应用RT-PCR技术快速检测鸭Ⅰ型病毒性肝炎

根据Genbank收录的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)的VP1基因保守序列,设计合成特异性引物,建立了检测DHV-Ⅰ的RT-PCR方法,并确定了该方法的特异性与灵敏性;对DHV-Ⅰ分离毒株进行RT-PCR检测均得到阳性扩增结果,而作为阴性对照的常见4种鸭病病原如鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、番鸭呼肠孤病毒、鹅副粘病毒均未成功扩增;对DHV-Ⅰ临床病料进行RT-PCR检测,检测结果与病毒分离结果一致。结果表明,建立的DHV-Ⅰ的RT-PCR技术具有快速、特异、灵敏的特点。     

鸭肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立与应用

根据鸭肝炎病毒(Duck Hepatitis Virus,DHV)3D基因序列,设计合成1对引物,通过优化RT-PCR反应条件,建立了DHV的RT-PCR检测方法。特异性试验结果显示,该引物仅特异性扩增出DHV 460 bp的特异性片段,而扩增鸭瘟病毒(DPV)、鹅细小病毒(GPV)、番鸭细小病毒(MDPV)和鹅副粘病毒(GPMV)的核酸扩增结果均为阴性;敏感性试验结果显示,该方法能检测到100 pg的DHV核酸;对6份临床病料进行RT-PCR扩增,DHV的检出率为83.33%(5/6)。结果表明:该方法具有良好的特异性和敏感性,可对临床病料中的DHV进行快速检测。     

鸭坦布苏病毒与鸭瘟病毒二重RT-PCR检测方法的建立

[目的]建立可同时检测鸭坦布苏病毒(Duck tembusu virus,DTMUV)与鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)的二重RT-PCR,为有效防控DTMUV与DPV提供技术支撑.[方法]根据GenBank中DTMUVE基因和DPVUL6基因的保守序列,设计合成两对引物,优化反应体系条件,并通过特异性、敏感性试验评价建立的二重RT-PCR.[结果l优化后的二重RT-PCR反应体系为:2×PCR Mix 12.5 μL,其中DTMUV上、下引物各0.5 μL,DPV上、下引物各0.5 μL,混合模板2.0 μL,ddH2O补足至25.0 μL;最佳反应程序:95℃预变性5 min;95℃1 min,54.4℃l min,72℃1 min,进行35个循环;72℃延伸10 min.该方法对DTMUV与DPV的检测敏感性分别达500和600 fg,但对鸭源新城疫病毒、鸭肝炎病毒、番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、H9亚型禽流感病毒和减蛋综合症病毒等病原体不敏感.[结论]建立的二重RT-PCR可用于DTMUV与DPV感染的快速鉴别诊断.     

鸭出血性卵巢炎病毒RT-PCR检测方法的建立

参照(GenBank上登录的黄病毒科黄病毒属Ns5基因片段序列设计引物,建立能检测引起鸭出血性卵巢炎病毒的RT-PCR方法.该办法能从鸭出血性卵巢炎病毒扩增出1条约470 bp的特异性片段,从H9亚型禽流感病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒、鸭源禽Ⅰ型副粘病毒均不能扩增出目的片段;敏感性试验显示建立的RT-PCR...     

鸭坦布苏病毒、鸭肠炎病毒和番鸭细小病毒TaqMan三重实时荧光定量PCR检测方法的建立与临床应用

本研究旨在建立一种快速、敏感和高特异性检测鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鸭肠炎病毒(DEV)和番鸭细小病毒(MDPV)的TaqMan三重实时荧光定量PCR(q-PCR)的诊断方法并应用于临床疑似样品检测。根据DTMUV的E基因、DEV的UL2基因和MDPV的VP3基因保守区域,分别设计合成了3对特异性引物和探针,在建立单重q-PCR方法的基础上建立了三重q-PCR方法。运用三重q-PCR方法对198份来自江苏和安徽的鸭组织疑似病料进行检测,结果表明,建立的TaqMan三重q-PCR可同时检测这3种病毒,检测灵敏度至少达100个拷贝,相关系数(R~2)均在0.99以上,扩增效率为90%～110%。同时,该方法对H9亚型禽流感病毒(H9N2 AIV)、鸭甲肝病毒Ⅰ型(DHAV-1)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV)、鸭呼肠孤病毒(DRV)、新城疫病毒(NDV)、鹅细小病毒(GPV)的检测均为阴性,表明该方法具备特异性强、灵敏度高、重复性好和快速等优点。与常规PCR检测方法相比,三重q-PCR方法灵敏度大约高100倍。临床疑似样品检测结果表明DTMUV的检出率最高,3种病毒混合感染亦常见。建立的TaqMan三重q-PCR检测方法为DTMUV、DEV和MDPV的临床样品检测提供了快速、有效、特异和灵敏的工具,也为临床分子流行病学调查及定量分析奠定了基础。     

应用RT-PCR技术快速检测鸭I型病毒性肝炎

根据Genbank收录的I型鸭肝炎病毒(DHV-I)的VPI基因保守序列,设计合成特异性引物,建立了检测DHV-I的RT-PCR方法.并确定了该方法的特异性与灵敏性;对DHV-I分离毒株进行RT-PCR检测均得到阳性扩增结果.而作为阴性对照的常见4种鸭病病原如鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、番鸭呼肠孤病毒、鹅副粘病毒均未成功扩增;对DHV-I临床病料进行RT-PCR检测,检测结果与病毒分离结果一致.结果表明,建立的DHV-I的RT-PCR技术具有快速、特异、灵敏的特点.     

Ⅰ型鸭病毒性肝炎RT-PCR检测方法研究

根据Ⅰ型鸭病毒性肝炎ZJ/06强毒株的测序结果,在其基因组3D基因区设计合成一对可扩增238 bp的特异性引物,成功的建立了检测DHV-Ⅰ的RT-PCR方法,并确定了其特异性与敏感性,对DHV-Ⅰ分离毒株和临床病料进行RT-PCR检测均得到阳性扩增结果,而作为阴性对照的常见4种鸭病病原:鸭瘟病毒、鸭产蛋综合症病毒、鸭副粘病毒、鸭里默氏杆菌均未扩增到任何片断。利用BHK-21细胞、SPF鸡胚对DHV-Ⅰ临床病料进行病毒分离鉴定,结果表明建立的DHV-Ⅰ的RT-PCR检测方法具有快速、特异、敏感的特点。     

鸭圆环病毒和鹅圆环病毒三引物鉴别检测方法的建立

【目的】建立一种可同时检测并鉴别鸭圆环病毒和鹅圆环病毒的PCR方法。【方法】根据已发布的鸭圆环病毒和鹅圆环病毒基因组分子特征设计3条引物，应用3条引物建立了一种在一个反应管中可检测并鉴别鸭圆环病毒和鹅圆环病毒的三引物PCR方法。【结果】该方法可特异性扩增鸭圆环病毒和鹅圆环病毒，并根据扩增片段大小鉴别病毒种类，检测最低限分别为110、80 pg·μL^-1。应用该方法对临床疑似病例样品进行检测，其结果与用2种病毒对应的单病毒PCR检测方法一致。【结论】建立的三引物PCR方法特异性强，敏感性高，丰富了水禽圆环病毒病的临床病例的诊断及流行病学监测的技术手段。     

新型鸭呼肠孤病毒一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、敏感和特异性检测新型鸭呼肠孤病毒(novel duck reovirus,NDRV)的方法,本研究根据GenBank数据库中NDRV S3基因保守序列设计1对特异性引物和1条MGB荧光探针,建立了一种检测NDRV的一步法MGB荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通RT-PCR进行比较。结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.999,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰。该方法对经典鸭呼肠孤病毒、H9N2禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、A型鸭肝炎病毒、鸭新城疫病毒、鸭瘟病毒及番鸭细小病毒均未检测到信号,对NDRV的最小检出量为10拷贝·μL^-1。组内和组间变异系数均小于2%,重复性好。此外,利用该方法对239份疑似新型呼肠孤病毒病样品进行检测,常规RT-PCR检测时有75份为阳性,一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR方法检测时有100份为阳性,而且常规RT-PCR检测出的阳性样品用一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测时均为阳性,符合率为100%。该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法。     

鸭病毒性肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立与初步应用

根据GenBank中Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒(DHV-Ⅰ)的基因序列设计、合成引物,以山东、江苏、广东等地分离株的RNA为模板进行RT-PCR扩增,得到预期大小的目的片段.将山东分离株扩增的目的片段克隆到pGM-T载体,酶切鉴定得到阳性重组质粒.对重组质粒进行序列测定,与参考毒株R85952的序列比较发现,山东分离株与参考序列的同源性为974%.试验结果表明,所建立的RT-PCR方法最低模板检出量为100 pg,且该方法只能特异地检测出DHV,不能检出鸭瘟病毒、小鹅瘟病毒、鹅副粘病毒和番鸭细小病毒等.自然感染病料的检测分离结果表明,该方法既可用于DHV-Ⅰ分离株的快速鉴定,也可用于临床感染病例的检测与诊断.     

番鸭呼肠孤病毒通用RT-PCR检测方法的建立

根据经典和新型水禽呼肠孤病毒σA基因的保守序列设计一对PCR引物,通过优化病毒RNA提取方法和PCR条件,建立了番鸭呼肠孤病毒通用RT-PCR检测方法。该方法可自1株经典型或4株新型水禽呼肠孤病毒特异性扩增出436 bp条带,其最低病毒检出量为3.6 TCID50,而对鸭甲肝病毒、鸭瘟病毒、新城疫病毒、坦布苏病毒、番鸭细小病毒、产蛋下降综合征病毒和H9N2亚型禽流感病毒扩增均为阴性。对2011~2012采集的224份(番鸭74、鹅68、鸭82)疑似临床病料进行检测,结果 56份为阳性,番鸭、鸭和鹅阳性率分别为59.5%(44/74),11.0%(9/82)和4.4%(3/68),表明水禽呼肠孤病毒主要在番鸭中流行。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank发表的DHV I的基因序列,设计了1对针对DHV Ⅰ保守区的特异性引物.通过对反应条件的优化,建立了鸭病毒性肝炎病毒快速鉴别诊断的RT-PCR方法,扩增片段大小为632 bp.试验表明,RT-PCR法具有很强的特异性,且该方法的敏感性明显高于常规的检测方法.对鸭病毒性肝炎的病料检测证明,该方法能有效鉴别DHV,特异性良好.     

鸭副粘病毒病RT-PCR诊断方法的建立与应用

【目的】建立快速、准确检测鸭副粘病毒病的方法。【方法】根据GenBank中发表的新城疫F基因序列设计1对引物,扩增鸭副粘病毒融合蛋白基因727bp的特异性片段,进行特异性试验和敏感性试验,建立了鸭副粘病毒病的RT-PCR诊断方法。应用建立的诊断方法,对从山东不同地区分离的20株疑似鸭副粘病毒毒株和150份疑似感染副粘病毒鸭的病变组织进行了检测。【结果】特异性试验表明,建立的RT-PCR检测方法能够从鸭副粘病毒SDFCH株中扩增到727bp的特异性片段,而对鸭瘟病毒、H9N2亚型禽流感病毒、鸭肝炎病毒的扩增结果均为阴性;敏感性试验表明,该法最低检出量的cDNA质量浓度为3pg/μL;山东不同地区20株疑似鸭副粘病毒分离株中有15份为阳性;150份疑似感染副粘病毒鸭的病变组织有125例为阳性。【结论】建立的鸭副粘病毒病的RT-PCR诊断方法,且有快速、准确、特异性强、敏感性高的特点。     

鹅细小病毒与番鸭细小病毒PCR鉴别诊断方法的建立

根据GenBank上登录的鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)的基因序列,针对两种病毒非结构蛋白(NS)和VP1基因序列的相同区段,分别设计两对引物GPV U·L-1和MDPV U·L-1,以GPV-GZ1株的鹅胚尿囊液和MDPV的番鸭胚尿囊液提取核酸作为模板,分别建立了检测GPV和MDPV的PCR方法.特异性试验结果显示,引物GPV U·L-1仅特异性扩增出GPV-GZ1和GPV-GZ2株分子长为622 bp核酸片段,引物MDPV U·L-1仅特异性扩增出MDPV分子长为624 bp核酸片段,而对DPV、GPMV的核酸扩增结果均为阴性;敏感性试验结果显示,建立的PCR方法能检测到0.144 Pg的GPV核酸和28.8 pg的MDPV核酸.结果表明,建立的PCR方法特异性强、敏感性高,可用于GPV或MDPV临床感染病例的鉴别诊断.     

鸭瘟病毒的分离与初步鉴定

采集疑似鸭瘟病毒自然感染的病死番鸭的肝脾等组织,应用番鸭胚成纤维细胞(MDEF)进行病毒分离,通过对分离毒的血凝特性(HA)测定、间接免疫荧光试验(IFA)荧光定量PCR、PCR产物测序和动物回归试验等初步鉴定。结果显示:通过MDEF从疑似病料中分离到4株病毒(DPVfj1、DPVfj2、DPVfj3、DPVfj4),均不能凝集鸽红细胞;IFA结果排除了分离毒为鹅细小病毒、番鸭细小病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭副粘病毒和禽坦布苏病毒;鸭瘟病毒荧光PCR试剂盒检测分离毒核酸均为鸭瘟阳性;鸭瘟病毒(JQ673560)gJ蛋白基因序列特异引物进行PCR扩增均为阳性,且PCR产物序列与鸭瘟病毒参考株gJ蛋白基因序列相似度均大于99%;动物回归试验显示,分离毒人工感染30日龄番鸭和同居感染5日龄雏番鸭均可复制出与自然感染一致的临床表现及病理变化,并能回收到病毒。上述结果表明4株分离毒均为鸭瘟病毒强毒株。     

鸭瘟病毒PCR检测方法的建立

根据GenBank 发表的鸭瘟病毒(DPV)的基因序列,设计了针对DPV UL6 UL7保守区1对特异性引物。通过对反应条件的优化,建立了鸭瘟病毒快速鉴别诊断的PCR方法,扩增片段大小为1 293 bp。试验结果表明PCR法具有很强的特异性,且敏感性较高,最低DNA模板检出量为15 pg/mL。对鸭瘟的临床病料检测证明,该方法具有特异、快速和敏感的特点,可有效鉴别DPV。     

鸭肠炎病毒强毒和疫苗弱毒鉴别诊断PCR方法的建立

为建立鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)强毒和疫苗弱毒的鉴别诊断方法,通过分析比较GenBank数据库中上传的DEV强毒株和疫苗弱毒株UL2基因核苷酸序列,分析DEV疫苗弱毒和DEV强毒在UL2基因上的核苷酸序列,利用引物设计软件Oligo 7.0,设计一组可对DEV强毒株和疫苗弱毒株UL2基因进行编码区全长扩增的特异性引物,经条件优化后建立DEV强毒和疫苗弱毒鉴别诊断的PCR方法。结果表明,DEV疫苗弱毒和DEV强毒在UL2基因上存在528bp的连续核苷酸序列缺失。优化后的PCR方法最佳退火温度为55℃,对DEV强毒和疫苗弱毒扩增片段大小分别为1 019bp和491bp;敏感性强,最低检测限为15.3pg;特异性好,对鸭源常见传染病(如番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、鹅细小病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌和鸭源禽多杀性巴氏杆菌)均无特异性扩增。     

一种应用LORF11同源子鉴别诊断鸭瘟病毒的PCR方法

为建立一种鉴别诊断鸭瘟病毒的PCR方法,根据已发表的8株鸭瘟病毒株的长区开放阅读框(LORF11)等位基因序列,在其开放阅读框等位基因的上游5 bp和下游101 bp的位置设计1对特异性引物。应用这对引物对鸭瘟病毒LH2011株、v2085株、VAC株、Clone-03株DNA进行PCR扩增,分别获得了4 448 bp、3 277bp、934 bp和2 518 bp的特异性条带。此PCR方法特异性强,敏感性高,可检测到10TCID50或0.1LD50的鸭瘟病毒。在感染鸭瘟病毒的组织(肝脏)中均能检测到鸭瘟病毒DNA。对疑似鸭瘟的临床病料的检测结果也证明,建立的PCR方法不仅能够鉴别样品是否感染了鸭瘟病毒,而且能鉴别感染的鸭瘟病毒的来源。     

鸭坦布苏病毒病、鸭圆环病毒病与鸭疫里默氏杆菌混合感染的诊断

为确诊贵州省三穗县某鸭场62日龄花边鸭发病原因,通过临床症状观察及对采集的10只病鸭进行病理剖检、细菌分离鉴定、病毒PCR/RT-PCR检测。结果表明：分离到4株鸭疫里默氏杆菌,对头孢类药物高度敏感,对大环内酯类和氨基糖苷类药物耐药;通过病毒特异性引物扩增出鸭坦布苏病毒和鸭圆环病毒条带。该鸭场病鸭由鸭坦布苏病毒、鸭圆环病毒和鸭疫里默氏杆菌混合感染所致。     

I型鸭肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank 发表的DHV I的基因序列,设计了1对针对DHV I保守区的特异性引物。通过对反应条件的优化,建立了鸭病毒性肝炎病毒快速鉴别诊断的RT-PCR方法,扩增片段大小为632 bp。试验表明,RT-PCR法具有很强的特异性,且该方法的敏感性明显高于常规的检测方法。对鸭病毒性肝炎的病料检测证明,该方法能有效鉴别DHV,特异性良好。