叶酸代谢相关酶基因多态性与不良孕产关系的研究

目的:探讨叶酸代谢过程中的关键酶亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因C677T、A1298C位点和甲硫氨酸合成酶还原酶(MTRR)基因A66G位点多态性与不良孕产史的关系。方法:选取359例有不良孕产史的妇女和1032例正常生育妇女,采集口腔黏膜上皮细胞提取基因组DNA,采用实时荧光定量PCR技术对MTHFR基因C677T、A1298C位点和MTRR基因A66G位点的多态性进行检测,分析多态基因型的分布特点及其与不良孕产的关系。结果:不良孕产史组MTHFR基因C677T位点的TT突变纯合型、A1298C位点的CC突变纯合型和MTRR基因A66G位点GG突变纯合型基因频率均高于对照组(X~2=4.95,P0.05;X~2=5.92,P0.05;X~2=10.73,P0.01);而MTHFR基因C677T位点、A1298C位点和MTRR基因A66G位点的AA野生纯合型基因频率均低于对照组(X2=31.60,P0.01;X~2=16.69,P0.01;X~2=9.47,P0.01)。结论:MTHFR基因C677T、A1298C位点和MTRR基因A66G位点的突变纯合型基因频率的增加与不良孕产的发生有关。     

辐射诱发胸腺淋巴瘤与Ikaros及p16基因多态性

目的 探讨Ikaros及p16基因多态性与辐射诱发小鼠胸腺淋巴瘤的相关性.方法 采用Promega公司基因组DNA纯化试剂盒提取胸腺淋巴瘤细胞基因组DNA.采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-PEEP)方法检测Ikaros基因rs28185870位点(C/T)、rs28185923位点(C/T)及p16基因rs3695947位点(A/G)单核苷酸多态性(SNPs).结果 C57BL/6J及BALB/c小鼠rs28185870位点基因型分别为T/T、C/C;rs28185923位点基因型分别为C/C、T/T;rs3695947位点基因型分别为A/A、G/G.结论 辐射敏感性不同的C57BL/6J、BALB/c小鼠的rs28185870、rs28185923及rs3695947位点基因型不同,推测Ikaros及p16基因多态性与辐射诱发胸腺淋巴瘤相关.     

丹阳市汉族女性叶酸代谢关键酶基因多态性分布特征研究

目的 研究丹阳市汉族女性叶酸代谢关键酶MTHFR和MTRR的基因多态性分布特征。方法 选取2015—2020年在丹阳市妇幼保健院进行孕期检查的汉族健康女性6 074名,采集口腔黏膜上皮细胞,提取基因组DNA,通过荧光定量PCR检测MTHFR C677T、A1298C及MTRR A66G基因位点情况。结果 入组人群的MTRR A66G和MTHFR C677T、A1298C位点基因多态性分布均符合Hardy-Weinberg平衡分析(均P>0.05)。丹阳市汉族女性MTHFR C677T位点野生基因型CC型占比为30.3%,杂合突变型CT型占比为48.4%,纯合突变型TT型占比为21.3%;MTHFR A1298C位点AA基因型占比为68.8%,AC基因型占比为28.1%,CC基因型占比为3.1%;MTRR A66G位点AA基因型占比为56.7%,AG基因型占比为37.3%,GG基因型占比为6.0%。丹阳市汉族女性MTHFR C677T位点等位基因C、T频率分别为54.5%和45.5%,MTHFR A1298位点等位基因A、C频率分别为82.9%和17.1%,MTRR A66G位点等位基因A、G频率分别为75.3%和24.7%。丹阳市汉族育龄女性MTHFR A1298C和C677T位点有8种组合,频率最高的是AA/CT(33.5%),两位点间存在连锁不平衡(D’=0.992,r^(2)=0.17)。结论 丹阳市汉族女性叶酸利用能力中等,高风险人群还需加强孕期管理。     

海南省汉族和黎族妇女亚甲基四氢叶酸还原酶和甲硫氨酸合成酶还原酶基因多态性分布研究

目的:比较海南省汉族和黎族妇女亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)C677T、A1298C及甲硫氨酸合成酶还原酶(MTRR)A66G多态性分布情况,获取其多态性位点的群体遗传学特征。方法:采用横断面调查研究方法,以海南省内11437例汉族与黎族孕妇为对象,采集口腔黏膜上皮细胞,提取DNA,采用Taqman-MGB技术,进行编码基因MTHFR和MTRR的相关多态性位点检测。结果:汉族妇女MTHFR C677T位点基因型纯合突变TT型高于黎族妇女,黎族妇女MTHFRA1298C基因型纯合突变CC型、MTRR A66G基因型纯合突变GG型的频率高于汉族妇女(P<0.01)。结论:海南省汉族与黎族妇女MTHFR和MTRR基因多态性分布存在差异。     

乙型肝炎病毒前C区及基本核心启动子区变异与基因型的临床相关性研究

目的探讨乙型肝炎病毒前C区G1896A突变、基本核心启动子区A1762T、G1764A双突变与基因型、拉米夫定疗效的相关性。方法采用基因测序法对接受拉米夫定治疗的81例慢性重型乙型肝炎患者的血清标本进行前C区、基本核心启动子区(BCP区)、基因型及逆转录酶区(P区)检测,并对前C区、BCP区的变异与基因型、逆转录酶区的变异进行相关性分析。结果 81例慢性重型乙型肝炎患者送检标本中,68份标本可检出前C区G1896A变异或BCP区A1762T/G1764A变异;单纯G1896A突变31例,单纯A1762T/G1764A突变24例,前C区联合BCP区变异13例;81例慢性重型乙型肝炎患者经拉米夫定治疗后,有45例发生变异,其中180M和204V变异株35例,204I变异株10例;前C区变异在野生型组、变异型组中的检出率分别为38.9%、66.7%,两者差异有统计学意义(P<0.05);BCP区变异在野生型组、变异型组中的检出率分别为33.3%、55.6%,两者差异有统计学意义(P<0.05);在81例慢性重型乙型肝炎患者血清标本中,B基因型18例,C基因型63例;前C区变异在B、C基因型中的检出率分别为72.2%、33.3%,两者差异有统计学意义(P<0.05);BCP区变异在B、C基因型中的检出率分别为16.7%、54.0%,两者差异有统计学意义(P<0.05);G1896A突变在B基因型感染者中检出率明显高于C基因型感染者;A1762T/G1764A双突变在B基因型感染者中检出率明显低于C基因型感染者。结论发生G1896A突变和A1762T/G1764A突变的患者,在接受拉米夫定治疗后更易发生逆转录酶区的变异;G1896A突变易出现在B基因型感染者中,A1762T/G1764A突变易出现在C基因型感染者中。     

NQ01基因多态性与慢性苯中毒遗传易感性的研究

目的 探讨NQO1基因多态性与慢性苯中毒遗传易感性之间的关系。方法 选择100名慢性苯中毒工人为病例组及90名同期接苯但无苯中毒表现的同工种工人为对照组，应用PCR-RFLP方法判定NQ01基因型。结果携带NQ01 C609TT／T基因型(纯合突变型)个体发生苯中毒的危险性是具有C／T基因型(杂合型)和C／C基因型(野生型)个体的2．82倍(95％ CI：1．42～5．58)，是具有C／C基因型(野生型)个体的2．94倍(95％ CI:1．25-6．90)；并存在携带NQO1 C609T T／T基因型(纯合突变型)个体发生苯中毒的危险性高于携带NQ01 C609T C／T基因型(杂合型)个体、更高于C／C基因型(野生型)个体的趋势(X^uend=6．01，P=0．014)。结论 携带NQ01 C609T纯合突变基因型(T／T)个体接苯时发生苯中毒的危险性增高，考虑此基因可作为易感性生物标志物，用于苯作业工人上岗前的筛检。     

XRCC1、XPD、XRCC3、CCND1基因多态性与职业慢性苯中毒发病工龄的关联

目的探讨DNA损伤修复基因XRCC1、XPD、XRCC3基因和细胞周期调控基因CCND1的多态性与慢性苯中毒发病工龄的关系。方法以确诊的80名慢性苯中毒患者作为研究对象,应用PCR—RFLP分析技术,检测DNA损伤修复基因XRCC1（C26304T、G27466A、G28152A、G36189A位点）、XPD（C22541A、C23591T、A35931C位点）、XRCC3（C18067T位点）和细胞周期调控CCND1基因G870A位点的多态性,比较不同基因型Kaplan—Meier生存曲线,评价慢性苯中毒发病工龄与XRCC1、XPD、XRCC3和CCND1基因多态性的关联。结果携带XRCC127466G／G基因型的个体发生慢性苯中毒的发病工龄比携带27466G／A＋A／A变异基因型的个体长6．9年;携带CCND1870G／G基因型的个体比G／A＋A／A基因型个体的发病工龄短6．2年。结论XRCC1和CCND1基因多态性可能影响慢性职业性苯中毒的发病工龄。     

病毒性心肌炎易感性与CAR和MMP基因多态性关系

目的分析柯萨奇病毒-腺病毒受体(CAR)和基质金属酶(MMP)基因多态性与病毒性心肌炎(VMC)易感性的关系。方法选择2016年11月-2019年11月于安阳市人民医院心血管内科诊治的VMC患者149例作为VMC组,选择同期体检的60名健康志愿者作为对照组,检测CAR-968G/A、MMP-2 C1306T和MMP-9 C1562T位点多态性,采用Logistic回归分析三者基因多态性与VMC的关系。结果 VMC组CAR-968G/A位点AA、AG、GG基因型及MMP-2 C1306T、MMP-9 C1562T位点CC、CT、TT基因型频率与对照组比较,差异有统计学意义(P0.05);VMC组CAR-968G/A位点A、G等位基因,MMP-2 C1306T位点C、T等位基因以及MMP-9 C1562T位点C、T等位基因频率与对照组比较,差异有统计学意义(P0.05);在隐性模式下,VMC组CAR-968G/A位点AA+AG基因型频率低于对照组(P0.05),GG基因型频率高于对照组(P0.05);在显性模式下,VMC组MMP-2 C1306T位点CC基因型频率高于对照组(P0.05),CT+TT基因型频率低于对照组(P0.05),VMC组MMP-9 C1562T位点CC基因型频率低于对照组(P0.05),CT+TT基因型频率高于对照组(P0.05);多因素Logistic回归分析显示,CAR-968G/A、MMP-2 C1306T、MMP-9 C1562T基因多态性可增加VMC患病风险。结论 CAR-968G/A、MMP-2 C1306T、MMP-9 C1562T基因多态性可能与VMC易感性有关。     

贵州地区2017—2020年结核分枝杆菌卷曲霉素耐药与相关基因突变关系

目的 检测结核分枝杆菌(M.tb)对卷曲霉素(CM)耐药相关基因突变情况,探究基因型与表型的关联,为临床使用CM提供指导。方法 收集2017—2020年某院痰抗酸染色阳性的肺结核病患者痰标本,培养获得临床分离M.tb,药物敏感试验(DST)明确菌株耐药表型;提取DNA送全基因组测序(WGS),检测CM耐药相关基因tlyA、rrs、rpsL、eis、Rv0194及Rv1258C的突变情况,探索CM与利福平(RIF)表型耐药相关性。结果 共培养123株M.tb,WGS检出6个CM耐药相关基因共23个非同义突变位点;DST结果显示52例RIF耐药,4例CM、RIF均耐药。CM耐药菌株检出rrs基因A1401G、rpsL基因A128G以及Rv0194基因C3293T和T221C非同义突变位点;CM与RIF耐药相关性分析显示,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 M.tb CM耐药可能与rrs基因A1401G、rpsL基因A128G和Rv0194基因C3293T突变有关,CM存在与RIF交叉耐药可能,在制定抗结核治疗方案时可作参考。     

锰接触工人神经行为改变与XRCC1基因C26304T和G27466A位点多态性的关系

目的探讨职业性锰接触工人DAN损伤修复基因X射线修复交叉互补基因1(XRCC1)C26304T位点和G27466A位点的多态性与神经行为改变的关系。方法选取工龄为≥0.5a的职业性锰接触冶炼工人200名和劳动强度相似不接触锰的工人94名,按照累积暴露指数将调查对象分为高、低接触组和对照组。利用垂直沟槽稳定试验和插板试验进行神经行为改变的检测;提取血白细胞DNA,利用PCR扩增限制性酶切法(PCR-RFLP)检测XRCC1C26304T位点和G27466A位点的单核苷酸多态性(SNPs)。结果高、低接触组中携带C26304T位点变异基因型TT的工人在垂直沟槽稳定试验的划痕长度、集合试验的得分均低于携带野生基因型CC和杂合基因型CT的工人,碰撞次数高于野生基因型和杂合基因型;对照组基因型之间差异无统计学意义(P0.05)。高、低接触组中携带G27466A位点变异基因型AA的工人在垂直沟槽稳定试验的划痕长度、集合试验的得分均低于携带野生基因型GG和杂合基因型GA的工人,碰撞次数高于野生基因型和杂合基因型;对照组基因型之间差异无统计学意义(P0.05)。结论携带XRCC1C26304T和G27466A位点变异基因型的工人是锰损伤的易感者;XRCC1基因位点C26304T和G27466A突变导致的多态性有可能作为检测锰致神经行为改变以及锰中毒风险评估的可用指标。     

2021年银川市4株人呼吸道合胞病毒全基因组基因特征

 目的 分析2021年银川市人呼吸道合胞病毒(HRSV)全基因组的基因特征。 方法 收集2021年银川市2所流感监测哨点医院的流感样标本共1 100份,选择发热并伴有严重呼吸道感染症状的标本共669份,通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法筛选出HRSV阳性标本,对其中符合测序要求的HRSV阳性标本进行全基因组测序。在GenBank数据库下载HRSV全球各基因型别代表株,使用MEGA7软件进行序列比对、亲缘关系进化树构建和遗传距离的计算分析,使用DNAStar软件中MegAlign分析HRSV测序株序列核苷酸(氨基酸)的同源性和氨基酸变异。 结果 669份全年龄段的鼻咽拭子标本,HRSV阳性标本60份,阳性率为8.97％。其中有4份HRSV阳性标本全基因组测序成功,亲缘关系进化树显示,2株HRSVA为ON1型,2株HRSVB为BA9型。2条HRSVA全长序列均与MN306029.1/USA/2019/ON1全长序列的核苷酸(氨基酸)同源性最高,2条HRSVB G蛋白基因序列均与MW160815.1/Australia/2017/BA9的G蛋白基因序列核苷酸(氨基酸)同源性最高。氨基酸变异分析结果表明,2条HRSVA在第113、131、178、257、258、266位均发生了突变,分别为T113I、V131D、N178G、E257K、H258Q、H266L,YinChuanRSVA-01在第134位发生K突变为R(K134R),2条HRSVB在第159位和第160位均出现氨基酸缺失,在G蛋白第二高变区的第254、270、276、290位均发生T突变为I(T254I、T270I、T276I、T290I)。 结论 2021年银川市HRSV出现了RSVA基因型和RSVB基因型的共同流行,以及多个氨基酸位点的变异。     

甲基丙二酸血症合并同型半胱氨酸血症患儿基因突变分析

目的：分析甲基丙二酸血症合并同型半胱氨酸血症患儿基因突变类型及突变频率，探讨基因型与表型之间的关系。方法：采用液相串联质谱-非衍生法对石家庄市2014年1月—2018年3月出生的113 810例新生儿进行酰基肉碱谱筛查，联合气相色谱-质谱及维生素B12负荷试验对可疑患儿进行确诊并分型，采用二代测序技术进行MMACHC、HCFC1基因突变分析，Sanger测序技术进行验证。结果：确诊的25例甲基丙二酸血症患儿中11例做了基因检测，3例为单纯型，8例为合并型。基因分析发现11种基因突变位点，已见报道8种，分别为C.666C＞A、C.482G＞A、C.656＿658delAGA、c.609G＞A、C.80A＞G、C.394C＞T、C.440＿441del和C.599G＞A；未见报道3种，分别为C.239A＞G、C.4535A＞T和C.4442C＞T。突变频率分析表明C.482G＞A较为常见，突变频率为0.25。随访发现8例合并型的患儿1例夭折，基因型为C.656＿658delAGA/C.440＿441del；3例发育迟缓，基因型分别为C.599G＞A/C.656＿658delAGA/C.4535A＞T、C.609G＞A/C.609G＞A和C.80A＞G/C.394C＞T；其余4例无异常表现。结论：8例合并型甲基丙二酸血症患儿基因突变分析发现，C.482G＞A为热点突变。基因型与临床症状及预后结合分析表明C.656＿658delAGA /C.440＿441del基因型致病性较强；基因型C.599G＞A/C.656＿658delAGA/C.4535A＞T和C.80A＞G/C.394C＞T预后较差；基因突变位点C.656＿658delAGA致病性较强，且预后差；基因突变位点C.482G＞A预后相对较好。通过新生儿串联质谱筛查可及早发现甲基丙二酸血症患儿，明确患儿基因突变情况，可为家庭再生育指导、产前诊断及预后提供依据。     

C型乙型肝炎病毒的全基因组序列分析

目的 探索乙型肝炎病毒(HBV)全基因组的结构特点。方法 应用直接PCR基因分型法确定HBV基因型。然后随机选择1例单纯HBVC基因型感染的患血清，分3个相互重叠片段扩增HBV基因并分别克隆测序。利用Vector NTI Suite7．0软件包、GeneDoc2．6和TreeView1．5，将该3个基因片段拼接为全基因组序列，命名为BDHBl，并进行基因进化树分析和同源性比较。结果 HBVC基因型序列全长为3215bp，其中A占22．2％，G占22．4％。C占26．8％。T占28．6％；有S、C、P和X区4个开放读码框架(ORFs)；HBsAg亚型为adr；HBVRT区549～552aa为YMDD，未发生变异；未发现前C区：ntl896G变异：BCP区ntl762、1764发生双突变。对HBV分段序列及全基因组序列进行基因进化树分析显示，BDHBl与HBVVC基因型的同源性最高。结论 BDHBl基因组符合HBVC基因型结构特点，在BCP区存在双突变。分片段扩增再拼接可作为全基因组序列分析方法之一。     

Detection of rare reassortant G5P[6] rotavirus,Bulgaria

During the ongoing rotavirus strain surveillance program conducted in Bulgaria, an unusual human rotavirus A (RVA) strain, RVA/Human/BG/BG620/2008/G5P[6], was identified among 2200 genotyped Bulgarian RVAs. This strain showed the following genomic configuration: G5–P[6]–I1–R1–C1–M1–A8–N1–T1–E1–H1. Phylogenetic analysis of the genes encoding the neutralization proteins and backbone genes identified a probable mixture of RVA genes of human and porcine origin. The VP1, VP6 and NSP2 genes were more closely related to typical human rotavirus strains. The remaining eight genes were either closely related to typical porcine and unusual human–porcine reassortant rotavirus strains or were equally distant from reference human and porcine strains. This study is the first to report an unusual rotavirus isolate with G5P[6] genotype in Europe which has most likely emerged from zoonotic transmission. The absence of porcine rotavirus sequence data from this area did not permit to assess if the suspected ancestral zoonotic porcine strain already had human rotavirus genes in its genome when transmitted from pig to human, or, the transmission was coupled or followed by gene reassortment event(s). Because our strain shared no neutralization antigens with rotavirus vaccines used for routine immunization in children, attention is needed to monitor if this G–P combination will be able to emerge in human populations. A better understanding of the ecology of rotavirus zoonoses requires simultaneous monitoring of rotavirus strains in humans and animals.     

50例HBV基因分型及P区耐药突变分析

目的:调查温州乙型肝炎患者血清HBV基因分型和P区基因逆转录酶区(RT区)序列的突变情况。方法:选取50例接受核苷类似物治疗后的乙型肝炎患者作为研究对象,采用PCR产物直接测序法,并对扩增产物进行测序,将测序结果与GenBank中的标准序列进行比对分析,同时确定基因型。结果:在50例中C型44例,占88%,B型6例,占12%。存在位点突变者25例(50%)。其中检出以单位点rtM204I/V/S突变为主,9例,占36%,rtA181V/T突变4例,占16%,rtM204I/V/S+rtL180M突变5例,占20%,rtV214A,rtA181V/T+rtV173L,rtM204I/V/S+rtQ215H,rtM204I/V/S+rtL180M+rtV173L,rtM204I/V/S+rtL180M+rtV207I,rtM204I/V/S+rtL180M+rtT184A/G/I/S,rtM204I/V/S+rtL180M+rtT184A/G/I/S+rtA181V/T突变各占1例,占4%。结论:多数乙型肝炎患者在HBV P区可检出突变,突变形式多样,其中以rtM204I/V/S突变为主,应用DNA序列测定法分析HBV P区基因突变,获得的信息全面,对临床评估病情进展和实施抗病毒治疗有参考价值。     

2008年和2010年肠道病毒7l型广州分离株全基因组序列分析

目的 研究2008年和2010年广州地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)病毒全基因组序列的基因型与变异特点.方法 参照GenBank上EV71深圳株SHZH03(AY465356)基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增EV71病毒基因组,PCR产物直接进行序列测定,用Clustal W/X、DNASTAR、MEGA4.1等软件分析基因组序列.结果 克隆9株广州株EV71,病毒全基因组全长序列均为7405 bp,提交到GenBank上的序列号为HQ456305、HQ456306、HQ456307、HQ456308、HQ456309、HQ456310、HQ456311、HQ456312、HQ456313.将9株广州株EV71与EV71的A、B3、B4、B5、C1、C2、C3、C4型及阜阳株全基因组核苷酸序列进行Clustal W比较,发现与C4a型阜阳株等同源性为98%～99%,与C4b同源性为91%～93%,与C1～C3同源性为82%～83%,与B3～B5同源性为81%～83%,与A型同源性为80%.将9株广州分离株EV71的VP1基因与EV71病毒A、B、C型进行Clustal W比较,同样是与C4a为98%～99%,与C4b同源性为92%～94%,与C1～C3的同源性为88%～89%,与B1～B5型同源性为83%～84%,与A型同源性为81%～82%.将9株广州株与EV71的A、B、C型VP1基因氨基酸序列进行Clustal W比对,发现VP1基因22位点的谷氨酰胺转变为组氨酸(Q→H),聚合蛋白中213位点(S→T)和1764位点(V→(Ⅰ)也发生了氨基酸的点突变,P的213位点属于VP2基因,1764位点属于3D基因.结论 2008年和2010年分离的9株广州株EV71属于C4a型,与阜阳株同源性为98%～99%,VP1基因22位点发生了点突变,聚合蛋白中213位点和1764位点也发生了氨基酸的点突变.

Abstract：

Objective To study the genomic genotypes and variation of human enterovirus 71(EV71)infected infants in Guangzhou city,in 2008 and 2010.Methods Primers were designed on the basis of the genomic sequence of EV71 SHZH03 strain(AY465356)in the GenBank,and EV71genome amplified by RT-PCR.PCR-products were directly sequenced and the genomic nucleotide sequences were analyzed with the programs of Clustal W/X,DNASTAR and MEGA 4.1.Results 9strains of EV71 genome appeared to be 7405 bp in length.The genomic sequences of EV71Guangzhou strains were compared with those of EV71 in GenBank,which revealed that the homology with EV71 genotype C4a Fuyang strains ranged between 98%-99%.Homology with genotype C4b were 92%-94%,with genotypes C1,C2,C3 as 82%-83%,with genotypes B3,B4,B5 as 81%-83%and the homology with genotype A was 80%.When compared the VP1 genes of EV71 Guangzhou strains with genotypes A,B,C virus,we revealed that the highest homology was also with genotype C4a.When compared the VP1 amino acid sequences of EV71 Guangzhou strains with genotype A,B,C virus by Clustal W program,the results revealed that the amino acid residue Q at position 22 in VP1gene was transformed to H,while 213(S→T)and 1764(V→(Ⅰ))mutations in polyprotein were discovered.Conclusion Data from the sequences and phylogenetics analysis on those Guangzhou strains in 2008 and 2010 revealed that those isolates belong to genotype C4a,with the homology with Fuyang strains as 98%-99%.Mutation of amino acid residue H at position 22 in VP1 gene was discovered and the neutralizing antibody of EV71 might have been conversed by this residue.213(S→T)and 1764(V→Ⅰ)mutations in polyprotein were also discovered.     

Whole genome characterisation of a porcine-like human reassortant G26P[19] Rotavirus A strain detected in a child hospitalised for diarrhoea in Nepal, 2007

A rare G26 Rotavirus A strain RVA/Human-wt/NPL/07N1760/2007/G26P[19] was detected in a child hospitalised for acute diarrhoea in Kathmandu, Nepal. The complete genome of 07N1760 was determined in order to explore its evolutionary history as well as examine its relationship to a Vietnamese strain RVA/Human-wt/VNM/30378/2009/G26P[19], the only G26 strain whose complete genotype constellation is known. The genotype constellation of 07N1760 was G26-P[19]-I12-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1, a unique constellation identical to that of the Vietnamese 30378 except the VP6 gene. Phylogenetic analysis revealed that both strains were unrelated at the lineage level despite their similar genotype constellation. The I12 VP6 gene of 07N1760 was highly divergent from the six currently deposited I12 sequences in the GenBank. Except for its NSP2 gene, the remaining genes of 07N1760 shared lineages with porcine and porcine-like human RVA genes. The NSP2 gene belonged to a human RVA N1 lineage which was distinct from typical porcine and porcine-like human lineages. In conclusion, the Nepali G26P[19] strain 07N1760 was a porcine RVA strain which derived an NSP2 gene from a human Wa-like RVA strain by intra-genotype reassortment probably after transmission to the human host.     

First genome characterization of a novel hepatitis C virus genotype 5 variant

We report a new hepatitis C virus (HCV) genotype 5 variant from a woman living in Burkina Faso. Phylogenetic analysis of the near full-length genome sequence suggests that this isolate HCV5_BF16 could be the first reported strain belonging to a new HCV 5 subtype, distinct from the 5a subtype.     

乙型肝炎病毒e抗原前C区基因变异的血清型和基因型分布特点研究

目的分析比较不同血清型和基因型的乙型肝炎病毒(HBV)e抗原前C区基因序列,了解其特点及差异。方法在12条不同血清型和30条不同基因型的HBV全序列中,比较e抗原前C区编码基因。同时用Blast程序查找并分析与e抗原前C区变异基因相似的核苷酸序列,试图比较不同序列与慢性病毒性肝炎病情的关系。结果e抗原前C区编码基因相对保守,仅在Adw血清型出现1个6核苷酸的插入突变,在B基因型出现1个核苷酸的突变;核苷酸Nt1896位变异(T-A)可出现在血清型Adr和Adw型,和A、B、C、D、G基因型;而Nt1858位(T-C)变异见于Adw血清型,和A、F、H基因型。结论前-C区基因变异主要有插入突变和点突变两种类型,两者在不同血清型和基因型的HBV基因组中有出现频率不同,而不同变异的临床意义可能有所差别。     

雌激素受体1基因多态性与不明原因复发性流产关系

目的:探究雌激素受体1(ESR1)基因多态性与不明原因复发性自然流产(URSA)关系。方法:选取本院88例URSA患者为URSA组,70例正常者为对照组,采用聚合酶链式反应-限制性片段多态性法检测外周血ESR1基因rs22234693、rs9340799、rs2046210位点多态性,酶联免疫吸附法检测血清雌二醇(E2)水平,化学发光法检测促卵泡刺激素(FSH)水平;胶体金法检测血清促黄体生成素(LH)水平,Hardy-weinberg遗传平衡定律验证基因型频率;logistic回归分析ESR1基因型与URSA发生风险关系;分析各位点基因型与激素水平关系。结果:URSA组FSH水平高于对照组,E2、LH水平低于对照组(P<0.05)。两组ESR1基因rs22234693、rs9340799、rs2046210位点基因频率符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律。rs22234693位点T等位基因频率、rs9340799位点G等位基因频率、rs2046210位点T等位基因频率均高于对照组(P<0.05)。rs22234693、rs9340799、rs2046210位点突变型者血清E2、LH水平低于对照组(P<0.05)。rs22234693 TT和TC基因携带者发生URSA风险的相对危险度分别为CC等位基因的1.756倍和2.432倍,rs9340799 GG、AG基因携带者的发生URSA风险的相对危险度分别为AA等位基因的1.237倍和1.746倍,rs2046210 TT和TC基因携带者的发生URSA风险的相对危险度分别为CC等位基因的1.354倍和1.824倍。结论:ESR1基因rs22234693、rs9340799、rs2046210位点多态性与URSA发生有关,rs22234693位点C→T突变、rs9340799 A→G突变、rs2046210 C→T突变可增加URSA的发病风险。