中国美利奴羊CTNNB1基因SNP与羊毛直径关联分析

以874只中国美利奴羊为研究对象,通过对与毛囊发生相关的CTNNB1基因SNP检测,应用SAS软件拟合线性模型,对CTNNB1基因SNP位点与羊毛直径性状进行关联分析。发现CTNNB1基因的819G>A、974A>G等2个位点与羊毛纤维直径显著相关,其中819G>A位点中,GA基因型对羊毛纤维直径是优势基因;974A>G位点中AA对羊毛纤维直径是优势基因型。上述结果为CTNNB1基因819G>A、974A>G位点作为细毛羊羊毛直径性状的分子标记提供了理论依据。     

新吉细毛羊KAP13.1基因多态性及其对部分经济性状的影响

本试验采用DNA测序和PCR-SSCP技术,对176只新吉细毛羊KAP13.1基因编码区序列进行多态性分析,并利用最小二乘模型对其多态性与其产毛量、细度、拉伸长度、体质量的关联性进行系统分析。测序表明KAP13.1基因在291bp处发生T→C的突变,在469、528bp处发生C→T的突变,均属同义突变,在T291C位点,CC基因型拉伸长度显著高于TT基因型(P<0.05),而与CT型无显著差异。在C469、528T位点NN基因型的产毛量和拉伸长度显著高于MM型(P<0.05),而与MN基因型无显著差异,其他性状在2个位点的不同基因型间差异不显著。结果表明KAP13.1基因可作为影响新吉细毛羊产毛量和拉伸长度性状的分子标记。     

Ⅰ型IF、KAP1.3和KAP8.1基因多态性及合并基因型与中国美利奴羊羊毛性状的关联分析

采用PCR-RFLP和PCR-SSCP方法对中国美利奴羊和德国美利奴羊Ⅰ型IF、KAP1.3和KAP8.1基因的多态性进行了检测,并分析了多态位点不同基因型及合并基因型与中国美利奴羊羊毛性状的关联性。结果表明:KAP8.1基因CDS区存在g.1026TC和g.1130CT突变。关联分析表明,在中国美利奴羊群体中,Ⅰ型IF基因BB基因型个体羊毛细度和羊毛伸直长度均明显低于AA和AB基因型个体,但3者之间差异不显著(P0.05);KAP1.3不同基因型个体羊毛细度、自然长度和伸直长度差异显著(P0.05),AA基因型羊毛细度最细,为(22.72±0.30)μm;KAP8.1基因不同基因型个体羊毛细度差异显著(P0.05),BC基因型羊毛细度最细,为(21.64±0.43)μm;而羊毛自然长度和伸直长度差异不显著(P0.05);KAP1.3-KAP8.1有利基因型聚合体BC-AA个体羊毛细度显著低于其它合并基因型个体(P0.05)。结果提示:绵羊Ⅰ型IF、KAP1.3和KAP8.1基因单核苷酸多态性及合并基因型对中国美利奴羊羊毛性状有一定的影响,可以作为进行绵羊羊毛性状分子标记辅助选择的候选基因。     

绵羊KAP8-1基因克隆与表达分析

本文旨在克隆绵羊角蛋白关联蛋白8-1(KAP8-1)基因c DNA并分析该基因在不同组织器官的表达分布。提取小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤及不同组织总RNA,RT-PCR法克隆KAP8-1基因,定量RT-PCR方法分析2个品种间KAP8-1基因的表达谱差异。结果表明:已成功克隆出绵羊KAP8-1基因,该基因片段长225 bp,其中ORF区189 bp,编码62个氨基酸,分析显示该KAP8-1基因属于典型的HGT KAP家族,甘氨酸和酪氨酸含量分别为22.6%和17.7%;小尾寒羊与新吉细毛羊间存在丰富的多态性,且多态位点均引起关键性氨基酸的突变;组织表达谱检测表明KAP8-1基因为多组织表达基因,小尾寒羊与新吉细毛羊中不同组织表达谱丰度存在显著差异,表现为小尾寒羊脾脏、肝脏中高表达,而新吉细毛羊则皮肤、心脏中高表达。结果显示,小尾寒羊与新吉细毛羊KAP8-1基因在基因多态性还是组织表达分布上存在显著差异,提示该基因可能与毛表型性状密切相关。     

绵羊角蛋白关联蛋白2基因的克隆表达与生物信息学分析

本研究旨在克隆新吉细毛羊和小尾寒羊的角蛋白关联蛋白2（keratin-associated protein 2,KAP2）基因并对其进行生物信息学分析,并初步探讨KAP2基因与羊毛毛用性状分子的关系。分别提取新吉细毛羊和小尾寒羊皮肤组织中总RNA,用RT-PCR方法扩增KAP2基因,将PCR产物克隆于pMD19-T载体,转入大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆。提取扩增后的重组质粒pMD19-T-KAP2并进行PCR扩增、双酶切鉴定、序列测定及蛋白质结构预测。结果表明,试验成功克隆了大小为463 bp的KAP2基因,开放阅读框架（ORF）长414 bp,编码137个氨基酸。测序结果比对发现,与小尾寒羊KAP2基因相比,新吉细毛羊的KAP2基因中存在1个由G→A的碱基突变,编码氨基酸由精氨酸（Arg）变为谷氨酰胺（Gln）,属于错义突变。新吉细毛羊和小尾寒羊的KAP2蛋白的分子质量分别为14.81和14.84 ku,等电点分别是9.67与9.82,两种绵羊KAP蛋白的基本理化性质无明显差异,同属于碱性疏水性、跨膜蛋白;预测到蛋白二级结构均由α螺旋、延伸链、无规则卷曲等构成,新吉细毛羊和小尾寒羊KAP2蛋白三级结构中存在一个由α螺旋引起的空间结构的差异位点。综合以上结果推测KAP2基因可能是影响羊毛性状的差异基因,本试验结果可为探讨两种绵羊毛用性状表型差异的分子遗传奠定理论基础。     

新吉细毛羊KAP24.1基因多态性及羊毛性状的相关性分析

为了解角蛋白关联蛋白(KAP)24.1基因在新吉细毛羊群体中的多态性与其毛用性状的关联性,试验采用DNA测序法对新吉细毛羊基因组编码区进行测序,找出基因突变位点,然后采用PCRSSCP技术对497只新吉细毛羊KAP24.1基因编码区序列进行多态性分析,并利用最小二乘模型对其多态性与产毛量、纤维直径、拉伸长度进行关联性分析。结果表明:在编码区有两处突变点,一处在348 bp处发生C→T的突变,脯氨酸突变为亮氨酸;另一处在414 bp处发生T→C的突变,丝氨酸突变为脯氨酸,均属于错义突变,KAP24.1基因的AA、AB、BB和CC基因型与纤维直径不相关(P0.05),BB基因型的产毛量和拉伸长度显著大于AB基因型、CC基因型(P0.05)。说明KAP24.1基因可以作为新吉细毛羊产毛量和拉伸长度主要候选基因之一,BB基因型可以作为分子标记用于预测绵羊产毛量和拉伸长度。     

彭波半细毛羊KAP6.1基因与产毛性状的关系研究

为了分析彭波半细毛羊角蛋白关联蛋白(KAP)6.1基因与生产性状的关系,采用HRM-PCR和DNA测序技术对彭波半细毛羊KAP6.1基因序列进行多态性分析,并对KAP6.1基因与生产性能进行关联分析,发现基因型1个体毛长显著高于基因型3个体(P<0.05)。结果表明,KAP6.1基因与羊毛品质性状相关。     

中国羊驼KAP1．3基因的克隆及序列分析

毛纤维中的角蛋白（keratin）和角蛋白关联蛋白（keratin-associatedproteins）的数量遗传性状位点（quantitativetraitloci）已有学者在绵羊等一些动物身上找到，其中KAP1．1、KAP1.2、KAP1．3等基因作为候选基因来间接选择羊毛细度性状。而羊驼相关候选基因的研究还未见报道，本研究提取成年羊驼的新鲜血液中基因组DNA，并以此为模板采用PCIL技术扩增KAP1．3基因进行序列分析，测序后在NCBI工作平台中进行BLASTn同源性比较，得出结论：结果表明多个物种间KAP1．3基因编码区的序列相似性在73%以上。借助DNAstar分子生物学分析软件绘制了相关动物的遗传进化图．并对羊驼的种属地位进行了进一步验证。通过羊驼与绵羊在KAP1．3的氨基酸序列上的比较只有十五处残基的差异。证实KAP1．3基因与羊驼毛细度性状相关。     

西藏绒山羊KAP7.1和KAP8.2基因多态性及其对部分生产性状的影响

为分析西藏绒山羊角蛋白关联蛋白(KAP)7.1基因和8.2基因与生产性状的关系,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对340只西藏绒山羊KAP7.1基因和KAP8.2基因编码区序列进行多态性分析,并与体长、体高、胸围、产绒量、羊绒长度、羊毛长度等生产性状进行关联分析。结果显示:PCR-SSCP检测发现KAP7.1基因只有1种带型,KAP8.2基因有6种带型;KAP7.1基因扩增产物序列中未发现碱基变化;KAP8.2基因扩增产物序列中存在5个SNPs位点,分别为C115T、A207G、A214G、G216A和A278T,除了A278T外都位于编码区;对KAP8.2基因的基因型1、基因型2和基因型3与生产性能进行关联分析发现,基因型1个体的胸深和产绒量显著高于基因型3个体(P<0.05)。结果表明:KAP8.2基因可作为影响西藏绒山羊胸深和产绒量的分子辅助选择标记。     

KAP8.1基因多态对内蒙古绒山羊绒毛性状的影响

以角蛋白关联蛋白8.1(KAP8.1)基因为候选基因,采用PCR-SSCP技术,在内蒙古绒山羊群体中进行基因多态性检测.结果检测到AA、AB、AC、BB、BC和CC六种基因型,A、B和C三种等位基因;测序结果验证融P8.1基因编码区存在T113G和G116C两个SNP位点(GenBank accession no.AY510122),这两个突变未改变KAP 8.1蛋白氨基酸序列;关联分析结果表明,不同基因型对产绒量、绒长度和毛长度有显著影响(P＜0.05),但对绒细度没有影响(P＞0.05);AB基因型和BB基因型产碱量显著高于其它基因型.分析认为该效应是由于T113G突变所造成,表明KAP8.1基因多态性可能是缄山羊产绒量的一个分子标记.     

绵羊角蛋白关联蛋白2基因的克隆表达与生物信息学分析

本研究旨在克隆新吉细毛羊和小尾寒羊的角蛋白关联蛋白2(keratin-associated protein 2,KAP2)基因并对其进行生物信息学分析,并初步探讨KAP2基因与羊毛毛用性状分子的关系。分别提取新吉细毛羊和小尾寒羊皮肤组织中总RNA,用RT-PCR方法扩增KAP2基因,将PCR产物克隆于pMD19-T载体,转入大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆。提取扩增后的重组质粒pMD19-T-KAP2并进行PCR扩增、双酶切鉴定、序列测定及蛋白质结构预测。结果表明,试验成功克隆了大小为463bp的KAP2基因,开放阅读框架(ORF)长414bp,编码137个氨基酸。测序结果比对发现,与小尾寒羊KAP2基因相比,新吉细毛羊的KAP2基因中存在1个由G→A的碱基突变,编码氨基酸由精氨酸(Arg)变为谷氨酰胺(Gln),属于错义突变。新吉细毛羊和小尾寒羊的KAP2蛋白的分子质量分别为14.81和14.84ku,等电点分别是9.67与9.82,两种绵羊KAP蛋白的基本理化性质无明显差异,同属于碱性疏水性、跨膜蛋白;预测到蛋白二级结构均由α螺旋、延伸链、无规则卷曲等构成,新吉细毛羊和小尾寒羊KAP2蛋白三级结构中存在一个由α螺旋引起的空间结构的差异位点。综合以上结果推测KAP2基因可能是影响羊毛性状的差异基因,本试验结果可为探讨两种绵羊毛用性状表型差异的分子遗传奠定理论基础。     

鸡载脂蛋白A1基因外显子区影响体脂性状的功能性SNP预测

载脂蛋白A1基因（APOA1）在动物体脂代谢中发挥重要作用。本研究旨在利用生物信息学的方法筛选鸡APOA1基因中具有潜在生物学作用的非同义突变单核苷酸多态性（non-synonymous single nucleotide polymorphisms,ns SNPs）位点,为利用分子标记辅助选择技术开展鸡体脂性状遗传改良提供理论参考。本研究从db SNP数据库中提取APOA1基因12个ns SNPs,利用4种生物信息学预测软件（SIFT、Poly Phen-2、SNAP和Ph D-SNP）预测其是否为功能性SNPs;使用I-Mutant3.0和MUpro软件分析突变位点氨基酸的稳定性,并对APOA1基因编码的氨基酸序列进行多序列对比和位点保守性预测;最后使用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测ns SNPs突变前后蛋白质的二级结构和三级结构的变化。结果表明,V179G（rs732849555）突变位点影响鸡APOA1蛋白质的结构,可能是影响鸡体脂性状的重要功能性SNPs。     

西藏绒山羊WNT4和HOXC13基因对绒毛纤维直径性状的遗传效应分析

试验旨在探索WNT4和HOXC13基因多态性及其对西藏绒山羊绒毛纤维直径性状的影响,寻找与西藏绒山羊绒毛纤维直径性状相关的分子标记。以380只1岁西藏绒山羊群体为研究对象,利用混池DNA直接测序法检测WNT4和HOXC13基因的SNP,利用飞行时间质谱技术对SNP分型,利用SAS 9.1软件中最小二乘方差模型对SNP位点与绒毛平均纤维直径、纤维直径标准差、纤维直径变异系数进行关联分析。结果表明,WNT4基因第3外显子区域检测到2个SNPs位点(SNP1和SNP2),HOXC13基因第2外显子区域检测到2个SNPs位点(SNP3和SNP4),均处于中度多态(0.25PIC0.50)。χ~2检验表明,群体中WNT4基因的SNP1和SNP2位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,4个SNPs位点均与平均纤维直径呈极显著相关(P0.01),SNP2和SNP3与纤维直径标准差呈极显著相关(P0.01),SNP2与纤维直径变异系数呈极显著相关(P0.01)。综上,WNT4和HOXC13基因对西藏绒山羊绒毛纤维直径有显著影响,可以尝试将其SNPs位点作为影响西藏绒山羊绒毛纤维直径的分子标记之一,为超细型西藏绒山羊选育工作提供理论依据。     

细毛羊LAMB1基因外显子多态性及其与羊毛纤维直径的关联性分析

试验旨在研究LAMB1基因外显子在细毛羊中的多态性及其与羊毛纤维直径的关联性。基于DNA池重测序技术获得的SNPs数据,共筛选LAMB1基因外显子区域20个SNPs,利用直接测序法、PCR-SSCP及生物信息学软件对10个错义突变SNPs的准确性进行验证,利用SAS 8.1的GLM程序分析其对新疆巩乃斯种羊场育种核心群300只细毛羊的遗传效应及与被毛纤维直径的关联性。结果表明,20个SNPs中10个是同义突变SNPs;10个错义突变SNPs验证后7个发生错义突变,导致蛋白性质改变,3个呈假阳性。突变后LAMB1蛋白疏水性更强,预测是不可溶性蛋白。SNP5中TT基因型个体纤维直径显著高于TC和CC基因型个体（P<0.05）,SNP9中GG和TT基因型个体纤维直径显著高于GT基因型个体（P<0.05）。虽然DNA混池全基因组重测序技术完整地检测到基因的SNPs,并将假阳性最小化,但还需要对结果进行验证。研究揭示LAMB1基因外显子多态性丰富,突变SNPs在外显子中分布不平衡,LAMB1基因SNP5（rs159769941）和SNP9（rs159769901）可以考虑作为影响细毛羊被毛纤维直径的有效遗传标记。     

内蒙古绒山羊KAP基因与经济性状关系的研究

以60只内蒙古绒山羊为研究对象,利用PCR-SSCP技术,选取KAP基因作为候选基因,并利用SPSS软件下的GLM程序分析了KAP基因与产绒量性状、体重性状和绒细度性状的关系。结果表明：在产绒量性状上,S1位点的BB基因型和S2位点的BB基因型可以作为标记基因型;在体重性状上,S2位点的BB基因型和S3位点的AA基因型可以作为标记基因型,在绒细度性状上,S5位点的BB基因型可以作为标记基因型。在体重和产绒量性状上S2位点的BB基因型,可以作为多性状标记辅助选择的标记基因型。     

西藏绒山羊KAP6.2基因SNPs位点的检测及分析

旨在研究绒毛品质相关基因KAP6.2在西藏绒山羊群体中的多态性,分析KAP6.2在不同山羊中的差异。采用聚合酶链反应-单链构象多态性和DNA测序等技术对随机选取的127只西藏绒山羊的 KAP6.2 基因进行突变位点检测及多态性指标分析。结果表明,西藏绒山羊 KAP6.2 基因存在两种基因型 AA和AB,其中等位基因A 为优势等位基因,多态信息含量为0.196 (属低度多态)。经测序并与GenBank中山羊KAP 6.2(No.AY316158)基因序列比对后共发现4处变异,分别为:178nt处24个碱基的缺失导致Ser48>Gly55氨基酸的丢失;113 nt处GT>CC突变导致氨基酸P.19Ser>Trp;121 nt处A>G突变为同义突变;168nt处C>T突变导致氨基酸P.41Thr>Tyr。这些氨基酸的突变很可能导致结构蛋白功能的改变,进而对西藏绒山羊的绒毛品质产生影响。通过研究影响西藏绒山羊绒毛品质的 KAP6.2 基因的多态性,深入了解其分子遗传基础,有利于利用分子遗传标记技术进行西藏绒山羊的选育。     

甘肃高山细毛羊KRT-IF35基因的多态性及其与羊毛性状的关系

以370只甘肃高山细毛羊为研究对象,利用PCR-SSCP技术,选取KRT-IF35基因作为候选基因,分析遗传多态性,并利用SPSS软件下的GLM程序分析KRT-IF35基因与产毛量性状的关系.结果表明:在甘肃高山细毛羊个体中,KRT-IF35基因存在3种基因型AA、AB、BB.进一步测序结果表明,甘肃高山细毛羊KRT-IF35基因在CDS区第154碱基处发生C→T的突变,导致了氨基酸从脯氨酸变为亮氨酸.χ2检验表明甘肃高山群体在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),多态信息含量(PIC)为0.306 4,属于中度多态(0.5>PIC>0.25).关联分析表明:甘肃高山细毛羊KRT35基因AA基因型标记的羊毛细度为19.89μm±0.13μm,AB基因型标记的羊毛细度为20.56μ±0.25 μm,AA基因型与AB基因型间差异达到了显著水平(P<0.05);AA基因型标记的羊毛纤维直径变异系数为(21.48±0.16)%,AB基因型标记的羊毛纤维直径变异系数为(22.27±0.34)%,AA基因型与AB基因型间差异达到了显著水平(P<0.05);AA基因型标记的羊毛纤维伸长率为(53.74±0.37)%,BB基因型标记的羊毛为(51.73±0.98)%,AA基因型与BB基因型间差异达到了显著水平(P<0.05);因此KRT-IF35 C154→T SNP位点可能作为一个羊毛细度、羊毛纤维直径变异系数、伸长率选择的DNA标记.     

内蒙古绒山羊KAP6.2基因多态性与生长性状和绒细度性状的关联分析

为探讨角蛋白关联蛋白6.2(keratin-associated protein 6.2, KAP6.2)基因遗传多态性与内蒙古绒山羊生长性状和绒细度性状的相关性,以期为内蒙古绒山羊遗传育种改良提供理论依据,本研究采集598只雌性内蒙古绒山羊耳组织,提取基因组DNA并进行PCR扩增,检测KAP6.2基因的插入/缺失(Insertion/Deletion, InDel)突变,分析突变位点与生长性状和绒细度性状的相关性。结果显示,在育成羊中,该突变位点与胸围和十字部显著相关(P<0.05),与体长、胸宽和胸深极显著相关(P<0.01);在成年羊中,该突变位点与胸宽显著相关(P<0.05),与胸围、十字部高和胸深极显著相关(P<0.01);在育成羊和成年羊全部群体中,该突变位点与体长、胸围、十字部高、胸深和胸宽极显著相关(P<0.01),与绒细度显著相关(P<0.05)。上述结果提示,KAP6.2基因外显子区24 bp InDel突变位点与内蒙古绒山羊部分生长性状显著或极显著相关,与绒细度显著相关,可作为内蒙古绒山羊部分生长性状和绒细度性状选育的遗传标记,...     

伊犁马MyoG基因外显子1多态性与肉质性状及肌纤维性状关联分析

为寻找伊犁马肉质性能的分子标记,试验以38匹伊犁马为材料,测定肉质性状（失水率、熟肉率、剪切力）和肌纤维性状（肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度）,利用PCR直接测序法检测肌细胞生成素（meyogenin,MyoG）基因外显子1在伊犁马群体中的多态性,并对MyoG基因SNPs不同基因型与肉质、肌纤维性状进行关联分析。结果表明,MyoG基因外显子1检测出5个突变位点,分别为SNP1（g.31187343 A>C）、SNP2（g.31187333 G>A）、SNP3（g.31187132 C>T）、SNP4（g.31187105 C>G）和SNP5（g.31187099 C>T）,其中SNP1为错义突变,碱基A突变为C使得氨基酸由苏氨酸突变为脯氨酸,其他位点均为无义突变。SNP3和SNP4为中度多态位点,SNP1和SNP2为低度多态位点,这4个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。MyoG基因外显子1中SNP1和SNP4不同基因型个体失水率、熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP3不同基因型个体熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP2不同基因型个体各指标差异均不显著（P>0.05）。综上,伊犁马MyoG基因外显子1检测到5个多态位点,其中SNP1（g.31187343 A>C）、SNP3（g.31187132 C>T）和SNP4（g.31187105 C>G）位点不同基因型对肉质及肌纤维性状有显著影响,这些位点可作为伊犁马肉质性能潜在分子标记。     

西藏绒山羊WNT4和HOXC13基因对绒毛纤维直径性状的遗传效应分析

试验旨在探索WNT4和HOXC13基因多态性及其对西藏绒山羊绒毛纤维直径性状的影响，寻找与西藏绒山羊绒毛纤维直径性状相关的分子标记。以380只1岁西藏绒山羊群体为研究对象，利用混池DNA直接测序法检测WNT4和HOXC13基因的SNP，利用飞行时间质谱技术对SNP分型，利用SAS 9.1软件中最小二乘方差模型对SNP位点与绒毛平均纤维直径、纤维直径标准差、纤维直径变异系数进行关联分析。结果表明，WNT4基因第3外显子区域检测到2个SNPs位点（SNP1和SNP2），HOXC13基因第2外显子区域检测到2个SNPs位点（SNP3和SNP4），均处于中度多态（0.25 < PIC < 0.50）。χ²检验表明，群体中WNT4基因的SNP1和SNP2位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P < 0.05）。关联分析结果表明，4个SNPs位点均与平均纤维直径呈极显著相关（P < 0.01），SNP2和SNP3与纤维直径标准差呈极显著相关（P < 0.01），SNP2与纤维直径变异系数呈极显著相关（P < 0.01）。综上，WNT4和HOXC13基因对西藏绒山羊绒毛纤维直径有显著影响，可以尝试将其SNPs位点作为影响西藏绒山羊绒毛纤维直径的分子标记之一，为超细型西藏绒山羊选育工作提供理论依据。