合肥市某小学急性呼吸道感染疫情的病原学分析

目的分析合肥市某小学一起急性呼吸道感染疫情病原学,为疫情发生的生物学病因提供依据。方法采用实时荧光PCR方法(Real-time PCR)对采集的10份患者咽拭子标本进行流感病毒和腺病毒核酸筛查,检出的腺病毒核酸阳性标本经普通PCR扩增腺病毒六邻体基因片段以进行序列测定,测序结果在Genbank上进行Blast比较并作系统进化树分析,以确定其病毒型别。结果 10份咽拭子标本流感病毒核酸检测结果均为阴性,7份标本检出腺病毒核酸,进一步通过基因测序、序列比对、基因进化树分析确定为腺病毒3型。结论依据实验室检测结果并结合流行病学调查和临床症状,确认该起急性呼吸道感染疫情的病原体为人腺病毒3型。     

人腺病毒7型引起的呼吸道感染疫情病原分子生物学分析

目的对安庆市某部队一起人腺病毒7型引起的急性呼吸道感染暴发疫情进行病原学鉴定,并对其六邻体(Hexon)基因进行测序分析。方法采取Real-time PCR对采集的13份咽拭子标本进行腺病毒核酸检测,阳性标本接种Hep-2细胞进行病毒分离培养。收集阳性分离培养物,采用RT-PCR扩增Hexon的核苷酸序列进行测序,获得序列在NCBI GenBank数据库进行同源比对,MAGE6.0软件进行进化分析、构建进化树。结果获得10份阳性毒株培养物,Hexon基因序列与我国武汉7型腺病毒疫情株Z9/WH/CHN/2015(GenBank号为KX897164)100%同源,与2012AQHAdv7疫情株和2015AQHAdv7散发株100%同源性。结论该起疫情由人腺病毒7型感染引起,安庆地区流行的腺病毒疫情株基因型别稳定,此次的疫情可能源于本地的流行株。     

玉溪市一起人腺病毒感染导致的儿童呼吸道感染暴发疫情调查

目的了解云南省玉溪市一起儿童呼吸道感染暴发疫情的流行病学及病原学特征。方法对此次暴发进行现场调查, 对病例发病过程及流行病学特征进行描述性研究。采集与此次暴发有流行病学相关的住院病例咽拭子样本, 采用实时荧光PCR方法对样本进行腺病毒核酸检测, 并对腺病毒核酸阳性样本进行病毒分离培养, 对分离株进行六邻体基因扩增、测序。结果此次疫情历时11 d, 共出现58例住院患儿, 临床症状以发热、畏寒和扁桃体发炎为主, 在发病前7 d内有某游泳馆暴露史。所采集的20份咽拭子样本腺病毒核酸检测均为阳性, 分离培养得到13株腺病毒毒株。六邻体基因测序得出所测13株腺病毒序列相同, 基因进化树显示这批分离株均为腺病毒B群, 与人腺病毒7型参考株处于同一分支, 同源性为100.00%。结论此次疫情有明显的聚集性和儿童易感性, 引起疫情的病原为腺病毒7型。     

一起腺病毒3型引起暴发疫情的调查

目的对发生在富阳市渔山乡小学的一起上呼吸道感染暴发疫情进行流行病学调查和病原学鉴定。方法对该暴发疫情进行流行病学调查和采集现症病例咽拭子。应用实时RT-PCR和实时PCR技术分别进行流感病毒和人腺病毒检测。对人腺病毒核酸阳性标本,应用PCR技术扩增六邻体基因超变区7的核酸片段并进行核苷酸序列测定,根据序列相似性以鉴定血清型。结果 2013年5月20—28日共有21例上呼吸道感染病例,均集中在二（1）班,全校罹患率为4.77%,班级罹患率高达70.00%。病例均有发热,部分有咳嗽、咽痛、腹痛、腹泻和结膜充血等症状。检测的8份咽拭子中,实时PCR检测腺病毒核酸阳性5份,甲型流感病毒（通用型）、H1N1、H3N2、H7N9及乙型流感病毒核酸的实时RT-PCR检测结果均为阴性。选取其中1份阳性标本,进行人腺病毒六邻体基因超变区7的核酸序列测定,结果与近年国内其他地区分离的多株腺病毒3型毒株的相似性为100.00%,因此鉴定为腺病毒血清型3型。结论结合流行病学调查、病例临床症状及实验室检测结果,判断该起呼吸道感染暴发疫情的病原体为人腺病毒血清型3型。     

巢式多重聚合酶链反应在腺病毒检测及分型中的应用

目的建立一种快速、敏感、特异的腺病毒检测及分型方法。方法根据编码腺病毒六邻体基因的核苷酸序列设计一对外引物（即通用引物），扩增产物为1278bp；再分别设计针对腺病毒六邻体基因3、7、11和21型特异性序列的4对内引物，扩增产物分别为502、311、880和237bp。应用多重巢式聚合酶链反应（nest—PCR）技术将这4对引物用于同一聚合酶链反应管中，根据扩增产物在琼脂糖凝胶电泳上的大小，即可鉴别所测毒株的型别。结果3、7、11和21型腺病毒标准株和分离株分别产生预期的特异性扩增片段，与其他常见的呼吸道病毒等无交叉反应。118份经病毒分离和／或间接免疫荧光法确定为腺病毒阳性的急性呼吸道感染患儿临床标本中，腺病毒3型占64．4％（76／118），7型占31．4％（37／118），11型占2．5％（3／118），未检测到21型；2份病毒分离和间接免疫荧光均为腺病毒阳性的标本中，用该方法未能鉴定出型别，可能是3、7、11、21型以外的腺病毒，占1．7％（2／118）。33份经病毒分离和／或间接免疫荧光法均未检测到腺病毒的标本中，有3份为PCR阳性（包括1份7型，2份3型）。结论该方法鉴别3、7、11、21型腺病毒具有快速、简便、特异等特点，适用于腺病毒型别鉴定，可以为急性呼吸道感染的临床或群体公共卫生事件提供病原学诊断依据。     

上海市浦东新区引起腹泻的腺病毒分子流行病学特征

目的了解2015—2016年上海市浦东新区病毒性腹泻感染中腺病毒感染的分子流行病学特征。方法采集浦东新区14家二、三级医疗机构肠道门诊中的腹泻患者粪便标本和信息,通过实时荧光聚合酶链式反应(real-time PCR)方法对样本中的腺病毒等5种腹泻类病毒进行初筛;对腺病毒初筛阳性标本,通过人喉癌上皮细胞(Hep-2细胞系)分离腺病毒毒株;通过PCR,扩增腺病毒六邻体蛋白(Hexon蛋白)部分片段并测序,测序结果使用BioEdit软件进行整理,MEGA软件构建腺病毒系统进化树,BEAST软件对腺病毒核苷酸替换率进行分析。结果 2015—2016年,浦东新区疾病预防控制中心共采集腹泻病例样本4 089份,在1 595份腹泻病毒初筛阳性样本中,有腺病毒阳性146份,腺病毒的检出率为3.57%(146/4 089),腺病毒在腹泻病毒中的构成比为9.15%(146/1 595)。腺病毒感染的男女比为1.56∶1,0～9岁是所有年龄组中最易感染腺病毒腹泻的年龄组。腺病毒感染没有明显的季节分布。分离到的58株毒株共有11个腺病毒血清型,以腺病毒41型(22株)和3型(18株)血清型为主。腺病毒的核苷酸变异率为3.53×10~(-6)核苷酸替换/位点/年。结论腺病毒41和3型是本地区腺病毒腹泻的主要病毒基因型,存在腺病毒核苷酸替换,需要加强腺病毒感染腹泻的研究与防控,避免因腺病毒感染导致的聚集性疫情的发生。     

浙江省奉化市一起腺病毒感染暴发疫情调查

目的 对奉化市一起腺病毒暴发疫情进行流行病学调查和实验室检测,为及时采取有效控制措施提供依据.方法 对2016年奉化市某游泳池腺病毒暴发疫情进行现场调查,描述分析病例发病过程及流行病学特征.采集病例样本进行实时荧光定量PCR检测,并对阳性样本进行病毒分离.以腺病毒六邻体基因(Hexon gene)为目的基因,对分离株进行扩增测序.将测序结果提交GenBank进行BLAST比对,MEGA 5.2软件对腺病毒的六邻体基因序列构建进化树,确定其型别.结果 该起疫情历时15d,共出现18例住院患儿,临床症状以发热、扁桃体化脓和眼红为主,在发病前1～5天内有某游泳馆暴露史j 10份患儿咽拭子样本的PCR检测结果显示,均为呼吸道腺病毒(RADV)阳性,CT值在17～26之间.测序比对结果表明分离到的6株腺病毒序列相同,基因亲缘关系树显示该批分离株均为腺病毒B亚群,与人腺病毒3型参考株同处一支,同源性为99.1％～99.8％.结论 此次游泳池暴露的疫情系人腺病毒3型引起.     

经游泳池水传播的腺病毒毒株血清型及基因特征分析

目的 研究经游泳池水传播的腺病毒毒株血清型及基因特征.方法 对采用呼吸道病毒多重PCR法检测阳性的16份咽试子样品进行了腺病毒3型、7型及21型的特异性PCR检测,并对其中3份标本进行了腺病毒六联体(hexon)基因和纤毛(fiber)基因的全序列测定,将测定结果与Genbank数据库公开的核酸序列进行同源性比对,绘制进化树.结果 16份腺病毒阳性样品均为腺病毒7型;3份样品间hexon基因和ber基因核酸序列完全一致,同源性为100％;同时,该3份标本的hexon基因和ber基因核酸序列与引起我国陕西省婴儿严重急性下呼吸道感染暴发的腺病毒毒株的核酸序列完全一致,并未发现明显的基因变异情况.结论 本起经游泳池水传播的腺病毒暴发是由腺病毒7型引起,hexon基因和iber基因的核酸序列无变异.     

腺病毒55型感染致急性结膜炎病例的病原学鉴定及全基因序列分析

【目的】了解2021年上海市B亚属人腺病毒分离株的基因特征。【方法】对1例腺病毒55型感染导致的急性结膜炎病例进行病原体分离鉴定及全基因组测序,分析主要抗原蛋白六邻体(Hexon)、五邻体(Penton)、纤维突蛋白(Fiber)基因及全基因组序列的进化特征。【结果】该病毒株属于B亚属B2亚组,Hexon基因与HAdV-11进化关系相近,而Fiber和Penton基因则与HAdV-14进化关系更为接近。核苷酸序列比对分析显示,该病毒与近期国内外流行的HAdV-55病毒株同源性均超过99.90%,与广东株73-GD_CHN_2016核苷酸相似度最高,在E1B、L4、E3和L5基因区存在氨基酸变异。【结论】上海株(MH2021001)为腺病毒B亚属55型,该病毒基因组未发生多基因片段重组,与国内流行病毒株相比存在部分氨基酸变异,其生物学特性有待进一步研究。     

一起人腺病毒14型所致成年人不明原因肺炎的病原学检测分析

摘要:目的　分析一起导致一名成年人不明原因肺炎的病毒性病原体,确立病原微生物载体与病人之间的相关性,为临床防治提供实验室依据。方法　将采集到的呼吸道标本采用实时荧光定量PCR（Real-time PCR）检测流感病毒、冠状病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒、人博卡病毒、人腺病毒和鼻病毒核酸,对检测结果为腺病毒阳性的核酸进一步采用腺病毒特异性引物通过PCR进行Hexon,Fiber和E1A区基因特异性扩增,产物进行核苷酸序列测定和比对分析并构建遗传进化树。结果　1份咽拭子和1份支气管灌洗液核酸经Real-time PCR检测均呈腺病毒阳性,扩增病毒基因序列经测序分析与人腺病毒14型同源性最高。结论　此起成年人不明原因肺炎是由人腺病毒14型感染所致。     

一起聚集性腺病毒暴发疫情的调查及病原学分析

目的对一起流感样暴发疫情进行流行病学调查和病原学检测,对毒株进行分子流行病学分析,为呼吸道传染病暴发疫情的处置提供依据。方法对暴发疫情进行流行病学调查,收集病例咽拭子样本,采用RespiFinder 2SMART多病原检测试剂盒进行熔解曲线分析,筛查致病原,并以qPCR法确认。用Hep-2细胞分离病毒,提取毒株核酸进行PCR扩增并进行序列分析,NCBI核酸数据库进行序列比对,确定型别。结果疫情累计发病17例,仅涉及一个班级,班级罹患率43.6%,男女比1.8∶1,疫情持续11d。主要症状为发热(17例,100.0%)、咳嗽(16例,94.1%)等。采集10例病例咽拭子,5份以多病原检测试剂盒进行熔解曲线分析,检出2例为腺病毒(ADV)核酸阳性,其余5份经qPCR检测,3份为ADV核酸阳性。以Hep-2细胞分离5份ADV核酸阳性标本,成功分离4株毒株,对其进行DNA测序,NCBI核酸数据库进行Blast序列比对,结果显示其六邻体保守区核酸与ADV3型核酸同源性为97%。结论该暴发是一起由ADV3型引起的暴发疫情。     

广东省东莞市2010年首例输入性登革热病毒核酸检测及分析

目的:对广东省东莞市2010年首例输入性登革热疑似病例的标本进行快速诊断分型并对其部分核酸序列进行测序分析。方法:采用RT-PCR、PCR、基因测序技术对血清标本中的核酸进行检测分析,同时用ELISA法检测IgM抗体。结果:RT-PCR结果表明标本为Ⅰ型登革热病毒,对PCR扩增产物测序得到了包含衣壳蛋白基因和部分膜蛋白基因的455 bp长度的序列,经Blast比对发现与马来西亚的一株登革热病毒序列(GenBank号FN429890.1)相比,仅有一个C→T核酸差异,氨基酸水平无差异。IgM抗体检测为阳性。结论:PCR技术可方便快捷的用于登革热病毒的检测及分型,同时对扩增产物测序还可了解其相应的基因变异情况。流行病学结合实验室数据表明此病例为一输入性病例。     

应用实时荧光聚合酶链反应检测婴幼儿腹泻标本中的腺病毒

目的 建立实时荧光聚合酶链反应(Real-time PCR)方法检测腺病毒,并分析浙江省温州地区散发性婴幼儿腹泻患者不同型别腺病毒的感染情况.方法 根据GenBank中腺病毒六邻体基因序列设计一对通用引物,建立Real-time PCR方法检测婴幼儿腹泻标本中腺病毒DNA,并与免疫层析法比较;同时对Real-time PCR方法 检测阳性的标本进行PCR产物测序和病毒分离培养及酶切鉴定.结果 建立快速、特异检测婴幼儿腹泻标本中腺病毒DNA的Real-time PCR技术.157份婴幼儿腹泻标本中免疫层析法检测阳性3份,阳性率为1.91%;Real-time PCR检测阳性5份,阳性琦率为3.18%(5/157);154份免疫层析法检测阴性标本中,有2份Real-time PCR法检测为阳性.5份Real-time PCR检测阳性标本经测序鉴定,Ad3型占1.91%(3/157),Ad7型占1.27%(2/157);经病毒分离培养检出阳性2例,酶切鉴定为Ad3型.结论 Real-rime PCR技术结合PCR产物直接测序分析具有敏感、特异等优点,适用于腹泻标本中腺病毒的检测及分型.2008年2-4月浙江省温州地区散发性婴幼儿腹泻的腺病毒主要为Ad3型和Ad7型.     

吉林地区急性呼吸道腺病毒监测结果分析

目的了解近年来吉林地区急性呼吸道感染中人腺病毒(ADV)感染的病原学特征。方法收集2005年10月-2012年12月吉林地区呼吸道感染患者的鼻咽拭子共692例,采用巢氏聚合酶链反应法(nested-PCR)检测ADV hexon基因,将阳性PCR扩增产物进行测序、同源性和进化分析。同时对6种其他呼吸道相关病毒进行PCR检测,包括人博卡病毒(HBo V)、呼吸道合胞病毒(RSV)、副流感病毒1型~4型(PIV1~PIV4)、流感病毒(IFV)、人偏肺病毒(HMPV)、人肠道病毒(EV)。结果 692例标本中共检出ADV阳性扩增产物38份,总检出率为5.49%。其中有9例(23.68%)存在混合感染,以呼吸道合胞病毒、流感病毒混合感染居多。结论腺病毒是吉林地区呼吸道感染的重要病原之一,其优势流行株为3型,B和C亚属可能交替成为当年的优势毒株,另外,吉林地区存在比较少见的14型腺病毒。     

多重巢式PCR应用于1起聚集性发热疫情的病原诊断

目的增强实验室对突发发热疫情的快速诊断能力,完善、优化聚集性发热的病原检测方法。方法采用多重巢式PCR扩增法,对1起聚集性发热疫情样本进行病原筛查,同时对扩增产物测序,进行BLAST比对,进行血清型分型,比较不同引物的扩增效果。结果采集7份病例咽拭子标本,以呼吸道病毒核酸多重联检试剂盒进行14种病毒筛查,其中4份为腺病毒阳性,阳性率为57.1%。采用3组巢式引物进行扩增,腺病毒阳性样本6份,均为腺病毒3型;测序成功的5株核苷酸、蛋白质序列同源性均为100.0%。第3组巢式引物扩增、分析效果较好,阳性率为71.4%。结论成品试剂盒可进行不明原因发热疫情的病原筛查;多重巢式PCR扩增法可增加病毒检出率,对病毒分型和序列分析。     

一起急性上呼吸道病毒感染暴发流行的病原学分析

目的探讨2006年2月下旬汕头市某小学暴发的一起急性上呼吸道病毒感染的病原学。方法采集患者急性期咽拭子标本进行腺病毒、B型流感病毒和呼吸道合胞病毒的核酸检测,对PCR结果进行序列测定和分析;咽拭子标本用Hep-2细胞进行病毒分离;用患者双份血清进行腺病毒中和实验和B型流感病毒的血凝抑制试验。结果35份患者的咽拭子标本中用PCR扩增同时检测到了12份腺病毒(阳性率为34.3%)和15份B型流感病毒(阳性率为42.9%),呼吸道合胞病毒核酸检测阴性。序列分析表明腺病毒与江苏省2005年分离的毒株以及广东省2005年分离的3型腺病毒毒株的相似性高达98%,而B型流感病毒与孟斐斯分离到的B型流感病毒同源性高达99%。咽拭子标本用Hep-2细胞未分离到腺病毒和B型流感病毒。病人双份血清的腺病毒中和试验显示抗体没有4倍增长,但腺病毒阳性者晚期血清抗体几何平均值为12.1,腺病毒阴性者即为1.4。而B型流感病毒双份血清血凝抑制试验表明恢复期抗体比较急性期抗体有4倍或以上增长。结论该次急性上呼吸道感染是由B型流感病毒引起的,但可能先前感染过腺病毒。     

一起大学校园内由诺如病毒GⅡ型引起急性胃肠道疫情的病原分子生物学特征分析

目的分析长春市某大学一起胃肠道不适症状事件的诺如病毒分子生物学特征。方法将收集到的104份粪便标本,采用real-time PCR方法检测诺如病毒核酸。阳性标本再进行RT-PCR扩增,扩增产物经过凝胶电泳分析后,进行序列测定,确定基因型,并进行系统发生树分析。结果 104份粪便标本检出44株GⅡ组诺如毒株,22株测序成功,对测序成功的22株毒株进行同源性分析,结果这22株毒株与2016年韩国株Ⅱ.17|KX764738同源关系最近,证实这是一起由GⅡ.17感染引起的聚集性胃肠炎事件。结论此次胃肠炎事件是由诺如病毒引起,且为GⅡ.17毒株感染引起。     

阜阳市疑似恙虫病患者和恙螨及恙虫病鼠类中东方体分离及基因分型研究

目的分析从患者全血、恙螨、野鼠肝脾等标本中分离的恙虫病东方体,为进一步确立阜阳市为新疫源地提供依据。方法采集2009年-2010年每年9月-11月辖区内疑似患者抗凝血、野鼠、恙螨标本,利用小白鼠传代分离法,分离恙虫病东方体,通过巢式PCR方法检测,对其测序结果进行基因分型。结果患者新鲜血液或抗凝血标本在传至3代~4代以后,小白鼠肝脾组织标本核酸检测结果部分为阳性(全血PCR阳性59组,经小白鼠分离后15株阳性;恙螨20组,其中3组PCR阳性,经小白鼠分离后1株阳性;野鼠256只,其中7只PCR阳性,经小白鼠分离35组,其中1株阳性),取扩增产物进行序列分析,证实为恙虫病东方体kawasaki基因型。结论首次从秋冬型恙虫病东方体流行季节患者、野外优势鼠种黑线姬鼠以及小盾纤恙螨体内分离的病原体为恙虫病东方体,进一步从病原学上证实阜阳市为新的疫源地。     

一起腺病毒引起的小学呼吸道感染聚集性疫情调查和实验室检测

目的对2017年宁波市海曙区集仕港某小学一起腺病毒聚集性疫情进行流行病学调查和实验室检测,为疫情防控能及时采取有效控制措施提供依据。方法通过流行病学个案调查,描述疫情流行特征,分析流行因素;采集病例咽拭子标本,进行实时荧光PCR检测确定病原,对阳性标本以腺病毒六邻体基因为目的基因,进行扩增测序,将测序结果提交Gen Bank进行BLAST分析,确定其型别。结果自2017年6月17日-2017年6月23日累计报告病例26例,共波及3个班级,发病时间较为集中,临床症状均以发热为主,无重症和死亡病例。实验室对12例病例的咽拭子进行核酸检测,其中5例为腺病毒阳性。对病毒基因进行测定,确诊为腺病毒3型感染。结论该起疫情是由腺病毒3型引起的学校呼吸道感染聚集性疫情,发病呈现单峰曲线,提示同源一次感染的可能较大。传播途径可能为呼吸道飞沫和密切接触为主。     

芜湖市首例人感染H7N9禽流感病原检测分析

目的了解芜湖市首例人感染H7N9禽流感病例病原情况。方法采集病例呼吸道标本并提取RNA,进行流感病毒特异性基因的PCR扩增,毒株提交CNIC进行基因测序。结果患者呼吸道吸取物的样本Flu A和H7N9基因核酸扩增结果阳性。病毒HA和NA基因序列与其他已知H7N9禽流感分离株序列具有高度的一致性(HA:99.4%~99.8%;NA:99.2%~100.0%),HA基因核苷酸相似性最高毒株为KM054796-A/chicken/Jilin/2014,NA基因相似度最高的毒株为KP414837-A/chicken/Jiangxi/2014。HA和NA基因遗传进化关系最近的都为毒株KP414837-A/chicken/Jiangxi/2014。结论芜湖市首例人感染H7N9禽流感病例的病毒株HA和NA序列均与已知H7N9禽流感病毒高度同源。