基于数据挖掘及网络药理学的益气活血法治疗膝骨关节炎的机制研究

目的：基于数据挖掘分析益气活血法的高频配伍规律,并通过网络药理学方法研究其核心药物组治疗膝骨关节炎的作用机制。方法：应用Python 3.8.1编程对中国中医药在线数据库进行智能抓取,分析其配伍规律,以符合支持度≥0.30,置信度≥0.90,提升度≥1.00的中药为核心药物组,通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取核心药物组的主要活性成分,利用PubChem平台、Swiss Target Prediction平台收集药物靶标基因,通过GeneCards及OMIM数据库获得膝骨关节炎相关靶基因,利用Venny数据库获取药物靶点及疾病靶点的交集,采用Cysoscape软件和STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用网络,借助DAVID软件对关键靶基因进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析,通过Systems Dock Web Site对成分与关键靶标基因进行分子对接验证。结果：以益气活血法中使用频次最高的药对黄芪-当归为核心药物组,并筛选得到22个活性成分,涉及74个关键靶基因。网络分析结果表明,核心药物组治疗膝骨关节炎的关键靶点为肿瘤坏死...     

基于数据挖掘、网络药理学及分子对接的糖尿病性心脏病用药规律及核心中药分析

目的：运用数据挖掘的方法探究中药复方治疗糖尿病性心脏病的用药特点及配伍规律,并运用网络药理学及分子对接探讨高频药物治疗的作用机制,为临床用药提供参考。方法：首先,依据纳入标准和排除标准收集中国知网、维普、万方数据库治疗糖尿病性心脏病的中药处方,将其结果按照统一标准进行规范化处理,运用SPSS Modeler 18.0等软件进行分析。其次,使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等对高频药物获取化合物对应的靶点,与GeneCards、OMIM、pharmGKB、TTD数据库中检索糖尿病性心脏病相关靶点相互映射并取其交集,通过Cytoscape 3.2.1软件构建“成分-靶点-关键通路”可视化网络分析。通过R语言数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析及基因本体论（GO）富集分析。最后,用SYBYL等软件进行分子对接。结果：共收集401篇文献,纳入198首处方,包含183味中药,使用频次最高依次为丹参（121次）、麦冬（92次）、五味子（77次）、黄芪（76次）,关联规则得到支持的较高的组合22个。通过网络药理学方法发现丹参-麦冬-五味子-黄芪的99个活性成分,筛选出...     

基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨

目的：采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMANTCM）筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果：银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A～D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS...     

基于数据挖掘和网络药理学的中医古方治疗冠心病的研究

目的:基于数据挖掘和网络药理学探究中医古方治疗冠心病的配伍规律及作用机制.方法:从国家人口与健康科学数据共享平台提供的中医古方数据集V1.0中筛选治疗冠心病的方剂,通过SPSS Statistics25.0、SPSS Modeler14.1等软件进行数据挖掘,总结中医古方治疗冠心病的用药规律.利用中药系统药理学数据库与...     

盱江古方苍术散治疗痛风的潜在分子机制探究

目的 通过网络药理学和分子对接技术研究盱江古方苍术散治疗痛风(GOUT)的作用机制.方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)与相关文献获取苍术散的活性成分和作用靶点;通过GeneCards、Phenopedia、OMIM及Disgent数据库收集GOUT疾病的靶点,再运用韦恩图在线作图平台获取苍术散可能作用于GO...     

基于网络药理学方法探讨尿毒灵复方治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 运用计算机网络药理学方法虚拟筛选尿毒灵复方治疗糖尿病肾病的可能的活性成分及作用靶点，探讨尿毒灵对治疗糖尿病肾病的潜在作用机制。方法 通过人类基因数据库（GeneCards），治疗靶点数据库（TTD），比较毒性遗传学数据库（CTD），基因疾病关联数据库（DisGeNET），DrugBank数据库等收集与疾病相关的作用靶点；并通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）获得尿毒灵中可能的活性成分及其对应的靶点。利用Bioinformatics & Evolutionary Genomics平台筛选出药物与疾病共有靶点，借助Cytoscape3.7.1软件构建“成分-作用靶点”网络。运用蛋白质相互作用网络数据库（String）构建蛋白质间相互作用网络（PPI）。最后通过功能注释生物信息学分析平台（DAVID 6.8）进行尿毒灵与糖尿病肾病相关靶基因的基因本体（gene ontology，GO）功能分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，并将结果进行可视化展示。结果 通过筛选得到67个药物活性成分，共涉及152个作用靶点，与疾病靶点相关的化学成分有39个，得到尿毒灵-糖尿病肾病共同靶点46个，这些共同靶点主要富集于130个生物过程和78条信号通路上，表明尿毒灵的多个成分通过多条信号通路发挥防治糖尿病肾病的作用。结论 利用网络药理学方法分析中药复方的作用机制，可以体现中药多成分-多靶点-多途径的特点，为中药复方的作用机制和物质基础提供参考和依据。     

基于数据挖掘和网络药理学的反流性食管炎用药规律及机制分析

目的：基于数据挖掘和网络药理学分析数据库文献中治疗反流性食管炎方剂的用药配伍规律及核心中药作用机制。方法：检索中国知网、维普中文科技期刊全文数据库及万方数据库中治疗反流性食管炎的中药处方,使用Excel建立数据集,进行频数分析,借助SPSS Modeler 18.0、SPSS Statistics 26.0软件进行关联规则和聚类分析。使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards及Metascape等数据库和Cytoscape软件预测中药治疗反流性食管炎的靶点和通路。结果：共纳入386首方剂,包含182味中药,高频中药为甘草、半夏、黄连、柴胡、白芍和吴茱萸等,通过关联规则分析得出置信度和提升度高的药组为柴胡-吴茱萸-黄连,聚类分析得到7个药物组合。核心药组共获得44个活性成分,含靶点基因219个;筛选后得到反流性食管炎相关靶基因1 384个,匹配后得到共同靶基因98个。通过分析得到丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、血管内皮生长因子A(Vascular Endothelial Growth Factor...     

中医药治疗慢性萎缩性胃炎的多途径作用机制

目的：基于数据挖掘、系统药理学、分子对接系列研究方法,针对中医药治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的有效专利复方进行用药规律挖掘,进而预测不同功效中药治疗CAG的潜在作用靶标及分子机制。方法：通过国家知识产权局中国专利系统提取干预CAG的中药复方,综合文献利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药综合数据库（TCMID）、UniProt数据库获取重点功效药物有效成分与靶点;基于GeneCards、DisGeNet、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、MalaCards、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、Reactome数据库获取CAG潜在靶点与通路,通过R Studio 4.1.2实现基因本体论（GO）注释和KEGG富集分析;基于STRING 11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）;采用分子对接软件AutoDock Vina 4.2.6对关键靶点和成分进行对接验证。结果：提取治疗CAG复方228个,分析用药规律,药性多温、寒,药味多苦、甘,归经多脾、胃、肝;补气药、理气药、清热药、活血药、补血药为重点功效药物。对比不同功效药物对应靶点与CAG靶点,发现中药...     

基于网络药理学探讨穿心莲抗癌的作用机制

【目的】 基于网络药理学探讨穿心莲抗癌的潜在作用机制。【方法】 应用中药系统药理学技术平台（TCMSP）筛选穿心莲的潜在活性化学物质,借助GeneCards数据库、OMIM数据库平台筛选治疗癌症的作用靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性化学物质-疾病-作用靶点”网络图,借助 String 数据库平台构建蛋白质相互作用（PPI）网络。最后应用Bioconductor平台和R语言进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。【结果】 通过筛选得到穿心莲的潜在活性成分24个,涉及71个疾病作用靶点,其中与癌症相关作用靶点31个。主要活性成分为汉黄芩素、mono-O-methylwightin、quercetin tetramethyl（3’,4’,5,7）ether、千层纸素A等。主要通过调控AR、ERS1、IL-6等靶点基因及p53信号通路、甲状腺激素信号通路、催乳素信号通路等发挥抗肿瘤作用。主要抗癌病种为乳腺癌与前列腺癌。【结论】 应用网络药理学的方法预测出穿心莲治疗癌症的可能作用机制,为其进一步研究提供新的思路与线索。     

基于数据挖掘和网络药理学探讨多系统萎缩的中医证治规律

目的：基于中医传承辅助平台及网络药理学,探讨多系统萎缩的中医证型分布、用药规律及核心药对作用机制。方法：检索中国知识资源总库、万方数据学术论文总库、维普中文科技期刊全文数据库,统计中医药治疗多系统萎缩的相关文献（建库以来至2022年6月）,建立数据库;利用数据挖掘技术对用药进行挖掘分析;并利用网络药理学探讨核心药对的作用机制。结果：本研究共筛选出关于中医药治疗多系统萎缩的文献62篇,含处方82首,涉及中药162味,得到中医证型、高频用药及其相对应的性味、归经。关联规则分析得出药对15对,聚类分析得到3类核心药物组合,发现核心药对为熟地黄-山茱萸;活性成分与疾病交集靶点有55个;药对活性成分主要通过神经活性配体受体相互作用、癌症通路、钙信号通路等发挥作用。结论：现代中医辨证多系统萎缩以虚证为主;核心治法为温补脾肾,滋补肝肾;核心药对为熟地黄-山茱萸;药对活性成分主要通过神经活性配体受体相互作用、癌症通路、钙离子信号通路等调控多系统萎缩。     

基于网络药理学和分子对接探讨柴胡-大黄药对防治胆石症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡-大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造...     

基于网络药理学及分子对接探讨复方柳菊片治疗肺结核的作用机制

目的：基于网络药理学方法研究复方柳菊片抗肺结核的活性成分、靶点,初步探讨其作用机制。方法：通过文献收集、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、SwissADME数据库,以口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18、类药性五规则作为活性化合物的筛选条件,借助TCMSP、Swiss Target Predition数据库得到化合物的作用靶点;借助OMIM、Gene Cards、DisGeNet等数据库得到疾病靶点,取交集,筛选出化合物与疾病共有靶点。采用Cytoscape 3.9.1软件构建可视化的“药物-成分-靶点-疾病”网络,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-protein Interaction,PPI）网络,应用DAVID生物学信息资源对关键靶点进行基因本体论（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。通过AutodockTools及Vina对活性成分与关键靶点进行半柔性分子对接。结果：预测筛选出复方柳菊片抗肺结核22个活性成分、126个作用靶点,PPI网络提示肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）、白细...     

基于网络药理学和分子对接研究参松养心胶囊治疗心房颤动的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术研究参松养心胶囊治疗心房颤动（AF）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中医药百科全书数据库（ETCM）检索参松养心胶囊的活性成分及作用靶点;利用人类基因数据库（GeneCards）、治疗性靶点数据库（TTD）、在线人类孟德尔遗传（OMIM）、遗传药理学和药物基因组学数据库（PhramGKB）、疾病相关基因数据库（DISGeNET）、综合性药物数据库（DrugBank）检索得到AF疾病靶点;使用R软件绘制药物活性成分-疾病靶点韦恩图得到参松养心胶囊治疗AF的潜在靶点;利用R语言对潜在靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;通过Cytoscape软件构建药物活性成分-疾病靶点网络图,通过筛选得到关键靶点及药物活性成分,运用AutoDock Vina软件进行分子对接;运用PyMOL软件对分子对接结果进行可视化。结果：得到参松养心胶囊的活性成分190个、其对应靶点262个,同时检索得到3 577个与AF疾病相关靶点,二者交集靶点171个,共涉及GO功能2 549个,KEGG信号通路183条;蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）最终筛选出关键靶蛋白MAPK1、MAPK8、MAPK14、JUN、STAT、FOS、TNF,将其与反向筛选的10个药物活性成分一一进行分子对接,其中有39对成分-靶点对接活性较高。其中隐丹参酮、木犀草素、山柰酚与MAPK1对接结果最佳。本研究表明参松养心胶囊是通过多成分、多靶点、多通路对AF起到治疗作用,同时笔者发现参松养心胶囊主要通过MAPK1影响心房电结构重构、调节代谢、抑制炎症反应、调节细胞凋亡等途径治疗AF。     

基于网络药理学和分子对接研究三仁汤治疗肺癌的分子机制

目的：采用网络药理学方法筛选三仁汤君药药对（SRJMP）的活性成分及核心靶点,探讨三仁汤君药药对治疗肺癌的作用机制。方法：依托中药系统药理学分析平台（TCMSP）,检索三仁汤 3 味中药相关的所有化学成分及预测作用靶点,采用STRING 数据库与 Cytoscape 软件构建“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白互作网络,通过 ClusterProfiler、ClueGO、DAVID 数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集。把候选作用靶点映射在 KEGG 通路图上分析结果,最后应用 AutoDock 软件进行分子对接。结果：共筛选出 40 个活性成分和 222 个相应蛋白靶点。首要分析核心靶点47 个,GO 分析共包含 117 条富集结果,KEGG 通路富集筛选出 30 条通路。结论：通过网络药理学验证了 SRJMP 多成分、多靶点、多通路的特点,其可能是通过调控免疫细胞分化,肿瘤相关信号通路以及干预细胞代谢过程,达到抗肿瘤作用。     

基于网络药理学和分子对接分析黄芪治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的通过网络药理学方法联合GEO 数据库预测黄芪治疗溃疡性结肠炎（ulcerative colitis,UC）的核心 活性成分及靶点,并通过分子对接初步验证。方法利用中药系统药理分析平台（TCMSP）提取黄芪的活性成分 及对应靶点,借助Uniprot 数据库对靶点进行规范化,通过GEO 数据库提取溃疡性结肠炎的差异表达基因,并 利用R 语言筛选药物与疾病的交集基因,分别通过DAVID 数据库、STRING 数据库对交集基因进行富集分析 和蛋白互作分析;通过Cytoscape 软件构建黄芪“活性成分-药物靶点”网络、黄芪治疗溃疡性结肠炎“活性 成分-疾病靶点”网络及蛋白互作网络筛选出核心成分及靶点,借助Auto dock Vina 软件进行分子对接验证, PyMol 软件绘制对接结果图。结果共获得黄芪16 个活性成分,对应189 个作用靶点;GEO 数据库提取获得 溃疡性结肠炎差异表达基因1 355 个;药物与疾病交集基因44 个;富集分析显示多与炎症相关;筛选得到核 心活性成分异鼠李素（Isorhamnetin）和毛蕊异黄酮（Calycosin）,核心靶点前列腺素G/H 合成酶2（PTGS2）;分子 对接结果表明其核心活性成分与核心靶点之间均有较强的结合活性。结论黄芪中的异鼠李素、毛蕊异黄酮等 主要活性成分可能通过参与炎症相关信号通路及生物功能作用于PTGS2 等疾病靶点,从而发挥治疗溃疡性结 肠炎的效用。     

基于网络药理学探究苏黄泻浊丸抗肾间质纤维化及其调控铁死亡的作用机制

目的：基于网络药理学探究苏黄泻浊丸治疗肾间质纤维化（Renal Interstitial Fibrosis,RIF）及调控铁死亡的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、STRING、OMIM、Gene Cards、DisGeNet等筛选苏黄泻浊丸的中药活性成分及RIF关联靶标,借助Cytoscape 3.6.0软件构建苏黄泻浊丸活性成分-RIF靶标网络,结合STRING数据库构建方药与RIF关联靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用FerrDb数据库获取铁死亡调控基因,最终获取公共靶标基因,构建苏黄泻浊丸活性成分-RIF、铁死亡共同靶标网络,结合STRING数据库构建共同靶蛋白相互作用网络;利用DAVID数据库进行KEGG通路富集分析。结果：筛选出药物活性成分102个,与RIF关联的靶基因177个,经基因本体论（GO）、KEGG分析,苏黄泻浊丸治疗RIF的生物过程与RNA聚合酶Ⅱ促进转录的正调控、转录因子活性、序列特异性DNA结合等有关,通过调节脂质与动脉粥样硬化、白细胞介素（Inter...     

基于网络药理学研究周仲瑛教授骨痹方治疗膝骨关节炎的作用机制

目的 利用网络药理学技术,探究骨痹方治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）等数据库获取骨痹方潜在活性成分及对应靶点,通过Drugbank、GeneCards、OMIM、TTD和Dig See数据库得到KOA疾病靶点。使用String数据库构建PPI网络,采用Cytoscape 3.8.0软件筛选核心靶点和关键成分;通过Metascape数据平台对核心靶点进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果 筛选出骨痹方的关键成分10个,作用于白蛋白（ALB）、白细胞介素-6(IL-6)等核心靶点,通过调控晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）等信号通路发挥作用。结论 骨痹方通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗KOA的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨熟地黄-当归药对对男性不育症作用的机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨熟地黄-当归药对治疗男性不育症的作用机制。方法：通过检索中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）数据库及查阅文献筛选出熟地黄-当归药对的活性成分和对应靶点，借助GeneCards、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）和DisGeNET数据库收集男性不育症作用靶点并通过Venny 2.1.0获得药物-疾病共同作用靶点，再利用Cytoscape 3.9.0软件构建“药对-活性成分-作用靶点”调控网络并进行拓扑分析。然后用STRING数据库作蛋白互作（PPI）分析筛选核心靶点。再用DAVID数据库对共同作用靶点进行基因本体（GO）富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析并构建“成分-靶点-关键通路”网络图。最后用AutoDock软件通过分子对接验证活性成分与核心靶点的结合能力。结果：熟地黄-当归药对存在6个活性成分及57个相关作用靶点，与男性不育症的1 361个靶点有19个交集靶点。这些靶点涉及蛋白结合、蛋白二聚体活动、酶结合、细胞老化与凋亡过程等生物学过程，干预癌症通路、Apoptosis通路、Hepatitis B通路、TNF信号通路等发...     

基于网络药理学的血府逐瘀汤治疗继发性闭经作用机制研究

目的：利用网络药理学方法探讨血府逐瘀汤治疗继发性闭经的潜在作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）以及ETCM数据库查找出血府逐瘀汤中所有药物的活性成分,通过DrugBank数据库、DisGeNET数据库、GeneCards数据库查找继发性闭经相关靶点,利用Cytoscape 3.8.0软件构建血府逐瘀汤中所有中药的活性成分及对应靶点（活性成分-靶点）网络。利用STRING网络数据库构建及扩增血府逐瘀汤与继发性闭经之间的交集靶点蛋白相互作用（PPI）网络,使用Cytoscape 3.8.0软件绘制PPI网络图。通过DAVID数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分类富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：筛选出163个血府逐瘀汤作用靶点,其中与继发性闭经相关的作用靶点有34个,扩增以后一共得到64个相关靶点。血府逐瘀汤主要通过作用于白细胞介素-6、肿瘤抑制因子P53等靶点,调控类固醇功能、肿瘤信号通路等多个生物过程及通路,来发挥治疗继发性闭经的作用。结论：血府逐瘀汤可作用于继发性闭经患者的多个靶点,参与多条信号通路的调控。     

二苓化湿降酸颗粒治疗痛风的网络药理学分析及其主要成分的含量测定

目的 以网络药理学分析二苓化湿降酸颗粒治疗痛风的作用机制，并采用高效液相色谱(HPLC)法测定其主要活性成分。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)，筛选二苓化湿降酸颗粒的主要活性成分及靶点，通过Genecards、OMIM、CTD数据库获取痛风主要靶点，利用STRING平台进行蛋白质相互作用分析；通过Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析，采用Cytoscape软件构建“活性成分-核心靶点-信号通路”网络，并通过Autodock完成关键化合物-靶点的模拟对接。采用HPLC法同时测定二苓化湿降酸颗粒主要活性成分槲皮素、木犀草素、山奈酚。色谱柱为Hypersil GOLD^TM(250 mm×4.6 mm,5μm)；以甲醇(A)-0.4%磷酸溶液(B)为流动相进行梯度洗脱；检测波长为360 nm；柱温为30℃；流速为1.0 mL·min^-1；进样量为10μL。结果 从二苓化湿降酸颗粒中获得木犀草素、槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、汉黄芩素等80个活性成分，预测二苓化湿降酸颗粒治疗痛风的核心靶点有86个；调节通路中，与痛风相关有4条...