谱,结合化学计量学和分子对接等技术,筛选了4个Q-Marker异毛蕊花糖苷、党参炔苷、毛蕊花糖苷、绿原酸,并建立了异毛蕊花糖苷、党参炔苷的含量测定方法,为FEJ质量控制提供参考。  相似文献   

6.
帅丽霞  陈旺  袁袁  阮佳  詹雁  徐超群 《中草药》2022,53(18):5682-5691
目的 基于指纹图谱和网络药理学方法,分析预测二冬汤潜在的质量标志物(quality markers,Q-Marker)。方法 采用HPLC建立15批二冬汤指纹图谱,并对其峰进行指认和归属,同时采用中药色谱指纹图谱相似度评价软件(2012版),并结合层次聚类分析(hierarchical clustering analysis,HCA)对结果进行分析、评价不同批次样品质量差异;基于可测性和可溯源性筛选出6个Q-Marker候选成分,通过网络药理学构建二冬汤“成分-靶点-通路”的网络,分析二冬汤的潜在Q-Marker。结果 建立了26个共有峰的指纹图谱,指认了新芒果苷、芒果苷、金丝桃苷、黄芩苷、汉黄芩苷、甘草酸铵、千层纸素-3-O-β-D-葡萄糖醛酸苷7个共有色谱峰,15批指纹图谱与对照图谱相似度均大于0.97,15批样品聚为2类;采用网络药理学的方法分析得出新芒果苷、芒果苷、金丝桃苷、黄芩苷、汉黄芩苷、甘草酸铵6个成分可能为二冬汤潜在的Q-Marker,其可能通过调节胰岛素、Ras相关蛋白1(Ras-associated protein 1,Rap1)、肝炎等信号通路发挥养阴清热、生津止渴的功效。结论 建立的指纹图谱分析方法灵敏度高、稳定性强、数据准确可靠;并结合网络药理学研究发现6个成分具有传递性和溯源性,且与二冬汤功效有关,可作为其潜在的Q-Marker,为二冬汤进一步研究提供参考。  相似文献   

7.
目的采用网络药理学与分子对接法探索藿香正气口服液预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索藿香正气口服液组方中苍术、陈皮、厚朴、白芷、茯苓、大腹皮、半夏、甘草、广藿香、紫苏的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cyoscape3.7.2软件构建药材-化合物-靶点(基因)网络进行可视化,通过DAVID进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,并通过Prism软件及Omicshare数据库绘制柱状图及气泡图进行可视化。结果药材-化合物-靶点网络包含了10种药材,123个化合物和相应靶点基因257个,关键靶点基因涉及PTGS2、HSP90AB1、AR、CAMSAP2、PPARG、NOS2等。GO功能富集分析得到GO条目278个(P0.05),其中生物过程(BP)条目178个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目64个。KEGG通路富集分析筛选得到119条信号通路(P0.05),涉及乙型肝炎、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、前列腺癌及T细胞受体通路等。分子对接结果显示槲皮素、异鼠李素、葛花苷元、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素等核心化合物与COVID-19推荐药的亲和力相似。其中以槲皮素、异鼠李素、葛花苷元3者亲和力最强。结论藿香正气口服液中的化合物能通过与血管紧张素转化酶II(ACE2)结合作用于PTGS2、HSP90AB1、AR、CAMSAP2等靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。  相似文献   

8.
目的 收集藿香正气汤的主要活性成分,通过分子对接及网络药理学探讨其防控新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的有效成分及治疗机制。方法 通过基于配体-蛋白质相互作用的计算方法,以瑞德西韦为对照,探索藿香正气汤潜在治疗COVID-19的成分,并选出对接较好成分进行药理学机制预测,初探其药理学机制。结果 本研究筛选出5种与新冠病毒3CLpro结合能力强于瑞德西韦的小分子成分。网络药理学初步预测抗病毒途径可能是通过PI3K-Akt 信号通路影响病毒复制。结论 成分C1-C5与3CLpro结合良好,推测其可能是潜在的3CLpro的抑制剂,为抗病毒天然药物的开发提供了理论依据。  相似文献   

9.
郑燕  江媛  冯展  曾铁鑫  缪雨静  张翔  黄林芳 《中草药》2021,52(15):4487-4495
目的 探讨丹参对神经氨酸酶(neuraminidase,NA)的抑制活性,为抗流感药物开发提供潜在的中药资源.方法 使用NA抑制实验评估了丹参根提取物的抗流感病毒活性,采用超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)对丹参提取物中的活性化合物进行了初步鉴定,在乙醇提取物中鉴定出36种化合物.最后将鉴...  相似文献   

10.
李婧  马小兵  沈杰  张志锋 《中草药》2020,51(4):845-850
目的采用文献挖掘与分子对接技术相结合的方法筛选潜在的中药抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)活性成分。方法通过近期国家及各权威机构发布的防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)方案的中医方剂以及常用抗病毒中药筛选候选中药,通过TCMSP、CNKI及PubMed搜集整理候选中药活性成分。SARS-Co V-23CL水解酶(Mpro)蛋白结构由上海科技大学饶子和院士团队提供。采用AutoDockVina进行分子对接。结果通过文献查阅与处方筛选共得到11个高频使用抗病毒待研究中药,通过TCMSP及文献查阅整合得到469个候选活性成分。通过分子对接得到结合能<-33.44 kJ/mol的成分41个,其中柴胡皂苷(E、B1、D、F、B2、C2、A)、甘草酸等多种成分与SARS-Co V-23CL水解酶蛋白均有较好的亲和力。候选药物中柴胡、甘草、金银花等中药含有较多潜在抗SARS-Co V-2活性成分。结论从传统抗病毒中药中筛选出潜在的抗SARS-Co V-2中药单体,为抗SARS-Co V-2药物研究及处方筛选提供参考。  相似文献   

11.
目的通过网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及中医整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0)获得三仁汤君药(苦杏仁、白蔻仁、薏苡仁)全部化学成分并筛选,结合相关文献筛得主要活性成分。借助Uni Port数据库查询活性成分对应靶标蛋白,Cytoscape3.7.2构建成分-靶点网络。通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络,运用cytoHubba分析关键子网络。CTD数据库对三仁汤君药活性成分靶蛋白进行GO、KEGG富集分析。以三仁汤君药活性成分及洛匹那韦等相关化学药物为配体,通过CB-Dock网站分别与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接。结果三仁汤君药共有39个活性成分,对应有效靶标168个。GO功能富集分析筛得生物学过程(BP)、细胞组成(CC)、分子功能(MF)分别为25条、14条及2条。KEGG富集筛得先天免疫系统(innate immune system)、免疫系统中的细胞因子信号转导(cytokine signaling in immune s...  相似文献   

12.
细胞色素P450酶(CYP450)的抑制是药物相互作用最常见的原因,对CYPs抑制剂早期预测的研究有助于减少药物相互作用导致的不良反应。CYP450 2E1(CYP2E1)是CYP450酶系中参与药物体内代谢的主要酶,具有广泛的药物代谢底物谱。该研究以CYP2E1为研究对象,基于32个CYP2E1抑制剂,建立支持向量回归模型(support vector regression,SVR),并用测试集数据对CYP2E1定量模型进行验证,获得CYP2E1抑制剂最优预测模型。该研究同时利用CDOCKER分析阳性化合物与活性口袋相互作用模式及氨基酸,建立CYP2E1抑制剂最优筛选模型。综合利用支持向量回归模型和分子对接预测模型筛选中药化学成分数据库(traditional Chinese medicine database,TCMD),提高了计算效率和结果的准确性。SVR预测模型初步得到6 376个中药化合物,通过分子对接进一步验证,最终获得247个对CYP2E1具有潜在抑制活性的中药化合物,其中部分已有实验证实其的确对CYP2E1具有抑制作用。该研究对CYP2E1酶抑制剂的研究可为CYP450抑制剂的虚拟筛选及其介导的药物不良反应预测提供指导,对临床合理用药提供一定的参考。  相似文献   

13.
宋磊  毕思伟  古君  吴童怡  何黎黎 《中草药》2020,51(9):2361-2367
目的采用分子对接技术筛选新型冠状病毒S蛋白与血管紧张素转化酶2(ACE2)小分子抑制剂。方法化合物库采用Selleck中国天然产物库(目录号L1400,2054种天然产物)。新型冠状病毒S蛋白与ACE2蛋白共晶采用周强研究员课题组发表结果(PDB:6M17)。采用DiscoveryStudio软件进行分子对接。结果通过虚拟氨基酸突变实验确定了关键氨基酸,并在此基础上确定了结合空腔,进而从天然化合物库中筛选出11个具有潜在抑制新型冠状病毒S蛋白与ACE2作用的化合物:毛地黄皂苷、灰毡毛忍冬皂苷甲、连翘酯苷B、灰毡毛忍冬皂苷乙、川续断皂苷乙、常春藤苷D、桔梗皂苷D、松果菊苷、人参皂苷Rb2、人参皂苷Rc、异绿原酸C。结论从天然产物库中筛选出潜在的新型冠状病毒S蛋白-ACE2小分子抑制剂,为抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)药物研究及处方筛选提供参考。  相似文献   

14.
目的基于网络药理学与分子对接探讨清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的主要活性成分、靶标及通路,以期阐述其作用机制。方法通过TCMSP、ETCM、YATCM数据库检索清肺达原颗粒的中药化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值筛选潜在的活性化合物。通过SIB、STITCH数据库查询活性化合物对应的靶标,利用STRING数据库获取蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和网络拓扑参数,导入Cytoscape 3.6.0对网络进行分析,筛选关键靶标。通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和组织富集(tissue enrichment)预测其作用机制。利用AutoDock将化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)S蛋白受体结合结构域与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)蛋白酶结构域复合物(SARS-Co V-2-S-RBD-ACE2)进行分子对接。结果筛选得到清肺达原颗粒活性化合物251个,对应靶点共1 037个;筛选出关键靶标107个,对应化合物185个,关键靶点涉及ESR1、AR、EGFR、KDR、MMP2等,与ACE2共表达基因52个。GO功能富集分析结果显示清肺达原颗粒主要对细胞表面信号转导、分子功能、磷酸化和转录等生物学过程起调节作用,KEGG通路富集主要涉及趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性和Toll样受体信号通路等。组织富集显示关键基因表达部位主要分布在肺及上皮细胞,涉及多种免疫细胞,如T细胞、B细胞、淋巴细胞等。分子对接结果显示与SARS-Co V-2-S-RBD-ACE2复合物亲和力较好的化合物主要来源于柴胡、党参、知母、甘草,其中柴胡皂苷、甘草酸、知母皂苷与SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2复合物结合力较强,可能为抗SARS-CoV-2的潜在活性成分。结论清肺达原颗粒具有多成分、多靶点、多途径的整体调控特点。其中柴胡皂苷、甘草酸、知母皂苷可能为抗SARS-CoV-2的潜在活性成分,治疗COVID-19的作用机制可能与调控ACE2共表达的基因、调节炎症和免疫相关的信号通路、影响SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2复合物的稳定有关。  相似文献   

15.
目的探寻达原饮治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索达原饮中槟榔、厚朴、草果、知母、白芍、黄芩、甘草的化学成分和作用靶点。通过UniProt、GeneCards等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果化合物-靶点网络包含141个化合物和相应靶点267个,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AA1、ESR1、AR、NOS2等。GO功能富集分析得到GO条目522个(P0.05),其中生物过程(BP)条目421个,细胞组成(CC)条目38个,分子功能(MF)条目63个。KEGG通路富集筛选得到25条信号通路(P0.05),涉及小细胞肺癌、非小细胞肺癌、T细胞受体信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、黄芩素等核心化合物与COVID-19推荐用药的亲和力相似。结论达原饮中的活性化合物可能通过与血管紧张素转换酶II(ACE2)结合作用于PTGS2、HSP90AA1、ESR1等靶点调节多条信号通路,从而有可能对COVID-19有治疗作用。  相似文献   

16.
刘钱  贺桢翔  杨慧  刘新燕  曾钦  张梅  刘涛 《中草药》2020,51(7):1713-1722
目的以网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得肺毒清中木蝴蝶、栀子及苦参3味中药相关的成分和作用靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因;采用STRING平台构建靶点PPI网络;通过DAVID进行GO(gene ontology)生物过程及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,对核心靶点进行网络拓扑分析,运用Cytoscape 3.7.0构建成分-靶点网络,分析预测其作用机制。肺毒清中核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将结合能最低的前3位化合物与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果成分-靶点网络得到269个节点,4204条边,其中包括槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚等50个成分,关键靶点有JUN、AKT1、TP53、PTGS2、FOS、ESR1等。GO功能富集分析得到GO条目2 187个(P0.05),其中生物过程(biological process,BP)条目1 877个,细胞组成(cellular component,CC)条目105个,分子功能(molecularfunction,MF)条目205个;KEGG富集筛选得到25条信号通路(P0.05),主要有乙型肝炎通路、致癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、胰腺癌、弓形虫病通路等;木犀草素(-26.78 kJ/mol)、槲皮素(-26.36k J/mol)、去甲脱水淫羊藿黄素(-25.94 kJ/mol)作用于SARS-CoV-2 3CL水解酶的分子对接结合能最低。结论肺毒清的活性化合物通过作用于JUN、AKT1、TP53、PTGS2、FOS、ESR1等靶点,与ACE2结合,调节多条信号通路,对COVID-19有潜在治疗作用。  相似文献   

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