基于实时荧光定量PCR技术的猪伪狂犬病活疫苗含毒量评价

为定量分析贵州省临床用猪伪狂犬病(pseudorabies,PR)活疫苗中病毒含量,根据GenBank中公布的伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)gB基因序列(登录号:M17321.1)设计1对特异性引物,建立实时荧光定量PCR方法,并对来自6个不同厂家的猪伪狂犬病活疫苗进行含毒量分析。结果显示,试验成功建立了可用于PRV检测的实时荧光定量PCR方法,标准曲线中标准品各稀释度质粒拷贝数与Ct值呈良好的线性关系,标准曲线方程为:Y=-0.97X+33.66(R^2=0.999),该方法最低检测病毒含量为3.19×10~1拷贝/μL,敏感性高且具有良好的重复性和特异性。应用所建立的实时荧光定量PCR方法对贵州省临床用6个厂家生产的猪伪狂犬病活疫苗的病毒含量进行检测,结果显示,6种市售猪伪狂犬病活疫苗(A～F)中病毒含量分别为1.67×10~7、4.83×10~5、2.64×10~6、4.27×10~7、3.39×10~6和3.68×10~5拷贝/μL,来自不同厂家的疫苗病毒含毒量存在明显差异,最大差异可达116倍,其中来自A、D厂家的两种猪伪狂犬病活疫苗具有较高的含毒量。本试验所建立的实时荧光定量PCR方法可用于猪伪狂犬病活疫苗病毒含量的快速检测和评价,对猪伪狂犬病活疫苗的质控和临床用疫苗选择具有一定的指导意义。     

猪伪狂犬病病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法的建立

本研究根据猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)的gE基因序列特点,设计特异性实时荧光定量引物,建立基于SYBR GreenⅠ染料的猪PRV实时荧光定量PCR方法。结果表明,建立的实时荧光定量PCR方法检测猪PRVgE基因在7.53×10~1~7.53×10~6拷贝/μL范围内有较好的线性关系;对猪圆环病毒(porcine circovirus2,PCV2)、猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)、副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis)和猪链球菌(Streptococcus susi)核酸均未见阳性扩增信号;从生成的熔解曲线可见,建立的方法仅对猪PRV检测出现单一特异峰,其熔解温度(Tm值)为(92.9±0.1)℃,PCV2、PPV、副猪嗜血杆菌和猪链球菌均未见特异性峰值;建立的实时荧光定量PCR方法的组内和组间变异系数分别为0.31%~1.14%和0.42%~1.74%。以上结果表明,本研究建立的猪PRV实时荧光定量PCR方法敏感性高、特异性强、重复性好,为深入开展猪PRV对宿主致病机制的研究提供检测手段。     

猪圆环病毒2型SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立猪圆环病毒2型(PCV2)SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,采用PCR扩增PCV2 ORF2基因242 bp片段,并克隆入pMD18-T载体中,以纯化的重组质粒为模板作荧光定量PCR扩增,建立了PCV2荧光定量PCR检测方法,该方法检测灵敏度可达1.2×10~1拷贝/μL,与猪圆环病毒1型(PCV1)、猪瘟病毒(CSFV)、猪蓝耳病病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、乙型脑炎病毒(JEV)核酸均不发生扩增反应,具有很好的特异性和重复性。结果表明:建立的PCV2实时荧光定量PCR检测方法具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床PCV2的检测。     

伪狂犬病病毒野毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据伪狂犬病病毒gE基因的序列,设计和合成了一对特异的可用于检测伪狂犬病病毒野毒的PCR引物和一条Taqman荧光探针,采用Li ght Cycl e 480荧光定量PCR仪,建立了一种可实时定量检测伪狂犬病病毒野毒的荧光定量PCR技术。该方法的线性范围为1.0×102～1.0×1010拷贝,灵敏度可达4拷贝。检测速度快,仪器的运行时间仅为1 h。对13株猪伪狂犬病病毒野毒进行了检测,结果均为阳性;与伪狂犬病gE基因缺失疫苗、猪细小病毒和鸭瘟病毒无非特异性反应。与病毒分离培养比较,该方法具有快速、灵敏、特异、定量、重复性好等优点,可望用于临床上伪狂犬病病毒野毒与疫苗毒的区分,伪狂犬病病毒野毒的检测和病毒分布的研究等。     

猪瘟兔化弱毒疫苗中病毒含量实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立敏感、特异的评价猪瘟兔化弱毒(HCLV)疫苗中病毒含量的实时荧光定量RT-PCR方法,参照中国猪瘟石门株兔化弱毒全长序列,在猪瘟兔化弱毒活疫苗基因组5'非编码区设计1对标准品引物、1对特异性引物和1条探针,建立检测猪瘟兔化弱毒活疫苗病毒含量的实时荧光定量RT-PCR方法.该方法检测的敏感度达1.20×10⁵拷贝/mL;对猪繁殖与呼吸综合征、猪乙型脑炎、仔猪副伤寒和猪伪狂犬病4种活疫苗基因组扩增结果均为阴性;重复性试验结果显示,批内变异系数为0.29%～0.39%,批间变异系数为0.32%～0.61%.应用此方法对6个不同厂家生产的7种猪瘟兔化弱毒活疫苗中病毒含量进行了检测,发现不同厂家生产的疫苗中病毒含量存在较大差异.结果表明,建立的猪瘟兔化弱毒疫苗实时荧光定量RT-PCR方法能特异地检测疫苗病毒含量,可用于初步评价猪瘟兔化弱毒疫苗抗原含量.     

伪狂犬病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据猪伪狂犬病毒gD基因的序列,设计和合成了一对特异的可用于检测伪狂犬病毒的PeR引物和一条Taqman荧光探针,采用LightCycle 480荧光定量PCR仪,建立了一种可实时定量检测猪伪狂犬病毒的荧光定量PCR技术。该方法的线性范围为1．0×10^1-1．0×10^10拷贝,灵敏度可达2拷贝,比常规PCR高100倍。该方法检测时间短,速度快,仪器的运行时间仅为1h,特异性明显高于常规PCR。对15株猪伪狂犬病毒进行了检测,结果均为阳性;与猪细小病毒和鸭瘟病毒无非特异性反应。与病毒分离培养和常规PeR相比较,该方法具有快速、灵敏、特异、定量、重复性好的优点,可望用于,临床上伪狂犬病的检测和病毒分布的研究等。     

猪圆环病毒2型SYBR Green I荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立猪圆环病毒2型（PCV2）SYBR Green I荧光定量PCR检测方法,采用PCR扩增PCV2 ORF2基因242 bp片段,并克隆入pMD18-T载体中,以纯化的重组质粒为模板作荧光定量PCR扩增,建立了PCV2荧光定量PCR检测方法,该方法检测灵敏度可达1.2×101拷贝/μL,与猪圆环病毒1型（PCV1）、猪瘟病毒（CSFV）、猪蓝耳病病毒（PRRSV）、猪细小病毒（PPV）、猪伪狂犬病病毒（PRV）、乙型脑炎病毒（JEV）核酸均不发生扩增反应,具有很好的特异性和重复性。结果表明：建立的PCV2实时荧光定量PCR检测方法具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床PCV2的检测。     

某规模化猪场伪狂犬病的诊断

河南平顶山某猪场母猪出现较严重的流产和产死胎现象,且50日龄~70日龄仔猪出现神经症状,根据临床表现初步诊断为伪狂犬病。为排除猪繁殖与呼吸综合征和猪瘟,进行了实验室诊断。应用ELISA方法检测发病保育猪及母猪血清的伪狂犬病病毒野毒株gE抗体,并对发病仔猪病料进行了伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)的实时荧光定量PCR检测。结果显示,伪狂犬病病毒野毒抗体阳性,实时荧光定量PCR检测确定仔猪病料中PRV核酸阳性,PRRSV和CSFV核酸阴性。结合临床症状及实验室检测,确诊该猪场发生的是猪伪狂犬病。     

猪伪狂犬病病毒SYBR-Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank中猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列(EF552427),设计并合成1对引物.通过常规PCR扩增猪伪狂犬病病毒gE基因,将鉴定正确的gE基因片段克隆入pTG19-T载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒.以该阳性重组质粒为作为模板建立SYBR-Green Ⅰ荧光定量PCR标准曲线和溶解曲线,并做灵敏性试验、特异性试验和重复性试验.结果表明,标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线特异,相关系数为0.999 9,最低检测的拷贝教为35.4拷贝/25 μL,比常规PCR高10倍,特异性和重复性较好并能对样品进行定量检测等优点.本研究成功的建立了检测猪伪狂犬病病毒的SYBR-Green Ⅰ荧光定量PCR方法,为该病的早期诊断及定量分析猪伪狂犬病病毒感染程度奠定了基础.     

猪伪狂犬病病毒TaqMan荧光定量PCR方法的建立

针对猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)gE基因保守区的核苷酸序列设计1对特异性引物和TaqMan探针,建立并优化了一种可快速、定量检测PRV野毒的TaqMan实时荧光定量PCR方法。应用该方法检测猪常见病毒性病原(猪瘟病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型),PRV gE基因缺失株,以及健康猪的组织,结果均为阴性,证明该方法特异性良好。该检测方法能够检到的阳性质粒模板最低浓度为254 copies/μL,最低病毒浓度为4.22 TCID_(50)/100μL,比常规PCR敏感性高10倍;重复性试验结果表明该方法重复性良好;用TaqMan实时荧光定量PCR方法和常规PCR方法同时检测37份临床样品,其中前者检出阳性病料22份,阳性检出率为59.64%,后者检出阳性病料15份,阳性检出率为40.54%,2种方法的符合率为81.08%。综上所述,该方法的建立为PRV的实验室诊断及流行病学调查提供了快速、准确的检测手段。     

猪细小病毒与猪伪狂犬病毒二重SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法的建立与检测

本研究旨在建立一种能快速、灵敏、同时检测出猪细小病毒与猪伪狂犬病毒的基于SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。参照GenBank中登录的相关基因序列,设计了2对引物分别用于扩增PRV gH基因与PPV NS1基因的部分片段。将测序正确的PRV gH基因与PPV NS1基因片段克隆入pGEM-T Easy载体,转化大肠杆菌DH5α,经测序鉴定后得到阳性重组质粒,作为标准品模板建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线和熔解曲线,并对其灵敏性、特异性和重复性进行验证。结果表明,猪细小病毒与猪伪狂犬病毒荧光定量PCR的标准曲线的Tm值分别为80.9℃和86.5℃,熔解曲线特异,灵敏度分别可达248拷贝/μL和160拷贝/μL,是普通PCR检测方法的100倍。本次建立的猪细小病毒与猪伪狂犬病毒荧光定量PCR检测方法实现了2种病毒的同时检测,能够对PRV、PPV混合感染的临床病料进行快速诊断。     

猪伪狂犬病病毒和猪博卡病毒混合感染的检测

为了检测猪伪狂犬病病毒和猪博卡病毒混合感染的情况,研究建立了快速,简便,灵敏度高,特异性强的鉴别猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪博卡病毒(PBoV)的双重检测方法。针对PRV gE基因和PBoV NS1基因的序列,分别设计了2对特异性引物,通过对引物浓度、模板加入量、退火温度等的优化,建立了快速鉴别PRV和PBoV的双重PCR检测方法,并进行了特异性和敏感性试验。特异性试验表明,该方法可以扩增出PRV gE长度为316 bp和PBoV NS1长度为996 bp的目的片段,对大肠杆菌、猪圆环病毒Ⅱ型、猪捷申病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无扩增;敏感性试验表明,PRV、PBoV的最低核酸检出量分别为6.44×10~2拷贝和9.51×10~3拷贝,与单一PCR敏感性相同。应用该方法对49份送检病料样品进行检测,其中PRV和PBoV的单纯感染检出率分别为34.69%和14.28%,混合感染检出率为8.16%,与单一PCR检测结果符合率为93.88%。     

猪伪狂犬病病毒野毒LNA探针real-time PCR检测方法的建立

本研究根据猪伪狂犬病病毒gE基因保守区域设计特异性引物和LNA-TaqMan探针,建立了基于LNA-TaqMan探针的猪伪狂犬病病毒野毒株荧光定量PCR检测方法。结果显示:所建立的方法能够特异性的检测出猪伪狂犬病病毒野毒株;灵敏度更高,最低检测下限为10个拷贝/μL;批内变异系数和批间变异系数分别为0.43%~0.64%、0.44%~2.34%,重复性良好。对67份临床样品进行检测,病毒分离培养法检测出23份阳性样品,LNA-TaqMan探针荧光定量PCR方法检测出26份阳性样品,常规TaqMan探针法检测出21份阳性样品,与病毒分离法比较,LNA-TaqMan探针法的符合率为96%。本研究建立的基于LNA-TaqMan探针检测猪伪狂犬病病毒野毒株的荧光定量PCR方法,为猪伪狂犬病的诊断和流行病学调查提供了可靠的技术支持。     

猪伪狂犬病病毒SYBR-GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank中猪伪狂犬病病毒（PRV）gE基因的序列（EF552427）,设计并合成1对引物。通过常规PCR扩增猪伪狂犬病病毒gE基因,将鉴定正确的gE基因片段克隆入pTG19-T载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒。以该阳性重组质粒为作为模板建立SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线和溶解曲线,并做灵敏性试验、特异性试验和重复性试验。结果表明,标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线特异,相关系数为0.9999,最低检测的拷贝数为35.4拷贝/25μL,比常规PCR高10倍,特异性和重复性较好并能对样品进行定量检测等优点。本研究成功的建立了检测猪伪狂犬病病毒的SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR方法,为该病的早期诊断及定量分析猪伪狂犬病病毒感染程度奠定了基础。     

同时检测猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒和猪细环病病毒1型和2型的多重SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立

在集约化养殖条件下,猪场常见多种病毒混合感染。本试验研究的5种病毒与多种猪病相关,在全球范围的猪场造成了严重的经济损失。本研究建立了能同时检测和鉴别猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪细环病病毒1型和2型(TTSuV1和TTSuV2)的多重SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。该方法能够区分这5种病毒,且对其他DNA病毒检测证明了该系统的特异性。该多重实时荧光定量PCR灵敏度高,检测限为3.65×103～5.04×103拷贝DNA模板/反应。批内和批间变异系数低。该方法对临床样本的检测结果与特异性PCR方法检测结果符合率为100%。这种方法可能成为流行病学研究和疾病控制的有效工具。     

猪瘟和猪伪狂犬野毒与其疫苗株多重PCR鉴别方法的建立

为建立一步法鉴别检测猪瘟病毒(CSFV)和猪伪狂犬病病毒(PRV)野毒株与其疫苗株感染的多重PCR方法(m PCR),本实验通过比对分析Gen Bank中登录的CSFV和PRV的相关基因序列分别设计可以区分CSFV与PRV及其疫苗株的5对特异性引物,建立了其多重PCR鉴别检测方法。结果表明,建立的多重PCR方法对CSFV和PRV扩增为阳性,而对PCV2、PRRSV、JEV和BVDV扩增结果均为阴性;最低核酸检测量分别为1.7×10~3拷贝/μL(CSFV野毒株)、9.9×10~3拷贝/μL(CSFV-C疫苗株)、1.3×10~3拷贝/μL Guizhou-DY)、6.9×10~3拷贝/μL(Bartha-K61)和5.5×10~3拷贝/μL(SA215)。采用该方法对134份可疑临床样品进行检测,结果表明CSFV和PRV疫苗株与野毒株在能繁母猪、育肥猪、保育猪和哺乳仔猪中的5重感染率分别为2.6%(1/38)、7.7%(2/26)、8.3%(3/36)和8.8%(3/34)。本研究建立的多重PCR方法为从病原学方面快速鉴别CSF和PR疫苗毒与野毒提供了新的技术支撑,为规模化猪场实现猪瘟与猪伪狂犬的净化提供一种新方法。     

塞内卡病毒Taqman实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据对GenBank中2015-2017年登录的18株国内塞内卡病毒(SVV)基因组序列比对分析结果,设计合成1对针对SVV 5’UTR区域的特异性引物和Taqman探针,通过优化荧光定量PCR反应条件,建立一种定量检测SVV的Taqman实时荧光定量PCR检测方法。该方法定量检测范围在10～10~9 copies/μL,检测下限为10 copies/μL,比常规PCR检测灵敏度高约1 000倍,同时检测口蹄疫病毒(FMDV)、猪水疱病病毒(SVDV)、猪水疱疹病毒(VSV)、圆环病毒(PCV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)均为阴性,特异性良好;对50份疑似病料同时进行荧光定量PCR检测和常规PCR检测,结果显示荧光定量PCR阳性检测率(38%)高于常规PCR阳性检测率(25%),证实本试验建立的SVV Taqman实时荧光定量PCR检测方法可实现对SVV的临床诊断和定量分析。     

应用荧光定量PCR方法检测伪狂犬病病毒弱毒株在猪体组织中的分布

为了解伪狂犬病病毒(PRV)TK/PK/gE三基因缺失弱毒株在猪体组织中的分布情况,针对PRV gB基因保守区设计并合成1对特异性引物,建立并优化了一种可快速、定量检测PRV的SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR方法。该检测方法特异性强且敏感度高,最低检测浓度为10¹拷贝/μL。PRV TK/PK/gE三基因缺失弱毒株免疫仔猪后可少量存在于大脑、小脑、肝脏、脾脏、肺脏、扁桃体和颌下淋巴结中,部分仔猪鼻甲骨病毒含量较高。应用本研究建立的荧光定量PCR方法阳性检出率为79.2%,而常规PCR方法阳性检出率仅为45.8%。结果表明,本研究建立的荧光定量PCR方法为了解弱毒株在猪体的分布提供了快速、敏感的检测手段。PRV TK/PK/gE三基因缺失弱毒株在猪组织中的分布情况为进一步揭示其组织嗜性、安全性和免疫机制提供了数据。     

伪狂犬病病毒野毒株与gE基因缺失疫苗株TaqMan实时荧光定量PCR鉴别方法的建立

为实现对伪狂犬病病毒（pseudorabies virus,PRV）野毒株与gE基因缺失疫苗株的快速、敏感、特异的鉴别诊断,本试验针对PRV gD和gE基因设计了2套特异性引物和TaqMan探针,建立了PRV野毒株与gE基因缺失疫苗株的TaqMan实时荧光定量PCR鉴别方法,对引物和探针浓度、退火温度等进行了优化,对方法进行敏感性、特异性、重复性试验,并进行临床样品检测。结果显示,建立的针对gD、gE基因的TaqMan实时荧光定量PCR方法线性相关系数（R²）分别为0.996和0.980,均呈良好的线性关系;检测限分别为39.4和12.1拷贝/μL;与圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无交叉反应;重复性试验结果显示,针对gD基因的批内和批间变异系数分别为1.43%~1.86%、1.10%~2.07%,针对gE基因的批内和批间变异系数分别为0.98%~1.41%、1.12%~1.86%。应用建立的TaqMan实时荧光定量PCR与普通PCR分别对11份临床疑似感染样品进行检测,阳性率分别为36.4%和27.3%。结果表明,该方法敏感性高、特异性强、重复性好,可作为伪狂犬病病毒野毒株与gE基因缺失疫苗株的早期鉴别诊断和定量检测的有效手段。     

实时荧光定量PCR检测伪狂犬病病毒方法的建立与初步应用

根据GenBank中猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列(EF552427),利用Premier express设计并合成1对引物和相应的TaqMan探针,从猪伪狂犬病病毒(PRV)感染的细胞中提取DNA,进行PCR扩增.将鉴定正确的gE基因片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒.以该阳性重组质粒为荧光定量PCR标准品模板建立标准曲线.对探针浓度、引物浓度、镁离子浓度和退火温度进行优化,建立了最佳的荧光定量PCR反应体系和扩增程序.经临床应用表明,该荧光定量PCR方法的建立为猪伪狂犬病病毒的早期诊断并定量分析猪伪狂犬病病毒感染程度奠定了基础.