老年性痴呆患者颞叶皮层差异基因的生物信息学分析

目的探讨老年性痴呆患者颞叶皮层的生物学网络调控机制及关键节点在痴呆早期的病机机制。方法从基因芯片公共数据库GEO中下载老年性痴呆患者颞叶皮层的基因芯片数据,采用在线分析软件STRING和PANTHER对表达明显差异的基因进行生物信息学调控网络分析,寻找关键节点基因。结果在40个差异表达基因编码的蛋白中,有19个蛋白与其他蛋白存在相互作用关系,TBP、AKT1、CS、HSPB1及PARD6A蛋白为调控网络的关键节点蛋白。差异明显的基因主要涉及分子结合、催化活性及转录调节活性功能,与阿尔茨海默病(AD)-早老素信号通路、γ-氨基丁酸合成通路、AD-淀粉样蛋白分泌酶通路有关,参与了颞叶皮层的细胞间通讯、糖脂代谢、细胞转运等生理学过程。结论 AD颞叶皮层的发病与TBP、AKT1、CS、HSPB1及PARD6A等基因密切相关,主要涉及AD-早老素信号通路、γ-氨基丁酸合成通路和AD-淀粉样蛋白分泌酶通路,有利于针对性的采用具有调节相应网络功能的药物进行早期干预,保护AD患者的认知功能。     

阿尔茨海默病患者外周血差异基因的生物信息学特征分析

目的研究阿尔茨海默病患者外周血差异基因的分子功能分类、生物学网络调控特征及关键节点,为阿尔茨海默病的临床早期诊断和防治提供新方法和新思路。方法从基因芯片公共数据库GEO中下载阿尔茨海默病患者外周血的基因芯片数据,采用PANTHER在线平台对40个差异表达基因进行GO分析,包括基因类别、分子功能、生物学过程及信号通路分析,使用在线分析软件STRING对差异表达基因进行生物信息学调控网络分析,寻找关键节点基因及其相互作用关系。结果 20个明显下调的差异基因主要与机体防御/免疫功能、细胞黏附及能量代谢功能相关,与丙酮酸代谢信号通路相关,蛋白相互作用拓扑网络中的关键节点ATP6V1F、PIGQ、GLO1分别与能量代谢、信号传导、氧化应激子网络有关。而20个明显上调的差异基因主要与氧化还原、代谢过程及细胞转运功能相关,蛋白相互作用拓扑网络中的关键节点OGT、GYG1、UXS1、ATP2A2分别与分别与糖基化修饰、糖原合成、葡萄糖醛酸酯合成及ATP能量代谢子网络有关。结论阿尔茨海默病的发病机理与外周血中的ATP6V1F、PIGQ、GLO1、OGT、GYG1、UXS1及ATP2A2等基因的变化密切相关,主要涉及丙酮酸代谢和血凝信号通路。     

阿尔茨海默病小鼠海马组织差异表达miRNA-687的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法探讨阿尔茨海默病(AD)小鼠海马组织差异表达的microRNA,为阐明其发病机制提供新线索。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共数据平台GEO下载基因芯片数据集GSE48028,使用在线分析工具GEO2R筛选出正常小鼠与AD小鼠海马组织差异表达的microRNA,利用TargetScan靶基因预测工具和miRDB在线靶基因预测网站预测miRNA-687的靶基因,并进行富集分析(GO)和通路分析(KEGG),利用STRING在线分析网站和Cytoscape软件进行靶基因调控蛋白的互作网络分析并计算网络节点,找出关键靶基因。结果筛选出12个差异表达的microRNA,其中8个下调,4个上调。以miRNA-687为靶点,预测得到其交集靶基因172个。GO发现大多集中在投射神经元等区域,主要参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、凋亡过程等生物学过程。KEGG发现其参与了PI3K-Akt信号通路等多条信号通路。STRING在线分析网站和Cytoscape软件分析显示Pten、Met等8个靶基因在蛋白质互作网络中起关键作用,是受miRNA-687调节的关键基因。结论采用生物信息学方法能够有效分析AD小鼠差异表达的microRNA,其中miRNA-687研究极少,表明其可能是AD发生的研究新靶点。     

心肌梗死后心力衰竭大鼠左心室心肌基因组学特征的生物信息学研究

背景药物是心力衰竭(HF)治疗的基石,而基因组学技术正逐渐成为HF新药研发的关键领域之一。目的采用生物信息学工具分析心肌梗死后HF大鼠左心室心肌基因组学特征。方法在GEO数据库中选取假手术组(Sham组)和冠状动脉结扎诱导的心肌梗死后HF组(HF组)大鼠基因芯片,通过GEO2R在线软件筛选两组差异基因并对差异基因进行GO功能富集分析、KEGG Pathway富集分析及蛋白相互作用分析。结果 (1)筛选出表达上调、下调最显著的基因各20个。(2)GO功能富集分析结果显示,40个差异基因富集在细胞膜、内膜系统及细胞外空间等细胞成分中,可参与调控蛋白质结合、离子结合、转运活性等分子功能,涉及应激、多细胞生物过程、生理调节等多个生物学过程。(3)KEGG Pathway富集分析结果显示,40个差异基因主要参与心肌细胞中的肾上腺素能信号传导。(4)STRING分析结果显示,纤维粘连蛋白1、骨膜蛋白、结缔组织生长因子、分泌型磷蛋白1、成纤维细胞生长因子7、分泌型卷曲相关蛋白2等多个蛋白在相互作用网络中处于关键节点。结论应激、多细胞生物过程、生理调节等多个生物学过程及心肌细胞肾上腺素能信号传导通路参与心肌梗死后HF的发生发展。     

肺动脉高压关键基因的筛选及生物信息学分析

目的 :筛选肺动脉高压发生的关键基因,推断与肺动脉高压相关的一些微小RNA(microRNA)功能,为进一步探索肺动脉高压可能的潜在调控靶点提供理论依据。方法:从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载3个人肺组织来源的基因芯片,应用R语言和GEO2R筛选肺动脉高压患者与正常人肺组织中差异表达基因和差异表达microRNA,并通过DAVID 6.8数据库进行基因功能分析和信号通路富集分析,STRING在线数据库构建蛋白之间相互作用可视化网络图(PPI),TargetScan数据库预测差异microRNA靶基因,Cytoscape 3.6.1软件构建microRNA-mRNA网络。结果:获得226个差异基因,这些差异基因主要涉及细胞趋化、炎症反应等生物学过程,主要参与造血细胞系、性别等方面的信号通路,从PPI中识别出10个关键基因HGF、KIT、VCAM1、CXCL12、ITGAM、FPR1、CXCL9、CXCR1、TLR8、CXCR2;获得29个差异microRNA,构建了microRNA-mRNA网络,并从网络中识别出5个关键microRNA。结论:本研究利用GEO数据库筛选出可能参与肺动脉高压发生的关键基因和关键microRNA,为肺动脉高压的研究和治疗提供了新视角。     

基于GEO数据分析参与MERS-CoV感染致病的信号传导通路和关键分子

目的 基于基因表达谱芯片数据,筛选和分析中东呼吸综合症病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV)感染人类呼吸道上皮细胞后的差异基因,确定参与致病的信号传导通路和关键分子。方法 在美国国立生物技术信息中心的Gene Expression Omnibus(GEO)数据库搜选MERS-CoV病毒感染支气管上皮细胞表达谱数据,使用在线分析工具GEOR分析MERS-CoV感染支气管上皮细胞正常组和感染组各种基因的表达情况,以具有统计学意义的在表达量上升或下降2倍以上的差异基因为研究对象,使用基因功能分析注释工具DAVID对差异基因进行基因本体分析和信号传导通路分析,使用STRING构建基因间相互作用网络,利用cytoscape筛选相互作用网络的关键基因。结果 对比感染与未感染组的基因表达,筛选到了差异基因1 553个,其中上调基因850个,下调基因703个。基因功能富集分析结果提示这些差异基因涉及免疫反应,炎症反应,凋亡过程,支气管纤毛形成和运动等多条信号传导通路。结论 研究MERS-CoV感染肺部支气管细胞基因表达谱,发现在细胞中起重要作用的多条信号通路的异常,筛选到多个关键基因,这些信号通路可能在病毒致病过程中起到重要作用。本研究将为揭示MERS-CoV 致病的分子机制提供帮助,为确定新的治疗靶标和策略提供数据。     

基于网络药理学探讨左归丸“补肾生髓成肝”的疗效机制

目的:利用网络药理学方法探讨左归丸"补肾生髓成肝"的疗效机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选左归丸的药效活性成分和潜在作用靶点,利用生物学信息注释数据库(DAVID)和KEGG通路数据库(KEGG PATHWAY Database)分析靶点基因功能分类及其涉及的信号通路。利用蛋白质相互作用数据库(STRING Database)构建靶点基因编码蛋白质的相互作用网络模型。结果:通过TCMSP和BATMAN-TCM筛选左归丸药效活性成分65个、潜在靶点基因351个,靶点基因功能包括药物反应、乙醇应答、凋亡过程及正负调控、细胞增殖及正负调控、衰老、信号转导、基因转录调控等生物学过程,涉及癌症相关通路、乙型肝炎、前列腺癌、HIF-1信号通路、TNF信号通路等32条信号通路,根据蛋白质相互作用关系确定45个左归丸药效活性成分关键靶点。结论:左归丸"补肾生髓成肝"的疗效机制可能是其药效活性成分通过靶基因-信号通路网络调节药物、乙醇及病毒因素等引起的肝组织应答,动态调节肝组织细胞增殖/凋亡,多层次、多途径实现减轻组织损伤、优化肝脏再生修复。     

骨关节炎关节软骨细胞基因表达谱的芯片研究

目的 利用基因芯片技术,研究骨关节炎关节软骨细胞基因表达谱差异性基因、差异性基因功能及通路,初步探讨骨关节炎预警基因.方法 入选行关节置换术的骨关节炎、类风湿关节炎(RA)和无关节炎的创伤患者各3例,分成骨关节炎组、RA组和创伤组.分别取关节软骨标本,体外培养关节软骨细胞.采用人类全基因组寡核苷酸微阵列芯片技术,通过微阵列差异性基因分析软件两因素不配对检验分析比较骨关节炎组分别与创伤组、RA组关节软骨细胞基因表达谱的差异在生物分子功能注释系统中分析差异性基因功能、通路.结果 骨关节炎组与创伤组比较差异基因为145个(其中70个上调,75个下调),骨关节炎组与RA组比较差异基因为281个(其中94个上调,187个下调);骨关节炎组分别与创伤组、RA组比较得到的差异性表达基因功能分属于细胞过程、生理过程、细胞成分、生物调节、信号转导等;有统计学意义的差异性基因通路主要有:凋亡通路、细胞周期通路、P53蛋白信号通路、Fas 信号通路、一氧化氮通路、凋亡级联通路、局部黏附通路、细胞外基质受体相互作用通路、紧密连接通路、黏着接合通路、肌动蛋白细胞骨架调节通路、骨重塑通路、硫酸软骨素生物合成通路、Jak-STAT信号通路、Wnt信号通路、Toll样受体信号通路、细胞间黏附信号通路、T细胞受体信号通路等(P＜0.05);骨关节炎.创伤组和骨关节炎-RA组之间差异性基因功能及通路存在差异,同时也存在交叉.结论 从差异性基因表达种数、生物学功能、通路分析三方面获得骨关节炎生物学信息,使得从基因表达人手寻找骨关节炎的早期预警指标成为可能.     

酒精性肝炎差异基因及其miRNA的研究

目的 探讨差异基因及miRNA功能在酒精性肝炎发病机制中的作用. 方法 取酒精性肝炎及健康对照者两组外周血RNA,应用基因芯片技术获得差异基因(miRNA).随机方差模型计算每个基因(miRNA)的显著性水平(P值)和误判率(FDR),构建差异基因共表达网络和miRNA基因调控网络,并分析其在疾病中的作用. 结果 两组间共发现差异表达的基因1123个,差异表达的miRNA 13个.具有显著性表达的上调基因322个,下调基因169个.差异基因共表达网络的节点基因为MAPK10、RAP1A、ADCY8、CBL、SOCS1.miRNA基因调控网络中关键miRNA为:hsa-miR-570、hsa-miR-29、chsa-miR-1228*、hsa-miR-99a*、hsa-miR-1299、hsa-miR-326.结论 酒精性肝炎的发生与发展是一个多基因参与、多miRNA调控的复杂过程.差异基因及miRNA参与调控的生物学过程或功能包括:细胞凋亡、生物信号传导、癌基因激活、免疫应答等.     

阿尔茨海默病相关的生物信息学分析

目的探讨阿尔茨海默病(AD)发生发展相关的基因。方法 1利用生物信息学方法挖掘现有文献,NLP分析方法进行关于AD文献挖掘。2Gene Ontology(GO)分析方法进行相关基因功能分类。3Pathway分析方法统计基因在每个Pathway中的富集程度。4基因网络分析方法将上述三种结果整合为基因间的相互关系网络,并筛选出AD相关信号转导通路中的枢纽基因(Hub基因)。结果与AD发生发展相关的文献和基因分别为8 900篇和898个,绘制与AD发生发展有关的相关基因的生物信号网络,发现AD相关基因的表达参与到14种生物学过程、12种细胞的组成和25个不同的信号转导通路(P0.01),执行9种生物分子功能,并与24种疾病(P0.01)的发生发展有关。研究基因/蛋白质相互作用发现,PIK3CG等21个为AD相关基因网络中连接程度最高的21个基因(P0.05),即Hub基因。结论文献挖掘得到的相关信号通路(Cytokine-cytokine receptor interaction信号通路)及Hub基因(PIK3CG、CBL)与AD的发生发展密切相关。     

差异基因功能在酒精性肝硬化发病机制中的研究

目的探讨差异基因功能在酒精性肝硬化发病机制中的作用。方法取酒精性肝硬化及健康对照两组人外周血RNA,应用基因芯片测得两组间差异基因。随机方差模型计算每个基因的显著性水平(P value),按照P<0.05筛选,获得显著性表达的差异基因。结果两组间共发现差异表达的基因1 008个,显著性表达的上调基因188个,下调基因210个。差异基因共表达网络的节点基因为:mapk8、cxcr3、pdgfrb、calml5。结论酒精性肝硬化的发生是一个多基因参与的复杂过程。差异基因参与调控的生物学过程包括:细胞凋亡、生物信号传导、碱基切除修补、核糖核酸酶代谢、脂质代谢吸收、免疫应答等。     

胆道闭锁相关基因的生物信息学分析和功能预测

目的运用生物信息学技术分析胆道闭锁发生、发展的潜在生物学过程和关键基因。方法从公共数据库平台(GEO)下载胆道闭锁相关的基因芯片数据,运用R语言分析与胆道闭锁高度相关的差异基因;对差异基因进行KEGG分析后,阐述其主要参与的信号通路。对差异基因构建蛋白质相互作用网络,从中筛选出主要的信息模块。同时,运用GSEA筛选出胆道闭锁中差异较显著的两条信号通路,富集出Core Enrichment Gene与主要模块中的基因做交集,检测不同基因对胆道闭锁诊断的准确度。结果一共筛选出了146个与胆道闭锁紧密相关的差异基因,KEGG分析指出其主要与细胞外基质-受体相互作用及黏附等信号通路相关。构建蛋白质相互作用网络后,从中筛选出含有21个差异基因的模块。GSEA筛选结果指出,在胆道闭锁中差异较显著的两条信号通路为细胞外基质-受体相互作用及黏附。富集出79个Core Enrichment Gene与21个差异基因做交集后得到11个差异基因,其中JUN联合LAMC2在肝组织中的表达诊断胆道闭锁的准确度为96.4%。结论生物信息学分析表明,细胞外基质-受体相互作用及黏附可能与胆道闭锁的发生、发展密切相关,有11个关键差异基因可能在该过程中起到了重要作用,且JUN和LAMC2对于诊断胆道闭锁具有重要意义。     

人肺腺癌细胞超保守区的生物信息学分析

目的:使用生物信息学的方法,分析肺癌细胞(A549)经慢病毒感染后,过表达超保守区基因与正常肺癌细胞之间的差异基因,并进行基因功能和信号通路分析,为肺癌研究提供差异基因。方法:在公共数据库(GEO)中下载6个肺癌细胞差异基因表达阵列数据进行生物信息学分析,筛选出相关的差异基因。使用DAVID和STRING数据库对差异基因表达进行基因功能、信号通路和蛋白互作用分析。结果:共得到230个差异基因,其中217个表达上调,13个表达下调;GO富集分析显示差异基因主要定位于细胞膜外,参与血管内皮生长因子的调节;KEGG信号通路分析显示差异基因主要表现在化学致癌上;蛋白互作网络显示主要的相关蛋白是CFH、MUC5B、PTGS2、LRRK2。结论:本研究从生物信息学方法对数据进行处理,在基因水平上表明肺癌细胞过表达超保守区后存在差异基因,为基础研究筛选出差异,进而服务于临床。     

抗病毒治疗对HIV相关神经认知障碍病人脑组织基因表达谱的改变及生物信息学分析

目的分析抗病毒治疗(ART)对艾滋病病毒(HIV)相关神经认知障碍病人脑组织基因表达谱的改变及关键蛋白作用,为临床预防、早期诊断及治疗提供一定的理论参考依据。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)基因芯片公共数据库中下载一组来自美国纽约的HIV相关神经认知障碍(HAND)病人治疗组(11人)、未治疗组(12人)和非病人(7人)尸检脑组织基因芯片数据,将数据导入分析软件GCBI、GenClip 2.0、NetworkAnalyst、GATHER等,分析基因表达谱、蛋白-蛋白相互作用网络、分子生物学过程及基因功能,寻找ART病人的关键节点基因。结果共发现242(0.44%)个差异表达基因,其中表达上调5个,下调237个。这些差异表达基因主要涉及神经元信号传递、突触传递、细胞信号传导等生物学功能,参与钙信号通路、Wnt信号通路、牛磺酸和牛磺酸代谢、谷氨酸代谢、MAPK信号通路,基因GSK3B和PAK1对于HAND治疗效果有一定预测能力,主要参与神经系统的调节作用。结论 242个差异表达基因能简单反映出ART对病人的治疗机制,差异表达基因主要参与神经元信号传递、突触传递、细胞信号传导等生物学功能,关键基因GSK3B、PAK1对HAND的治疗有一定的预测能力,并可能受到Wnt和MAPK信号通路的调节而发挥生物学功能。     

肝癌相关差异基因的生物信息学分析

目的采用生物信息学方法对肝癌差异表达基因进行基因功能和信号通路分析,为临床筛选肝癌发生、发展的相关分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法从公共数据库(GEO)中获取18例肝癌组织和18例癌旁组织的基因表达阵列数据进行生物信息学分析,筛选差异表达基因。利用DAVID和STRING数据库对差异表达基因进行基因功能、信号通路和蛋白相互作用分析。结果通过对两组数据的差异表达基因筛选,共获得1 108个差异表达基因,其中上调基因605个、下调基因503个。差异表达基因主要涉及细胞周期、DNA复制、癌通路、p53信号通路、黏附、补体途径、三大营养物质代谢及性激素代谢等。通过STRING数据库分析列出位于前20位蛋白互作网络的中心节点蛋白。结论本研究采用生物信息学方法对肝癌基因芯片数据进行挖掘,从基因水平探讨肝癌发生发展的物质基础、分子功能和生物学过程,为肝癌发生的机制研究、肿瘤标志物的筛选及药物靶点选择提供参考。     

小鼠高脂血症模型的竞争性内源RNA调控网络研究

目的基于高通量测序数据,探讨小鼠高脂血症模型中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达特征及竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络,筛选lncRNA介导的参与血脂异常发生发展的关键调控通路。方法应用正常饮食和高脂饮食分别诱导ApoE-/-小鼠12周,建立高脂血症模型;进行肝脏全转录组测序,筛选差异表达的lncRNAs、微小RNAs(microRNAs,miRNAs)和信使RNAs(messenger RNAs,mRNAs);对差异表达的mRNAs进行基因功能(Gene Ontology,GO)分析和信号通路(KEGG)注释;结合并分析lncRNA-mRNA共表达关系、miRNA-mRNA靶向关系、lncRNA-miRNA共表达和靶向关系,构建lncRNA介导的ceRNA网络并筛选关键ceRNA调控轴。结果高脂血症小鼠肝脏全转录组测序筛选出117个差异表达lncRNAs、53个差异表达miRNAs和1689个差异表达mRNAs;差异表达的mRNAs主要参与脂质代谢过程、脂肪酸代谢过程和类固醇代谢过程等生物学功能,涉及PPAR信号通路和不饱和脂肪酸合成等途径;构建的ceRNA调控网络包括16个lncRNAs节点、18个miRNAs节点和33个mRNAs节点,其中lnc-Dubr介导的ceRNA调控轴可能对血脂异常具有重要调控作用。结论成功绘制出高脂血症小鼠肝脏lncRNA介导的ceRNA调控网络,并筛选出具有潜在生物学作用的ceRNA调控轴,有望为高脂血症及其他心血管疾病的发生发展和治疗提供新的线索和思路。     

基于生物信息学分析探究肺动脉高压关键基因和通路

目的通过生物信息学方法寻找肺动脉高压中差异表达的基因,为肺动脉高压的预防和早期诊断及治疗提供新思路。方法从公共基因数据库(GEO)中下载基因芯片数据集GSE113439,使用在线分析工具GEO2R筛选出肺动脉高压肺组织和正常肺组织的差异表达基因。利用在线数据库DAVID和STRING分别进行功能、通路富集分析和蛋白互作分析,使用Cytoscape软件来筛选蛋白相互作用网络中的核心网络基因及显著相互作用模块。结果共筛选出559个差异基因,其中87个为上调基因,472个为下调基因(调整后P<0. 05,|log2FC|>1)。对差异基因进行GO和KEGG富集分析,GO富集分析(P<0. 05)结果提示:(1)生物过程:差异表达基因显著富集于DNA双解、DNA修复、有丝分裂等;(2)细胞单位:差异表达基因显著富集于核质、膜、核仁、细胞质、中心体、核、核斑点、染色体、高尔基体等;(3)分子功能:差异表达基因显著富集于聚(A) RNA结合、ATP结合、蛋白质结合、解旋酶活性、微管结合、ATP依赖性DNA解旋酶活性等。KEGG富集分析结果提示差异表达基因显著富集于真核生物的核糖体生物发生、RNA转运、类风湿性关节炎、RNA降解、血管平滑肌收缩、疟疾、癌症中的蛋白多糖等(P<0. 05)。STRING分析发现了蛋白质网络互作图中的10个关键基因,分别为CDK1、CDC5L、KIF11、SMC2、CENPE、TOP2A、NCAPG、CENPF、SMC4和SKIV2L2。结论细胞增殖与凋亡等生物学过程和肺血管平滑肌等通路可能在肺动脉高压发生发展过程中起着重要的作用,采用生物信息学方法筛选可能的核心靶点有利于从基因层面上了解疾病的发生机制,为肺动脉高压发生机制的进一步研究提供方向。     

基于GEO数据库分析影响纳武单抗及派姆单抗治疗非小细胞肺癌疗效的差异基因

目的筛选影响纳武单抗和派姆单抗治疗非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)疗效的差异基因，为免疫治疗药物的选择及治疗预后提供参考。 方法通过GEO数据库搜索"Nivolumab"、"Pembrolizumab"找到目的芯片，下载免疫治疗相关表达芯片"GSE93157"，筛选NSCLC相关样本共35个，利用R语言数据包对样本进行表达差异基因进行聚类分析。对差异基因进行基因功能注释GO分析和KEGG通路分析，构建蛋白相互作用网络，筛选枢纽基因进行生存分析，确定影响不同抗程序性细胞死亡蛋白1药物治疗的关键基因。 结果筛选出影响纳武单抗治疗疗效差异基因共58个，其中免疫相关基因25个；影响派姆单抗治疗疗效差异基因231个，免疫相关基因82个。基于两种药物免疫相关差异基因的蛋白互作网络提示纳武单抗共得到2个子网络，主要模块共11个节点，51个边；派姆单抗共得到4个子网络，主要模块共24个节点，231个边。影响两种药物治疗疗效的前10位主要免疫相关基因生存分析，显示生存差异具有统计学意义(P<0.05)的基因，与纳武单抗相关的免疫差异基因为CD5、CD22、CR2、CD40LG。与派姆单抗相关的免疫差异基因为CTLA4、SELL、IL7、CD40LG、CD2、IL7R。 结论纳武单抗治疗NSCLC患者的关键免疫相关差异基因CD5、CD22、CR2；派姆单抗治疗NSCLC的关键免疫相关差异基因为CTLA4、SELL、IL7、CD2、IL7R。两种药物共同免疫相关差异基因为CD40LG，有望成为抗PD-1抑制剂治疗NSCLC预后预测的潜在生物标志物及靶点。     

绝经后骨质疏松症患者基因表达谱的改变

目的利用基因芯片公共数据库中RNA标本芯片数据,分析绝经后骨密度降低程度不同的骨质疏松症患者外周血基因表达谱及分子网络变化。方法从基因芯片公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载美国奥马哈20名绝经后妇女的外周血RNA标本基因芯片数据,利用基因云、基因大数据分析(Gene-Cloud of Biotechnology Informs,GCBI)实验平台、Gen Clip2.0、Sytoscape 3.5.1等软件,筛选差异表达基因。结果差异基因主要涉及MAPK调节、细胞内信号转导的调控、细胞运动、免疫效应等生物学功能。基因网络中以MAPK3、ARRB2、STK11、USP9X、MYO1C、GTF2H1等基因degree值较大,基因MAPK3、ARRB2、STK11、MYO1C、GTF2H1在不同骨密度人群中表达差异有统计学意义(P0.05),其中基因MAPK3、ARRB2、STK11和MYO1C诊断价值有统计学意义(P0.05)。结论 MAPK3、ARRB2、STK11和MYO1C基因为蛋白网络核心节点。MAKP3和ARRB2基因与骨质疏松的发生关系密切。     

肥胖合并急性心肌梗死患者血小板基因表达谱分析

目的:比较分析急性心肌梗死首次发作人群中,BMI正常的患者与肥胖患者之间血小板基因表达的差异性,并探讨这些基因对急性心肌梗死可能造成的影响。方法:从GEO数据库中检索获取患者的芯片数据,并根据数据库中所提供的BMI将患者分为BMI正常组和肥胖组,接着通过GEO2R筛选出差异表达基因,并运用DAVID数据库对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG通路分析,然后运用STRING数据库以及Cytoscape软件筛选出其中的关键基因。结果:共筛选出550个差异基因,其中上调基因432个,下调基因118个。GO富集分析显示,差异基因主要在膜构成、细胞外基质、信号转导以及GTP酶活性正调控等功能富集。KEGG分析提示,差异基因主要参与cAMP信号通路、多巴胺能神经突触、胰岛素分泌信号通路、T细胞信号通路和FOX信号通路的调控。共筛选出ALB、KDR、HDAC2、IL10、EIF4A3、ERBB4、NRP1、GDNF、NPM1和NUP43等10个得分较高的基因,其中ALB和KDR为蛋白相互作用网络的核心节点。结论:血小板基因表达水平在肥胖和BMI正常患者之间存在明显差异,这些差异基因可能因BMI升高引起,并可能促进急性心肌梗死的发生。