| 遗传算法和单体型组装加权最小字符翻转问题 |
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| 引用本文： | 姚雄武,郑金华,李晶,文诗华.遗传算法和单体型组装加权最小字符翻转问题[J].计算机工程与应用,2010,46(8):217-220. |
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| 作者姓名： | 姚雄武 郑金华 李晶 文诗华 |
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| 作者单位： | 湘潭大学 信息工程学院，湖南 湘潭 411105 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金Grant No.60773047;;湖南省教育厅重点科研项目rant No.06A074~~ |
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| 摘 要： | 单体型组装加权最小字符翻转（WMLF）问题指定个体联配的加权DNA片断数据，翻转权值和最小的SNP位点以推测出该个体的一对单体型。该问题是NP-难的，至今尚无实用的搜索寻优算法。根据DNA测序片段数据的特点提出了一种遗传算法。对于实际的生物实验数据，即使数据很大，该算法也可以在较短的时间得到WMLF问题的满意解，具有良好的可扩展性和较高的实用价值。
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| 关 键 词： | 生物信息学 单体型检测 遗传算法 单核苷酸多态性 |
| 收稿时间： | 2008-9-9 |
| 修稿时间： | 2008-11-21
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Genetic algorithm and haplotype assembly problem Weighted Minimum Letter Flips |
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| YAO Xiong-wu,ZHENG Jin-hua,LI Jing,WEN Shi-hua.Genetic algorithm and haplotype assembly problem Weighted Minimum Letter Flips[J].Computer Engineering and Applications,2010,46(8):217-220. |
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| Authors: | YAO Xiong-wu ZHENG Jin-hua LI Jing WEN Shi-hua |
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| Affiliation: | School of Information Engineering，Xiangtan University，Xiangtan，Hunan 411105，China |
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| Abstract: | Given a set of weighted aligned DNA fragments of an individual,the haplotype assembly problem Weighted Minimum Letter Flips (WMLF) is to infer a pair of haplotypes of the individual by flipping some SNPs with the sum of weights of the flipped SNPs minimized.WMLF is NP-hard,and there is no practical algorithm to search optimal solution for the problem.Based on the characters of DNA fragments,this paper introduces a genetic algorithm.For the practical fragment data,the algorithm can solve the WMLF problem eff... |
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| Keywords: | bioinformatics haplotype detection genetic algorithm Single-Nucleotide Polymorphisms(SNP) |
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