miR-130a-3p在胶质母细胞瘤中的表达与靶基因分析

目的 探索miR-130a-3p在胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)细胞中的表达水平,预测并分析miR-130a-3p的靶基因.方法 采用实时聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测GBM细胞和正常人胶质细胞中miR-130a-3p的相对表达水平.选择miRanda、DIANA、TargetScan和PicTar工具预测miR-130a-3p的靶基因,对靶基因进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和通路富集分析,基于STRING数据库进一步建立蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)并利用Cytoscape软件进行可视化分析.结果 相对于正常人胶质细胞,miR-130a-3p在GBM细胞中的表达水平显著下调.四种预测工具取交集后共筛选出302个靶基因.GO富集分析表明miR-130a-3p靶基因主要参与转录调控、蛋白泛素化、Wnt信号、miRNA介导基因沉默、DNA损伤反应、细胞迁移等生物学过程和分子功能.通路富集分析发现miR-130a-3p靶基因主要富集于转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、内吞、自噬调节、胶质瘤、FoxO信号通路等.结论 miR 130a 3p在GBM细胞中低表达,其靶基因涉及多个肿瘤发生相关的信号通路,为进一步阐明其在GBM发生过程中的调控机制以及开发靶向治疗提供参考.     

miR-320b在骨髓增生异常综合征的表达及靶基因预测

目的研究miR-320b在骨髓增生异常综合征(MDS)中的表达水平,预测其靶基因,探讨它们在病理机制中发挥的作用。方法在micro RNA芯片检测谱中筛选出表达差异的miR-320b,利用micro RNA靶基因预测软件进行靶基因预测并进行GO分析及信号通路分析。结果芯片结果显示miR-320b在MDS组比对照组表达上调(表达倍数:3.71,P值=0.08),靶基因预测结果示有553个交集靶基因,富集于蛋白结合等基因功能及m RNA监控等通路。结论 miR-320b在MDS中高表达,并通过结合靶基因影响疾病发生。     

横纹肌肉瘤相关差异miRNAs和靶基因的生物信息学分析

目的:运用生物信息学分析人正常横纹肌和横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma,RMS)差异miRNAs和靶基因,为研究RMS提供新思路.方法:GEO2R分析RMS组织的差异miRNAs,利用Sangerbox绘制火山图.TargetScan、miRDB、miRwalk预测靶基因并利用Veen分析交集靶基因.Enrichr分析靶基因的GO富集分析和KEGG信号通路.Cytoscape结合生存分析筛选hub基因及miRNAs与hub基因的分子调控网络.结果:GEO2R分析发现2549个差异miRNAs,上调和下调miRNAs分别有1318个和1231个,根据|log2FCl＞1.5,P＜0.05筛选出6个差异miRNAs(上调:miR-410-3p 、miR-381-3p、miR-483-3p和miR-376a-3p,下调:miR-29c-3p和miR-145-5p);TargetScan、miRDB、miRwalk分别预测6个差异miRNAs的靶基因后Veen图取交集的靶基因共计1262个;GO富集和KEGG信号通路分析靶基因富集于RNA聚合酶Ⅱ的调控、调节干细胞多能性的信号通路、Hippo信号通路等过程;Cytoscape筛选出top10 hub基因后结合生存曲线分析显示FBXL3高表达,SPSB4、VHL、SMAD4、NRAS、KRAS低表达时患者预后较好.结论:利用生物信息学分析正常横纹肌和横纹肌肉瘤组织的差异miRNAs-靶基因,筛选出miR-145-5p (SPSB4、FBXL3、SMAD4、NRAS)、miR-29c-3p(VHL)、miR-381-3p(KRAS),可为横纹肌肉瘤的研究提供潜在的分子靶点.     

miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达及其靶基因预测的生物信息学分析

目的探讨miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miR-340在膀胱尿路上皮癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法采用miRNA芯片技术检测膀胱尿路上皮癌及正常膀胱黏膜组织中miRNA表达谱,用实时定量PCR法进行验证,挑选具有显著表达差异的miR-340为进一步研究对象,利用生物信息学方法,对miR-340的靶基因进行预测,并对其靶基因进行基因本体（GO）功能富集分析及KEGG信号转导通路富集分析。结果miRNA表达谱芯片、实时定量PCR法均提示miR-340在膀胱尿路上皮癌中较癌旁正常膀胱组织中表达明显降低。miR-340预测靶基因集合功能富集于细胞黏附（celladhesion）、生物黏附（biologicaladhesion）和细胞间黏附（cell-celladhesion）等,KEGG通路分析涉及癌通路（pathwaysincancer）和细胞周期通路（pathwaysincellcycle）等。结论miR-340在膀胱尿路上皮癌中呈低表达,miR-340预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。     

miRNA-210-3p在大肠癌细胞迁移侵袭中的促进作用及其靶基因的生物信息学分析

目的 探讨miR-210-3p在大肠癌细胞迁移、侵袭中的作用,并利用生物信息学方法预测其靶基因及信号通路。方法 采用dbDEMC和OncomiR数据库分析miR-210-3p在大肠癌中的表达情况,通过荧光定量PCR法验证miR-210-3p在大肠癌细胞系中的表达;通过转染miRNA 模拟物、抑制剂上调和下调大肠癌细胞内miR-210-3p的表达量,Transwell法检测转染后大肠癌细胞的迁移和侵袭能力变化;通过miRDB、TargetScan7.2、starBase和miRPathDB数据库预测miR-210-3p靶基因,利用DAVID数据库进行GO分析及信号通路的富集分析,利用GEPIA数据库分析关键基因在大肠癌组织中的表达。结果dbDEMC和OncomiR数据库显示miR-210-3p在大肠癌组织中高表达,并与肿瘤转移和患者预后相关。荧光定量PCR验证miR-210-3p在高转移性结肠癌细胞系HCT-116、LoVo中的表达量高于中转移性细胞系SW480和低转移性细胞系CL187、HCT-8。过表达miR-210-3p能明显增强SW480细胞迁移和侵袭能力;下调miR-210-3p的表达后,LoVo细胞迁移和侵袭能力则明显减弱。共预测出3035个靶基因,其功能主要富集在细胞迁移、黏附、蛋白质代谢等生物学过程以及癌症通路、HIF、Rap1等信号转导通路,GEPIA数据库验证显示RGMA在临床大肠癌组织中呈显著低表达,可能是miR-210-3p的靶基因。结论 miR-210-3p可促进大肠癌细胞迁移和侵袭能力,有望成为大肠癌治疗的新型生物靶点。     

miR-9在宫颈癌组织中的表达及其靶基因的预测和生物信息学分析

目的：探讨宫颈癌组织中miR-9表达,并对靶基因进行预测及生物信息学分析,为深入研究miR-9的调控机制及生物学功能提供理论依据。方法应用miRNAs芯片检测宫颈癌组织及正常宫颈组织中miRNAs表达,利用生物学软件对其中上调较明显的miR-9进行靶基因预测,同时利用基因芯片技术筛选转染miR-9后宫颈癌Hela细胞中差异表达的基因,将两者预测靶基因的交集作为miR-9的靶基因进行GO富集分析和生物通路富集分析。结果与正常宫颈组织比较,宫颈癌组织中有15个miRNAs表达为上调,10个miRNAs表达为下调,其中上调较明显的是miR-21和miR-9,下调较明显的是miR-376a和miR-218。芯片所示的miR-9调控的下调基因与软件预测的靶基因交集中共有148个基因,miR-9的预测靶基因富集在细胞内的生物学调控、合成和代谢等生物学过程以及转录调控和蛋白结合等分子功能上,其信号通路富集于调节肌动蛋白细胞骨架、脂质代谢和细胞黏附通路。结论 miR-9在宫颈癌组织中高表达,miR-9预测的靶基因富集于多个生物学功能和生物学过程及与肿瘤相关的信号通路。     

hsa-miR-145-5p在胰腺癌中的表达及生物信息学分析

目的 研究hsa-miR-145-5p在胰腺癌患者及正常人血浆中的表达模式,探究hsa-miR-145-5p作为胰腺癌诊断标记物的可行性。进一步阐明其在胰腺癌的发生发展过程中可能的调控机制。 方法 采用生物信息学方法进行hsa-miR-145-5p的靶基因预测及功能分析,选择miRanda、TargetScan和RNAhybrid三种软件预测hsa-miR-145-5p的靶基因并结合现有数据库筛选有实验数据支持的靶基因,进一步进行GO功能富集分析,KEGG Pathway富集分析和蛋白互作分析,研究靶基因功能。qPCR验证胰腺癌患者及正常对照组血浆中hsa-miR-145-5p表达。 结果 hsa-miR-145-5p序列在各物种间高度保守;预测其靶基因共得到8 679个,且有实验数据支持靶基因有1 408个;有实验数据支持的靶基因GO富集分析主要显著富集于胞内运输、基因表达调控、细胞内信号传导、细胞生长调控、能量代谢等生物学过程和功能上(FDR<0.01)。KEGG Pathway富集分析靶基因显著富集于p53信号通路、ErbB信号通路、MAPK信号通路、慢性骨髓白血病、膀胱癌、胶质瘤、前列腺癌、胰腺癌等(P<0.01),表明hsa-miR-145-5p在胰腺癌中有重要的调控作用。相较于正常组,患病组hsa-miR-145-5p表达下调。 结论 hsa-miR-145-5p调控多个肿瘤发生相关的基因,在胰腺癌发生相关的生物学过程中具有重要的调控功能,为胰腺癌miRNA标记物的研究提供了线索。      

肾透明细胞癌hsa-miR-193a的生物信息学分析及靶基因预测

目的：分析肾癌组织中miR-193a的表达情况,预测其靶基因,探讨其参与恶性肿瘤调控的分子机制。方法：利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库,分析miR-193a在肾透明细胞癌组织与正常组织之间的表达差异。利用Kaplan-Meier plotter数据库,对存在差异表达miR-193a的肾透明细胞癌患者进行生存分析。采用TargetScan7.2、miRDB、PicTar和miRTarBase进行靶基因预测,利用metascape网络在线分析数据库对hsa-miR-193a-3p的靶基因集合进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果：miR-193a在肾透明细胞癌等多种肿瘤中表达上调,且其表达量与患者总生存时间存在显著负相关。hsa-miR-193a-3p靶基因GO功能主要包括发育过程、细胞成分组织或生物发生、生物过程的正负调节、节律过程等,KEGG信号通路主要富集在肾细胞癌、PI3K-Akt信号通路等方面。结论：hsa-miR-193a-3p可能通过调控多个靶基因参与肾透明细胞癌发生发展相关信号通路的调节,是一个非常具有研究价值的生物学靶标。     

糖尿病肾病相关miR-130b-3p靶点的生物信息学预测

目的：预测miR-130b-3p靶基因,并对靶基因的分子功能、生物学进程和信号通路进行富集分析,为深入研究糖尿病肾病相关miR-130b-3p的靶基因功能提供理论基础。方法：通过NCBI和miRbase数据库检索基因。应用Vector NTI软件进行miR-130b-3p序列分析,应用TargetScan,picTar,RNA22,PITA和miRanda软件预测靶基因,通过DAVID 和KEGG 数据库进行靶基因功能与信号通路富集分析。结果：已知成熟的不同物种miR-130b-3p核酸序列高度保守。靶基因主要富集在核质和细胞溶质,分子功能主要富集在蛋白绑定和转录因子激活。经典的miR-130b-3p靶基因集合明显富集于KEGG数据库中的TGF-β、AMPK和内吞作用等7个信号转导通路。疾病富集分析与糖尿病高度相关。结论：成功预测miR-130b-3p靶基因,部分靶基因参与的功能及信号通路与糖尿病肾病发生发展过程密切相关。     

子痫前期相关miR-23b-5p靶基因的预测及生物信息学分析

目的预测并对子痫前期相关miR-23b-5p的候选靶基因进行生物信息学分析,为miR-23b-5p的机制研究及其靶基因的实验验证提供理论基础。方法在公共基因芯片数据库GEO(Gene Expression Omnibus)中选择子痫前期胎盘脐血miRNA差异表达的数据集GSE119799,选择表达显著下调的miR-23b-5p作为研究对象;使用在线分析网站RNA22-HAS、TargetScan及miRDB分别预测miR-23b-5p的靶基因,并利用韦恩图取其交集。使用富集分析网站DAVID对其交集靶基因进行GO功能富集分析、KEGG信号通路富集分析,并利用STRING网站对其进行蛋白质互作分析。结果获得的222个交集靶基因在生物过程上主要涉及干细胞分化的调控、胞质翻译负性调节等;在细胞组成上主要涉及膜外成分等;在分子功能上主要涉及翻译调节活性、金属离子结合等,主要参与MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路及钙信号通路等。蛋白互作分析显示TLR4是链接度最高的关键基因。结论 miR-23b-5p可能通过影响滋养细胞侵袭、内皮细胞凋亡及炎症免疫反应等来参与子痫前期的发生发展,本研究为后续的靶基因验证及子痫前期发病机制的研究提供了理论基础和研究思路。     

miR-182-5p在阿尔兹海默病的表达及生物信息学分析

目的探究miR-182-5p在阿尔兹海默病（AD）病人血清中的表达水平,并采用生物信息学方法对其进行靶基因预测及功能分析。方法从GEO数据库获取AD相关miRNAs芯片数据集GSE104514,利用GEO2R在线工具分析差异表达的miRNAs,选择差异最大的miR-182-5p进行深入研究。收集AD病人28例（AD组）及健康者15名（对照组）,应用实时荧光定量聚合酶链反应法检测血清中miR-182-5p的表达水平。通过miRBase数据库分析miR-182-5p在不同物种间的保守性;运用miRcode、miRDB、miRWalk和Target Scan数据库预测miR-182-5p靶基因,并取交集靶基因;应用DAVID和KOBAS数据库对miR-182-5p靶基因进行GO功能及KEGG信号通路富集分析。结果AD小鼠脑组织的miR-182-5p表达明显高于野生型小鼠（P < 0.05）,AD病人血清中的miR-182-5p表达量（2.022±1.225）明显高于对照组（0.486±0.442）（P < 0.01）;保守性分析显示miR-182-5p成熟体序列在不同物种间高度保守;在线数据库预测获得miR-182-5p潜在的交集靶基因共23个。GO富集结果显示,miR-182-5p靶基因主要参与于锌离子的结合、生物过程的负调控、杂环类化合物的结合、主要代谢过程的调节、GTPase的活性、膜的内在成分的组成、大脑的发育、部分细胞形态的发生、转移酶的活性、信号的调节、泛素结合酶的结合、耳蜗的发育、组蛋白H4-K16的乙酰化作用、咽系统的发育、神经元演化方向的规范、大脑皮层细胞的迁移、大脑皮层细胞的放射状定向迁移等多个生物学过程。KEGG分析结果显示,miR-182-5p靶基因主要参与肾集合管的酸分泌、醚脂类代谢、志贺菌病、细胞的黏附、细菌侵袭上皮细胞等5条信号通路。结论miR-182-5p在AD病人血清中高表达,其可能通过多条信号通路参与AD的发展过程。     

has-miR-155-5p靶基因预测及其生物信息学分析

深入了解miR-155-5p参与的生命过程和疾病类型,为后续的功能研究提供理论依据。对miR-155-5p进行生物信息学分析发现,已知的其成熟序列在不同物种间高度保守;基因本体论(GO)分析发现其分子功能显著富集于杂环化合物结合、核酸结合等,生物学过程主要富集于细胞大分子代谢、生物调节和有机物代谢等;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现其显著富集于癌症通路、MAPK和FoxO信号通路等。分析结果表明miR-155-5p 通过调控靶基因在人类生命活动和疾病发生发展过程中起重要作用,尤其是作为癌症早期诊断和预后的生物标志值得进一步研究。     

肺鳞癌中miR-144靶基因预测及其生物信息学分析

目的:分析miR-144靶基因在肺鳞癌中参与的信号通路生物过程。方法:分析The Cancer Genome Atlas网站中肺鳞癌患者的miR-144的表达量及生存曲线;预测miR-144靶基因并通过表达数据筛选影响肺鳞癌进展基因;BinGo软件对候选靶基因进行GO注释分析,利用DAVID网站预测其信号通路。结果: miR-144表达量高有利于延长肺鳞癌患者生存时间。综合4个靶基因数据库发现miR-144有72个预测结果,其中45个在肺鳞癌患者癌与癌旁组织间表达存在差异。其中部分候选靶基因参与胞核及星形微管的组成,参与上皮细胞增生、RNA合成。通路分析显示部分候选靶基因参与Ras、Wnt、Hippo等信号通路。结论:45个miR-144候选靶基因通过多条信号通路及生物过程调节细胞生命活动,影响肿瘤患者生存预期。     

高级别浆液性卵巢癌复发相关的潜在功能性关键miRNA-mRNA：基于生物信息学方法

目的 探讨在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中的潜在功能性miRNA-mRNA调控网络与复发的相关性及其生物学意义。方法 使用来自癌症和肿瘤基因图谱（TCGA）数据库的HGSOC患者样本表达数据,根据基因本体论生物过程（GO＿BP）将HGSOC患者分成不同的亚型,分析不同亚型与复发的相关性;通过基因表达综合（GEO）数据库找到两个与复发相关的数据集,与TCGA数据取交集,获得共同差异表达的miRNAs;预测miRNAs的靶基因,构建与HGSOC复发相关的关键miRNA-mRNA网络;通过RT-qPCR及Western blot检测miR-506-3p与SNAI2的表达水平;双荧光素酶实验验证miR-506-3p与SNAI2的靶向结合;划痕实验及Trans well实验检测miR-506-3p对卵巢癌细胞迁移与侵袭的影响。结果 共筛选出与HGSOC相关通路活性的303个GO通路,确定两个亚型C1和C2。亚型与复发相关,C1患者的复发概率显著高于C2患者。C1和C2亚型之间的差异表达基因主要富集在上皮间质转化（EMT）通路,GSE25204、GSE73582及TCGA 3个数据集中有5个共...     

hsa-miR-126的靶基因预测及功能分析

目的 检测hsa-miR-126在各个组织器官中的表达情况,通过生物信息学预测hsa-miR-126的靶基因,进一步分析其可能功能,为研究hsa-miR-126的功能和机制奠定基础.方法 通过miRGator v3.0数据库查看hsa-miR-126在各个组织器官中的表达丰度情况;应用TargetScan、DIANA-microT-CDS及miRanda预测hsa-miR-126的靶基因;将预测所得靶基因和已证实的靶基因交集组成的基因集合分别进行功能富集分析（GO analysis）和信号转导通路富集分析,分析hsa-miR-126的可能功能.结果 hsa-miR-126在胃肠道,心脏,肾脏,肝胆系统,肺,干细胞,睾丸,胸腺,甲状腺,子宫中表达丰度较高;结合已被证实靶基因得到40个候选靶基因;靶基因主要参与细胞迁移调控以及腺体发育相关生物过程,涉及数个癌症通路和与癌症发生相关的信号通路,以及神经营养因子信号通路,ErbB信号通路,趋化因子信号通路和VEGF信号通路等.结论 hsa-miR-126预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,与肿瘤和血管性疾病密切相关,生物信息预测结果为今后的研究奠定了基础。     

MiR-199a-3p在胰腺癌中的表达水平及生物信息学分析

目的:探讨miR-199a-3p在胰腺癌中的表达水平及作为胰腺癌的诊断指标的意义,并进行生物信息学分析。方法:从GEO数据库收集胰腺癌和正常胰腺组织中miR-199a-3p的数据。汇总数据绘制受试者工作特征曲线,进行Meta分析,采用生物信息学方法预测miR-199a-3p的靶基因,并对靶基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:收集到6个GEO数据,4个数据的ROC曲线表现出显著的诊断意义,Meta分析结果显示miR-199a-3p在胰腺癌中表达水平高于正常胰腺组织,差异有统计学意义（P<0.001）。预测到221个miR-199a-3p潜在的靶基因,其功能主要富集在基因表达的调控,细胞代谢的调控,蛋白质域特异性结合等生物学过程（P<0.001）,KEGG分析结果显示主要集中在PI3K-Akt通路、黏着斑、肌动蛋白细胞骨架调控、癌症通路、Hippo通路、鞘脂通路、ErbB通路、MAPK通路等通路（P<0.05）。结论:相比正常胰腺组织,miR-199a-3p在胰腺癌为高表达,可作为胰腺癌的一个潜在诊断指标,并可能在胰腺癌的发生发展中起到重要作用,为胰腺癌的研究和治疗提供了新的方向。     

心肌缺血预适应大鼠循环血微囊泡中miRNAs 表达谱分析

目的:分离提取心肌缺血预适应（IPC）模型大鼠循环血中的细胞微囊泡（MVs）,探究IPC处理对循环血MVs中microRNAs （miRNAs）表达的影响。方法:健康雄性Wistar 大鼠8只,随机分为IPC-MVs组和假手术对照（Sham-MVs）组,每组4 只。建立 大鼠心肌IPC 模型,提取循环血IPC-MVs,采用Microarray 分析两组循环血MVs 中的miRNAs,利用生物信息学进行靶基因预 测及功能分析。结果: 与Sham-MVs组比较,IPC-MVs组中循环血差异表达显著上调的miRNAs 共3 个（P<0.01,FER<0.05）: miR-1-3p、miR-133a-3p 和miR-133b-3p（t=3.194、3.002、3.389,均P<0.05）。基因本体研究会数据库（GO）和京都基因与基 因组百科全书（KEGG）分析显示,这些miRNAs 可能通过调节心肌细胞中丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路和Ras信号 通路,发挥抗心肌缺血/再灌注（I/R）损伤的保护作用,可能参与调控的核心靶基因包括Ntrk2、Igf1、Gnai3 和Bcl2l1。结论:IPC 处 理可使大鼠循环血MVs中miR-1-3p、miR-133a-3p 和miR-133b-3p表达显著上调。     

miR-144-3p在大鼠骨髓间充质干细胞成骨分化过程中的表达及其靶向调控作用

目的探讨在骨髓间充质干细胞成骨分化过程中,miR-144-3p表达的生理功能和作用机制,并预测其靶基因,为成骨细胞 分化的深入研究提供实验依据。方法采用大鼠骨髓间充质干细胞（BMSCs）,并在体外诱导间充质干细的成骨分化,通过 qRT-PCR 检测成骨分化标志基因（Runx2, OCN）以及miR-144-3p 的表达;通过向BMSCs 株转染miR-144-3p mimic 以及 miR-144-3p inhibitor,检测miR-144-3p 表达对BMSCs分化的影响,并通过Western blot 以及qRT-PCR检测miR-144-3p 靶蛋 白在RNA水平以及蛋白水平的表达变化。结果在体外诱导BMSCs成骨分化过程中,成骨分化标志基因（Runx2, OCN）的 表达量逐渐升髙,而miR-144-3p 的表达量则逐渐降低,到诱导成骨第21 天表达水平最低;检测各组ALP活性发现,相比于 对照组miR-144-3p mimics 转染组ALP活性显著降低（P<0.05）,miR-144-3p inhibitor 转染组ALP活性显著升高（P<0.05）;运 用多种靶基因预测数据库TargetScan、microRNA.org和miRanda对miR-144-3p进行靶基因的预测分析发现,smad4最可能是 miR-144-3p的靶基因;qRT-PCR结果表明,smad4在各组中的表达水平差异无统计学意义（P>0.05）;Western blot结果显示,smad4 在miR-144-3p mimics转染组表达显著下降,在miR-144-3p inhibitor转染组则显著升高,相比于对照组差异均有统计学意义（P< 0.05）。结论miR-144-3p参与调控大鼠BMSCs成骨分化,其抑制成骨分化的功能是通过降低smad4转录后的表达水平来实现。