禾谷缢管蚜田间种群Ace1基因选择性剪切

【目的】为了分析我国不同地区禾谷缢管蚜Rhopalosiphum padi(Linnaeus)田间种群Ace1基因的选择性剪切、Ace1基因选择性剪切频率及Ace1基因选择性剪切对其ACh E1结构的影响。【方法】从我国11个省(市)的16个地区采集田间试虫,通过RT-PCR技术,克隆各个地区及室内敏感品系各15头禾谷缢管蚜试虫的Ace1基因序列的全长,分析并鉴定Ace1的选择性剪接,在SABLE服务器和I-TASSER服务器上分别分析选择性剪切对ACh E1的二级结构和三级结构的影响。【结果】16个地理种群中,9个地理种群都存在选择性剪切,不同地理种群该选择性剪切的频率不同;剪切位点靠近Ace1基因的5′端,其对应的核苷酸序列为5′-ATCCGAATTTAG-3′,导致4个氨基酸(RSEF)缺失;选择性剪切改变了局部的二级结构,并在一定程度上改变其三级结构。【结论】禾谷缢管蚜田间种群中较为普遍地存在一个Ace1基因的选择性剪切,该Ace1基因选择性剪切改变了ACh E1的空间结构,并可能改变ACh E1的代谢特性。     

mRNA选择性剪切在植物发育中的作用

mRNA选择性剪切（altemativesplicing）是生物体基因转录调控的基本方式之一,随着新一代测序技术的广泛应用,越来越多的基因的选择性剪切现象被揭示。在植物发育的不同阶段及其应对外界逆境胁迫的过程中,许多基因发生了选择性剪切,产生植物各个发育阶段所需的特定蛋白质来完成不同的发育过程和形成不同应答因子以适应外界环境的变化。本文从种子发育、器官形态发育、开花时间、生物钟调控、环境胁迫等方面综述选择性剪切在植物发育中的研究进展。     

人SDCT2基因的两种不同转录产物选择性转录机理分析

为了克隆人高亲和力钠离子依赖性二羧酸转运蛋白 (highaffinitysodium dependentdicarboxylatetransporter,SDCT2 ,或NaDC3)基因并研究其生理功能 ,用大鼠SDCT2基因序列作为电子杂交探针对人EST数据库进行电子筛选 ,得到了一系列与大鼠SDCT2序列具有高度同源性的人EST序列 ,将它们拼接成 2个基因重叠群 ,设计特异性PCR引物通过RT PCR扩增得到 2条杂交探针用于筛选人肾cDNA文库 .从肾组织中同时克隆出了人SDCT2基因 2种mRNA变异体的全长cDNA(SDCT2α和SDCT2 β) ,两者 5′端前 3435bp序列完全一致 ,但 3′端长度不同 ,SDCT2 β在第 3435bp以后比SDCT2α多出了 5 85bp的序列 .Northern杂交和RT PCR显示 ,SDCT2α在人肾中的表达丰度最高 ,在肝、脾、胎盘、脑及结肠中也有低水平的表达 .而SDCT2 β主要在肾脏中表达 ,在脾也有低水平的表达 .基因组结构分析表明 ,虽然两种mRNAs均由 13个外显子组成 ,但是SDCT2α的第 13外显子含有 1个poly(A)加尾信号AATAAA ,而SDCT2 β的第 13外显子含有 2个poly(A)加尾信号 .这表明在肾脏和脾脏组织中 ,人SDCT2基因可能通过选择性使用位于第 13外显子不同位置的 2个poly(A)信号而转录出 2种不同长度的mRNA变异体 .     

选择性剪接在植物逆境相关基因表达调控中的作用

文章介绍了选择性剪接在信号转导分子、转录因子、剪接因子和抗逆功能蛋白等4个层面对与植物逆境胁迫相关基因表达调控的影响,以及植物逆境诱导的选择性剪接机制的研究进展。     

拟南芥和线虫基因序列及剪切位点的理论预测

将拟南芥(A．thaliana)和线虫(C．elegans)基因组按外显子、内含子及基因间序列区分为3类。分别选取64、40、20种三联体的概率作为信号参数构建离散源,根据离散增量预测序列所属类型。结果表明：拟南芥各条染色体标准集总预测成功率达到82．19％,检验集为87．95％;线虫各条染色体标准集总预测成功率达到79．67％,检验集达到81,93％。另外,将两种基因序列中的外显子分别划分成3类,用外显子剪切位点、翻译起始和结束位点附近的三联体的3个位点作为3条子链,以各条子链的12个参数构建离散源,用离散增量对3种序列类型进行预测,预测成功率都达80％以上。     

用支持向量机预测人类基因5′/3′选择性剪切位点

选择性剪切是调解基因表达的重要机制。识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作。本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5′/3′选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集。本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法。此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测。对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88．74%和90．86%,特异性分别为85．62%和81．19%。本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力。     

用支持向量机预测人类基因5'/3'选择性剪切位点

选择性剪切是调解基因表达的重要机制.识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作.本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5＇/3＇选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集.本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法.此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测.对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88.74%和90.86%,特异性分别为85.62%和81.19%.本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力.     

用支持向量机预测人类基因5’／3’选择性剪切位点

选择性剪切是调解基因表达的重要机制.识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作.本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5＇/3＇选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集.本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法.此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测.对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88.74%和90.86%,特异性分别为85.62%和81.19%.本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力.     

鼻咽癌患者的Smad2/4基因突变分析

利用PCR—SSCP银染技术对30例鼻咽癌患的Smad2／4基因的所有外显子进行突变分析,以探讨Smad2/4基因与鼻咽癌发病的可能相互关系。结果在所有病例的所有外显子上没有发现任何类型的突变。Smad2/4基因可能不是鼻咽癌的易感基因,TGF-β／Smad2/4信号通路可能不参与鼻咽癌的发病。     

拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析

可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源. 近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-mRNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关. 本工作基于GEO数据库的RNA-seq数据,使用高通量测序数据分析常用的Trimmomatic、Salmon、DESeq2、SUPPA2等工具,识别了拟南芥的种子、根、叶、花、花梗、节间、长角果共7种组织的表达基因和可变剪接事件,以及7种组织间的差异表达基因和差异可变剪接事件,并以叶和花为例展示了相应的生物学功能分析. 该工作系统地研究了拟南芥基因表达和可变剪接发生的组织特异性,有助于进一步阐明植物基因组的基因表达调控机制.     

U2AF65蛋白表达水平影响基因UBQLN1的可变剪接

目的:研究U2AF65蛋白的表达水平对基因UBQLN1可变剪接的影响。方法:应用pSR-GFP/Neo载体构建2个U2AF65-siRNA干扰载体,转染293T细胞,通过Western印迹、QRT-PCR检测干扰效果,RT-PCR验证基因UBQLN1的可变剪接。结果:利用设计的U2AF65-siRNA能够干扰细胞中U2AF65的表达;RT-PCR结果显示U2AF65表达水平的下降促使UBQLN1第8外显子的跳跃增加。结论:U2AF65可以通过表达水平的变化参与调控基因UBQLN1的可变剪接。     

癌症与可变剪接

可变剪接在发育、分化和癌症等过程中发挥着非常重要的作用。近年来,越来越多的研究表明可变剪接与癌症有着密切的关系,许多癌症相关基因受可变剪接调控。由于癌症特异性的剪接变体具有明显的诊断价值,使得对癌症与可变剪接的研究成为热点。简要概述了癌症相关基因的可变剪接、可变剪接变体的鉴定方法、可变剪接与癌症治疗等研究进展。     

人受精促进肽受体基因（TCP11b）的剪接、克隆和差别表达

运用同源比较和PCR法 ,从人睾丸组织中分离了人受精促进肽受体TCP11基因的一个新的剪切体TCP11b ,它编码 5 0 3个氨基酸的蛋白质 ,与TCP11a相比 ,在基因组的 5′端存在复杂的外显子剪接现象。运用荧光原位杂交 (FISH)方法 ,显示该基因定位到人染色体 6p2 1。Northern杂交及多组织RT PCR的结果显示该转录本在正常睾丸中表达 ,而其他组织、无精症患者及胎儿睾丸组织中未见该基因的表达。该结果结合mTcp 11功能的提示 ,TCP11b这种转录本对精子发生和人受精过程可能起重要作用。     

SRp38基因在小鼠视网膜细胞中的表达以及对GluR-B小基因可变剪接的调控

SR蛋白在前体mRNA可变剪接调控中发挥重要作用.SRp38作为一种新近发现的具有神经及生殖组织特异性的SR蛋白,能够调控一些在神经组织中起重要作用的基因(如GluR-B,Trk-C,NCAML1等)的前体mRNA可变剪接,同时还可以在有丝分裂M期及热休克时抑制前体mRNA剪接的发生.利用Western blot以及免疫组织化学方法研究了SRp38蛋白在小鼠视网膜中的表达以及分布情况,结果显示,SRp38蛋白在视网膜中的表达具有区域特异性,在外网层、内核层、内网层以及节细胞层中均有表达,而在外核层无表达.对分离培养的小鼠视网膜细胞进行免疫双标记分析的结果表明,SRp38蛋白在视杆-双极细胞的胞体、轴突、树突中表达.通过瞬时共转染以及RT_PCR分析,发现在R28细胞中,SRp38过表达可以促进GluR-B小基囚Flip亚型的剪接.结果提示SRp38蛋白可能通过调控小鼠视网膜内前体mRNA可变剪接、进而在小鼠视网膜功能中发挥重要作用.     

lncRNA选择性剪接调控的研究进展

长链非编码RNA (lncRNA)选择性剪接是指剪除未成熟lncRNA中的内含子,并将外显子连接起来生成成熟lncRNA的过程.在各类疾病发生和发展过程中,异常的选择性剪接起着重要作用. lncRNA选择性剪接直接参与膀胱癌、结直肠癌、肝癌、神经母细胞瘤等多种肿瘤的发病机制,且与胚胎发育、软骨毛发发育、多系统萎缩症等紧密相关.在此,我们对lncRNA选择性剪接的起因、调控机制以及对疾病影响的研究进展进行综述.此外,本文还介绍了两个与lncRNA选择性剪接相关的数据库(SpliceMap和LNCediting).     

细胞信号转导与可变剪接调控

大多数真核基因能够发生可变剪接,其调控对于生理和病理状态下细胞功能的实现至关重要,而异常可变剪接则可导致多种疾病。虽然已知可变剪接能够在转录后水平调节基因表达,然而目前仍不清楚特定的可变剪接模式是如何被调控的。越来越多的研究发现细胞信号和外界环境刺激能够调控靶基因的剪接模式,并且已发现一些与可变剪接调控有关的信号转导通路,而后者能够通过修饰剪接因子进而改变剪接因子的亚细胞定位或者活性,从而实现对靶基因可变剪接模式的调控。由细胞信号转导通路所构成的网络能够灵活多样地调控基因剪接,一条信号通路可调控多个基因剪接,而多条信号通路也可调控同一基因剪接,对于理解信号转导过程的分子机制具有重要意义。     

mRNA选择性剪接的分子机制

真核细胞mRNA前体经过剪接成为成熟的mRNA,而mRNA前体的选择性剪接极大地增加了蛋白质的多样性和基因表达的复杂程度,剪接位点的识别可以以跨越内含子的机制(内含子限定)或跨越外显子的机制(外显子限定)进行。选择性剪接有多种剪接形式：选择不同的剪接位点,选择不同的剪接末端,外显子的不同组合及内含子的剪接与否等。选择性剪接过程受到许多顺式元件和反式因子的调控,并与基本剪接过程紧密联系,剪接体中的一些剪接因子也参与了对选择性剪接的调控。选择性剪接也是1个伴随转录发生的过程,不同的启动子可调控产生不同的剪接产物。mRNA的选择性剪接机制多种多样,已发现RNA编辑和反式剪接也可参与选择性剪接过程。     

Pre-mRNA选择性剪接的调控及选择性剪接数据库

Pre-mRNA选择性剪接是真核生物转录组和蛋白质组多样性的主要来源,也是细胞分化、发育等过程中重要的基因表达调控方式。约95%的人类多外显子基因存在RNA选择性剪接|很多人类基因疾病的发生与RNA剪接错误相关。随着共转录现象的发现,RNA选择性剪接调控机制研究也取得了很大进展。本文分别从序列层面和核小体定位、组蛋白修饰、DNA甲基化及非编码RNA等表观遗传层面,系统地阐述了RNA选择性剪接的调控机制。为便于搜索,本文介绍了近10年来RNA选择性剪接相关的数据库。