中国肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型数据库的分析

目的 了解近几年我国肠炎沙门菌临床分离株的流行病学及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型特点,为以实验室为基础的食源性疾病暴发的发现及疫情控制提供依据。 方法 根据PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案,对2004-2012年分离自我国13个省(直辖市)的981株肠炎沙门菌进行流行病学及PFGE分子分型分析。 结果 981株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE获得126种带型,其分辨能力(D值)为0.8336。优势带型为JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001、JEGX01.CN0002、JEGX01.CN0005和JEGX01.CN0016。暴发相关带型是JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001和JEGX01.CN0150。肠炎沙门菌优势带型PFGE的共有条带分别为(0.8%)655、325、310、245、178和110 kbp。 结论 我国肠炎沙门菌临床分离株存在PFGE优势型别,PFGE对于肠炎沙门菌XbaⅠ单酶切分型能力有限,用于暴发确认或发现时需多种酶切联合使用,提高分辨能力。     

脉冲场凝胶电泳和多位点串联重复序列分析 应用于中国鼠伤寒沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和两种国际多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国鼠伤寒沙门菌分子分型的能力,并初步确定适用于我国鼠伤寒沙门菌MLVA分型中的VNTR位点。 方法 根据国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案、MLVA分型方案(包含7个VNTR位点,简称MLVA_PN)及欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方案(包含5个VNTR位点, 简称MLVA_EU),对来自我国5个省(直辖市)的175株鼠伤寒沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这三种分型方法对我国分离的鼠伤寒沙门菌的分型能力。 结果 175株鼠伤寒沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后,获得56种带型,其分辨能力(D值)为0.8823。对其中的主优势带型JPXX01.CN0001菌株55株进一步用第二种内切酶BlnⅠ酶切后,获得6种带型。用MLVA_EU分型,获得96种型别,D值为0.9758。应用MLVA_PN分析,获得98种型别, D值为0.9763。 两种MLVA分型方法对菌株的分辨能力几乎相同,且分型结果具有较高的一致性。对流行病学调查显示为鼠伤寒沙门菌暴发患者和食物来源的菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,三种分型方法获得一致性结果,均显示这些菌株具有明显的聚集性。 结论 两种MLVA分型方法的分辨能力均高于PFGE,在确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发事件时,采用需时较短,操作更方便的5个VNTR位点的MLVA分型方法可满足菌株聚集性分析。     

2003-2014年浙江省宁波市肠炎沙门菌分子分型及耐药特征研究

目的 分析浙江省宁波市2003-2014年肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型及耐药特征。方法 采用PulseNet China网络实验室的标准方法,对2003-2014年间分离的68株肠炎沙门菌进行Xba Ⅰ和Bln Ⅰ酶切分型,使用BioNumerics软件对菌株的PFGE图谱进行聚类分析;使用纸片扩散法检测菌株对10种抗生素的耐药性。结果 68株肠炎沙门菌经Xba Ⅰ酶切分为8个PFGE带型。其中JEGX01.NB0001型为最优势型别,共53株,带型相似度90%以上的菌株占95.6%（65/68）,2003年和2013年超过80例以上的食源性暴发案例的肠炎菌株经双酶切聚类证实存在100%的同源性。所有肠炎沙门菌对抗生素耐药率为氨苄西林23.5%、强力霉素4.4%、氨曲南、头孢吡肟和头孢噻肟均为2.9%、氯霉素和复方新诺明均为1.5%,对庆大霉素、环丙沙星、亚胺培南均敏感,发现2株多重耐药菌。结论 宁波市散发和暴发的肠炎沙门菌分离株之间的分子带型差异度小,引发食源性暴发的流行株克隆之间存在流行病学关联。目前肠炎沙门菌对抗生素的耐药率处于较低水平,仍需加强对多重耐药株的监控。     

2013-2015年安徽省合肥市食源性疾病患者分离沙门菌的病原学特征分析

目的分析安徽省合肥市食源性疾病患者所分离沙门菌的血清型别以及脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子型别特点。方法对2013 — 2015年在合肥市2家哨点医院就诊的2 618例食源性疾病患者，进行沙门菌的分离鉴定以及血清学分析，并用Xba Ⅰ酶切进行PFGE分析其分子型别特征。结果在2 618份患者标本中，共检测出76株沙门菌，总检出率为2.9%，共分为17种血清型，鼠伤寒沙门菌检出率最高，其次为肠炎沙门菌。 69株沙门菌经Xba Ⅰ酶切，共产生53种PFGE带型，每种带型包含1 ~ 5株沙门菌，其中鼠伤寒沙门菌共产生20种带型，肠炎沙门菌共产生10种带型。结论初步了解合肥市食源性疾病沙门菌感染是一种以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主、多血清型长期共存的散发性感染，获得了本地区食源性疾病沙门菌感染的基线水平的血清型别和PFGE分子分型数据库，为后续暴发监测奠定了基础。     

一起沙门菌食物中毒的实验室诊断与分析

目的 查明内蒙古某市某村发生食物中毒突发公共卫生事件的性质规模,调查可疑危险因素及其污染来源,控制疫情蔓延. 方法 制定病例定义,开展病例主动搜索,采集患者肛拭子及粪便样品、可疑食品及环境样品,进行病原菌的分离培养.分离菌株进行生化和血清学鉴定,PFGE分子分型和药敏检测. 结果 共出现43例感染病例,均参加了2014年5月6日的婚宴聚餐.19份检测样品中从7份患者肛拭子分离到肠炎沙门菌,志贺菌、致泻性大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌及蜡样芽孢杆菌检测阴性.7株肠炎沙门菌XbaⅠ酶切后的PFGE谱型完全相同,说明感染菌株来自同一个克隆,即有共同的感染源头.PulseNet China数据库比对分析显示,本次疫情菌株的PFGE图谱与我国肠炎沙门菌分离株中常见的PFGE带型JEGX01.CN0002 完全相同. 结果 此次事件为一起肠炎沙门菌引起的食物中毒,感染菌株具有国内优势的PFGE带型.     

2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较

  目的  比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据。  方法  采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点可变数目重复序列分析（MLVA）、规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）、多位点序列分型（MLST）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（WGS-SNP）对2008 — 2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。 以辛普森多样性指数（DI）为指征,比较单一方法及方法联用的分型能力差异。  结果  PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时,其DI值均＜0.9,PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上,WGS-SNP的DI 值最高,可达0.971。  结论  对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP,在缺乏基因组分析能力的情况下,推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。     

沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析

目的应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征。方法抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）。结果药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率最高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素（头孢噻肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋）均未产生耐药性。PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sal16位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别。结论分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发。目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化。     

东莞市腹泻患者沙门菌同源性及耐药性特征

目的了解广东省东莞市2007--2009年腹泻患者中沙门菌感染情况和菌株的血清型别、同源性及耐药性变化。方法对纳入研究的腹泻患者进行沙门菌检测,对分离到的菌株进行血清分型、药物敏感试验和脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型。结果2007--2009年共检测760份腹泻患者粪便标本,分离到53株沙门菌,检出率为7．0％;共分得15种血清型,鼠伤寒和肠炎沙门菌居多;大多数沙门菌对常用的头孢菌素类和喹诺酮类抗菌药物敏感,除肠炎沙门菌、斯坦利维尔沙门菌和B型副伤寒沙门菌外,其余菌株的血清型无同一PFGE型别的菌株;用XbaI酶切11株肠炎沙门菌可分为PFGE—XbsⅠ 1～6型,其中PFGE-XbaI4型为优势型别。用SfiI和Notl酶对5株肠炎沙门菌进行再分型,综合用XbaI／SfiI／NotI3种酶的结果发现仍有2组菌的PFGE图谱是完全一致的。结论2007--2009年度广东省东莞市沙门菌的感染多数为散发病例,头孢菌素类和喹诺酮类抗菌药物是治疗沙门菌感染的首选药物。     

广东省珠海市两种常见沙门菌血清型的分子分型分析

目的 研究珠海市沙门菌1,4,［5］,12:i:–和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据。 方法 用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方案与欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方案,对从腹泻病例分离的121株鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,［5］,12:i:–进行PFGE和MLVA分型。 结果 药敏试验结果显示,鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,［5］,12:i:–的多重耐药株分别为45株（45/51,88.24%）和51株（51/70,72.86%）,2种菌多重耐药率差异有统计学意义（χ2＝4.256,P＝0.039）,两者的耐药率＞50.00%的抗生素分别是氨苄西林、四环素、复方磺胺甲恶唑和氯霉素。 121株沙门菌经PFGE分型后获得88个型别,2种菌株间没有明显聚类特征,但鼠伤寒沙门菌的型别更为分散,优势型别PT15的11株菌包含了2种血清型。 MLVA分型结果显示5个位点中以STTR5和STTR6的重复数变化最多,分别是11和14个重复数,STTR9和STTR3次之,95.87%的菌株在STTR10p位点无扩增产物。 经MLVA分型后获得50个型别,优势型别为MT18和MT10,分别有23株和11株菌,均包含了2种血清型,经构建最小生成树分析发现91.74%（111株）菌株分布在Ⅰ群。 结论 珠海市2种菌株的多重耐药率较高,分子分型型别多样,但鼠伤寒沙门菌型别更为分散,两者遗传特征相似。      

深圳地区致泻性大肠埃希菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方法的研究

目的通过比较多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方法,探索更优的致泻性大肠埃希菌（DEC）的快速溯源方法。方法本研究采用筛选的可变数目串联重复序列（VNTR）位点,对DEC菌株进行MLVA分型,并将该方法与金标准PFGE进行比较评估。结果PFGE分型方法将58株DEC分为43种带型,其中3种带型成簇,多样性指数（DI）值为0.965。 MLVA分型方法将58株菌分为42种带型,4种型别成簇,DI值为0.955。 此外,2种方法对2起暴发菌株的分型结果一致。结论MLVA方法与PFGE方法对深圳地区的58株DEC菌株的分型能力差异无统计学意义,但MLVA具有快速、简便、通量高的特点,使得MLVA优于PFGE分型方法,在疾病监测、疾病暴发调查中将会发挥重要的应用价值。     

黑龙江省肠出血性大肠埃希菌遗传基因型别的研究

目的 对肠出血性大肠埃希菌(EHEC)的遗传基因刑别进行不同分子分型方法的对比研究,从分子流行病学角度分析黑龙江省EHEC的检出情况,并对多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于 EHEC 的分型效果进行评价.方法 采用毒力基因鉴定、核酸脉冲场凝胶电泳(PFGE)与MLVA 3种方法对70株EHEC进行遗传基因型...     

Comparison of multilocus variable-number tandem repeat analysis and pulsed-field gel electrophoresis in molecular subtyping of Salmonella enterica serovars Paratyphi A

Salmonella enterica serotype Paratyphi A is a highly clonal organism; pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is insufficient in discriminating isolates. A multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) was developed, and its usefulness in discriminating isolates was compared. PFGE analysis with XbaI and BlnI discriminated 55 isolates into 14 types, with a discriminatory index (DI) of 0.741 (confidence interval [CI], 0.635-0.847). MLVA divided the isolates into 23 types, with a DI of 0.937 (CI, 0.909-0.964), which was significantly higher than that for PFGE. Clustering analysis of PFGE and MLVA patterns indicated that S. Paratyphi A isolates recovered from 2000 to 2010 in South and Southeast Asia were highly clonal. Although MLVA is not sufficiently powerful in discriminating epidemiologically unrelated isolates, it can complement PFGE for epidemiologic investigation of S. Paratyphi A infections.     

我国各地区18所教学医院金葡菌临床分离株杀白细胞毒素基因检测及分子流行病学调查

目的研究我国多所医院临床分离金葡菌中杀白细胞毒素（PVL）分布特征及与临床疾病的关系。方法对18所教学医院临床分离809株金葡菌进行PCR检测PVL基因，PVL阳性菌株经纸片扩散法检测MRSA表型，mecA～femB双重PCR确证MRSA基因型，并对PVI，阳性的MRSA进行SCCmec分型，脉冲场凝胶电泳（PFGE）法对PVL阳性的MRSA进行同源性分析。结果809株金葡菌中58株（58／809，7．2％）携带PVL基因。沈阳检出率较高，其次为武汉，与其他医院差异有统计学意义（P〈0．05）；PVL阳性的MRSA15株（15／407，3．5％），MSSA43株（43／402，11．1％），差异无统计学意义（P〉0．05）；PVL阳性的门诊菌株7．9％（5／63），住院6．9％（53／746／，差异无统计学意义（P〉0．05）。PVL阳性的MRSA经SCC—mec分型，Ⅱ型3．8Voo（2／53），Ⅲ型4．7％（12／258），未分型1．0%（1／104），差异无统计学意义（P〉0．05）。PVL阳性的MRSA经PFGE后，A克隆株73．3％（11／15）；B克隆株13．3%（2／15）；C克隆株6．7％（1／15）；D克隆株6．7％（1／15），差异有统计学意义（P〈0．05）。结论PVL可以引起严重感染，及时进行检测并做同源性分析，采取有效的措施控制医院感染的暴发。     

152株沙门菌临床分离株的耐药性及同源性分析

目的研究本地区沙门菌临床分离株的的耐药状况、分子流行病学特征及对头孢菌素类药物的耐药机制。方法采用琼脂稀释法测定临床常用抗菌药物对沙门菌的最低抑菌浓度（MIC）值,使用 PCR 法和DNA测序法检测头孢菌素耐药基因,脉冲场凝胶电泳（PFGE）法对沙门菌进行同源性分析。结果本地区肠炎沙门菌为主要血清型,占59.9%（91/152）。所有被测菌株均对亚胺培南敏感,对萘啶酸的耐药率最高（86.2%）,其次是氨苄西林（59.9%）、氯霉素（36.2%）和四环素（34.9%）。46.1%（70/152）的沙门菌对3种及以上抗菌药物耐药,其中鼠伤寒沙门菌的多重耐药率比肠炎沙门菌高（85.2% ＞31.9%）。对头孢菌素耐药的14株沙门菌进行PCR扩增并测序均为blaCTX-M型,其中7株为blaCTX-M-55,4株为blaCTX-M-14,2株blaCTX-M-3和1株 blaCTX-M-15。91株肠炎沙门菌分成23个PFGE型,27株鼠伤寒沙门菌分成15个 PFGE 型。PFGE 型别存在多个克隆系。结论本地区沙门菌多重耐药现象严重,产 blaCTX-M型超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）是沙门菌对头孢菌素耐药的重要机制。本研究中沙门菌的 ESBLs 基因以 blaCTX-M-55型为主。沙门菌 PFGE 型别多样,存在明显的遗传多样性。