广东省珠海市两种常见沙门菌血清型的分子分型分析

目的 研究珠海市沙门菌1,4,［5］,12:i:–和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据。 方法 用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方案与欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方案,对从腹泻病例分离的121株鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,［5］,12:i:–进行PFGE和MLVA分型。 结果 药敏试验结果显示,鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,［5］,12:i:–的多重耐药株分别为45株（45/51,88.24%）和51株（51/70,72.86%）,2种菌多重耐药率差异有统计学意义（χ2＝4.256,P＝0.039）,两者的耐药率＞50.00%的抗生素分别是氨苄西林、四环素、复方磺胺甲恶唑和氯霉素。 121株沙门菌经PFGE分型后获得88个型别,2种菌株间没有明显聚类特征,但鼠伤寒沙门菌的型别更为分散,优势型别PT15的11株菌包含了2种血清型。 MLVA分型结果显示5个位点中以STTR5和STTR6的重复数变化最多,分别是11和14个重复数,STTR9和STTR3次之,95.87%的菌株在STTR10p位点无扩增产物。 经MLVA分型后获得50个型别,优势型别为MT18和MT10,分别有23株和11株菌,均包含了2种血清型,经构建最小生成树分析发现91.74%（111株）菌株分布在Ⅰ群。 结论 珠海市2种菌株的多重耐药率较高,分子分型型别多样,但鼠伤寒沙门菌型别更为分散,两者遗传特征相似。      

多位点串联重复序列分析应用于中国肠炎沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）分型方法用于我国肠炎沙门菌分子分型的能力,建立我国肠炎沙门菌MLVA分型标准操作方法及数据库。方法 根据国际PulseNet公布的肠炎沙门菌PFGE和MLVA分型方案,对来自我国6个省（直辖市）的289株肠炎沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这两种分型方法对我国肠炎沙门菌分离株的分型能力。结果 289株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后获得55种带型,其分辨能力（D值）为0.8433。PFGE优势带型为JEGX01.CN0003及JEGX01.CN0001,带型频率分别为35.6%、25.6%,但二者仅表现两个条带的差异,其余型别均低于5%。采用MLVA分析,获得63种型别,分为2个群,D值为0.8608,说明MLVA分辨能力高于单酶切PFGE,但分型能力仍然有限。MLVA主要型别ST1包含了97株菌株,占37.5%,分布于各省及各年份。若联合PFGE及MLVA分型,则产生104种型别,D值为0.9058。对流行病学调查显示为肠炎沙门菌暴发病例菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,结果均显示这些菌株具有明显的聚集性,但不能与同期散发菌株完全区分开。结论 MLVA与PFGE分型方法的分辨能力在肠炎沙门菌中较低,在确认肠炎沙门菌引起的暴发事件时,需紧密结合流行病学调查资料,采用双酶切PFGE或MLVA进行分型分析。     

2007年重庆市人群沙门菌监测分析

目的对重庆市人群沙门菌感染进行监测并对监测分离的菌株进行耐药性和脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型研究。方法明确监测病例定义,制定、实施监测方案,实验室分离、鉴定监测的沙门菌,利用K-B法对分离菌株进行药敏检测,并采用PFGE进行分子分型。结果2007年监测了835例病例,病例分布在9个区(县),其中监测沙门菌暴发疫情10起,病例175例。实验室共分离鉴定了79株12种沙门菌（11种血清型和1组B群）,全部菌株对至少一种抗菌素耐药, 9种（75%）对3种以上的抗菌素耐药,2种（16.67%）对6种抗菌素耐药,尤其是里定沙门菌、婴儿沙门菌及汤卜逊沙门菌耐药严重。沙门菌PFGE分型被分成9种14种亚型。结论重庆市2007年人群沙门菌分离株没有明显的优势流行株,同一事件中的沙门菌PFGE分型相同,分离株耐药情况严重,分离菌株的耐药谱和PFGE型也没有明显的联系。     

脉冲场凝胶电泳和多位点串联重复序列分析 应用于中国鼠伤寒沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和两种国际多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国鼠伤寒沙门菌分子分型的能力,并初步确定适用于我国鼠伤寒沙门菌MLVA分型中的VNTR位点。 方法 根据国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案、MLVA分型方案(包含7个VNTR位点,简称MLVA_PN)及欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方案(包含5个VNTR位点, 简称MLVA_EU),对来自我国5个省(直辖市)的175株鼠伤寒沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这三种分型方法对我国分离的鼠伤寒沙门菌的分型能力。 结果 175株鼠伤寒沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后,获得56种带型,其分辨能力(D值)为0.8823。对其中的主优势带型JPXX01.CN0001菌株55株进一步用第二种内切酶BlnⅠ酶切后,获得6种带型。用MLVA_EU分型,获得96种型别,D值为0.9758。应用MLVA_PN分析,获得98种型别, D值为0.9763。 两种MLVA分型方法对菌株的分辨能力几乎相同,且分型结果具有较高的一致性。对流行病学调查显示为鼠伤寒沙门菌暴发患者和食物来源的菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,三种分型方法获得一致性结果,均显示这些菌株具有明显的聚集性。 结论 两种MLVA分型方法的分辨能力均高于PFGE,在确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发事件时,采用需时较短,操作更方便的5个VNTR位点的MLVA分型方法可满足菌株聚集性分析。     

2014—2018年仙桃市伤寒沙门菌分子分型及耐药性分析

目的了解仙桃市伤寒沙门菌的耐药性及分子分型特征。方法收集2014—2018年分离的29株伤寒沙门菌开展药敏试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型及多位点序列分型(MLST)分析。结果药敏结果显示,29株伤寒沙门菌中27株菌对26种临床常见抗菌药物均为敏感/中度敏感,余2株菌有不同程度的耐药性,其中1株菌株耐药谱分布较广,对β-内酰胺/β-内酰胺抑制剂复合物类药物耐药。PFGE结果显示,29株伤寒沙门菌可分为6种PFGE型别,其中流行优势型为HuBXTSal003型别。MLST分型显示,29株菌株共有2种序列型,其中ST2为优势ST型。结论仙桃市伤寒沙门菌株存在优势PFGE带型及优势ST型,有多重耐药菌株出现。     

2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较

  目的  比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据。  方法  采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点可变数目重复序列分析（MLVA）、规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）、多位点序列分型（MLST）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（WGS-SNP）对2008 — 2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。 以辛普森多样性指数（DI）为指征,比较单一方法及方法联用的分型能力差异。  结果  PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时,其DI值均＜0.9,PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上,WGS-SNP的DI 值最高,可达0.971。  结论  对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP,在缺乏基因组分析能力的情况下,推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。     

2012－2018年江苏省无锡市肠炎沙门菌药物敏感性与分子分型研究

  目的   分析2012 — 2018年江苏省无锡市肠炎沙门菌分离株的药物敏感性和分子分型。   方法   收集2012 — 2018年分离自无锡市食源性疾病监测哨点医院门诊腹泻患者、从业体检人员、食物中毒以及环境水样监测的110株肠炎沙门菌菌株,采用BD Phoenix全自动细菌鉴定/药敏系统测试方案和脉冲场凝胶电泳（PFGE）方法,进行药物敏感性试验和PFGE分子分型分析。   结果   110株肠炎沙门菌对环丙沙星、厄他培南、亚胺培南、美罗培南、阿奇霉素和头孢他啶/阿维巴坦6种抗生素均敏感,对萘啶酮酸、氨苄西林和氨苄西林/舒巴坦的耐药率较高;77（70.00%）株菌为多重耐药,以耐3种抗生素为主（45.45%,50/110）。PFGE将110株菌分为39个带型,各带型包含1～31株菌,EN17、EN21和EN24为优势带型。   结论   无锡市肠炎沙门菌耐药状况严重,应引起重视,菌株的分子分型多样,具有优势带型。     

婴幼儿腹泻感染的非伤寒沙门菌分子分型和耐药情况研究

目的研究婴幼儿感染的非伤寒沙门菌的分子流行病学特点和耐药情况。方法收集上海地区腹泻婴幼儿粪便标本,进行沙门菌的分离培养,生化鉴定,血清型分型,分子分型和药物敏感性检测实验。结果 583份婴幼儿粪便中分离出沙门菌共19株,主要为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌。肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)带型相似度较高(88.7%),且主要带型为上海近年流行的优势带型。药物敏感性实验结果显示,菌株对测试的15种抗生素的总体耐药率为78.95%(15/19),对萘啶酸(68.42%)和氨苄西林(63.20%)的耐药率较高,对环丙沙星(10.53%)和庆大霉素(10.53%)的耐药率较低,对三代头孢类抗生素的耐药率较高(40%)。菌株耐药谱分布广泛,发现多重耐药菌株13株。结论本研究中,婴幼儿感染的非伤寒沙门菌耐药情况比较严重;不同血清型和分子分型的菌株耐药性差异无统计学意义。     

2014－2018年山东省青岛市腹泻病例中沙门菌分子分型及耐药分析

目的分析山东省青岛市2014 — 2018年腹泻病例中沙门菌的分子分型及耐药状况,为沙门菌引起的腹泻性疾病的预警、防控、溯源及抗生素的合理应用提供科学依据。方法对青岛市 2014 — 2018 年腹泻病例中分离的52株沙门菌采用微量肉汤稀释法进行耐药检测;应用脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型,运用BioNumeries 7.6软件分析菌株之间的相似度。结果52株沙门菌以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主,PFGE分为31种带型,存在多次聚集现象。 分离菌株对氨苄西林耐药率最高（73.08%）,其次为萘啶酸（57.69%）,多重耐药率达44.23%。结论青岛市沙门菌呈散发、多重耐药趋势,总体耐药率较高,耐药谱广泛,应加强溯源及耐药监测。     

2021年武汉市一起肠炎沙门菌引起的跨区食源性疾病暴发的病原学分析

  目的  对2021年武汉市一起跨区食源性疾病暴发事件进行病原菌的鉴定和溯源分析，查明事件暴发原因。  方法  采集此次食源性疾病暴发事件中相关人员的肛拭子样本、粪便样本和食品样本进行分离培养，用VITEK 2 Compact 全自动微生物鉴定系统鉴定分离到的菌株，并进行血清学分型，耐药性敏感试验；采用脉冲场凝胶电泳法（PFGE）对本次事件的检出菌及近两年本地区临床散发病例的同型别菌株进行分子分型和聚类分析；提取本次事件病原菌和本地区同型别菌株的核酸进行全基因组测序，通过基因注释和序列比对分析病原菌的毒力因子与耐药基因，结合多位点序列分型，变异位点检测和不同地区同型别菌株的全基因组序列构建基于单核苷酸多态性的系统发育树对病原菌进行溯源。   结果  共分离出5株肠炎沙门菌，其中2株来自食物样本，3株来自患者粪便和肛拭子样本。 5株检出菌的PFGE带型完全相同，均对抗生素阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、头孢唑啉、头孢西丁、头孢呋辛、甲氧苄啶–磺胺甲恶唑耐药，携带相同的耐药基因和毒力因子，均为ST11型。 本次事件检出菌株的序列间仅存在1个突变位点。 检出菌的全基因组序列与本地肠炎沙门菌序列高度相似。   结论  肠炎沙门菌为本次事件的致病菌。经同源性分析，此株病原菌为本地区肠炎沙门菌流行株。 全基因组测序技术可作为PFGE分子分型的补充应用于病原菌的监测和暴发事件调查。     

引起儿童腹泻的沙门菌属临床分离株的耐药特点及分子流行病学研究

目的 研究儿童腹泻患者粪便分离的沙门菌属临床分离株的耐药特点及分子流行病学特征.方法 从儿童腹泻患者粪便中分离沙门菌72株,采用血清学凝集试验确定沙门菌血清型;采用K-B纸片扩散法检测抗菌药物的敏感性;采用琼脂稀释法测定头孢噻肟(CTX)和头孢他啶(CAZ)的MIC值;ESBL、ISEcpI和AmpC基因采用PCR法和DNA测序法;采用接合试验测定耐药基因的转移性;PFGE法测定鼠伤寒沙门菌的同源性.结果 从感染性腹泻患儿粪便中共分离出72株沙门菌,其中鼠伤寒沙门菌为主要血清型,占86%(62/72).鼠伤寒沙门菌和汤普森沙门菌通常对临床常用抗菌药物耐药.其中鼠伤寒沙门菌对氨苄西林的耐药率最高(90%,56/62),其次是四环素(81%,50/62),甲氧苄啶/磺胺甲基异(噁)唑(74%,46/62)和氯霉素(66%,41/62).17株(27%,17/62)鼠伤寒沙门菌和2株汤普森沙门菌对CTX耐药.对氨苄西林耐药的49株鼠伤寒沙门菌和2株汤普森沙门菌经PCR扩增后并测序为blaTEM-1b,62株鼠伤寒沙门菌中ESBL基因阳性的有13株(21%,13/62),且主要是blaCTX-M型,其中8株为blaCTX-M-14,3株为blaCTX-M-15,1株为blaCTX-M-55,另外1株为同时blaCTX-M-14和blaCTX-M-55阳性.所有blaCTX-M阳性的菌株均检测出存在上游的插入序列ISEcpl.在1株对头孢西丁耐药的汤普森沙门菌检测出blaDHA-1型AmpC.62株鼠伤寒沙门菌经PFGE分型,发现A型和D型是最主要两个克隆,分别占19%(12/62)和50%(31/62).7株产blaCTX-M型ESBL基因的菌株属于D型.结论 鼠伤寒沙门菌和汤普森沙门菌耐药性严重且blaCTX-M型ESBL基因检出率高;在沙门菌属中发现blaCTX-M-55,在汤普森沙门菌中发现blaDHA-1°克隆性传播是造成鼠伤寒沙门菌流行的主要原因.

Abstract：

Objective To investigate molecular epidemiology and antimicrobial susceptibility of Salmonella spp. isolates recovered from the stool samples of children with diarrhea. Methods Seventy-two isolates of Salmonella spp. were collected from children with diarrhea. The serum type of Salmonella spp.was determined by serology agglutinating method. Antimicrobial susceptibility was determined by K-B disk diffusion method and MICs of cefotaxime and ceftazidime were measured by agar dilution method for Salmonella spp. isolates. PCR and DNA sequencing were used for detecting ESBL, ISEcpl and AmpC genes; The transfer of cefotaxime resistance was determined by conjugation experiments. PFGE was performed for determining the homogeneity of the S. typhimurium isolates. Results A total of 72 isolates of Salmonella spp. were collected, among which S. typhimurium accounted for 86 % (62/72) and was the main serum type. S. typhimurium isolates and S. thompson isolates were often resistant to most of clinically used antimicrobial agents. Resistance of S. thompson isolates to ampicillin was the highest (90%, 56/62),followed by tetracycline (81%, 50/62), trimethoprim/sulfamethoxazole (74%, 46/62) and chloramphenicol (66%, 41/62). Seventeen S. typhimurium isolates (27%, 17/62) and two S. thompson isolates were resistant to cefotaxime. Forty-nine S. typhimurium isolates and two S. thompson isolates were positive for blaTEB-1b and resistant to ampicillin. Thirteen ESBL-producing S. typhimurium isolates (21%, 13/62) were positive for blaCTX-M (eight for blaCTX-M-14, three for blaCTX-M-15, one for blaCTX-M-55, one for both blaCTX-M-14 and blaCTX-M-55). All isolates harboring blaCTX-M genes were positive for upstream insert sequence ISEcpl. blaDHA-1was detected in a cefoxitin-resistant S. thompson isolate. Two main clones (PFGE type A and D) accounting for 19% (12/62) and 50% (31/62) respectively were found among 62 S. typhimurium isolates. Seven CTXM-producing isolates belonged to PFGE type D. Conclusions The multi-resistance to antimicrobial agents and high prevalence of blaCTX-M genes are found among S. typhimurium and S. thompson clinical isolates. blaCTX-M-55 is first found in S. typhimurium isolates and blaDHA-1 is found in S. thompson isolates. Clonal spread is responsible for the dissemination of S. typhimurium isolates.     

上海市浦东新区副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征分析

目的 了解上海市浦东新区副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征。 方法 运用玻片凝集法对505株副溶血弧菌菌株进行血清学分型,运用K-B纸片法对菌株进行12种抗生素药敏试验,同时对菌株基因组DNA经限制性内切酶NotⅠ酶切后进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分子分型,利用BioNumerics Version 6.64 分析软件对图谱进行聚类分析,初步建立PFGE分子分型数据库。 结果 505株菌株中有117株血清型未能分型,O3:K6为患者分离株中的优势血清型,其中69.14%(56/81)的食物中毒分离株和61.87%(185/299)的散发病例分离株血清型为O3:K6型;监测食品分离株血清型分布呈现多样性,无优势菌株。99.41%(502/505)菌株对氨苄西林耐药。505株菌株共获得221个不同的PFGE带型,有26株PFGE未能分型。监测食品分离株的PFGE呈现遗传多样性,无优势带型,并且与散发及食物中毒患者分离株的PFGE带型不同。食物中毒与散发病例分离株的优势带型相同。耐2种或以上抗生素的菌株与其他菌株的PFGE型不相同,相同PFGE带型内的菌株血清型相同,不同时间、不同腹泻监测点之间存在完全相同PFGE条带。 结论 浦东新区未出现多重耐药菌株,存在多起疑似聚集性病例事件,但与监测食品分离株的遗传谱系关系较远。     

安徽省马鞍山市市售臭干子中沙门菌的污染状况及其耐药性与分子流行特征研究

目的 了解安徽省马鞍山市市售臭干子及其生产原料中沙门菌的污染状况、血清型分布、耐药情况及分子流行特征,探讨不同的血清型、分子型与耐药性之间的关系.方法 2020年6-9月采集马鞍山市市售臭干子及其生产加工的辅料等,并对其中的沙门菌进行检测;用微量肉汤稀释法对菌株进行药物敏感性试验;使用脉冲场凝胶电泳和多位点序列分型方法...     

Comparison of multilocus variable-number tandem repeat analysis and pulsed-field gel electrophoresis in molecular subtyping of Salmonella enterica serovars Paratyphi A

Salmonella enterica serotype Paratyphi A is a highly clonal organism; pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is insufficient in discriminating isolates. A multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) was developed, and its usefulness in discriminating isolates was compared. PFGE analysis with XbaI and BlnI discriminated 55 isolates into 14 types, with a discriminatory index (DI) of 0.741 (confidence interval [CI], 0.635-0.847). MLVA divided the isolates into 23 types, with a DI of 0.937 (CI, 0.909-0.964), which was significantly higher than that for PFGE. Clustering analysis of PFGE and MLVA patterns indicated that S. Paratyphi A isolates recovered from 2000 to 2010 in South and Southeast Asia were highly clonal. Although MLVA is not sufficiently powerful in discriminating epidemiologically unrelated isolates, it can complement PFGE for epidemiologic investigation of S. Paratyphi A infections.     

上海市蒙得维的亚沙门菌流行特征研究

目的 研究蒙得维的亚沙门菌的耐药及分子流行病学特征。方法 基于上海市针对人群和食源、环境沙门菌的监测基线，分析蒙得维的亚腹泻和食源环境株的耐药表型和分子型特征。结果 蒙得维的亚在本地区的人源和食源沙门菌型数据库中列第24位（32株）和32位（13株）。经实验室确诊的28例蒙得维的亚病例均符合食源性感染特征，易感人群为5岁以下儿童和20～60岁男性，城郊地区高发。人源和食源株均发现对三代头孢（头孢他啶）耐药株，近5年中食源株的多重耐药（MDR）明显增多，28.1%的人源株对环丙沙星处于耐药临界值，来自境外动物制品的蒙得维的亚菌株对抗生素多数敏感。32株人源和13株食源株的分型聚类提示存在优势克隆簇，包括3起经回顾性鉴别诊断的蒙得维的亚的成人暴发，其中2起为多重耐药（MDR-ACSSuT）的克隆暴发。MDR-ACSSuT的人源流行株与甲鱼株之间存在高度的遗传同源性，与境外输入菌株间的耐药和分子型特征差异较大，2个不同克隆簇之间存在遗传进化关系。结论 蒙得维的亚尚未在本地区成为优势种型，但其已通过贸易等方式不断输入国内，逐渐定殖于沿海地区的甲鱼养殖产业链和人群的消费食物链中，最终进化成稳定的MDR和非MDR克隆容易形成分散而隐蔽的食源性暴发。