基于网络药理学的小青龙汤治疗变应性鼻炎作用机制探讨

目的：通过网络药理学方法探讨小青龙汤治疗变应性鼻炎（Allergic Rhinitis,AR）的作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得小青龙汤的活性成分及作用靶点,在疾病靶点数据库GeneCards、OMIM获得变应性鼻炎的靶点集,通过R语言将其与中药靶点相映射,从中筛选出共同活性靶点,运用Cytoscape软件、BisoGenet插件构建中药-活性成分-靶点多维网络及小青龙汤-变应性鼻炎蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,运用CytoNCA插件、R语言分别进行网络拓扑分析、进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：获得核心药对“麻黄-甘草”,核心活性成分槲皮素、山柰酚、木犀草素、黄芩素、柚皮素等,核心作用靶点NTRK1、MCM2、CUL3、ESR1、TP53等,涉及通路为AGE-RAGE信号通路、KSHV、TNF信号通路、人巨细胞病毒感染、乙肝、IL-17信号通路、Th17细胞分化等。结论：小青龙汤可通过干预AGE-RAGE等信号通路抑制核因子κB核基因表调节基因转录,通过介导IL-17细胞因子调节Th17细胞分化进一步调节Th1/Th2平衡达到抗炎、调节免疫作用。     

苍耳子散治疗季节性变应性鼻炎的药理实验与作用机制研究变应性鼻炎

目的：基于网络药理学方法分析苍耳子散治疗季节性变应性鼻炎的作用机制,为经典方剂临床拓展运用及疗效评价提供参考。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取苍耳子、辛夷、白芷、川芎的主要化学成分及其靶点,根据毒药物动力学(ADME)筛选中药活性组分,并应用网络图像化软件CytoScape 3.7.2构建苍耳子散活性成分及作用靶点网络;通过人类基因信息数据库(GeneCards)获取季节性变应性鼻炎相关靶点;应用CytoScape 3.7.2构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,将网络提取的关键靶点提交至STRING 11.0数据库,分析其参与的生物过程。将药物靶点与疾病靶点取交集基因后,利用注释、可视化和富集分子功能数据库(DAVID)进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建“成分-靶点-通路”网络。通过构建卵清蛋白(VOA)大鼠变应性鼻炎模型对筛选的靶点应用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行验证。结果：苍耳子散治疗季节性变应性鼻炎的核心的活性成分为柚皮苷、谷甾醇、木犀草素等,核心靶点有前列腺素内过氧化物合酶(PTGS)2、磷...     

乌梅治疗变应性鼻炎的网络药理学机制探究

目的：运用网络药理学方法筛选乌梅对变应性鼻炎（Allergic Rhinitis,AR）的作用靶点,明确其作用机制。方法：经中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索乌梅的化学成分并筛选其作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库查询AR的疾病靶点;利用Venny映射得到乌梅与AR的共同靶点,进而构建靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;基于Metascape数据库对靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：共筛选出乌梅的8个主要活性成分和194个相应靶点蛋白,与1 092个AR靶点相交的核心靶点有87个。KEGG通路富集分析得到癌症通路、流体动力与动脉粥样硬化通路、肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）信号通路、弓形虫通路、核因子-κB(Nuclear Factor-κB,NF-κB)信号通路等21条通路;GO通路富集分析得到53条结果,其中生物过程包括脂多糖反应通路等18条,细胞组成包括膜筏通路等15条,分子功能包括细胞因子受体结合通路等20条。结论：乌梅的主要活性成分通过调控白细胞介素-...     

基于网络药理学探析补中益气汤治疗压力性尿失禁的机制

目的:探讨补中益气汤治疗压力性尿失禁(Stress Urinary Incontinence, SUI)的分子作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索出补中益气汤的药物有效活性成分及其作用靶点。利用GeneGards、OMIM疾病数据库筛选出该病靶点,借助Cytoscape3.7.2软件构建出补中益气汤中药的活性成分-靶点网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用R软件对靶基因进行基因本体论(Gene Ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路的分析。结果:共得到补中益气汤有效活性成分182个,通过116个潜在靶标作用于SUI,富集得到GO中2 115个生物过程条目和144条KEGG通路。结论:补中益气汤主要通过槲皮素、山萘酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、7-O-甲基异丁香酚、利可考酮、β-谷固醇、福莫宁、美迪紫檀素、柚皮苷、糖醇等活性成分调节SELE、ICAM1、MMP3、MAPK14、CD40LG、PLAU、CCNA2、ERBB3、CASP1关键靶点,调控糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、膀胱癌信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路、前列腺癌信号通路、胰腺癌信号通路、乙型肝炎信号通路等多条通路来治疗SUI。     

基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的：采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）数据库、治疗靶点数据库（TTD）数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络数据库（STRING）构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体（GO）及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等相关靶点起到治疗寻常型银屑病的功效,本研究初步揭示了土茯苓治疗寻常银屑病的潜在活性化合物与可能作用机制。     

基于中药整合药理学平台探讨补中益气汤治疗甲状腺功能减退症的作用机制研究

目的：基于整合药理学思路和方法,对经典名方补中益气汤治疗甲状腺功能减退症的物质基础及分子机制进行初步分析。方法：利用中药整合药理学计算平台（TCMIP,www.tcmip.cn）预测补中益气汤治疗甲减的主要活性成分及作用靶点,筛选关键靶标并进行通路富集分析,构建补中益气汤“中药材-核心成分-关键靶标-主要通路”多维网络,探索其治疗甲减的可能机制。结果：共预测得到517个活性成分。其作用机制涉及1466个关键药靶及线粒体氧化应激、嘌呤代谢、内分泌系统、雌激素信号通路等相关生物过程和代谢通路。“关键成分-核心靶标-关键通路”分析显示36个化学成分与63个靶点可能参与了补中益气汤治疗甲减。结论：补中益气汤是以多成分交互作用于多靶点,通过多通路对甲减发挥一定的治疗作用。     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学探讨三物黄芩汤治疗乳腺癌分子机制

目的：基于网络药理学探讨三物黄芩汤治疗乳腺癌的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选三物黄芩汤有效活性成分及潜在靶点,在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找乳腺癌相关靶点基因,取三物黄芩汤靶点基因与乳腺癌相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“三物黄芩汤活性成分-潜在靶点-乳腺癌”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果：TCMSP数据库筛选得到三物黄芩汤有效活性成分83个,主要包括有木犀草素、槲皮素、菜豆素、汉黄芩素、黄芩素、黄芩苷以及地黄多糖等。与乳腺癌相关潜在作用靶基因99个,KEGG富集通路分析主要包括脂质-动脉粥样硬化信号通路、化学致癌作用-受体激活通路、PI3K/Akt信号通路以及IL-17信号通路等。结论：三物黄芩汤具有多活性成分,能通过多靶点、多通路发挥乳腺癌治疗作用。     

苦参-地榆治疗溃疡性结肠炎活性成分和潜在靶点的网络药理学

目的：基于网络药理学预测苦参-地榆治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP)中药数据库检索苦参-地榆药对的化学成分和靶基因,以口服生物利用度（OB）＞30%和类药性（DL）＞0.18为条件筛选药对的潜在有效成分,并通过TCMSP预测药对的潜在靶点。运用Uniprot数据库寻找到潜在靶点相对应的人类基因名称,通过Genecards、OMIM数据库检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,与药对的潜在靶点相映射,绘制韦恩图,将映射找到的有效成分的靶基因导入Cytoscape3.7.2构建药物-成分-疾病-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图选出核心靶标,最后将苦参-地榆药对治疗溃疡性结肠炎的有效靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：共获得苦参-地榆药对27个有效成分和74个有效靶点。GO富集分析结果显示90个生物过程,主要与DNA结合和蛋白质或辅助因子结合等相关;KEGG通路富集结果显示115条通路,主要包括PI3K-AKT信号通路、癌症通路等。结论：苦参-地榆药对多种活性成分作用于多靶点、多途径、多通路协同发挥治疗UC。     

基于网络药理学及分子对接探讨杜仲叶防治骨质疏松的作用机制

目的：采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库、治疗靶点数据库（TTD）对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果：筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT3、VEGFA、IL6、TP53、EGF、AKT1、JUN、MAPK8、EGFR、TNF基因可能起着关键的作用。结论：杜仲叶可能通过减轻氧化应激损伤、抑制破骨细胞形成、促进成骨细胞形成等作用发挥抗骨质疏松作用。     

基于网络药理学研究薄荷活性成分治疗慢性胆囊炎的作用机制

目的:基于网络药理学方法探究薄荷活性成分治疗慢性胆囊炎的分子作用机制。方法:通过TCMSP数据库及文献挖掘筛选薄荷活性成分及其作用靶点,利用Genecards数据库获取慢性胆囊炎相关靶点,将慢性胆囊炎相关靶点与薄荷活性成分相关靶点进行匹配得到潜在治疗靶点。构建薄荷活性成分-潜在治疗靶点网络图、蛋白互作网络图,运用Metascape数据库对潜在治疗靶点进行生物学过程及信号通路分析,利用Dis Ge NET数据库对靶点所属的类型进行归属。结果:筛选得到薄荷15个活性成分,涉及40个潜在治疗靶点,主要参与对类固醇激素的反应、对酸性化学物质的反应、上皮细胞增殖等生物过程,共涉及13条信号通路。结论:薄荷活性活性成分可能通过调控EGFR、MYC、CASP3、CCND1、VEGFA、ERBB2、MDM2、ESR1、IL6、PPARG等靶点以及Pathways in cancer、prostate cancer、AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications、PI3K-Akt signaling pathway等多个信号通路发挥薄荷活性成分治疗慢性胆囊炎的作用。     

略论中医五脏网络调节思想

通过对五脏网络调节思想的孕育、形成过程的梳理。明确地提出五脏在人体各种生命活动中的网络调节作用，旨在阐明肝脾肾调节血液生成的过程正是这种网络调节思想的具体体现之一。从《周易》与《内经》的比较中，归纳出三种脏象模式：八卦脏象、六节脏象和五行脏象。从中发现了朴素的网络思想。并指出其模糊性。进一步从现代五脏本质研究的多种学说（三胚层说、人体功能子系统说、人体自控大系统、人体生理调控模板、五脏调节说等）中得到启迪，五脏网络调节与现代医学神经内分泌网络调节极为相似。由此．提出五脏网络调节学说。这种调节体现在人体各种生命活动之中。     

网络思维和网络分析在经络研究中的应用前景

采用文献回顾的方式,将网络思维的认识论和网络分析技术的方法论相结合,从复杂网络的新视角探讨经络研究.结果表明经络可以看作是由腧穴和经脉所构成的复杂网络.网络分析的思维和方法应用于经络分析的范式正在形成,有望对理解经络实质和指导临床实践产生深远的影响.     

基于网络效应的薯蓣皂苷类成分调控糖代谢作用机制研究

目的:基于网络药理学方探讨薯蓣皂苷类成分调控糖代谢的潜在作用机制.方法:利用文献挖掘及数据库检索获得薯蓣皂苷类成分调控糖代谢的活性成分、作用靶点及与糖代谢相关的疾病靶点,利用STRING、Cytoscape3.5.1中的BiN-GO、MCODE及CluGO插件对潜在靶点分别进行GO生物过程、聚类模块及KEGG信号通路富...     

基于网络药理学研究探索复方紫草油治疗肛周湿疹的作用机制

目的：应用网络药理学研究方法预测复方紫草油治疗肛周湿疹的有效成分,作用靶点及其潜在的作用机制。方法：通过检索中药系统药理学平台(TCMSP)和中药综合数据库（TCMID）筛选出复方紫草油的有效成分和作用靶点;通过检索人类基因信息数据库（GeneCards）得到肛周湿疹的疾病靶点;通过R语言走脚本得到药物和疾病共同作用靶点;经过Cytoscape软件构建药物-有效成分-作用靶点-疾病的互作网络,探索关键有效成分及靶点;运用STRING平台构建蛋白质间相互作用网络（PPI）进行可视化分析;使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果：筛选后共得出45个药物有效成分和相应靶点409个,并得到189个疾病相关作用靶点,其中有14个是药物与疾病的共同靶点。富集分析共得到31个GO功能条目和73条KEGG信号通路。结论：复方紫草油治疗肛周湿疹可能是通过IL-6、MMP9、CXCL8、ICAM1和STAT3等蛋白作用,发生细胞因子受体结合、转录因子及核受体活性等生物学过程,并主要富集在African trypanosomiasis、Hepatitis B、AGE-RAGE等多条信号通路上,发挥抗炎和修复屏障等作用。     

基于网络药理学探讨强心胶囊治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的:基于网络药理学分析预测强心胶囊治疗慢性心力衰竭的作用机制。方法:应用中医药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出强心胶囊所含有效成分和相关靶标蛋白。根据药代动力学ADME参数,以口服生物利用度(OB)≥30%,药物相似性(DL)≥0.18,生物半衰期(HL)≥4.00为条件筛选出活性成分。从数据库Uniprot中获得预测的活性成分作用靶点。通过CTD、TTD、DrugBanK数据库挖掘疾病相关的作用靶点。通过基因注释工具Matescape分析强心胶囊干预慢性心力衰竭的分子机制。结果:获得强心胶囊活性成分108个,作用靶点267个,疾病相关靶点32 730个,最终获得强心胶囊干预心力衰竭关键靶点264个。PPI网络构建筛选出关键靶点47个。富集分析强心胶囊干预慢性心力衰竭的关键靶点主要参与MAPK、HIF-1、TNF、FoxO、PI3K-AKT、促性腺激素、癌症、T细胞受体和钙离子信号通路等。结论:强心胶囊不仅可直接对慢性心力衰竭起到治疗作用,还可通过激素、细胞代谢、炎性机制及免疫因子等间接发挥疗效。     

基于网络药理学和分子对接探讨柴胡-大黄药对防治胆石症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡-大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造...     

基于网络药理学探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制

目的：利用网络药理学的方法探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制。方法：运用TCMSP网络数据库对丹参-红花两味药主要有效成分及作用靶点进行筛选和挖掘,利用Cytoscape3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以OMIM在线分析平台挖掘冠心病的相关作用靶点,基于STRING数据库构建丹参-红花治疗CHD的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,然后进行拓扑分析,筛选出丹参-红花治疗冠心病的核心靶点。利用Metascape数据库对药物-疾病交集靶点进行生物通路及富集分析。结果：丹参-红花成分-靶点网络图包含87个有效成分,相对应靶点1 693个;核心靶点涉及TNF、白细胞介素-1B（IL-1B）、髓过氧化物酶（MPO）、血管细胞黏附蛋白1（VCAM1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、基质金属蛋白酶3(MMP3)等。结论：丹参-红花治疗冠心病主要靶点参与与流体剪切应力与动脉粥样硬化、活性氧代谢过程、DNA结合转录因子活性的正调控、蛋白质复合物装配的正调控、细胞活化的调节等相关,其中聚集在流体剪切应力与动脉粥样硬化的靶点最多。     

基于网络药理学探讨大补脾汤治疗肝癌的作用机制＊

目的 利用网络药理学的方法，建立大补脾汤的活性成分-作用靶点-通路的网络图，对作用靶点的基因功能和通路进行富集分析，从而探讨大补脾汤治疗肝癌的可能作用机制。方法 通过TCMSP 数据库、中国台湾中医药资料库获得大补脾汤主要活性成分。采用Swiss Target Prediction 预测活性成分的潜在靶点，并与肝癌疾病靶点数据进行比对，获得大补脾汤治疗肝癌的作用靶点。采用DAVID数据库平台对作用靶点的GO注释和KEGG 通路进行富集分析和蛋白功能归属。最后通过Cytoscape 构建大补脾汤治疗肝癌的“活性成分-作用靶点-通路”网络图。结果 大补脾汤潜在的有效成分共有118个，其中人参、甘草、旋覆花含有65种成分可能具有治疗肝癌的作用。大补脾汤治疗肝癌的可能靶点共29个，其中EGFR、SRC、PTGS2、MMP9、MMP2、MCL1、MET、AR和ESR1等可能为关键靶点基因，涉及到对微小RNAs、雌激素受体通路、肿瘤相关通路等的调控作用。结论 大补脾汤中山奈酚、槲皮素、木犀草素等可能通过调控微小RNAs和雌激素信号通路等机制，作用于EGFR、ESR1、SRC、MET等靶点发挥治疗肝癌的作用，为大补脾汤药效机制的多角度研究和肝癌的中医药治疗提供思路。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨利胆化痰活血方治疗代谢综合征的分子机制＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术探讨利胆化痰活血方治疗代谢综合征的药效活性成分及作用机制。方法 通过TCMSP数据库（http：//tcmspw.com/tcmsp.php）和SwissTargetPrediction（http：//www.swisstargetprediction.ch）筛选利胆化痰活血方的有效成分及靶点，从DisGeNET数据库（https：//www.disgenet.org）中获取代谢综合征疾病靶点，与利胆化痰活血方有效成分靶点进行韦恩分析。针对利胆化痰活血方有效成分和代谢综合征相关靶点进行GO功能分析与KEGG通路富集分析，并建立交集靶点的PPI网络和有效成分-核心靶点关联网络。利用分子对接技术预测有效成分与靶点的潜在结合活性。结果 网络药理学分析得出38个活性成分和14个靶点组成的129个有效成分与靶点组合可能是其潜在起效组合。其作用通路与内分泌抵抗，EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药，HIF-1信号通路，FoxO信号通路，Rap1信号通路，MAPK信号通路，ErbB信号通路，鞘脂信号通路，Ras信号通路，趋化因子信号通路相关。分子对接将其聚焦到AKT1，PPARG及MMP9三个靶点中，动物实验显示，代谢综合征大鼠肝脏中AKT1，PPARG的mRNA水平显著降低（P<0.05，P<0.01），经过利胆化痰活血方治疗后显著升高（P<0.05，P<0.01）。结论 本研究发现利胆化痰活血方可能作用于肝脏中AKT1和PPARG治疗代谢综合征，对进一步揭示利胆化痰活血方对代谢综合征的治疗作用提供新的证据和研究思路。